ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53295

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3 B 0, 0.139, 0.231, 0.324, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.231 std_dev=0.092
C4 B 0, 0.111, 0.215, 0.318, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.215 std_dev=0.104
C2' B 0, 0.174, 0.283, 0.391, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.283 std_dev=0.109
C1' B 0, 0.065, 0.177, 0.289, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.177 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.168, 0.283, 0.397, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.283 std_dev=0.115
N9 B 0, 0.065, 0.185, 0.305, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.185 std_dev=0.120
N2 B 0, 0.201, 0.328, 0.456, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.328 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.136, 0.265, 0.394, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.265 std_dev=0.129
C3' B 0, 0.244, 0.385, 0.525, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.385 std_dev=0.140
N7 B 0, 0.142, 0.287, 0.432, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.287 std_dev=0.145
C8 B 0, 0.090, 0.236, 0.382, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.236 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.171, 0.317, 0.464, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.317 std_dev=0.147
O2' B 0, 0.232, 0.383, 0.535, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.383 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.163, 0.319, 0.476, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.319 std_dev=0.156
C4' B 0, 0.136, 0.300, 0.464, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.300 std_dev=0.164
O3' B 0, 0.326, 0.495, 0.664, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.495 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.081, 0.259, 0.437, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.259 std_dev=0.178
O6 B 0, 0.193, 0.389, 0.585, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.389 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.236, 0.445, 0.653, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.445 std_dev=0.208
C4' A 0, 0.016, 0.236, 0.456, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.236 std_dev=0.220
O4' A 0, 0.022, 0.244, 0.465, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.244 std_dev=0.222
C3' A 0, 0.367, 0.597, 0.826, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.597 std_dev=0.229
C2' A 0, 0.057, 0.306, 0.555, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.306 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.179, 0.436, 0.693, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.436 std_dev=0.257
P B 0, 0.307, 0.629, 0.951, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.629 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.426, 0.772, 1.118, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.772 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.494, 0.850, 1.207, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.850 std_dev=0.356
OP1 B 0, 0.334, 0.702, 1.071, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.702 std_dev=0.368
C5' A 0, 0.278, 0.684, 1.089, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.684 std_dev=0.406
P A 0, 0.540, 0.954, 1.368, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.954 std_dev=0.414
OP1 A 0, 0.529, 1.001, 1.473, 1.951 max_d=1.951 avg_d=1.001 std_dev=0.472
O5' A 0, 0.866, 1.339, 1.812, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.339 std_dev=0.473
O3' A 0, 1.019, 1.502, 1.985, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.502 std_dev=0.483
OP2 A 0, 0.781, 1.405, 2.029, 2.733 max_d=2.733 avg_d=1.405 std_dev=0.624

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.11 0.01 0.21 0.27 0.07
C2 0.02 0.00 0.22 0.10 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.20 0.11 0.11 0.01 0.23 0.28 0.07
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.10 0.02 0.05 0.16 0.08 0.12 0.16 0.27 0.21 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.22 0.06 0.21 0.37 0.24
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.12 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.06 0.19 0.29 0.17
C4 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.07 0.12 0.01 0.21 0.29 0.07
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.03 0.00 0.03 0.05 0.19 0.25 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.05 0.14 0.01 0.19 0.31 0.09
C5' 0.07 0.10 0.16 0.02 0.14 0.00 0.19 0.00 0.19 0.23 0.15 0.08 0.09 0.24 0.15 0.07 0.17 0.02 0.01 0.21 0.23 0.28 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.07 0.14 0.00 0.20 0.31 0.09
C8 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.16 0.05 0.16 0.01 0.17 0.31 0.10
N1 0.02 0.00 0.16 0.08 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.18 0.09 0.13 0.01 0.22 0.30 0.08
N2 0.03 0.00 0.27 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.21 0.13 0.10 0.01 0.25 0.27 0.06
N3 0.03 0.00 0.21 0.09 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.21 0.11 0.10 0.01 0.23 0.28 0.06
N7 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.15 0.03 0.16 0.01 0.17 0.32 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.19 0.02 0.13 0.01 0.19 0.29 0.08
