ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C6 B 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
C1' B 0, 0.000, 0.648, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.648 std_dev=0.648
O4' B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O5' B 0, 0.000, 0.844, 1.688, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.844 std_dev=0.844
N6 B 0, 0.000, 0.852, 1.703, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.852 std_dev=0.852
C5' B 0, 0.000, 0.870, 1.740, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.870 std_dev=0.870
C2' B 0, 0.000, 0.878, 1.755, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.878 std_dev=0.878
C4' B 0, 0.000, 0.889, 1.779, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.889 std_dev=0.889
C3' B 0, 0.000, 1.050, 2.099, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.050 std_dev=1.050
O2' B 0, 0.000, 1.111, 2.222, 2.222 max_d=2.222 avg_d=1.111 std_dev=1.111
O4' A 0, 0.000, 1.306, 2.612, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.306 std_dev=1.306
C2' A 0, 0.000, 1.440, 2.880, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.440 std_dev=1.440
P B 0, 0.000, 1.628, 3.257, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.628 std_dev=1.628
C4' A 0, 0.000, 1.672, 3.344, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.672 std_dev=1.672
OP1 B 0, 0.000, 1.695, 3.390, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.695 std_dev=1.695
O3' B 0, 0.000, 1.812, 3.625, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.812 std_dev=1.812
O2' A 0, 0.000, 1.901, 3.801, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.901 std_dev=1.901
C3' A 0, 0.000, 2.083, 4.165, 4.165 max_d=4.165 avg_d=2.083 std_dev=2.083
OP2 B 0, 0.000, 2.130, 4.260, 4.260 max_d=4.260 avg_d=2.130 std_dev=2.130
O3' A 0, 0.000, 2.836, 5.673, 5.673 max_d=5.673 avg_d=2.836 std_dev=2.836
C5' A 0, 0.000, 3.125, 6.250, 6.250 max_d=6.250 avg_d=3.125 std_dev=3.125
O5' A 0, 0.000, 3.493, 6.987, 6.987 max_d=6.987 avg_d=3.493 std_dev=3.493
OP1 A 0, 0.000, 4.210, 8.419, 8.419 max_d=8.419 avg_d=4.210 std_dev=4.210
P A 0, 0.000, 4.228, 8.455, 8.455 max_d=8.455 avg_d=4.228 std_dev=4.228
OP2 A 0, 0.000, 5.159, 10.317, 10.317 max_d=10.317 avg_d=5.159 std_dev=5.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.58 0.43 0.16
C2 0.02 0.00 0.28 0.11 0.00 0.45 0.00 0.73 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.53 0.03 0.57 0.88 0.01 0.74 0.06 0.62
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.00 0.09 0.02 0.15 0.10 0.23 0.32 0.27 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.12 0.39 0.60 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.13 0.30 0.00 0.21 0.13 0.29 0.13 0.00 0.01 0.02 0.34 0.18 0.19 0.70 0.25
C4 0.01 0.00 0.15 0.04 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.10 0.28 0.30 0.00 0.39 0.57 0.10
C4' 0.02 0.45 0.00 0.00 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.38 0.28 0.62 0.44 0.30 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.56 0.23 0.14
C5 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.09 0.01 0.00 0.02 1.05 0.29
C5' 0.03 0.73 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.00 0.03 0.71 0.43 1.06 0.68 0.60 0.20 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.36 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.19 0.21 0.17 0.00 0.06 0.92 0.18
