Doublet Group distance statistics: 53299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N7	A	0, 0.019, 0.029, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6	A	0, 0.019, 0.033, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C8	A	0, 0.023, 0.037, 0.051, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.014
N2	A	0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C2'	A	0, 0.027, 0.127, 0.228, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.127 std_dev=0.100
O2'	A	0, 0.067, 0.176, 0.286, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.176 std_dev=0.110
O4'	A	0, -0.006, 0.125, 0.256, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.125 std_dev=0.131
C5	B	0, 0.147, 0.348, 0.548, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.348 std_dev=0.200
C3'	A	0, 0.020, 0.225, 0.429, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.225 std_dev=0.204
C4'	A	0, -0.020, 0.193, 0.407, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.193 std_dev=0.213
C4	B	0, 0.103, 0.332, 0.562, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.332 std_dev=0.229
N7	B	0, 0.154, 0.430, 0.705, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.430 std_dev=0.276
C5'	A	0, 0.024, 0.342, 0.660, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.342 std_dev=0.318
O3'	A	0, 0.016, 0.354, 0.691, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.354 std_dev=0.337
C6	B	0, 0.084, 0.423, 0.763, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.423 std_dev=0.339
N3	B	0, 0.040, 0.382, 0.724, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.382 std_dev=0.342
C8	B	0, 0.099, 0.442, 0.784, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.442 std_dev=0.342
N9	B	0, 0.063, 0.406, 0.748, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.406 std_dev=0.342
C2	B	0, -0.020, 0.384, 0.788, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.384 std_dev=0.404
N1	B	0, -0.034, 0.396, 0.827, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.396 std_dev=0.430
O6	B	0, 0.068, 0.550, 1.033, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.550 std_dev=0.482
O5'	A	0, -0.063, 0.447, 0.956, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.447 std_dev=0.510
C2'	B	0, 0.058, 0.582, 1.105, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.582 std_dev=0.524
OP2	A	0, 0.212, 0.757, 1.302, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.757 std_dev=0.545
C1'	B	0, -0.029, 0.545, 1.119, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.545 std_dev=0.574
N2	B	0, -0.087, 0.491, 1.068, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.491 std_dev=0.578
O2'	B	0, 0.087, 0.720, 1.353, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.720 std_dev=0.633
P	A	0, 0.000, 0.689, 1.377, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.689 std_dev=0.688
O4'	B	0, -0.115, 0.752, 1.619, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.752 std_dev=0.867
