ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53294

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C5 A 0, -0.003, 0.037, 0.077, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.037 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.006, 0.046, 0.086, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C2 A 0, -0.005, 0.046, 0.098, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.046 std_dev=0.052
C1' A 0, -0.001, 0.053, 0.107, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.053 std_dev=0.054
C4 A 0, -0.008, 0.046, 0.101, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.046 std_dev=0.055
N3 A 0, -0.006, 0.050, 0.106, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.050 std_dev=0.056
N9 A 0, -0.002, 0.054, 0.110, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.054 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O6 A 0, -0.006, 0.085, 0.176, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.085 std_dev=0.091
N2 A 0, -0.018, 0.105, 0.228, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.105 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.411, 0.726, 1.041, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.726 std_dev=0.315
C6 B 0, 0.457, 0.802, 1.148, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.802 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.395, 0.776, 1.158, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.776 std_dev=0.381
N7 B 0, 0.415, 0.859, 1.304, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.859 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.216, 0.663, 1.111, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.663 std_dev=0.447
O6 B 0, 0.495, 0.950, 1.405, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.950 std_dev=0.455
N9 B 0, 0.442, 0.904, 1.367, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.904 std_dev=0.463
N1 B 0, 0.434, 0.911, 1.388, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.911 std_dev=0.477
C8 B 0, 0.432, 0.946, 1.459, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.946 std_dev=0.513
N3 B 0, 0.404, 0.919, 1.434, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.919 std_dev=0.515
C2' A 0, 0.248, 0.773, 1.298, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.773 std_dev=0.525
C2 B 0, 0.409, 0.969, 1.528, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.969 std_dev=0.560
C1' B 0, 0.488, 1.116, 1.744, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.116 std_dev=0.628
O2' A 0, 0.289, 0.939, 1.589, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.939 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.607, 1.318, 2.029, 2.269 max_d=2.269 avg_d=1.318 std_dev=0.711
C4' A 0, 0.356, 1.079, 1.802, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.079 std_dev=0.723
N2 B 0, 0.509, 1.259, 2.009, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.259 std_dev=0.750
C3' A 0, 0.384, 1.168, 1.953, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.168 std_dev=0.785
C3' B 0, 0.659, 1.446, 2.233, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.446 std_dev=0.787
O4' B 0, 0.444, 1.258, 2.073, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.258 std_dev=0.815