C8 0.00 0.00 0.10 0.30 0.00 0.38 0.00 0.71 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.21 0.33 0.55 0.01 0.25 1.50 0.72
N1 0.02 0.00 0.23 0.00 0.00 0.28 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.12 0.42 0.57 0.00 0.42 0.39 0.26
N2 0.02 0.00 0.32 0.21 0.00 0.62 0.00 1.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.69 0.03 0.70 1.23 0.00 1.03 0.53 0.99
N3 0.02 0.00 0.27 0.13 0.00 0.44 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.01 0.58 0.82 0.00 0.79 0.05 0.62
N7 0.00 0.00 0.03 0.29 0.00 0.30 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.24 0.20 0.47 0.00 0.34 1.58 0.76
N9 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.05 0.00 0.24 0.83 0.16
O2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.20 0.04 0.04 0.03 0.15 0.34 0.37 0.69 0.50 0.24 0.05 0.00 0.01 0.08 0.16 0.08 0.62 0.35 0.13
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.02 0.19 0.00 0.19 0.21 0.12 0.03 0.01 0.24 0.11 0.01 0.00 0.01 0.53 0.23 0.12 0.61 0.31
O4' 0.00 0.57 0.01 0.02 0.28 0.00 0.09 0.02 0.21 0.33 0.42 0.70 0.58 0.20 0.02 0.08 0.01 0.00 0.22 0.13 0.59 0.25 0.22
O5' 0.10 0.88 0.17 0.34 0.30 0.01 0.01 0.00 0.17 0.55 0.57 1.23 0.82 0.47 0.05 0.16 0.53 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.12 0.18 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.23 0.13 0.00 0.00 0.15 1.18 0.40
OP1 0.58 0.74 0.39 0.19 0.39 0.56 0.02 0.36 0.06 0.25 0.42 1.03 0.79 0.34 0.24 0.62 0.12 0.59 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.06 0.60 0.70 0.57 0.23 1.05 0.22 0.92 1.50 0.39 0.53 0.05 1.58 0.83 0.35 0.61 0.25 0.01 1.18 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.62 0.06 0.25 0.10 0.14 0.29 0.01 0.18 0.72 0.26 0.99 0.62 0.76 0.16 0.13 0.31 0.22 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.04 0.48 0.51 0.13 0.56 0.00 0.12 0.09 0.14 0.06 0.15 0.16 0.00 0.24 0.56 0.84 0.45 0.09 0.45 0.49 0.55
C2 0.22 0.08 0.16 0.14 0.00 0.23 0.16 0.18 0.25 0.01 0.20 0.03 0.33 0.16 0.09 0.31 0.44 0.23 0.31 0.13 0.27 0.15
C2' 0.17 0.16 0.27 0.36 0.17 0.30 0.16 0.75 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.17 0.20 0.11 0.23 0.91 1.33 1.29 1.38
C3' 0.47 0.34 0.62 0.67 0.50 0.52 0.62 1.05 0.57 0.76 0.44 0.34 0.63 0.76 0.59 0.45 0.30 0.51 1.53 1.82 2.13 2.09
C4 0.39 0.01 0.38 0.38 0.08 0.34 0.07 0.08 0.16 0.08 0.13 0.11 0.23 0.06 0.19 0.53 0.76 0.33 0.12 0.15 0.02 0.15
C4' 0.00 0.26 0.01 0.09 0.35 0.21 0.59 0.27 0.62 0.60 0.46 0.16 0.78 0.74 0.32 0.18 0.53 0.00 0.85 1.09 1.62 1.44
C5 0.32 0.04 0.38 0.39 0.04 0.22 0.09 0.05 0.18 0.04 0.16 0.08 0.24 0.08 0.14 0.57 0.82 0.20 0.09 0.17 0.15 0.12
C5' 0.10 0.32 0.12 0.03 0.52 0.18 0.90 0.33 0.91 0.98 0.63 0.20 1.16 1.18 0.54 0.17 0.60 0.09 1.06 1.20 2.01 1.67
C6 0.21 0.11 0.25 0.26 0.03 0.12 0.15 0.04 0.24 0.02 0.23 0.01 0.30 0.13 0.06 0.45 0.67 0.11 0.16 0.05 0.33 0.03
C8 0.42 0.01 0.54 0.59 0.10 0.35 0.03 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.18 0.03 0.20 0.70 1.08 0.28 0.10 0.44 0.15 0.41
N1 0.17 0.13 0.15 0.15 0.05 0.14 0.20 0.07 0.30 0.05 0.27 0.01 0.36 0.17 0.04 0.33 0.50 0.13 0.26 0.09 0.38 0.15
N2 0.15 0.09 0.05 0.02 0.04 0.21 0.19 0.26 0.27 0.04 0.21 0.00 0.38 0.20 0.04 0.18 0.27 0.20 0.39 0.27 0.33 0.28
N3 0.34 0.03 0.27 0.25 0.06 0.35 0.09 0.21 0.18 0.07 0.14 0.09 0.26 0.09 0.18 0.40 0.55 0.35 0.25 0.02 0.07 0.00