C3'	B	0, -0.031, 0.888, 1.807, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.888 std_dev=0.919
O3'	B	0, -0.011, 1.147, 2.304, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.147 std_dev=1.157
C4'	B	0, -0.182, 0.992, 2.166, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.992 std_dev=1.174
OP1	A	0, -0.240, 0.950, 2.139, 3.976 max_d=3.976 avg_d=0.950 std_dev=1.190
O5'	B	0, -0.267, 1.229, 2.725, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.229 std_dev=1.496
C5'	B	0, -0.277, 1.255, 2.786, 4.318 max_d=4.318 avg_d=1.255 std_dev=1.531
OP2	B	0, -0.344, 1.353, 3.050, 4.911 max_d=4.911 avg_d=1.353 std_dev=1.697
P	B	0, -0.354, 1.380, 3.113, 4.946 max_d=4.946 avg_d=1.380 std_dev=1.733
OP1	B	0, -0.494, 1.759, 4.011, 6.403 max_d=6.403 avg_d=1.759 std_dev=2.253

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.15	0.02	0.20	0.16	0.20
C2	0.03	0.00	0.09	0.17	0.01	0.08	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.22	0.02	0.20	0.01	0.24	0.36	0.29
C2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.06	0.02	0.05	0.01	0.05	0.05	0.07	0.11	0.10	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.07	0.05	0.05	0.13	0.09
C3'	0.02	0.17	0.01	0.00	0.12	0.01	0.11	0.01	0.13	0.08	0.16	0.20	0.16	0.09	0.06	0.00	0.00	0.01	0.15	0.13	0.13	0.16	0.15
C4	0.02	0.01	0.06	0.12	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.13	0.01	0.17	0.01	0.20	0.29	0.27
C4'	0.01	0.08	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.06	0.04	0.08	0.09	0.07	0.04	0.03	0.06	0.01	0.00	0.03	0.07	0.11	0.03	0.04
C5	0.02	0.01	0.05	0.11	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.14	0.01	0.18	0.01	0.24	0.32	0.30
C5'	0.03	0.12	0.01	0.01	0.09	0.00	0.09	0.00	0.11	0.07	0.12	0.13	0.10	0.08	0.05	0.07	0.05	0.02	0.01	0.12	0.14	0.03	0.01
C6	0.03	0.01	0.05	0.13	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.18	0.02	0.19	0.01	0.27	0.37	0.32
C8	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.10	0.02	0.24	0.02	0.30	0.25	0.32
N1	0.03	0.01	0.07	0.16	0.01	0.08	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.21	0.01	0.21	0.01	0.27	0.38	0.31
N2	0.03	0.00	0.11	0.20	0.01	0.09	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.26	0.02	0.22	0.02	0.26	0.37	0.30
N3	0.02	0.00	0.10	0.16	0.00	0.07	0.01	0.10	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.18	0.02	0.18	0.01	0.20	0.31	0.26
N7	0.02	0.01	0.04	0.09	0.01	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.12	0.02	0.20	0.02	0.28	0.30	0.32
N9	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.18	0.02	0.22	0.23	0.26
O2'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.04	0.06	0.04	0.07	0.05	0.02	0.06	0.08	0.06	0.03	0.02	0.00	0.07	0.04	0.09	0.05	0.09	0.12	0.10
O3'	0.02	0.22	0.02	0.00	0.13	0.01	0.14	0.05	0.18	0.10	0.21	0.26	0.18	0.12	0.06	0.07	0.00	0.02	0.27	0.19	0.34	0.27	0.29
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.17	0.02	0.28	0.11	0.20
