ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O6 A 0, 0.000, 0.087, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
P B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
N9 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C3' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O5' A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C8 B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.000, 0.378, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.378 std_dev=0.378
O3' A 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.000, 0.398, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C2' B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
N1 B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
OP1 B 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
P A 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
O3' B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
OP2 A 0, 0.000, 0.559, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.559 std_dev=0.559
N6 B 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
O2' B 0, 0.000, 0.588, 1.176, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.588 std_dev=0.588
OP1 A 0, 0.000, 0.619, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.619 std_dev=0.619
OP2 B 0, 0.000, 0.674, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.674 std_dev=0.674

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02
C2 0.05 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.22 0.03 0.00 0.03 0.24 0.16 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.09 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.12 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.01 0.23 0.09 0.12
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.30 0.10 0.17
C5' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.03 0.04 0.03 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.33 0.15 0.20
C8 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.26 0.03 0.10
N1 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.01 0.04 0.04 0.30 0.17 0.18
N2 0.05 0.00 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.25 0.04 0.00 0.05 0.22 0.17 0.13
N3 0.05 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.21 0.04 0.02 0.02 0.19 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.33 0.04 0.16
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.19 0.02 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09
O3' 0.07 0.22 0.02 0.00 0.13 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.18 0.25 0.21 0.04 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.05
O5' 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.12 0.03 0.10 0.00 0.39 0.18 0.25
OP1 0.10 0.24 0.03 0.02 0.23 0.04 0.30 0.01 0.33 0.26 0.30 0.22 0.19 0.33 0.19 0.08 0.01 0.12 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.16 0.09 0.02 0.09 0.04 0.10 0.01 0.15 0.03 0.17 0.17 0.12 0.04 0.02 0.11 0.00 0.06 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.07 0.03 0.12 0.02 0.17 0.01 0.20 0.10 0.18 0.13 0.10 0.16 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.28 0.13 0.06 0.12 0.02 0.01 0.12 0.08 0.17 0.20 0.27 0.03 0.15 0.01 0.22 0.05 0.08 0.18 0.17 0.03 0.00
C2 0.10 0.12 0.09 0.10 0.05 0.11 0.10 0.17 0.03 0.19 0.08 0.06 0.06 0.18 0.13 0.03 0.11 0.11 0.25 0.30 0.03 0.05
C2' 0.10 0.28 0.17 0.12 0.12 0.05 0.01 0.06 0.07 0.16 0.19 0.27 0.01 0.16 0.02 0.27 0.11 0.01 0.13 0.14 0.03 0.03
C3' 0.20 0.31 0.24 0.20 0.19 0.14 0.09 0.03 0.14 0.05 0.23 0.31 0.10 0.05 0.11 0.33 0.17 0.09 0.02 0.18 0.09 0.10
C4 0.09 0.24 0.02 0.06 0.02 0.11 0.05 0.18 0.04 0.22 0.17 0.19 0.00 0.19 0.11 0.05 0.07 0.16 0.25 0.22 0.04 0.00
C4' 0.19 0.29 0.26 0.20 0.19 0.12 0.11 0.02 0.15 0.03 0.23 0.30 0.12 0.02 0.11 0.34 0.17 0.04 0.01 0.19 0.02 0.08