O2' B 0, 0.704, 1.561, 2.417, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.561 std_dev=0.856
C4' B 0, 0.606, 1.516, 2.426, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.516 std_dev=0.910
O3' B 0, 0.732, 1.694, 2.656, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.694 std_dev=0.962
O5' B 0, 0.712, 1.725, 2.738, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.725 std_dev=1.013
C5' B 0, 0.789, 1.812, 2.834, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.812 std_dev=1.023
O3' A 0, 0.550, 1.674, 2.797, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.674 std_dev=1.124
C5' A 0, 0.593, 1.796, 2.998, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.796 std_dev=1.203
O5' A 0, 0.684, 1.998, 3.312, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.998 std_dev=1.314
P B 0, 0.769, 2.236, 3.704, 4.569 max_d=4.569 avg_d=2.236 std_dev=1.467
OP1 B 0, 1.190, 2.783, 4.375, 4.187 max_d=4.187 avg_d=2.783 std_dev=1.593
OP2 B 0, 0.454, 2.595, 4.736, 7.326 max_d=7.326 avg_d=2.595 std_dev=2.141
P A 0, 0.560, 2.820, 5.081, 5.286 max_d=5.286 avg_d=2.820 std_dev=2.261
OP2 A 0, 0.702, 3.017, 5.332, 5.691 max_d=5.691 avg_d=3.017 std_dev=2.315
OP1 A 0, 0.640, 3.844, 7.047, 7.433 max_d=7.433 avg_d=3.844 std_dev=3.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.17 0.12 0.03 0.01 0.01 0.12 0.01 0.22 0.05 0.66 0.26 0.32
C2 0.12 0.00 0.52 0.53 0.02 0.40 0.02 0.60 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.57 0.61 0.25 0.57 0.01 0.54 0.61 0.38
C2' 0.00 0.52 0.00 0.01 0.23 0.03 0.06 0.07 0.15 0.30 0.36 0.67 0.53 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.09 0.44 0.35 0.30
C3' 0.02 0.53 0.01 0.00 0.24 0.01 0.22 0.04 0.26 0.32 0.39 0.71 0.51 0.29 0.15 0.01 0.01 0.03 0.21 0.26 0.37 0.13 0.16
C4 0.05 0.02 0.23 0.24 0.00 0.19 0.00 0.32 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.31 0.22 0.12 0.47 0.02 0.72 0.50 0.44
C4' 0.01 0.40 0.03 0.01 0.19 0.00 0.14 0.01 0.21 0.07 0.33 0.51 0.36 0.06 0.05 0.21 0.03 0.00 0.02 0.18 0.30 0.19 0.09
C5 0.02 0.02 0.06 0.22 0.00 0.14 0.00 0.31 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.18 0.07 0.51 0.04 0.85 0.55 0.57
C5' 0.04 0.60 0.07 0.04 0.32 0.01 0.31 0.00 0.42 0.12 0.55 0.74 0.50 0.21 0.14 0.17 0.14 0.02 0.01 0.41 0.32 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.26 0.01 0.21 0.02 0.42 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.29 0.26 0.11 0.56 0.01 0.83 0.62 0.59
C8 0.05 0.02 0.30 0.32 0.01 0.07 0.04 0.12 0.06 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.31 0.14 0.42 0.11 0.92 0.43 0.56
N1 0.08 0.00 0.36 0.39 0.02 0.33 0.02 0.55 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.46 0.45 0.19 0.58 0.01 0.68 0.64 0.50
N2 0.17 0.01 0.67 0.71 0.03 0.51 0.01 0.74 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.72 0.86 0.31 0.60 0.02 0.44 0.64 0.35
N3 0.12 0.01 0.53 0.51 0.01 0.36 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.54 0.55 0.26 0.51 0.01 0.55 0.54 0.33
N7 0.03 0.02 0.20 0.29 0.02 0.06 0.01 0.21 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.28 0.12 0.50 0.10 0.97 0.51 0.64
