ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 5, 5, 12, 3, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.030, 0.040, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.023, 0.035, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.026, 0.037, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.017, 0.030, 0.042, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.036, 0.052, 0.068, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.043, 0.059, 0.075, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.059 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.055, 0.076, 0.097, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.076 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.097, 0.125, 0.154, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.125 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.105, 0.143, 0.180, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.143 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.078, 0.178, 0.278, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.178 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.227, 0.362, 0.497, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.362 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.113, 0.262, 0.410, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.262 std_dev=0.148
N1 B 0, 0.555, 0.733, 0.911, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.733 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.420, 0.600, 0.781, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.600 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.417, 0.602, 0.787, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.602 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.239, 0.433, 0.628, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.433 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.216, 0.426, 0.636, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.426 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.468, 0.713, 0.958, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.713 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.628, 0.892, 1.156, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.892 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.612, 0.880, 1.147, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.880 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.320, 0.593, 0.866, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.593 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.574, 0.848, 1.122, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.848 std_dev=0.274
C5' A 0, 0.330, 0.606, 0.883, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.606 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.384, 0.689, 0.995, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.689 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.496, 0.804, 1.113, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.804 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.532, 0.849, 1.167, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.849 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.784, 1.125, 1.466, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.125 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.638, 0.988, 1.338, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.988 std_dev=0.350
C8 B 0, 0.593, 0.943, 1.293, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.943 std_dev=0.350
O2' B 0, 0.599, 0.951, 1.302, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.951 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.616, 1.022, 1.428, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.022 std_dev=0.406
O3' B 0, 0.656, 1.115, 1.575, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.115 std_dev=0.460
O4' B 0, 0.650, 1.113, 1.576, 2.129 max_d=2.129 avg_d=1.113 std_dev=0.463
C4' B 0, 0.644, 1.138, 1.632, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.138 std_dev=0.494
O5' A 0, 0.172, 0.667, 1.162, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.667 std_dev=0.495
O5' B 0, 0.681, 1.233, 1.785, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.233 std_dev=0.552
