ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53293

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 5, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.034 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.006, 0.032, 0.059, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.032 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.016, 0.056, 0.096, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.056 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.031, 0.108, 0.184, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.108 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.064, 0.159, 0.253, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.159 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.052, 0.148, 0.243, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.148 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.038, 0.148, 0.259, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.148 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.064, 0.182, 0.301, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.182 std_dev=0.118
P A 0, 0.110, 0.274, 0.437, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.274 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.086, 0.255, 0.424, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.255 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.144, 0.315, 0.486, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.315 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.192, 0.365, 0.538, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.365 std_dev=0.173
C2' B 0, 0.237, 0.413, 0.588, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.413 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.312, 0.493, 0.675, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.493 std_dev=0.181
C3' B 0, 0.282, 0.463, 0.645, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.463 std_dev=0.182
C8 B 0, 0.135, 0.320, 0.504, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.320 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.253, 0.438, 0.623, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.438 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.110, 0.295, 0.481, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.295 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.206, 0.395, 0.583, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.395 std_dev=0.189
C4' B 0, 0.264, 0.457, 0.650, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.457 std_dev=0.193
OP2 A 0, 0.105, 0.299, 0.493, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.299 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.101, 0.296, 0.491, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.296 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.058, 0.256, 0.455, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.256 std_dev=0.198
OP1 A 0, 0.215, 0.415, 0.615, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.415 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.259, 0.469, 0.679, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.469 std_dev=0.210
C5' B 0, 0.292, 0.508, 0.723, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.508 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.101, 0.324, 0.547, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.324 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.086, 0.310, 0.534, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.310 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.073, 0.304, 0.535, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.304 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.086, 0.318, 0.551, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.318 std_dev=0.232
P B 0, 0.281, 0.525, 0.769, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.525 std_dev=0.244
N2 B 0, 0.067, 0.320, 0.573, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.320 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.305, 0.565, 0.826, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.565 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.063, 0.325, 0.586, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.325 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.054, 0.319, 0.585, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.319 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.373, 0.672, 0.971, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.672 std_dev=0.299
O6 B 0, 0.050, 0.350, 0.650, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.350 std_dev=0.300

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04
C2 0.06 0.00 0.09 0.08 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.11 0.08 0.11 0.02 0.13 0.11 0.09
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.10 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.14 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.11 0.03
C4 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.09 0.10 0.06
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02 0.08 0.11 0.05
C5' 0.02 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.10 0.04
N1 0.05 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.09 0.07 0.10 0.02 0.11 0.11 0.08
N2 0.07 0.01 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.14 0.10 0.13 0.03 0.16 0.12 0.11
N3 0.06 0.01 0.09 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.08 0.10 0.02 0.13 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.11 0.05
