ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53285

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 15, 18, 9, 2, 5, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.024 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.011, 0.043, 0.074, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N3 B 0, 0.071, 0.237, 0.404, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.237 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.084, 0.252, 0.419, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.252 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.074, 0.245, 0.415, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.245 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.108, 0.289, 0.469, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.289 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.085, 0.273, 0.461, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.273 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.113, 0.304, 0.496, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.304 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.085, 0.280, 0.475, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.280 std_dev=0.195
N2 B 0, 0.066, 0.271, 0.475, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.271 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.126, 0.339, 0.552, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.339 std_dev=0.213
C8 B 0, 0.109, 0.326, 0.543, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.326 std_dev=0.217
O6 B 0, 0.135, 0.365, 0.595, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.365 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.065, 0.296, 0.528, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.296 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.071, 0.338, 0.605, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.338 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.069, 0.361, 0.653, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.361 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.064, 0.388, 0.712, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.388 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.073, 0.398, 0.722, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.398 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.049, 0.397, 0.745, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.397 std_dev=0.348
O4' A 0, -0.218, 0.130, 0.479, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.130 std_dev=0.349
C2' A 0, -0.206, 0.147, 0.500, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.147 std_dev=0.353
O5' B 0, 0.044, 0.411, 0.777, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.411 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.072, 0.457, 0.842, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.457 std_dev=0.385
C5' B 0, 0.050, 0.447, 0.844, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.447 std_dev=0.397
P B 0, 0.038, 0.440, 0.843, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.440 std_dev=0.402
O3' B 0, 0.041, 0.465, 0.890, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.465 std_dev=0.425
O2' A 0, -0.238, 0.230, 0.697, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.230 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.023, 0.508, 0.994, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.508 std_dev=0.485
C3' A 0, -0.277, 0.239, 0.755, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.239 std_dev=0.516
C4' A 0, -0.303, 0.267, 0.838, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.267 std_dev=0.570
O3' A 0, -0.272, 0.319, 0.909, 3.227 max_d=3.227 avg_d=0.319 std_dev=0.590
C5' A 0, -0.424, 0.429, 1.281, 4.685 max_d=4.685 avg_d=0.429 std_dev=0.853
O5' A 0, -0.500, 0.553, 1.606, 5.633 max_d=5.633 avg_d=0.553 std_dev=1.053