N7 0.35 0.02 0.47 0.51 0.07 0.22 0.06 0.16 0.14 0.06 0.12 0.11 0.20 0.05 0.16 0.68 1.01 0.18 0.04 0.34 0.05 0.27
N9 0.45 0.01 0.48 0.52 0.11 0.44 0.03 0.03 0.12 0.11 0.09 0.14 0.19 0.03 0.22 0.61 0.91 0.39 0.02 0.34 0.21 0.37
O2' 0.06 0.01 0.04 0.17 0.09 0.09 0.18 0.48 0.15 0.26 0.06 0.01 0.21 0.28 0.14 0.08 0.08 0.03 0.58 1.24 1.07 1.14
O3' 0.64 0.37 0.89 1.02 0.55 0.80 0.61 1.36 0.53 0.79 0.43 0.41 0.56 0.74 0.66 0.77 0.77 0.66 1.94 2.50 2.82 2.76
O4' 0.35 0.18 0.45 0.62 0.18 0.69 0.45 0.24 0.54 0.33 0.41 0.02 0.71 0.55 0.06 0.61 1.09 0.37 0.22 0.39 0.77 0.69
O5' 0.14 0.45 0.14 0.02 0.62 0.18 1.03 0.30 1.08 1.04 0.79 0.31 1.36 1.29 0.60 0.14 0.60 0.10 1.00 1.19 2.02 1.64
O6 0.14 0.16 0.22 0.24 0.06 0.04 0.16 0.10 0.25 0.05 0.26 0.04 0.29 0.13 0.02 0.44 0.67 0.03 0.15 0.05 0.41 0.05
OP1 0.48 0.42 0.57 0.55 0.71 0.44 1.03 1.07 0.99 1.20 0.70 0.37 1.22 1.33 0.79 0.27 0.03 0.54 1.78 2.32 3.02 2.63
OP2 0.55 0.55 0.44 0.49 0.21 0.61 0.27 0.03 0.26 0.46 0.15 0.65 0.61 0.68 0.11 0.83 1.10 0.49 0.76 1.22 1.99 1.56
P 0.02 0.11 0.02 0.07 0.36 0.17 0.77 0.43 0.79 0.88 0.46 0.00 1.09 1.10 0.40 0.32 0.67 0.03 1.15 1.55 2.30 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.33 0.37 0.70 0.43
C2 0.01 0.00 0.15 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.39 0.07 0.42 0.45 1.06 0.59
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.16 0.06 0.07 0.11 0.15 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.30 0.54 0.82 0.55
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.07 0.13 0.03 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.19 0.22 0.09
C4 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.24 0.03 0.48 0.52 1.00 0.63
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.12 0.00 0.00 0.01 0.07 0.17 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.00 0.57 0.65 1.09 0.75
C5' 0.11 0.03 0.16 0.01 0.14 0.00 0.23 0.00 0.19 0.35 0.10 0.03 0.23 0.34 0.20 0.02 0.19 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.19 0.03 0.56 0.64 1.14 0.76
C8 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.64 0.69 0.95 0.77
N1 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.30 0.31 0.05 0.49 0.55 1.13 0.68
N3 0.02 0.00 0.15 0.13 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.39 0.07 0.39 0.41 0.98 0.54
N6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.18 0.13 0.02 0.60 0.72 1.17 0.82
N7 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.65 0.75 1.05 0.83
N9 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.50 0.53 0.91 0.62
O2' 0.03 0.34 0.00 0.01 0.22 0.12 0.17 0.02 0.22 0.00 0.30 0.33 0.18 0.06 0.09 0.00 0.02 0.02 0.20 0.43 0.85 0.49
O3' 0.18 0.39 0.02 0.00 0.24 0.00 0.14 0.19 0.19 0.03 0.31 0.39 0.13 0.00 0.13 0.02 0.00 0.14 0.37 0.23 0.12 0.25
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.02 0.14 0.00 0.14 0.11 0.30 0.13
O5' 0.33 0.42 0.30 0.11 0.48 0.01 0.57 0.00 0.56 0.64 0.49 0.39 0.60 0.65 0.50 0.20 0.37 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.37 0.45 0.54 0.19 0.52 0.07 0.65 0.02 0.64 0.69 0.55 0.41 0.72 0.75 0.53 0.43 0.23 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.70 1.06 0.82 0.22 1.00 0.17 1.09 0.07 1.14 0.95 1.13 0.98 1.17 1.05 0.91 0.85 0.12 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.43 0.59 0.55 0.09 0.63 0.05 0.75 0.00 0.76 0.77 0.68 0.54 0.82 0.83 0.62 0.49 0.25 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00