C5 0.12 0.26 0.06 0.09 0.02 0.14 0.03 0.20 0.07 0.20 0.20 0.18 0.03 0.16 0.12 0.01 0.10 0.19 0.25 0.23 0.06 0.00
C5' 0.16 0.28 0.26 0.23 0.18 0.14 0.10 0.07 0.15 0.02 0.22 0.28 0.12 0.01 0.10 0.34 0.21 0.02 0.04 0.19 0.01 0.10
C6 0.14 0.22 0.10 0.12 0.01 0.15 0.03 0.20 0.07 0.18 0.19 0.12 0.04 0.13 0.12 0.07 0.14 0.18 0.25 0.28 0.04 0.02
C8 0.06 0.30 0.03 0.02 0.07 0.11 0.00 0.17 0.09 0.20 0.22 0.25 0.04 0.15 0.07 0.11 0.03 0.18 0.22 0.17 0.10 0.02
N1 0.14 0.14 0.12 0.13 0.05 0.14 0.06 0.19 0.02 0.17 0.13 0.05 0.00 0.14 0.13 0.07 0.14 0.14 0.25 0.30 0.00 0.04
N2 0.09 0.00 0.10 0.11 0.10 0.10 0.14 0.16 0.10 0.17 0.02 0.03 0.12 0.18 0.12 0.05 0.12 0.07 0.24 0.33 0.07 0.07
N3 0.07 0.17 0.04 0.07 0.02 0.09 0.09 0.17 0.02 0.23 0.10 0.13 0.06 0.21 0.12 0.03 0.07 0.10 0.25 0.26 0.01 0.03
N7 0.11 0.29 0.03 0.06 0.05 0.13 0.00 0.19 0.09 0.19 0.23 0.22 0.05 0.14 0.09 0.03 0.08 0.20 0.23 0.20 0.09 0.01
N9 0.03 0.28 0.05 0.00 0.07 0.08 0.02 0.16 0.07 0.21 0.20 0.25 0.02 0.17 0.07 0.14 0.01 0.15 0.22 0.18 0.06 0.01
O2' 0.05 0.24 0.11 0.04 0.06 0.01 0.07 0.14 0.00 0.25 0.14 0.23 0.08 0.26 0.05 0.22 0.04 0.05 0.23 0.04 0.01 0.06
O3' 0.28 0.38 0.29 0.22 0.27 0.18 0.18 0.05 0.23 0.04 0.31 0.37 0.19 0.04 0.20 0.34 0.18 0.19 0.00 0.19 0.14 0.12
O4' 0.10 0.29 0.18 0.11 0.16 0.00 0.07 0.09 0.13 0.11 0.22 0.29 0.10 0.07 0.04 0.27 0.08 0.09 0.13 0.17 0.06 0.02
O5' 0.04 0.24 0.15 0.10 0.12 0.02 0.06 0.07 0.12 0.08 0.19 0.23 0.10 0.05 0.02 0.24 0.08 0.13 0.07 0.12 0.15 0.01
O6 0.16 0.23 0.13 0.13 0.00 0.17 0.00 0.20 0.11 0.15 0.22 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.16 0.19 0.24 0.29 0.04 0.03
OP1 0.15 0.01 0.05 0.04 0.11 0.10 0.17 0.13 0.13 0.28 0.05 0.00 0.16 0.27 0.19 0.03 0.04 0.24 0.18 0.09 0.14 0.06
OP2 0.29 0.02 0.21 0.23 0.14 0.30 0.17 0.31 0.10 0.31 0.02 0.03 0.11 0.27 0.25 0.17 0.25 0.39 0.33 0.01 0.37 0.21
P 0.13 0.09 0.03 0.04 0.04 0.12 0.09 0.14 0.03 0.21 0.04 0.07 0.05 0.19 0.13 0.04 0.05 0.24 0.17 0.09 0.20 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.37 0.00 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.21 0.32 0.10 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.30 0.12 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.18 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.17 0.33 0.04 0.07
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.10 0.06
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.18 0.31 0.01 0.07
C5' 0.03 0.13 0.02 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.11 0.08 0.13 0.12 0.08 0.11 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.18 0.30 0.00 0.06
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.11 0.36 0.11 0.17
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.30 0.06 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.19 0.32 0.10 0.03
N6 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.14 0.30 0.08 0.10
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.15 0.30 0.09 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.36 0.02 0.12
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04 0.00 0.07 0.02 0.02 0.29 0.14 0.07
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.16 0.24 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.38 0.07 0.19
O5' 0.05 0.21 0.03 0.01 0.17 0.00 0.18 0.00 0.18 0.11 0.21 0.19 0.14 0.15 0.12 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.37 0.32 0.30 0.21 0.33 0.20 0.31 0.02 0.30 0.36 0.30 0.32 0.30 0.30 0.36 0.29 0.16 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.10 0.12 0.18 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.11 0.06 0.10 0.08 0.09 0.02 0.14 0.24 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.02 0.08 0.03 0.07 0.06 0.07 0.02 0.06 0.17 0.03 0.03 0.10 0.12 0.12 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00