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.10 0.04
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.09 0.15 0.12 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.15 0.05
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.14 0.10 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05
O5' 0.05 0.11 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.06 0.10 0.13 0.10 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.10 0.00 0.08 0.12 0.07
OP1 0.05 0.13 0.03 0.04 0.09 0.05 0.08 0.02 0.09 0.06 0.11 0.16 0.13 0.07 0.06 0.02 0.10 0.06 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.14 0.11 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.15 0.10 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.11 0.09 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.14 0.17 0.10 0.19 0.12 0.20 0.09 0.20 0.12 0.17 0.11 0.19 0.16 0.12 0.17 0.20 0.21 0.09 0.14 0.15 0.13
C2 0.11 0.17 0.10 0.12 0.09 0.14 0.10 0.15 0.06 0.18 0.15 0.24 0.12 0.19 0.12 0.09 0.13 0.15 0.16 0.07 0.13 0.11 0.11
C2' 0.13 0.13 0.12 0.14 0.09 0.16 0.11 0.18 0.10 0.17 0.11 0.17 0.11 0.16 0.12 0.13 0.14 0.16 0.20 0.10 0.14 0.14 0.13
C3' 0.09 0.13 0.09 0.11 0.06 0.13 0.05 0.15 0.08 0.09 0.12 0.16 0.12 0.08 0.06 0.12 0.11 0.12 0.18 0.08 0.14 0.12 0.12
C4 0.14 0.12 0.12 0.14 0.11 0.16 0.17 0.17 0.13 0.22 0.10 0.20 0.09 0.24 0.16 0.09 0.15 0.17 0.18 0.16 0.12 0.13 0.11
C4' 0.08 0.13 0.09 0.10 0.07 0.13 0.06 0.14 0.08 0.08 0.12 0.15 0.12 0.07 0.05 0.12 0.11 0.12 0.17 0.08 0.13 0.13 0.11
C5 0.16 0.09 0.14 0.16 0.16 0.17 0.23 0.18 0.22 0.24 0.13 0.15 0.09 0.28 0.19 0.11 0.17 0.18 0.18 0.26 0.12 0.14 0.12
C5' 0.07 0.13 0.10 0.10 0.07 0.12 0.07 0.13 0.08 0.09 0.12 0.16 0.12 0.08 0.05 0.14 0.11 0.10 0.15 0.08 0.14 0.13 0.11
C6 0.16 0.08 0.14 0.16 0.15 0.17 0.22 0.18 0.21 0.24 0.10 0.15 0.10 0.27 0.18 0.12 0.17 0.18 0.18 0.28 0.12 0.14 0.12
C8 0.19 0.16 0.17 0.19 0.19 0.20 0.24 0.20 0.23 0.25 0.19 0.17 0.15 0.27 0.21 0.14 0.19 0.20 0.20 0.24 0.14 0.17 0.14
N1 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.15 0.16 0.16 0.12 0.21 0.08 0.20 0.10 0.23 0.15 0.10 0.15 0.16 0.16 0.19 0.12 0.12 0.11
N2 0.10 0.20 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.15 0.12 0.14 0.21 0.26 0.15 0.14 0.11 0.10 0.13 0.13 0.15 0.10 0.15 0.13 0.13
N3 0.11 0.18 0.09 0.12 0.08 0.14 0.09 0.15 0.06 0.18 0.16 0.24 0.13 0.19 0.12 0.08 0.13 0.14 0.16 0.07 0.12 0.11 0.10
N7 0.18 0.15 0.17 0.19 0.20 0.19 0.26 0.19 0.27 0.25 0.21 0.14 0.15 0.29 0.21 0.15 0.19 0.20 0.19 0.29 0.13 0.16 0.13
N9 0.18 0.13 0.16 0.18 0.16 0.20 0.20 0.20 0.17 0.24 0.13 0.17 0.12 0.26 0.20 0.13 0.18 0.20 0.21 0.18 0.13 0.16 0.13
O2' 0.14 0.13 0.13 0.16 0.11 0.18 0.13 0.21 0.12 0.20 0.12 0.17 0.11 0.20 0.15 0.12 0.16 0.18 0.23 0.14 0.15 0.15 0.14
O3' 0.09 0.16 0.09 0.12 0.11 0.14 0.11 0.17 0.15 0.10 0.17 0.18 0.14 0.10 0.08 0.11 0.12 0.13 0.21 0.16 0.15 0.13 0.13
O4' 0.13 0.14 0.12 0.14 0.08 0.16 0.08 0.16 0.09 0.14 0.12 0.16 0.12 0.12 0.11 0.12 0.14 0.17 0.18 0.09 0.13 0.14 0.12
O5' 0.10 0.17 0.14 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.15 0.18 0.16 0.12 0.11 0.18 0.12 0.08 0.13 0.14 0.14 0.13 0.10
O6 0.18 0.11 0.16 0.18 0.19 0.19 0.25 0.19 0.26 0.26 0.17 0.12 0.13 0.29 0.21 0.14 0.19 0.20 0.19 0.32 0.13 0.15 0.13
OP1 0.13 0.16 0.10 0.08 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.13 0.15 0.18 0.15 0.12 0.13 0.12 0.07 0.16 0.18 0.12 0.24 0.24 0.21
OP2 0.06 0.12 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.16 0.10 0.10 0.07 0.07 0.07 0.09 0.11 0.11 0.15 0.16 0.11
P 0.07 0.12 0.05 0.07 0.07 0.11 0.07 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.12 0.15 0.09 0.19 0.19 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03 0.09 0.10 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.08 0.02
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.11 0.10 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.15 0.14 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.07 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.08 0.01 0.16 0.15 0.15
C8 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.09 0.04 0.16 0.14 0.15
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.07 0.02 0.13 0.13 0.13
N2 0.05 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.09 0.04 0.06 0.03 0.07 0.09 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.03 0.08 0.09 0.07
N7 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.04 0.10 0.04 0.18 0.17 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.11 0.10 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.10 0.10 0.07
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.06 0.12 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06
O5' 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.05 0.05 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00
O6 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.07 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.10 0.05 0.10 0.00 0.19 0.19 0.19
OP1 0.07 0.09 0.05 0.03 0.11 0.03 0.15 0.02 0.16 0.16 0.13 0.07 0.08 0.18 0.11 0.10 0.06 0.08 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.14 0.07 0.15 0.14 0.13 0.09 0.09 0.17 0.10 0.10 0.12 0.07 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.03 0.02 0.10 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.13 0.06 0.07 0.17 0.10 0.07 0.05 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00