O5'	0.15	0.20	0.07	0.15	0.17	0.03	0.18	0.01	0.19	0.24	0.21	0.22	0.18	0.20	0.18	0.09	0.27	0.17	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.05	0.13	0.01	0.07	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.19	0.02	0.19	0.00	0.29	0.38	0.33
OP1	0.20	0.24	0.05	0.13	0.20	0.11	0.24	0.14	0.27	0.30	0.27	0.26	0.20	0.28	0.22	0.09	0.34	0.28	0.01	0.29	0.00	0.01	0.00
OP2	0.16	0.36	0.13	0.16	0.29	0.03	0.32	0.03	0.37	0.25	0.38	0.37	0.31	0.30	0.23	0.12	0.27	0.11	0.01	0.38	0.01	0.00	0.00
P	0.20	0.29	0.09	0.15	0.27	0.04	0.30	0.01	0.32	0.32	0.31	0.30	0.26	0.32	0.26	0.10	0.29	0.20	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.54	0.20	0.48	0.43	0.23	0.62	0.14	0.54	0.31	0.18	0.30	0.28	0.34	0.12	0.32	0.73	0.48	0.62	0.35	0.49	0.24	0.46	0.15
C2	0.60	0.17	0.52	0.55	0.25	0.74	0.13	0.71	0.27	0.26	0.28	0.18	0.29	0.11	0.38	0.63	0.60	0.73	0.62	0.38	0.45	0.19	0.31
C2'	0.51	0.23	0.45	0.43	0.20	0.67	0.19	0.62	0.37	0.16	0.37	0.28	0.29	0.16	0.28	0.70	0.51	0.63	0.43	0.53	0.38	0.43	0.24
C3'	0.46	0.15	0.41	0.38	0.15	0.59	0.15	0.53	0.33	0.08	0.27	0.24	0.27	0.15	0.23	0.68	0.45	0.56	0.33	0.52	0.26	0.51	0.19
C4	0.52	0.20	0.46	0.41	0.24	0.57	0.11	0.49	0.29	0.17	0.25	0.27	0.37	0.09	0.33	0.63	0.44	0.59	0.36	0.47	0.19	0.43	0.12
C4'	0.54	0.22	0.51	0.45	0.23	0.62	0.10	0.53	0.24	0.15	0.18	0.35	0.37	0.10	0.31	0.77	0.52	0.61	0.33	0.45	0.21	0.52	0.15
C5	0.45	0.26	0.39	0.33	0.25	0.43	0.05	0.34	0.21	0.13	0.09	0.35	0.38	0.07	0.29	0.52	0.35	0.49	0.24	0.44	0.17	0.56	0.20
C5'	0.54	0.31	0.51	0.43	0.27	0.58	0.11	0.47	0.19	0.16	0.13	0.47	0.42	0.11	0.33	0.77	0.49	0.58	0.26	0.40	0.19	0.60	0.21
C6	0.43	0.23	0.38	0.34	0.26	0.42	0.05	0.34	0.14	0.16	0.04	0.27	0.35	0.06	0.30	0.46	0.36	0.47	0.29	0.34	0.16	0.48	0.16
C8	0.43	0.28	0.37	0.29	0.21	0.40	0.08	0.28	0.23	0.09	0.10	0.46	0.38	0.11	0.25	0.56	0.32	0.45	0.14	0.48	0.25	0.69	0.31
N1	0.50	0.13	0.44	0.45	0.24	0.58	0.07	0.54	0.18	0.22	0.15	0.14	0.29	0.07	0.35	0.51	0.46	0.60	0.49	0.32	0.24	0.24	0.15
N2	0.64	0.22	0.58	0.69	0.24	0.91	0.16	0.93	0.26	0.31	0.31	0.26	0.24	0.16	0.41	0.66	0.76	0.85	0.84	0.34	0.73	0.26	0.55
N3	0.59	0.20	0.53	0.53	0.25	0.72	0.15	0.67	0.31	0.23	0.33	0.22	0.33	0.11	0.37	0.69	0.58	0.70	0.54	0.44	0.40	0.26	0.25
N7	0.39	0.33	0.34	0.29	0.23	0.34	0.06	0.22	0.18	0.09	0.06	0.48	0.39	0.11	0.25	0.50	0.32	0.41	0.13	0.45	0.33	0.73	0.36
N9	0.50	0.21	0.43	0.37	0.22	0.53	0.11	0.44	0.29	0.14	0.24	0.34	0.36	0.10	0.30	0.64	0.40	0.56	0.28	0.49	0.16	0.53	0.16
O2'	0.60	0.30	0.55	0.56	0.27	0.81	0.23	0.78	0.38	0.25	0.42	0.36	0.34	0.19	0.36	0.82	0.66	0.73	0.57	0.51	0.56	0.36	0.36
O3'	0.48	0.18	0.45	0.43	0.16	0.67	0.18	0.62	0.35	0.10	0.30	0.26	0.28	0.18	0.24	0.73	0.54	0.60	0.40	0.54	0.36	0.48	0.24
O4'	0.57	0.26	0.53	0.46	0.27	0.61	0.10	0.51	0.22	0.19	0.16	0.40	0.41	0.09	0.35	0.78	0.52	0.62	0.32	0.42	0.16	0.51	0.13
O5'	0.62	0.52	0.58	0.48	0.43	0.63	0.25	0.51	0.22	0.29	0.30	0.70	0.58	0.21	0.45	0.82	0.52	0.66	0.33	0.31	0.27	0.57	0.25
O6	0.35	0.28	0.32	0.30	0.27	0.30	0.13	0.22	0.09	0.16	0.14	0.32	0.34	0.13	0.27	0.37	0.32	0.36	0.22	0.23	0.31	0.59	0.30
OP1	0.68	0.70	0.68	0.55	0.54	0.66	0.38	0.52	0.35	0.37	0.49	0.91	0.72	0.31	0.53	0.94	0.61	0.68	0.35	0.32	0.38	0.64	0.35
