ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53266

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O4' A 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C2' A 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N9 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O3' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C8 B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C5 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
N7 B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
C2 B 0, 0.000, 0.500, 1.001, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
N1 B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C5' B 0, 0.000, 0.628, 1.255, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.628 std_dev=0.628
N6 B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C4' A 0, 0.000, 0.734, 1.469, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.734 std_dev=0.734
O2' A 0, 0.000, 0.844, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.844 std_dev=0.844
C3' A 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C5' A 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O5' B 0, 0.000, 1.048, 2.096, 2.096 max_d=2.096 avg_d=1.048 std_dev=1.048
P B 0, 0.000, 1.153, 2.307, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.153 std_dev=1.153
OP1 B 0, 0.000, 1.182, 2.364, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.182 std_dev=1.182
O5' A 0, 0.000, 1.340, 2.680, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.340 std_dev=1.340
OP2 B 0, 0.000, 1.488, 2.976, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.488 std_dev=1.488
O3' A 0, 0.000, 1.521, 3.042, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.521 std_dev=1.521
OP2 A 0, 0.000, 1.627, 3.254, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.627 std_dev=1.627
P A 0, 0.000, 1.958, 3.915, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.958 std_dev=1.958
OP1 A 0, 0.000, 2.469, 4.938, 4.938 max_d=4.938 avg_d=2.469 std_dev=2.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01
C2 0.00 0.00 0.14 0.10 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.25 0.05 0.16 0.02 0.41 0.09 0.23
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.12 0.06 0.05 0.11 0.15 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.23 0.02 0.00
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.17 0.00 0.28 0.03 0.27 0.32 0.20 0.02 0.07 0.35 0.19 0.01 0.00 0.01 0.21 0.31 0.14 0.39 0.25
C4 0.00 0.01 0.07 0.17 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.10 0.03 0.20 0.01 0.44 0.09 0.26
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.09 0.21 0.03 0.09 0.04 0.20 0.08 0.25 0.03 0.00 0.01 0.13 0.24 0.22 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.28 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.06 0.00 0.34 0.00 0.73 0.07 0.43
C5' 0.02 0.04 0.12 0.03 0.10 0.00 0.20 0.00 0.19 0.27 0.12 0.03 0.01 0.30 0.11 0.11 0.10 0.00 0.01 0.25 0.33 0.29 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.27 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.33 0.02 0.01 0.35 0.01 0.80 0.07 0.46
C8 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.21 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.20 0.06 0.39 0.01 0.68 0.07 0.42
N1 0.00 0.00 0.11 0.20 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.11 0.03 0.26 0.02 0.64 0.07 0.36
N2 0.01 0.01 0.15 0.02 0.00 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.38 0.07 0.08 0.03 0.29 0.10 0.16
N3 0.00 0.00 0.14 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.28 0.05 0.11 0.03 0.28 0.09 0.16
N7 0.00 0.00 0.02 0.35 0.01 0.20 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.21 0.04 0.45 0.01 0.90 0.06 0.53
N9 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.03 0.00 0.19 0.00 0.36 0.09 0.22
O2' 0.03 0.20 0.00 0.01 0.23 0.25 0.30 0.11 0.33 0.24 0.28 0.15 0.15 0.30 0.18 0.00 0.00 0.18 0.13 0.36 0.15 0.20 0.14
O3' 0.22 0.25 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.10 0.02 0.20 0.11 0.38 0.28 0.21 0.03 0.00 0.00 0.12 0.30 0.10 0.04 0.77 0.44
O4' 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.04 0.00 0.18 0.12 0.00 0.11 0.00 0.08 0.13 0.11
O5' 0.00 0.16 0.02 0.21 0.20 0.01 0.34 0.01 0.35 0.39 0.26 0.08 0.11 0.45 0.19 0.13 0.30 0.11 0.00 0.42 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.04 0.31 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.36 0.10 0.00 0.42 0.00 0.99 0.05 0.56
OP1 0.01 0.41 0.23 0.14 0.44 0.24 0.73 0.33 0.80 0.68 0.64 0.29 0.28 0.90 0.36 0.15 0.04 0.08 0.00 0.99 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.09 0.02 0.39 0.09 0.22 0.07 0.29 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.06 0.09 0.20 0.77 0.13 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.23 0.00 0.25 0.26 0.00 0.43 0.03 0.46 0.42 0.36 0.16 0.16 0.53 0.22 0.14 0.44 0.11 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.01 0.09 0.15 0.11 0.06 0.11 0.05 0.12 0.09 0.04 0.13 0.17 0.06 0.43 0.35 0.17 0.23