P A 0, -0.559, 0.601, 1.762, 6.044 max_d=6.044 avg_d=0.601 std_dev=1.161
OP1 A 0, -0.533, 0.756, 2.046, 6.091 max_d=6.091 avg_d=0.756 std_dev=1.290
OP2 A 0, -0.601, 0.695, 1.991, 6.761 max_d=6.761 avg_d=0.695 std_dev=1.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.15 0.02 0.20 0.37 0.15
C2 0.03 0.00 0.23 0.21 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.17 0.32 0.01 0.47 0.58 0.33
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.08 0.08 0.12 0.10 0.19 0.27 0.22 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.10 0.31 0.29 0.11
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.27 0.18 0.25 0.19 0.17 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.22 0.29 0.36 0.18 0.13
C4 0.01 0.01 0.13 0.20 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.29 0.01 0.34 0.37 0.16
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.19 0.08 0.12 0.08 0.19 0.09 0.14 0.02 0.00 0.02 0.15 0.17 0.30 0.11
C5 0.01 0.00 0.08 0.24 0.00 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.14 0.04 0.36 0.01 0.33 0.26 0.15
C5' 0.03 0.15 0.08 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.30 0.19 0.16 0.12 0.32 0.16 0.07 0.09 0.01 0.01 0.29 0.27 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.07 0.36 0.01 0.40 0.32 0.21
C8 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.19 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.10 0.10 0.42 0.02 0.19 0.23 0.23
N1 0.02 0.00 0.19 0.25 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.13 0.34 0.01 0.46 0.47 0.28
N2 0.03 0.01 0.27 0.19 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.14 0.20 0.35 0.01 0.52 0.69 0.42
N3 0.03 0.00 0.22 0.17 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.16 0.29 0.01 0.41 0.56 0.30
N7 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.19 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.15 0.06 0.44 0.02 0.26 0.23 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.27 0.02 0.23 0.27 0.09
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.06 0.14 0.12 0.07 0.10 0.24 0.10 0.23 0.15 0.22 0.10 0.00 0.04 0.12 0.16 0.13 0.18 0.30 0.18
O3' 0.15 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.14 0.09 0.17 0.10 0.15 0.14 0.11 0.15 0.06 0.04 0.00 0.09 0.17 0.21 0.42 0.19 0.16
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.13 0.20 0.16 0.06 0.01 0.12 0.09 0.00 0.09 0.05 0.20 0.44 0.23
O5' 0.15 0.32 0.18 0.22 0.29 0.02 0.36 0.01 0.36 0.42 0.34 0.35 0.29 0.44 0.27 0.16 0.17 0.09 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.21 0.05 0.40 0.00 0.40 0.29 0.22
OP1 0.20 0.47 0.31 0.36 0.34 0.17 0.33 0.27 0.40 0.19 0.46 0.52 0.41 0.26 0.23 0.18 0.42 0.20 0.02 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.58 0.29 0.18 0.37 0.30 0.26 0.26 0.32 0.23 0.47 0.69 0.56 0.23 0.27 0.30 0.19 0.44 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.11 0.13 0.16 0.11 0.15 0.02 0.21 0.23 0.28 0.42 0.30 0.23 0.09 0.18 0.16 0.23 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.19 0.29 0.28 0.18 0.23 0.18 0.20 0.21 0.18 0.21 0.20 0.18 0.18 0.18 0.31 0.32 0.19 0.19 0.23 0.17 0.26 0.19
C2 0.18 0.12 0.21 0.19 0.13 0.18 0.13 0.16 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.24 0.21 0.16 0.13 0.16 0.11 0.24 0.14
C2' 0.22 0.18 0.28 0.26 0.17 0.24 0.17 0.24 0.20 0.19 0.21 0.22 0.17 0.18 0.18 0.31 0.30 0.23 0.21 0.22 0.20 0.26 0.20
C3' 0.25 0.18 0.37 0.34 0.17 0.27 0.17 0.23 0.21 0.17 0.20 0.20 0.19 0.18 0.19 0.43 0.42 0.22 0.20 0.25 0.18 0.25 0.17
C4 0.17 0.14 0.22 0.21 0.14 0.17 0.15 0.15 0.18 0.15 0.17 0.15 0.14 0.15 0.15 0.24 0.23 0.15 0.13 0.20 0.12 0.24 0.14
C4' 0.46 0.29 0.59 0.58 0.33 0.51 0.28 0.47 0.25 0.33 0.26 0.30 0.36 0.28 0.38 0.64 0.66 0.43 0.44 0.26 0.44 0.44 0.41
C5 0.16 0.13 0.19 0.18 0.14 0.15 0.15 0.13 0.18 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.14 0.21 0.20 0.14 0.12 0.21 0.11 0.23 0.13