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.05 0.02 0.14 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.11 0.07 0.03 0.38 0.06 0.78 0.40 0.44
O2' 0.01 0.57 0.00 0.01 0.31 0.21 0.22 0.17 0.29 0.21 0.46 0.72 0.54 0.17 0.11 0.00 0.07 0.13 0.09 0.25 0.42 0.25 0.13
O3' 0.12 0.61 0.01 0.01 0.22 0.03 0.18 0.14 0.26 0.31 0.45 0.86 0.55 0.28 0.07 0.07 0.00 0.08 0.17 0.26 0.58 0.24 0.25
O4' 0.01 0.25 0.01 0.03 0.12 0.00 0.07 0.02 0.11 0.14 0.19 0.31 0.26 0.12 0.03 0.13 0.08 0.00 0.15 0.09 0.66 0.20 0.29
O5' 0.22 0.57 0.27 0.21 0.47 0.02 0.51 0.01 0.56 0.42 0.58 0.60 0.51 0.50 0.38 0.09 0.17 0.15 0.00 0.58 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.01 0.09 0.26 0.02 0.18 0.04 0.41 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.10 0.06 0.25 0.26 0.09 0.58 0.00 0.90 0.65 0.66
OP1 0.66 0.54 0.44 0.37 0.72 0.30 0.85 0.32 0.83 0.92 0.68 0.44 0.55 0.97 0.78 0.42 0.58 0.66 0.02 0.90 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.61 0.35 0.13 0.50 0.19 0.55 0.31 0.62 0.43 0.64 0.64 0.54 0.51 0.40 0.25 0.24 0.20 0.02 0.65 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.38 0.30 0.16 0.44 0.09 0.57 0.02 0.59 0.56 0.50 0.35 0.33 0.64 0.44 0.13 0.25 0.29 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.44 0.29 0.41 0.17 0.25 0.26 0.34 0.29 0.38 0.32 0.30 0.34 0.32 0.47 0.24 0.67 0.25 0.32 0.17 0.50 0.38 0.53 0.36
C2 0.41 0.36 0.33 0.26 0.22 0.42 0.25 0.43 0.45 0.23 0.44 0.40 0.29 0.21 0.27 0.44 0.25 0.47 0.55 0.60 0.84 1.39 0.89
C2' 0.38 0.28 0.36 0.32 0.25 0.39 0.27 0.46 0.29 0.26 0.27 0.31 0.30 0.32 0.25 0.50 0.34 0.35 0.28 0.33 0.36 0.64 0.35
C3' 0.47 0.44 0.58 0.82 0.47 0.75 0.53 1.00 0.53 0.58 0.48 0.41 0.43 0.60 0.49 0.49 0.83 0.56 0.94 0.56 0.93 1.25 1.23
C4 0.40 0.35 0.38 0.18 0.29 0.24 0.36 0.19 0.43 0.26 0.37 0.38 0.35 0.44 0.25 0.56 0.22 0.30 0.23 0.53 0.29 0.87 0.50
C4' 0.25 0.33 0.34 0.65 0.39 0.55 0.59 0.90 0.62 0.62 0.48 0.27 0.28 0.75 0.38 0.25 0.65 0.35 0.91 0.74 1.07 1.43 1.32
C5 0.29 0.41 0.36 0.21 0.34 0.14 0.38 0.19 0.41 0.34 0.38 0.45 0.41 0.46 0.27 0.47 0.24 0.14 0.20 0.46 0.26 0.71 0.41
C5' 0.48 0.61 0.67 1.02 0.67 0.81 0.87 1.14 0.89 0.90 0.75 0.53 0.55 1.05 0.66 0.43 1.06 0.54 1.30 1.02 1.42 2.11 1.76
C6 0.22 0.46 0.29 0.21 0.32 0.14 0.34 0.14 0.40 0.24 0.43 0.51 0.42 0.36 0.22 0.35 0.23 0.13 0.28 0.43 0.48 0.88 0.53
C8 0.36 0.37 0.43 0.25 0.34 0.20 0.41 0.43 0.40 0.49 0.34 0.43 0.40 0.55 0.34 0.63 0.28 0.24 0.29 0.47 0.35 0.38 0.33
N1 0.28 0.43 0.26 0.19 0.25 0.25 0.27 0.27 0.43 0.21 0.47 0.48 0.34 0.26 0.20 0.34 0.19 0.28 0.43 0.51 0.75 1.19 0.76
N2 0.46 0.36 0.35 0.35 0.19 0.55 0.18 0.62 0.45 0.37 0.48 0.42 0.25 0.15 0.33 0.44 0.32 0.60 0.75 0.66 1.15 1.68 1.13
N3 0.48 0.32 0.39 0.27 0.23 0.44 0.30 0.39 0.44 0.17 0.39 0.35 0.30 0.31 0.27 0.55 0.28 0.51 0.48 0.59 0.62 1.25 0.78
N7 0.34 0.42 0.43 0.31 0.38 0.26 0.41 0.40 0.38 0.47 0.36 0.48 0.44 0.52 0.37 0.55 0.33 0.30 0.28 0.42 0.23 0.43 0.30
N9 0.42 0.34 0.42 0.17 0.30 0.18 0.38 0.24 0.41 0.37 0.34 0.38 0.36 0.51 0.27 0.64 0.23 0.24 0.14 0.52 0.19 0.57 0.33
O2' 0.71 0.56 0.70 0.57 0.57 0.62 0.54 0.41 0.52 0.58 0.52 0.58 0.60 0.57 0.60 0.83 0.63 0.67 0.58 0.53 0.64 0.81 0.32
O3' 0.55 0.50 0.75 1.03 0.54 0.92 0.58 1.25 0.57 0.62 0.53 0.48 0.50 0.63 0.56 0.64 1.09 0.63 1.17 0.61 1.47 1.44 1.61
