ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 5, 1, 4, 7, 1, 5, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.004, 0.007, 0.019, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.007 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.003, 0.012, 0.028, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.012 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N2 A 0, -0.003, 0.018, 0.040, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.018 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.016, 0.080, 0.145, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.080 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.035, 0.126, 0.216, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.126 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.043, 0.143, 0.243, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.143 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.051, 0.184, 0.317, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.184 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.071, 0.206, 0.342, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.206 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.083, 0.244, 0.404, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.244 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.123, 0.291, 0.459, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.291 std_dev=0.168
P A 0, 0.192, 0.412, 0.631, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.412 std_dev=0.220
O3' A 0, 0.071, 0.293, 0.515, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.293 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.221, 0.453, 0.685, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.453 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.187, 0.432, 0.676, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.432 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.222, 0.474, 0.726, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.474 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.169, 0.422, 0.674, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.422 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.187, 0.441, 0.696, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.441 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.171, 0.428, 0.685, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.428 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.184, 0.441, 0.699, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.441 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.181, 0.446, 0.711, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.446 std_dev=0.265
O6 B 0, 0.159, 0.446, 0.732, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.446 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.208, 0.497, 0.785, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.497 std_dev=0.288
N7 B 0, 0.175, 0.473, 0.770, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.473 std_dev=0.297
N2 B 0, 0.181, 0.480, 0.779, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.480 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.198, 0.510, 0.822, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.510 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.241, 0.561, 0.880, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.561 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.257, 0.602, 0.947, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.602 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.257, 0.607, 0.956, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.607 std_dev=0.349
C3' B 0, 0.276, 0.639, 1.002, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.639 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.275, 0.661, 1.047, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.661 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.254, 0.645, 1.036, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.645 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.282, 0.679, 1.075, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.679 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.275, 0.716, 1.157, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.716 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.242, 0.712, 1.182, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.712 std_dev=0.470
P B 0, 0.289, 0.815, 1.342, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.815 std_dev=0.527
OP1 B 0, 0.373, 0.989, 1.605, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.989 std_dev=0.616
OP2 B 0, 0.492, 1.295, 2.099, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.295 std_dev=0.804

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.02 0.08 0.00 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.09 0.12 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.10 0.13 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.08 0.01 0.09 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
N2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.03 0.08 0.01 0.10 0.12 0.10
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03 0.08 0.00 0.09 0.11 0.09
N7 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.02 0.09 0.01 0.10 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.15 0.02 0.05 0.07 0.10 0.08 0.05
