ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
N6 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
O2' A 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C4' A 0, 0.000, 0.361, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C3' A 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O3' A 0, 0.000, 0.463, 0.926, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.463 std_dev=0.463
N3 B 0, 0.000, 0.496, 0.991, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C4 B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
N7 B 0, 0.000, 0.555, 1.110, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.555 std_dev=0.555
C5' A 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
N9 B 0, 0.000, 0.650, 1.300, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C8 B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
O2' B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
C1' B 0, 0.000, 0.770, 1.540, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.770 std_dev=0.770
P A 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O5' A 0, 0.000, 0.785, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.785 std_dev=0.785
OP1 A 0, 0.000, 0.810, 1.620, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.810 std_dev=0.810
C2' B 0, 0.000, 0.815, 1.631, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.815 std_dev=0.815
OP2 B 0, 0.000, 0.869, 1.737, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.869 std_dev=0.869
O4' B 0, 0.000, 0.870, 1.740, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.870 std_dev=0.870
C4' B 0, 0.000, 0.917, 1.833, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.917 std_dev=0.917
OP2 A 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C5' B 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
C3' B 0, 0.000, 0.989, 1.977, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.989 std_dev=0.989
O3' B 0, 0.000, 1.056, 2.112, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.056 std_dev=1.056
O5' B 0, 0.000, 1.078, 2.157, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.078 std_dev=1.078
P B 0, 0.000, 1.080, 2.160, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.080 std_dev=1.080
OP1 B 0, 0.000, 1.362, 2.723, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.362 std_dev=1.362

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.00 0.09 0.18 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.09 0.25 0.00 0.29 0.06 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.38 0.10 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.00 0.46 0.32 0.31
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.35 0.00 0.15 0.12 0.12
C4' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.17 0.13 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.42 0.00 0.09 0.18 0.17
C5' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.04 0.21 0.32 0.24 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.04 0.28 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.41 0.00 0.13 0.12 0.13
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.42 0.01 0.00 0.30 0.27
N1 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.33 0.00 0.22 0.00 0.03
N2 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.17 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.02 0.11 0.16 0.01 0.38 0.17 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.09 0.25 0.00 0.26 0.02 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.45 0.00 0.01 0.28 0.26
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.00 0.08 0.20 0.19
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.10 0.17 0.12 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.03 0.36 0.03 0.11
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.54 0.00 0.56 0.44 0.45
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.09 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.37 0.01 0.11 0.25 0.30
O5' 0.24 0.25 0.08 0.30 0.35 0.00 0.42 0.01 0.41 0.42 0.33 0.16 0.25 0.45 0.35 0.12 0.54 0.37 0.00 0.43 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.43 0.00 0.10 0.14 0.16
OP1 0.09 0.29 0.38 0.46 0.15 0.06 0.09 0.04 0.13 0.00 0.22 0.38 0.26 0.01 0.08 0.36 0.56 0.11 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.06 0.10 0.32 0.12 0.07 0.18 0.28 0.12 0.30 0.00 0.17 0.02 0.28 0.20 0.03 0.44 0.25 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.03 0.13 0.31 0.12 0.03 0.17 0.02 0.13 0.27 0.03 0.14 0.00 0.26 0.19 0.11 0.45 0.30 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.23 0.29 0.31 0.27 0.32 0.20 0.27 0.14 0.25 0.16 0.28 0.03 0.18 0.29 0.28 0.28 0.35 0.36 0.35 0.17 0.22
