ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53291

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 8, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.017, 0.027, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.029, 0.045, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.045 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.031, 0.049, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.049 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.035, 0.055, 0.076, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.055 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.052, 0.084, 0.117, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.084 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.025, 0.077, 0.128, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.077 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.064, 0.125, 0.186, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.125 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.069, 0.133, 0.198, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.133 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.130, 0.202, 0.274, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.202 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.085, 0.165, 0.244, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.165 std_dev=0.080
O5' A 0, 0.072, 0.172, 0.272, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.172 std_dev=0.100
N9 B 0, 0.081, 0.182, 0.283, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.182 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.094, 0.196, 0.298, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.196 std_dev=0.102
C1' B 0, 0.104, 0.207, 0.310, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.207 std_dev=0.103
C8 B 0, 0.084, 0.189, 0.293, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.189 std_dev=0.105
C4 B 0, 0.056, 0.161, 0.266, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.161 std_dev=0.105
N3 B 0, 0.054, 0.159, 0.263, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.159 std_dev=0.105
C5 B 0, 0.060, 0.169, 0.278, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.169 std_dev=0.109
C2 B 0, 0.050, 0.159, 0.268, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.159 std_dev=0.109
N1 B 0, 0.085, 0.195, 0.305, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.195 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.067, 0.180, 0.292, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.180 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.090, 0.203, 0.316, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.203 std_dev=0.113
N2 B 0, 0.053, 0.167, 0.282, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.167 std_dev=0.114
O4' B 0, 0.106, 0.221, 0.336, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.221 std_dev=0.115
C4' B 0, 0.135, 0.250, 0.366, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.250 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.136, 0.255, 0.373, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.255 std_dev=0.119
C5' B 0, 0.150, 0.273, 0.396, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.273 std_dev=0.123
O6 B 0, 0.131, 0.258, 0.385, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.258 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.172, 0.303, 0.435, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.303 std_dev=0.131
C3' B 0, 0.147, 0.285, 0.422, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.285 std_dev=0.138
P A 0, 0.140, 0.280, 0.420, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.280 std_dev=0.140
P B 0, 0.097, 0.240, 0.383, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.240 std_dev=0.143
O5' B 0, 0.186, 0.332, 0.478, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.332 std_dev=0.146
OP1 A 0, 0.181, 0.335, 0.490, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.335 std_dev=0.154
OP1 B 0, 0.084, 0.240, 0.396, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.240 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.193, 0.350, 0.508, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.186, 0.347, 0.507, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.347 std_dev=0.160
OP2 B 0, 0.196, 0.392, 0.589, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.392 std_dev=0.196

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.08 0.08 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.04
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.07 0.09 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.04 0.00 0.07 0.09 0.04
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.04 0.01 0.08 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.07 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.11 0.04
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.03
O5' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.11 0.06
OP1 0.06 0.08 0.03 0.03 0.07 0.04 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.03 0.05 0.07 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.05 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.08 0.05 0.05 0.09 0.07 0.09 0.06 0.06
C2 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.09 0.08
C2' 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.10 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07
C3' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08
C4 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07
C4' 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.12 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07
C5 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06
C5' 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.13 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09
C6 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07
C8 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06
N1 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08
N2 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.14 0.10 0.11 0.09
N3 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08
N7 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06
N9 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.09 0.08 0.09 0.06 0.06
O2' 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.06 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09
O3' 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10
O4' 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.09 0.05 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06
O5' 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.14 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06
O6 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.11 0.08 0.08 0.06
OP1 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.10 0.04 0.06 0.12 0.10 0.08 0.13 0.12 0.11
OP2 0.05 0.10 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.13 0.11 0.10
P 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.10 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N2 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.10 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.05
O5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.00 0.06 0.08 0.06
OP1 0.06 0.07 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.10 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00