P A 0, 0.380, 0.946, 1.511, 2.955 max_d=2.955 avg_d=0.946 std_dev=0.565
OP2 A 0, 0.366, 0.992, 1.619, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.992 std_dev=0.627
C5' B 0, 0.589, 1.233, 1.877, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.233 std_dev=0.644
OP1 A 0, 0.476, 1.139, 1.803, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.139 std_dev=0.664
P B 0, 0.601, 1.284, 1.968, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.284 std_dev=0.683
OP1 B 0, 0.626, 1.376, 2.125, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.376 std_dev=0.749
OP2 B 0, 0.688, 1.455, 2.222, 3.375 max_d=3.375 avg_d=1.455 std_dev=0.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.13 0.24 0.13
C2 0.04 0.00 0.14 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.22 0.04 0.27 0.02 0.27 0.37 0.28
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.10 0.12 0.17 0.14 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.17 0.10 0.21 0.19 0.14
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.14 0.12 0.16 0.20 0.16 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.25 0.14 0.29 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.28 0.02 0.27 0.35 0.28
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.09 0.03 0.00 0.02 0.08 0.11 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.36 0.01 0.37 0.43 0.37
C5' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.12 0.10 0.08 0.16 0.09 0.09 0.04 0.02 0.01 0.17 0.13 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.02 0.37 0.01 0.39 0.47 0.40
C8 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.04 0.36 0.02 0.34 0.36 0.34
N1 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.20 0.03 0.33 0.01 0.34 0.43 0.35
N2 0.05 0.01 0.17 0.20 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.27 0.05 0.23 0.02 0.23 0.36 0.25
N3 0.04 0.01 0.14 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.04 0.23 0.02 0.22 0.33 0.24
N7 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.04 0.41 0.02 0.41 0.45 0.42
N9 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.26 0.02 0.24 0.30 0.24
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.16 0.12 0.07 0.04 0.00 0.07 0.05 0.07 0.10 0.14 0.17 0.06
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.13 0.03 0.14 0.04 0.17 0.14 0.20 0.27 0.20 0.15 0.07 0.07 0.00 0.03 0.23 0.18 0.36 0.21 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.09 0.03 0.10 0.28 0.14
O5' 0.12 0.27 0.17 0.25 0.28 0.02 0.36 0.01 0.37 0.36 0.33 0.23 0.23 0.41 0.26 0.07 0.23 0.09 0.00 0.41 0.03 0.04 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.14 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.18 0.03 0.41 0.00 0.45 0.52 0.45
OP1 0.13 0.27 0.21 0.29 0.27 0.11 0.37 0.13 0.39 0.34 0.34 0.23 0.22 0.41 0.24 0.14 0.36 0.10 0.03 0.45 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.37 0.19 0.16 0.35 0.21 0.43 0.25 0.47 0.36 0.43 0.36 0.33 0.45 0.30 0.17 0.21 0.28 0.04 0.52 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.28 0.14 0.21 0.28 0.04 0.37 0.02 0.40 0.34 0.35 0.25 0.24 0.42 0.24 0.06 0.24 0.14 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.27 0.36 0.32 0.21 0.33 0.15 0.31 0.16 0.18 0.18 0.41 0.30 0.16 0.23 0.49 0.35 0.35 0.35 0.24 0.36 0.59 0.34
C2 0.34 0.22 0.32 0.29 0.21 0.34 0.12 0.34 0.15 0.19 0.12 0.28 0.29 0.19 0.25 0.42 0.28 0.36 0.39 0.27 0.41 0.65 0.37
C2' 0.38 0.32 0.42 0.38 0.25 0.39 0.18 0.36 0.19 0.20 0.23 0.45 0.35 0.19 0.26 0.56 0.43 0.39 0.35 0.26 0.42 0.56 0.32
C3' 0.36 0.28 0.39 0.35 0.22 0.37 0.17 0.35 0.20 0.19 0.20 0.39 0.31 0.19 0.25 0.53 0.40 0.38 0.35 0.28 0.42 0.55 0.32
C4 0.33 0.31 0.33 0.29 0.24 0.32 0.16 0.32 0.16 0.20 0.18 0.40 0.33 0.18 0.25 0.44 0.29 0.34 0.38 0.24 0.38 0.60 0.35
C4' 0.34 0.24 0.38 0.34 0.21 0.35 0.15 0.32 0.17 0.18 0.17 0.36 0.28 0.16 0.23 0.52 0.38 0.36 0.36 0.25 0.38 0.59 0.34
C5 0.34 0.34 0.32 0.29 0.29 0.33 0.22 0.35 0.19 0.24 0.24 0.41 0.36 0.22 0.29 0.42 0.28 0.36 0.43 0.22 0.39 0.59 0.36
C5' 0.32 0.26 0.37 0.33 0.22 0.33 0.18 0.31 0.20 0.19 0.20 0.36 0.28 0.18 0.23 0.50 0.38 0.33 0.35 0.27 0.39 0.57 0.34