C2 0.03 0.08 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.09 0.05 0.11 0.04 0.04 0.07 0.12 0.06 0.02 0.07 0.06 0.03 0.06 0.41 0.15
C2' 0.22 0.19 0.18 0.20 0.20 0.22 0.15 0.16 0.11 0.15 0.14 0.22 0.01 0.11 0.20 0.17 0.17 0.25 0.23 0.11 0.28 0.06
C3' 0.15 0.02 0.11 0.16 0.08 0.19 0.03 0.17 0.05 0.09 0.04 0.07 0.13 0.04 0.11 0.08 0.10 0.20 0.26 0.23 0.19 0.14
C4 0.15 0.19 0.11 0.13 0.13 0.13 0.03 0.05 0.02 0.00 0.11 0.21 0.06 0.05 0.10 0.15 0.11 0.14 0.11 0.08 0.34 0.03
C4' 0.23 0.03 0.21 0.26 0.12 0.29 0.07 0.30 0.03 0.18 0.04 0.10 0.11 0.11 0.18 0.17 0.19 0.29 0.41 0.51 0.02 0.34
C5 0.09 0.18 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.12 0.08 0.19 0.10 0.16 0.01 0.11 0.07 0.05 0.01 0.01 0.41 0.12
C5' 0.11 0.12 0.10 0.16 0.01 0.20 0.05 0.24 0.15 0.07 0.18 0.04 0.21 0.00 0.06 0.07 0.08 0.18 0.35 0.53 0.01 0.32
C6 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.15 0.17 0.09 0.24 0.03 0.07 0.13 0.24 0.15 0.00 0.08 0.15 0.14 0.11 0.47 0.24
C8 0.31 0.23 0.24 0.28 0.22 0.30 0.08 0.21 0.05 0.09 0.13 0.28 0.06 0.01 0.23 0.25 0.28 0.34 0.26 0.29 0.28 0.10
N1 0.12 0.05 0.11 0.12 0.11 0.13 0.15 0.17 0.10 0.21 0.00 0.01 0.11 0.21 0.16 0.03 0.14 0.17 0.13 0.13 0.46 0.23
N2 0.08 0.01 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04 0.10 0.09 0.02 0.13 0.10 0.05 0.10 0.41 0.16
N3 0.09 0.15 0.07 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.14 0.04 0.03 0.06 0.10 0.04 0.07 0.08 0.04 0.35 0.05
N7 0.20 0.21 0.13 0.17 0.13 0.18 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.24 0.10 0.14 0.10 0.18 0.20 0.20 0.09 0.12 0.38 0.06
N9 0.27 0.23 0.22 0.25 0.22 0.26 0.12 0.18 0.08 0.13 0.14 0.26 0.03 0.05 0.23 0.23 0.23 0.29 0.25 0.24 0.26 0.10
O2' 0.30 0.30 0.26 0.27 0.30 0.27 0.28 0.19 0.26 0.27 0.27 0.31 0.20 0.26 0.30 0.25 0.24 0.31 0.27 0.07 0.29 0.06
O3' 0.16 0.02 0.12 0.17 0.09 0.21 0.05 0.19 0.02 0.13 0.04 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.11 0.22 0.28 0.22 0.17 0.16
O4' 0.33 0.14 0.30 0.35 0.22 0.37 0.15 0.36 0.06 0.25 0.07 0.21 0.04 0.17 0.27 0.28 0.30 0.38 0.47 0.59 0.01 0.39
O5' 0.17 0.08 0.18 0.21 0.12 0.23 0.09 0.25 0.04 0.14 0.04 0.12 0.01 0.10 0.15 0.15 0.27 0.21 0.09 0.13 0.54 0.12
O6 0.20 0.07 0.19 0.19 0.15 0.23 0.20 0.28 0.12 0.32 0.00 0.01 0.15 0.29 0.24 0.07 0.16 0.30 0.26 0.18 0.51 0.32
OP1 0.23 0.41 0.22 0.17 0.32 0.13 0.33 0.07 0.40 0.24 0.44 0.35 0.41 0.28 0.26 0.29 0.12 0.16 0.22 0.40 0.27 0.15
OP2 0.05 0.15 0.09 0.11 0.03 0.14 0.03 0.20 0.10 0.08 0.16 0.09 0.10 0.05 0.03 0.03 0.14 0.10 0.07 0.20 0.55 0.12
P 0.01 0.16 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07 0.14 0.14 0.01 0.18 0.10 0.15 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.00 0.21 0.49 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.16 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.20 0.27 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.34 0.17 0.21
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.24 0.29 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.31 0.37 0.19
C5' 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.00 0.06 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.12 0.02 0.03
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.30 0.38 0.19
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.35 0.37 0.21
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.25 0.33 0.16
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.19 0.24 0.12
N6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.33 0.43 0.21
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.37 0.42 0.22
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.24 0.28 0.16
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.45 0.18 0.26
O3' 0.06 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.06 0.05 0.13 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.09 0.02
O5' 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.16 0.20 0.34 0.15 0.24 0.05 0.31 0.12 0.30 0.35 0.25 0.19 0.33 0.37 0.24 0.45 0.13 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.27 0.17 0.00 0.29 0.01 0.37 0.02 0.38 0.37 0.33 0.24 0.43 0.42 0.28 0.18 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.21 0.08 0.16 0.00 0.19 0.03 0.19 0.21 0.16 0.12 0.21 0.22 0.16 0.26 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00