ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N9 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N7 A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C8 A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
N6 B 0, 0.000, 0.312, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
N3 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2' A 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O3' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
N9 B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.000, 0.459, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O4' B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
P B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C8 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O3' A 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
OP2 B 0, 0.000, 0.596, 1.191, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C1' B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
OP1 A 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
P A 0, 0.000, 0.777, 1.553, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.777 std_dev=0.777
OP2 A 0, 0.000, 0.790, 1.579, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.790 std_dev=0.790
O2' A 0, 0.000, 0.831, 1.661, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.831 std_dev=0.831
C2' B 0, 0.000, 0.936, 1.873, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.936 std_dev=0.936
O5' A 0, 0.000, 0.966, 1.931, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.966 std_dev=0.966
O2' B 0, 0.000, 1.503, 3.005, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.503 std_dev=1.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.17 0.00 0.10 0.01 0.03 0.45 0.19
C2 0.03 0.00 0.11 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.02 0.04 0.00 0.17 0.41 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.18 0.01 0.12 0.06 0.16 0.12 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.15 0.32 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.27 0.07 0.01 0.41 0.20
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.02 0.08 0.00 0.17 0.44 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.16 0.02 0.00 0.00 0.01 0.16 0.31 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.00 0.10 0.00 0.23 0.43 0.27
C5' 0.07 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.13 0.16 0.11 0.05 0.07 0.16 0.12 0.02 0.15 0.00 0.00 0.14 0.33 0.27 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00 0.08 0.00 0.25 0.41 0.26
C8 0.01 0.00 0.12 0.07 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.03 0.02 0.18 0.00 0.21 0.47 0.31
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.01 0.06 0.00 0.21 0.40 0.24
N2 0.04 0.00 0.16 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.21 0.02 0.03 0.01 0.15 0.40 0.19
N3 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.03 0.05 0.00 0.14 0.42 0.20
N7 0.00 0.00 0.10 0.08 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.04 0.01 0.15 0.00 0.26 0.44 0.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.12 0.00 0.14 0.46 0.25
O2' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.16 0.17 0.02 0.15 0.22 0.06 0.13 0.06 0.24 0.11 0.00 0.03 0.11 0.18 0.20 0.14 0.43 0.14
O3' 0.17 0.19 0.00 0.00 0.14 0.02 0.10 0.15 0.12 0.03 0.16 0.21 0.19 0.04 0.11 0.03 0.00 0.12 0.28 0.10 0.07 0.39 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.45 0.17
O5' 0.10 0.04 0.11 0.27 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.18 0.06 0.03 0.05 0.15 0.12 0.18 0.28 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.10 0.00 0.09 0.00 0.28 0.40 0.28
OP1 0.03 0.17 0.15 0.01 0.17 0.16 0.23 0.33 0.25 0.21 0.21 0.15 0.14 0.26 0.14 0.14 0.07 0.01 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.41 0.32 0.41 0.44 0.31 0.43 0.27 0.41 0.47 0.40 0.40 0.42 0.44 0.46 0.43 0.39 0.45 0.01 0.40 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.21 0.08 0.20 0.24 0.04 0.27 0.00 0.26 0.31 0.24 0.19 0.20 0.31 0.25 0.14 0.23 0.17 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.14 0.28 0.15 0.17 0.13 0.10 0.18 0.05 0.14 0.06 0.21 0.01 0.09 0.20 0.41 0.24 0.18 0.27 0.24 0.39 0.30
C2 0.10 0.07 0.16 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.11 0.08 0.12 0.00 0.16 0.01 0.08 0.16 0.17 0.12 0.11 0.17 0.36 0.21
C2' 0.48 0.16 0.52 0.36 0.28 0.38 0.18 0.43 0.08 0.30 0.06 0.29 0.01 0.20 0.36 0.73 0.00 0.43 0.49 0.45 0.59 0.52
C3' 0.27 0.03 0.33 0.11 0.12 0.15 0.06 0.22 0.02 0.14 0.04 0.12 0.06 0.08 0.18 0.56 0.32 0.21 0.29 0.23 0.40 0.32