C6 0.36 0.32 0.32 0.30 0.30 0.35 0.23 0.39 0.17 0.27 0.23 0.36 0.35 0.24 0.31 0.39 0.28 0.38 0.47 0.19 0.42 0.61 0.40
C8 0.33 0.34 0.33 0.29 0.27 0.31 0.21 0.32 0.21 0.22 0.25 0.45 0.34 0.21 0.27 0.44 0.30 0.33 0.40 0.25 0.37 0.57 0.34
N1 0.36 0.26 0.32 0.30 0.27 0.36 0.16 0.38 0.10 0.24 0.14 0.29 0.32 0.20 0.30 0.40 0.28 0.39 0.45 0.22 0.42 0.63 0.39
N2 0.34 0.17 0.32 0.29 0.15 0.35 0.16 0.35 0.22 0.20 0.15 0.23 0.23 0.24 0.22 0.43 0.30 0.38 0.37 0.31 0.45 0.70 0.41
N3 0.33 0.24 0.33 0.29 0.20 0.32 0.13 0.31 0.16 0.18 0.14 0.33 0.30 0.18 0.23 0.45 0.29 0.34 0.36 0.26 0.40 0.63 0.36
N7 0.34 0.36 0.32 0.29 0.29 0.32 0.24 0.35 0.23 0.25 0.27 0.44 0.36 0.24 0.29 0.42 0.28 0.35 0.44 0.25 0.38 0.58 0.36
N9 0.33 0.31 0.33 0.29 0.24 0.31 0.17 0.31 0.17 0.19 0.20 0.42 0.32 0.18 0.25 0.46 0.31 0.33 0.37 0.24 0.36 0.58 0.34
O2' 0.43 0.34 0.50 0.46 0.27 0.46 0.18 0.42 0.18 0.24 0.23 0.48 0.38 0.20 0.30 0.65 0.53 0.45 0.38 0.23 0.47 0.60 0.38
O3' 0.39 0.28 0.44 0.40 0.24 0.41 0.20 0.39 0.21 0.23 0.21 0.39 0.32 0.22 0.27 0.58 0.46 0.42 0.36 0.29 0.48 0.56 0.34
O4' 0.35 0.26 0.38 0.34 0.23 0.35 0.18 0.32 0.18 0.21 0.18 0.37 0.30 0.18 0.26 0.51 0.38 0.36 0.38 0.24 0.36 0.61 0.37
O5' 0.35 0.30 0.36 0.33 0.28 0.34 0.26 0.34 0.28 0.27 0.27 0.37 0.32 0.27 0.29 0.48 0.35 0.36 0.38 0.32 0.41 0.58 0.36
O6 0.37 0.33 0.32 0.32 0.32 0.38 0.27 0.43 0.22 0.32 0.26 0.35 0.35 0.29 0.34 0.38 0.30 0.41 0.53 0.18 0.45 0.62 0.44
OP1 0.33 0.27 0.33 0.31 0.26 0.33 0.25 0.33 0.26 0.26 0.25 0.31 0.29 0.26 0.27 0.45 0.32 0.35 0.36 0.30 0.40 0.56 0.34
OP2 0.46 0.43 0.46 0.42 0.41 0.45 0.38 0.44 0.37 0.40 0.38 0.48 0.45 0.38 0.42 0.57 0.43 0.47 0.46 0.37 0.43 0.57 0.40
P 0.35 0.30 0.35 0.32 0.29 0.34 0.27 0.33 0.27 0.28 0.27 0.36 0.32 0.27 0.30 0.48 0.34 0.36 0.36 0.30 0.37 0.55 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.31 0.44 0.19
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.03 0.28 0.01 0.25 0.42 0.18
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.09 0.12 0.10 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.17 0.08 0.28 0.29 0.07
C3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.14 0.17 0.13 0.13 0.11 0.17 0.10 0.03 0.01 0.01 0.24 0.16 0.25 0.18 0.12
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.03 0.30 0.01 0.24 0.42 0.18
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07 0.06 0.05 0.12 0.06 0.09 0.03 0.01 0.02 0.10 0.25 0.36 0.15
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.04 0.38 0.01 0.25 0.47 0.25
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.20 0.21 0.17 0.11 0.11 0.24 0.13 0.09 0.04 0.01 0.01 0.23 0.12 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.04 0.39 0.01 0.26 0.49 0.28
C8 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.05 0.38 0.02 0.23 0.44 0.23
N1 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.15 0.04 0.34 0.01 0.25 0.46 0.23
N2 0.04 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.18 0.04 0.25 0.02 0.26 0.40 0.17
N3 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.03 0.24 0.02 0.26 0.40 0.16
N7 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.05 0.42 0.02 0.27 0.50 0.30
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.27 0.02 0.24 0.41 0.16
O2' 0.01 0.22 0.00 0.03 0.14 0.09 0.12 0.09 0.15 0.04 0.20 0.25 0.20 0.06 0.06 0.00 0.07 0.10 0.12 0.15 0.43 0.35 0.20
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.11 0.03 0.15 0.04 0.17 0.17 0.15 0.18 0.12 0.19 0.09 0.07 0.00 0.03 0.23 0.19 0.38 0.20 0.20
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.10 0.03 0.00 0.09 0.05 0.38 0.53 0.29
O5' 0.12 0.28 0.17 0.24 0.30 0.02 0.38 0.01 0.39 0.38 0.34 0.25 0.24 0.42 0.27 0.12 0.23 0.09 0.00 0.42 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.15 0.19 0.05 0.42 0.00 0.29 0.53 0.32
OP1 0.31 0.25 0.28 0.25 0.24 0.25 0.25 0.12 0.26 0.23 0.25 0.26 0.26 0.27 0.24 0.43 0.38 0.38 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.42 0.29 0.18 0.42 0.36 0.47 0.24 0.49 0.44 0.46 0.40 0.40 0.50 0.41 0.35 0.20 0.53 0.03 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.18 0.07 0.12 0.18 0.15 0.25 0.02 0.28 0.23 0.23 0.17 0.16 0.30 0.16 0.20 0.20 0.29 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00