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.19 0.17 0.36 0.27 0.16 0.06 0.00 0.07 0.03 0.21 0.07 0.18 0.40 0.20
O3' 0.23 0.20 0.05 0.01 0.19 0.03 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.21 0.21 0.15 0.19 0.07 0.00 0.17 0.16 0.16 0.20 0.26 0.10
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05 0.09 0.13 0.11 0.03 0.02 0.03 0.17 0.00 0.21 0.06 0.26 0.32 0.17
O5' 0.11 0.11 0.22 0.22 0.12 0.03 0.14 0.01 0.14 0.16 0.13 0.10 0.10 0.16 0.13 0.21 0.16 0.21 0.00 0.16 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.06 0.16 0.00 0.19 0.33 0.11
OP1 0.21 0.23 0.21 0.19 0.21 0.19 0.19 0.23 0.20 0.17 0.22 0.25 0.23 0.17 0.19 0.18 0.20 0.26 0.02 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.28 0.37 0.29 0.29 0.25 0.31 0.28 0.31 0.31 0.30 0.27 0.28 0.32 0.29 0.40 0.26 0.32 0.02 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.24 0.17 0.07 0.04 0.09 0.03 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.08 0.20 0.10 0.17 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.09 0.13 0.12 0.14 0.15 0.21 0.13 0.17 0.10 0.09 0.09 0.18 0.13 0.08 0.12 0.13 0.21 0.13 0.21 0.25 0.21
C2 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.11 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06 0.14 0.06 0.17 0.18 0.15
C2' 0.05 0.13 0.05 0.04 0.14 0.06 0.25 0.12 0.29 0.19 0.22 0.10 0.09 0.29 0.10 0.14 0.05 0.06 0.18 0.35 0.18 0.32 0.21
C3' 0.14 0.07 0.15 0.12 0.08 0.14 0.08 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.19 0.14 0.15 0.13 0.14 0.09 0.13 0.08
C4 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.15 0.08 0.17 0.19 0.16
C4' 0.19 0.13 0.19 0.15 0.12 0.15 0.07 0.10 0.06 0.08 0.08 0.15 0.15 0.07 0.14 0.23 0.16 0.17 0.11 0.08 0.06 0.10 0.05
C5 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.14 0.07 0.15 0.17 0.14
C5' 0.34 0.26 0.35 0.28 0.23 0.26 0.15 0.15 0.13 0.15 0.19 0.30 0.29 0.12 0.24 0.41 0.30 0.27 0.18 0.10 0.15 0.15 0.13
C6 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06 0.07 0.10 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.15 0.16 0.13
C8 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.17 0.09 0.14 0.09 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.16 0.17 0.09 0.17 0.20 0.17
N1 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.11 0.09 0.06 0.12 0.07 0.16 0.16 0.14
N2 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.11 0.10 0.06 0.14 0.07 0.18 0.18 0.15
N3 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.15 0.09 0.18 0.20 0.16
N7 0.11 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.08 0.11 0.09 0.15 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.14 0.14 0.08 0.15 0.17 0.15
N9 0.10 0.09 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.17 0.10 0.14 0.09 0.10 0.10 0.14 0.12 0.09 0.09 0.13 0.18 0.10 0.19 0.21 0.18
O2' 0.16 0.29 0.17 0.26 0.34 0.22 0.51 0.35 0.54 0.45 0.42 0.22 0.24 0.58 0.31 0.06 0.23 0.18 0.44 0.63 0.50 0.65 0.52
O3' 0.32 0.30 0.31 0.28 0.32 0.26 0.30 0.22 0.28 0.32 0.28 0.29 0.32 0.30 0.32 0.31 0.28 0.28 0.26 0.26 0.21 0.23 0.21
O4' 0.15 0.19 0.16 0.13 0.19 0.11 0.16 0.11 0.16 0.14 0.17 0.19 0.20 0.14 0.17 0.16 0.13 0.11 0.11 0.14 0.09 0.10 0.08
O5' 0.25 0.15 0.27 0.30 0.18 0.32 0.18 0.33 0.16 0.23 0.15 0.13 0.16 0.20 0.22 0.26 0.32 0.29 0.29 0.15 0.26 0.26 0.26
O6 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.09 0.11 0.05 0.05 0.06 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.15 0.12
OP1 0.33 0.32 0.34 0.34 0.33 0.34 0.34 0.35 0.34 0.36 0.32 0.32 0.32 0.36 0.34 0.32 0.33 0.33 0.41 0.35 0.36 0.34 0.35
OP2 0.20 0.19 0.19 0.19 0.21 0.19 0.22 0.22 0.22 0.24 0.21 0.18 0.19 0.24 0.22 0.18 0.20 0.20 0.26 0.23 0.25 0.21 0.22
P 0.15 0.09 0.16 0.18 0.12 0.19 0.14 0.22 0.13 0.19 0.10 0.09 0.10 0.18 0.15 0.16 0.19 0.16 0.24 0.14 0.22 0.20 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.09 0.01 0.13 0.11 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.07 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.11 0.09 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.12 0.01 0.16 0.14 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.04 0.04 0.13 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.12 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.14 0.00 0.19 0.17 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.11 0.02 0.12 0.09 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.12 0.01 0.17 0.15 0.14
N2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.08 0.01 0.12 0.10 0.09
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.10 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.14 0.02 0.17 0.15 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.06 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05
O5' 0.02 0.09 0.06 0.08 0.09 0.01 0.12 0.00 0.14 0.11 0.12 0.08 0.07 0.14 0.07 0.05 0.10 0.05 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04 0.15 0.00 0.21 0.20 0.18
OP1 0.04 0.13 0.07 0.07 0.11 0.05 0.16 0.06 0.19 0.12 0.17 0.12 0.10 0.17 0.09 0.06 0.08 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.05 0.04 0.09 0.03 0.14 0.02 0.17 0.09 0.15 0.10 0.08 0.15 0.07 0.04 0.06 0.07 0.02 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.04 0.05 0.09 0.01 0.13 0.01 0.16 0.10 0.14 0.09 0.08 0.15 0.06 0.04 0.06 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00