C4 0.04 0.12 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.10 0.09 0.04 0.03 0.01 0.05 0.23 0.00 0.17 0.19 0.36 0.24
C4' 0.32 0.04 0.40 0.17 0.14 0.20 0.03 0.24 0.07 0.14 0.08 0.17 0.14 0.05 0.21 0.58 0.27 0.24 0.29 0.26 0.37 0.32
C5 0.00 0.16 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.15 0.10 0.04 0.09 0.03 0.04 0.22 0.03 0.13 0.18 0.35 0.21
C5' 0.31 0.07 0.41 0.18 0.12 0.18 0.02 0.20 0.12 0.08 0.10 0.20 0.23 0.02 0.18 0.59 0.24 0.21 0.24 0.22 0.31 0.26
C6 0.07 0.15 0.14 0.03 0.00 0.07 0.01 0.03 0.11 0.15 0.18 0.07 0.13 0.12 0.08 0.17 0.19 0.09 0.07 0.16 0.33 0.17
C8 0.12 0.17 0.11 0.09 0.07 0.04 0.00 0.10 0.00 0.02 0.09 0.16 0.06 0.06 0.05 0.17 0.26 0.06 0.18 0.20 0.36 0.25
N1 0.12 0.11 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.13 0.15 0.16 0.03 0.18 0.08 0.11 0.23 0.16 0.13 0.06 0.15 0.33 0.17
N2 0.17 0.03 0.25 0.01 0.04 0.12 0.06 0.06 0.12 0.07 0.10 0.04 0.19 0.05 0.11 0.25 0.12 0.18 0.08 0.17 0.37 0.20
N3 0.00 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.22 0.03 0.17 0.19 0.37 0.24
N7 0.05 0.18 0.02 0.06 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.13 0.14 0.03 0.10 0.00 0.04 0.24 0.01 0.14 0.18 0.34 0.22
N9 0.14 0.14 0.13 0.09 0.09 0.05 0.03 0.11 0.03 0.03 0.08 0.15 0.02 0.00 0.08 0.21 0.26 0.08 0.21 0.21 0.37 0.26
O2' 0.74 0.34 0.79 0.60 0.48 0.58 0.35 0.55 0.24 0.49 0.22 0.50 0.15 0.37 0.58 1.10 0.30 0.64 0.59 0.55 0.63 0.58
O3' 0.01 0.23 0.09 0.19 0.15 0.12 0.19 0.04 0.24 0.11 0.26 0.16 0.26 0.16 0.08 0.39 0.60 0.05 0.01 0.06 0.10 0.04
O4' 0.19 0.05 0.24 0.08 0.08 0.07 0.01 0.12 0.07 0.05 0.06 0.13 0.12 0.01 0.11 0.35 0.35 0.11 0.19 0.17 0.29 0.22
O5' 0.09 0.21 0.13 0.00 0.11 0.08 0.23 0.17 0.35 0.11 0.36 0.07 0.43 0.21 0.04 0.20 0.45 0.10 0.20 0.17 0.28 0.24
O6 0.09 0.17 0.17 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.11 0.18 0.21 0.08 0.14 0.14 0.10 0.23 0.17 0.11 0.04 0.14 0.30 0.14
OP1 0.18 0.08 0.21 0.10 0.08 0.12 0.00 0.20 0.06 0.04 0.02 0.13 0.14 0.02 0.10 0.26 0.36 0.15 0.29 0.28 0.45 0.35
OP2 0.49 0.37 0.53 0.42 0.36 0.44 0.22 0.50 0.12 0.30 0.18 0.44 0.03 0.20 0.39 0.50 0.05 0.47 0.55 0.54 0.62 0.58
P 0.26 0.09 0.30 0.17 0.12 0.21 0.01 0.29 0.08 0.09 0.05 0.18 0.18 0.01 0.16 0.33 0.30 0.24 0.34 0.32 0.45 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.07 0.08 0.13 0.09
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.46 0.03 0.09 0.10 0.18 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.29 0.44 0.34
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.17 0.02 0.14 0.28 0.05 0.04 0.19 0.27 0.13 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.26 0.01 0.09 0.12 0.12 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.15 0.01 0.05 0.09 0.15 0.07 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.13 0.02 0.17 0.25 0.25 0.21
C5' 0.03 0.02 0.14 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.07 0.00 0.15 0.16 0.05 0.04 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.20 0.01 0.19 0.27 0.31 0.25
C8 0.00 0.00 0.03 0.28 0.00 0.15 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.12 0.05 0.14 0.24 0.11 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.35 0.01 0.15 0.19 0.27 0.20
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.46 0.04 0.05 0.04 0.10 0.06
N6 0.01 0.00 0.00 0.19 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.03 0.24 0.35 0.40 0.32
N7 0.00 0.00 0.03 0.27 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.07 0.04 0.20 0.32 0.26 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.12 0.01 0.05 0.09 0.02 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.16 0.19 0.25 0.04 0.24 0.26 0.18 0.06 0.29 0.30 0.16 0.00 0.00 0.14 0.22 0.31 0.55 0.35
O3' 0.25 0.46 0.02 0.00 0.26 0.01 0.13 0.18 0.20 0.12 0.35 0.46 0.12 0.07 0.12 0.00 0.00 0.15 0.20 0.37 0.20 0.28
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.14 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
O5' 0.07 0.09 0.28 0.04 0.09 0.02 0.17 0.01 0.19 0.14 0.15 0.05 0.24 0.20 0.05 0.22 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.29 0.01 0.12 0.01 0.25 0.02 0.27 0.24 0.19 0.04 0.35 0.32 0.09 0.31 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.18 0.44 0.00 0.12 0.00 0.25 0.02 0.31 0.11 0.27 0.10 0.40 0.26 0.02 0.55 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.34 0.02 0.10 0.01 0.21 0.02 0.25 0.15 0.20 0.06 0.32 0.24 0.05 0.35 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00