C2 0.08 0.19 0.01 0.05 0.12 0.10 0.07 0.36 0.10 0.01 0.16 0.18 0.05 0.02 0.06 0.08 0.05 0.04 0.39 0.08 0.01 0.06
C2' 0.03 0.08 0.03 0.05 0.08 0.03 0.14 0.18 0.15 0.11 0.13 0.05 0.18 0.15 0.07 0.12 0.19 0.08 0.68 0.55 0.51 0.53
C3' 0.41 0.16 0.51 0.64 0.07 0.59 0.01 0.50 0.12 0.23 0.20 0.02 0.15 0.11 0.23 0.55 0.74 0.38 0.04 0.02 0.05 0.01
C4 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.10 0.30 0.10 0.10 0.04 0.06 0.14 0.13 0.03 0.10 0.11 0.03 0.42 0.14 0.06 0.07
C4' 0.43 0.06 0.55 0.64 0.15 0.53 0.10 0.43 0.00 0.27 0.08 0.06 0.02 0.18 0.28 0.61 0.75 0.33 0.03 0.14 0.17 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.16 0.31 0.18 0.14 0.11 0.03 0.24 0.19 0.07 0.10 0.12 0.06 0.39 0.11 0.00 0.03
C5' 0.37 0.21 0.55 0.70 0.03 0.56 0.02 0.48 0.15 0.19 0.24 0.07 0.18 0.08 0.19 0.63 0.85 0.27 0.11 0.11 0.22 0.08
C6 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.34 0.12 0.11 0.01 0.09 0.21 0.16 0.04 0.09 0.10 0.02 0.36 0.00 0.06 0.05
C8 0.02 0.17 0.01 0.05 0.15 0.04 0.21 0.23 0.25 0.15 0.24 0.11 0.27 0.20 0.12 0.12 0.17 0.11 0.39 0.28 0.06 0.15
N1 0.05 0.17 0.02 0.04 0.07 0.10 0.01 0.37 0.03 0.07 0.13 0.16 0.05 0.09 0.01 0.07 0.06 0.01 0.36 0.08 0.05 0.08
N2 0.11 0.24 0.01 0.06 0.19 0.10 0.18 0.37 0.22 0.07 0.25 0.23 0.20 0.09 0.12 0.07 0.02 0.09 0.36 0.20 0.01 0.12
N3 0.08 0.13 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03 0.33 0.04 0.02 0.09 0.15 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07 0.02 0.43 0.05 0.08 0.03
N7 0.02 0.13 0.01 0.02 0.14 0.06 0.22 0.27 0.27 0.17 0.24 0.07 0.31 0.22 0.11 0.11 0.15 0.09 0.38 0.20 0.01 0.08
N9 0.02 0.08 0.02 0.04 0.08 0.04 0.14 0.23 0.16 0.11 0.14 0.03 0.19 0.15 0.07 0.13 0.16 0.07 0.42 0.26 0.09 0.15
O2' 0.26 0.03 0.35 0.43 0.11 0.47 0.07 0.51 0.00 0.17 0.01 0.09 0.03 0.10 0.19 0.28 0.37 0.38 1.09 0.90 0.86 0.89
O3' 0.88 0.17 1.00 1.11 0.51 1.12 0.48 1.12 0.31 0.78 0.16 0.33 0.29 0.64 0.72 0.97 1.08 0.90 0.47 0.46 0.50 0.47
O4' 0.16 0.07 0.22 0.25 0.02 0.14 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.07 0.31 0.34 0.02 0.21 0.33 0.02 0.11
O5' 0.49 0.15 0.71 0.83 0.10 0.60 0.01 0.45 0.16 0.21 0.24 0.04 0.23 0.07 0.26 0.87 1.05 0.32 0.16 0.04 0.32 0.15
O6 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.08 0.13 0.34 0.15 0.12 0.04 0.07 0.26 0.17 0.05 0.08 0.11 0.03 0.33 0.03 0.10 0.08
OP1 0.41 0.71 0.72 1.04 0.24 0.83 0.38 0.73 0.67 0.04 0.84 0.38 0.77 0.20 0.07 0.82 1.31 0.39 0.44 0.29 0.53 0.42
OP2 0.48 0.26 0.67 0.69 0.32 0.43 0.24 0.30 0.18 0.32 0.17 0.34 0.12 0.25 0.37 0.90 0.85 0.23 0.02 0.35 0.16 0.08
P 0.55 0.16 0.84 0.99 0.12 0.70 0.01 0.55 0.20 0.24 0.28 0.07 0.29 0.08 0.30 1.04 1.24 0.37 0.25 0.02 0.39 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.04 0.44 0.31
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.23 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.09 0.05 0.05 0.55 0.35
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.43 0.07 0.49 0.35
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.28 0.37 0.13 0.03
C4 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.14 0.15 0.60 0.44
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.08 0.10
C5 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.31 0.69 0.55
C5' 0.10 0.23 0.11 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.27 0.24 0.26 0.20 0.27 0.27 0.20 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.11 0.31 0.69 0.53
C8 0.01 0.03 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.06 0.29 0.38 0.72 0.65
N1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.26 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03 0.06 0.06 0.18 0.62 0.44
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.12 0.05 0.08 0.08 0.01 0.52 0.33
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.12 0.43 0.74 0.60
N7 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.22 0.45 0.76 0.67
N9 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.20 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.59 0.47
O2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.10 0.05 0.07 0.09 0.12 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.46 0.11 0.57 0.36
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.59 0.02 0.13
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.22 0.16
O5' 0.24 0.05 0.43 0.28 0.14 0.01 0.16 0.01 0.11 0.29 0.06 0.08 0.12 0.22 0.22 0.46 0.15 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.05 0.07 0.37 0.15 0.35 0.31 0.01 0.31 0.38 0.18 0.01 0.43 0.45 0.16 0.11 0.59 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.55 0.49 0.13 0.60 0.08 0.69 0.22 0.69 0.72 0.62 0.52 0.74 0.76 0.59 0.57 0.02 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.35 0.35 0.03 0.44 0.10 0.55 0.02 0.53 0.65 0.44 0.33 0.60 0.67 0.47 0.36 0.13 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00