O4' 0.21 0.27 0.14 0.24 0.28 0.24 0.55 0.56 0.61 0.52 0.44 0.26 0.21 0.75 0.22 0.44 0.22 0.18 0.55 0.79 0.65 0.99 0.88
O5' 0.41 0.43 0.51 0.86 0.52 0.68 0.74 0.99 0.77 0.76 0.58 0.37 0.41 0.94 0.52 0.38 0.92 0.51 1.13 0.95 1.09 2.06 1.58
O6 0.24 0.52 0.33 0.29 0.34 0.20 0.32 0.20 0.35 0.26 0.43 0.59 0.48 0.33 0.25 0.32 0.31 0.21 0.28 0.36 0.48 0.77 0.47
OP1 0.46 0.44 0.74 1.29 0.61 1.00 0.91 1.43 0.95 0.99 0.67 0.31 0.39 1.20 0.64 0.44 1.47 0.63 1.67 1.20 1.92 2.81 2.24
OP2 0.82 1.29 1.13 1.42 1.26 1.01 1.55 1.18 1.68 1.34 1.51 1.23 1.15 1.65 1.11 0.83 1.55 0.72 1.44 1.90 1.27 2.50 1.81
P 0.30 0.49 0.55 1.00 0.56 0.72 0.86 1.07 0.93 0.84 0.70 0.40 0.40 1.08 0.52 0.27 1.13 0.42 1.29 1.17 1.33 2.39 1.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.27 0.40 0.18
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.03 0.28 0.02 0.68 0.53 0.41
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.05 0.18 0.33 0.06
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.11 0.18 0.12 0.15 0.13 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.34 0.12 0.32 0.33 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.29 0.01 0.63 0.59 0.43
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.03 0.01 0.02 0.10 0.13 0.55 0.16
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.34 0.01 0.81 0.86 0.59
C5' 0.05 0.20 0.02 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.25 0.17 0.24 0.19 0.17 0.21 0.13 0.09 0.03 0.01 0.01 0.27 0.30 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.03 0.35 0.00 0.91 0.91 0.63
C8 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.21 0.04 0.34 0.02 0.66 0.85 0.57
N1 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.32 0.01 0.82 0.73 0.53
N2 0.05 0.00 0.10 0.15 0.02 0.07 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.13 0.19 0.05 0.27 0.03 0.64 0.44 0.37
N3 0.03 0.01 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.25 0.02 0.56 0.44 0.34
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.21 0.04 0.38 0.02 0.86 1.05 0.69
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.26 0.02 0.50 0.54 0.38
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.06 0.10 0.04 0.09 0.06 0.05 0.09 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.12 0.06 0.14 0.67 0.21
O3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.09 0.03 0.14 0.03 0.14 0.21 0.14 0.19 0.14 0.21 0.08 0.06 0.00 0.04 0.36 0.16 0.45 0.63 0.30
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04 0.00 0.18 0.03 0.29 0.51 0.25
O5' 0.13 0.28 0.22 0.34 0.29 0.02 0.34 0.01 0.35 0.34 0.32 0.27 0.25 0.38 0.26 0.12 0.36 0.18 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.16 0.03 0.38 0.00 1.02 1.08 0.72
OP1 0.27 0.68 0.18 0.32 0.63 0.13 0.81 0.30 0.91 0.66 0.82 0.64 0.56 0.86 0.50 0.14 0.45 0.29 0.01 1.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.53 0.33 0.33 0.59 0.55 0.86 0.34 0.91 0.85 0.73 0.44 0.44 1.05 0.54 0.67 0.63 0.51 0.01 1.08 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.41 0.06 0.19 0.43 0.16 0.59 0.01 0.63 0.57 0.53 0.37 0.34 0.69 0.38 0.21 0.30 0.25 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00