C5' 0.53 0.36 0.70 0.70 0.40 0.61 0.34 0.57 0.31 0.39 0.31 0.37 0.44 0.34 0.44 0.77 0.81 0.50 0.53 0.32 0.55 0.53 0.50
C6 0.16 0.14 0.17 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.14 0.19 0.17 0.15 0.13 0.18 0.12 0.23 0.13
C8 0.16 0.16 0.22 0.22 0.15 0.17 0.17 0.15 0.21 0.15 0.20 0.17 0.16 0.17 0.15 0.23 0.24 0.14 0.13 0.25 0.13 0.24 0.14
N1 0.17 0.13 0.19 0.17 0.13 0.16 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.15 0.21 0.18 0.16 0.12 0.16 0.11 0.23 0.13
N2 0.20 0.12 0.23 0.21 0.13 0.21 0.14 0.19 0.14 0.17 0.12 0.15 0.13 0.17 0.16 0.27 0.22 0.19 0.16 0.15 0.13 0.25 0.16
N3 0.19 0.13 0.24 0.22 0.14 0.19 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.16 0.26 0.24 0.17 0.15 0.17 0.13 0.25 0.15
N7 0.15 0.15 0.19 0.19 0.14 0.15 0.17 0.13 0.20 0.15 0.18 0.17 0.15 0.17 0.14 0.20 0.21 0.13 0.12 0.24 0.12 0.23 0.13
N9 0.18 0.17 0.25 0.23 0.16 0.19 0.17 0.16 0.20 0.15 0.20 0.17 0.16 0.16 0.16 0.26 0.26 0.16 0.15 0.23 0.14 0.25 0.15
O2' 0.27 0.20 0.33 0.33 0.20 0.33 0.20 0.32 0.22 0.22 0.23 0.23 0.19 0.20 0.22 0.38 0.37 0.29 0.28 0.25 0.29 0.30 0.28
O3' 0.38 0.25 0.51 0.48 0.27 0.42 0.22 0.37 0.22 0.26 0.22 0.27 0.29 0.22 0.30 0.58 0.56 0.35 0.33 0.24 0.31 0.33 0.29
O4' 0.45 0.31 0.54 0.53 0.36 0.48 0.32 0.45 0.29 0.37 0.28 0.29 0.37 0.33 0.40 0.56 0.58 0.43 0.44 0.28 0.43 0.45 0.43
O5' 0.76 0.48 0.94 0.95 0.59 0.87 0.51 0.84 0.44 0.61 0.41 0.44 0.60 0.54 0.66 1.01 1.07 0.75 0.80 0.43 0.83 0.77 0.79
O6 0.16 0.16 0.16 0.16 0.14 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.14 0.18 0.16 0.17 0.15 0.18 0.16 0.16 0.15 0.19 0.15 0.24 0.16
OP1 0.98 0.79 1.16 1.19 0.87 1.07 0.79 1.06 0.69 0.87 0.69 0.79 0.89 0.81 0.92 1.15 1.30 0.95 1.06 0.62 1.10 1.04 1.04
OP2 1.18 0.79 1.35 1.35 0.94 1.27 0.77 1.23 0.59 0.94 0.58 0.76 1.00 0.80 1.04 1.40 1.44 1.15 1.16 0.45 1.19 1.08 1.12
P 0.93 0.60 1.12 1.14 0.73 1.04 0.61 1.01 0.47 0.75 0.45 0.57 0.76 0.64 0.81 1.17 1.26 0.91 0.97 0.39 1.01 0.91 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.17 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.10 0.01 0.10 0.19 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.11 0.11 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.16 0.09 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.10 0.01 0.09 0.19 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.13 0.01 0.12 0.21 0.12
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.06 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.14 0.00 0.13 0.22 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.13 0.02 0.10 0.20 0.11
N1 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.12 0.01 0.12 0.21 0.12
N2 0.04 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.04 0.09 0.02 0.09 0.19 0.09
N3 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.08 0.01 0.08 0.19 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.15 0.02 0.14 0.21 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.07 0.18 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.11 0.12 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.10 0.23 0.13 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.03 0.07 0.21 0.11
O5' 0.04 0.10 0.08 0.14 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.03 0.14 0.09 0.00 0.15 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.03 0.15 0.00 0.15 0.23 0.15
OP1 0.05 0.10 0.11 0.16 0.09 0.07 0.12 0.06 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.14 0.07 0.11 0.23 0.07 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.19 0.11 0.09 0.19 0.13 0.21 0.14 0.22 0.20 0.21 0.19 0.19 0.21 0.18 0.12 0.13 0.21 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.06 0.11 0.10 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.12 0.09 0.09 0.14 0.08 0.04 0.15 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00