O3' 0.03 0.11 0.03 0.00 0.11 0.03 0.14 0.05 0.14 0.15 0.12 0.12 0.10 0.17 0.10 0.15 0.00 0.03 0.14 0.16 0.14 0.21 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.05 0.14 0.05 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.02 0.09 0.00 0.11 0.14 0.12
OP1 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.06 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.09 0.09 0.11 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.21 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08 0.05 0.15 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.18 0.19 0.15 0.18 0.15 0.19 0.16 0.16 0.15 0.24 0.17 0.17 0.16 0.17 0.19 0.18 0.17 0.20 0.20 0.56 0.12
C2 0.19 0.20 0.19 0.21 0.15 0.21 0.14 0.24 0.16 0.19 0.20 0.24 0.17 0.18 0.17 0.16 0.21 0.21 0.25 0.20 0.17 0.59 0.18
C2' 0.22 0.18 0.22 0.23 0.16 0.21 0.14 0.21 0.13 0.17 0.13 0.24 0.19 0.16 0.18 0.21 0.22 0.21 0.14 0.16 0.22 0.59 0.17
C3' 0.20 0.17 0.21 0.21 0.15 0.20 0.14 0.20 0.15 0.16 0.15 0.23 0.18 0.16 0.17 0.20 0.21 0.20 0.14 0.19 0.22 0.58 0.16
C4 0.18 0.16 0.16 0.19 0.14 0.19 0.15 0.22 0.12 0.19 0.11 0.24 0.16 0.19 0.17 0.15 0.18 0.20 0.25 0.16 0.16 0.57 0.15
C4' 0.19 0.18 0.19 0.19 0.16 0.19 0.17 0.19 0.19 0.16 0.18 0.23 0.17 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.15 0.23 0.23 0.56 0.13
C5 0.19 0.18 0.17 0.20 0.17 0.22 0.18 0.26 0.14 0.22 0.14 0.25 0.17 0.23 0.19 0.15 0.19 0.22 0.29 0.18 0.18 0.59 0.19
C5' 0.18 0.19 0.18 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.22 0.17 0.21 0.22 0.17 0.20 0.16 0.17 0.17 0.18 0.16 0.27 0.22 0.56 0.12
C6 0.20 0.19 0.17 0.21 0.15 0.23 0.15 0.29 0.11 0.23 0.17 0.25 0.16 0.22 0.19 0.15 0.20 0.24 0.32 0.12 0.22 0.61 0.23
C8 0.19 0.20 0.17 0.19 0.19 0.20 0.21 0.23 0.22 0.22 0.19 0.25 0.19 0.24 0.20 0.17 0.18 0.21 0.26 0.26 0.18 0.57 0.15
N1 0.19 0.19 0.17 0.21 0.13 0.23 0.12 0.28 0.13 0.20 0.19 0.24 0.16 0.19 0.17 0.15 0.21 0.23 0.30 0.17 0.21 0.60 0.22
N2 0.23 0.23 0.23 0.25 0.21 0.24 0.22 0.25 0.25 0.23 0.25 0.25 0.21 0.23 0.21 0.21 0.25 0.23 0.24 0.28 0.18 0.59 0.19
N3 0.18 0.18 0.18 0.20 0.14 0.19 0.13 0.21 0.13 0.17 0.14 0.23 0.17 0.17 0.16 0.16 0.20 0.19 0.22 0.16 0.16 0.57 0.14
N7 0.20 0.20 0.18 0.20 0.20 0.22 0.22 0.26 0.21 0.24 0.19 0.26 0.20 0.26 0.21 0.17 0.19 0.23 0.30 0.26 0.18 0.58 0.18
N9 0.18 0.17 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17 0.21 0.17 0.19 0.14 0.24 0.17 0.20 0.17 0.16 0.18 0.19 0.23 0.21 0.17 0.56 0.13
O2' 0.25 0.20 0.26 0.26 0.18 0.25 0.15 0.24 0.14 0.19 0.15 0.26 0.22 0.17 0.20 0.25 0.26 0.24 0.14 0.16 0.25 0.60 0.19
O3' 0.24 0.18 0.24 0.24 0.16 0.24 0.14 0.23 0.13 0.17 0.14 0.23 0.19 0.16 0.19 0.23 0.24 0.24 0.14 0.17 0.26 0.60 0.21
O4' 0.17 0.18 0.17 0.18 0.16 0.17 0.18 0.18 0.21 0.17 0.20 0.23 0.17 0.19 0.16 0.16 0.17 0.17 0.18 0.25 0.22 0.54 0.11
O5' 0.19 0.18 0.18 0.19 0.17 0.19 0.19 0.20 0.21 0.18 0.19 0.22 0.18 0.20 0.17 0.18 0.18 0.19 0.18 0.26 0.20 0.59 0.16
O6 0.21 0.20 0.18 0.22 0.17 0.25 0.17 0.32 0.14 0.25 0.19 0.26 0.17 0.24 0.20 0.16 0.21 0.26 0.35 0.14 0.27 0.62 0.27
OP1 0.19 0.17 0.18 0.18 0.16 0.19 0.18 0.20 0.21 0.18 0.18 0.20 0.17 0.20 0.17 0.18 0.18 0.19 0.18 0.26 0.21 0.59 0.16
OP2 0.18 0.17 0.16 0.18 0.17 0.18 0.19 0.20 0.21 0.19 0.18 0.21 0.17 0.21 0.17 0.16 0.16 0.19 0.21 0.26 0.18 0.61 0.19
P 0.17 0.16 0.16 0.17 0.15 0.17 0.18 0.18 0.20 0.17 0.18 0.19 0.16 0.20 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.26 0.18 0.60 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.20 0.44 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.02 0.21 0.00 0.13 0.67 0.25
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.27 0.40 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.25 0.39 0.11
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.22 0.00 0.13 0.67 0.28
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.31 0.26 0.09
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.28 0.01 0.25 0.78 0.38
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.05 0.12 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.11 0.17 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.02 0.29 0.00 0.27 0.81 0.39
C8 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.29 0.01 0.25 0.74 0.38
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.25 0.00 0.18 0.75 0.33
N2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03 0.18 0.01 0.15 0.64 0.22
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.02 0.18 0.00 0.14 0.61 0.22
N7 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.32 0.01 0.35 0.84 0.44
N9 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.01 0.11 0.62 0.25
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.43 0.30 0.12
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.12 0.10 0.13 0.14 0.10 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.15 0.13 0.34 0.35 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.22 0.35 0.13
O5' 0.12 0.21 0.13 0.17 0.22 0.01 0.28 0.01 0.29 0.29 0.25 0.18 0.18 0.32 0.21 0.05 0.15 0.09 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.31 0.00 0.35 0.87 0.44
OP1 0.20 0.13 0.27 0.25 0.13 0.31 0.25 0.17 0.27 0.25 0.18 0.15 0.14 0.35 0.11 0.43 0.34 0.22 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.67 0.40 0.39 0.67 0.26 0.78 0.29 0.81 0.74 0.75 0.64 0.61 0.84 0.62 0.30 0.35 0.35 0.01 0.87 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.10 0.11 0.28 0.09 0.38 0.02 0.39 0.38 0.33 0.22 0.22 0.44 0.25 0.12 0.08 0.13 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00