OP2	0.51	0.52	0.45	0.31	0.39	0.46	0.27	0.35	0.25	0.29	0.33	0.71	0.54	0.28	0.38	0.68	0.34	0.54	0.23	0.33	0.55	0.84	0.52
P	0.68	0.67	0.64	0.51	0.54	0.65	0.38	0.52	0.34	0.39	0.47	0.87	0.70	0.33	0.54	0.89	0.55	0.70	0.35	0.32	0.39	0.64	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.05	0.34	0.19
C2	0.04	0.00	0.12	0.27	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.33	0.06	0.23	0.01	0.33	0.68	0.43
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.02	0.02	0.01	0.05	0.07	0.09	0.15	0.13	0.05	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.03	0.10	0.29	0.15
C3'	0.03	0.27	0.00	0.00	0.21	0.00	0.20	0.01	0.23	0.09	0.27	0.28	0.24	0.13	0.12	0.01	0.00	0.01	0.08	0.23	0.15	0.19	0.11
C4	0.02	0.01	0.06	0.21	0.00	0.09	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.23	0.03	0.20	0.01	0.30	0.62	0.41
C4'	0.01	0.09	0.02	0.00	0.09	0.00	0.11	0.01	0.11	0.07	0.11	0.09	0.08	0.10	0.06	0.09	0.02	0.01	0.02	0.13	0.14	0.13	0.06
C5	0.02	0.01	0.02	0.20	0.00	0.11	0.00	0.19	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.25	0.03	0.25	0.01	0.45	0.73	0.51
C5'	0.01	0.14	0.01	0.01	0.14	0.01	0.19	0.00	0.21	0.16	0.18	0.13	0.11	0.20	0.11	0.08	0.03	0.01	0.01	0.24	0.16	0.02	0.02
C6	0.03	0.00	0.05	0.23	0.01	0.11	0.00	0.21	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.31	0.03	0.29	0.01	0.52	0.79	0.55
C8	0.01	0.01	0.07	0.09	0.01	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.03	0.16	0.01	0.34	0.57	0.42
N1	0.04	0.00	0.09	0.27	0.01	0.11	0.01	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.35	0.05	0.27	0.01	0.45	0.76	0.51
N2	0.04	0.00	0.15	0.28	0.01	0.09	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.36	0.07	0.22	0.02	0.30	0.67	0.41
N3	0.04	0.00	0.13	0.24	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.28	0.06	0.18	0.01	0.24	0.60	0.37
N7	0.01	0.01	0.05	0.13	0.01	0.10	0.00	0.20	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.18	0.03	0.24	0.01	0.49	0.72	0.53
N9	0.01	0.01	0.01	0.12	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.12	0.01	0.13	0.01	0.21	0.50	0.33
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.06	0.09	0.07	0.08	0.09	0.04	0.10	0.10	0.09	0.06	0.03	0.00	0.08	0.11	0.06	0.08	0.16	0.24	0.11
O3'	0.01	0.33	0.02	0.00	0.23	0.02	0.25	0.03	0.31	0.11	0.35	0.36	0.28	0.18	0.12	0.08	0.00	0.02	0.13	0.32	0.26	0.16	0.11
O4'	0.00	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.07	0.06	0.03	0.01	0.11	0.02	0.00	0.10	0.03	0.08	0.22	0.13
O5'	0.03	0.23	0.04	0.08	0.20	0.02	0.25	0.01	0.29	0.16	0.27	0.22	0.18	0.24	0.13	0.06	0.13	0.10	0.00	0.32	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.03	0.23	0.01	0.13	0.01	0.24	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	0.32	0.03	0.32	0.00	0.62	0.84	0.61
OP1	0.05	0.33	0.10	0.15	0.30	0.14	0.45	0.16	0.52	0.34	0.45	0.30	0.24	0.49	0.21	0.16	0.26	0.08	0.01	0.62	0.00	0.01	0.00
OP2	0.34	0.68	0.29	0.19	0.62	0.13	0.73	0.02	0.79	0.57	0.76	0.67	0.60	0.72	0.50	0.24	0.16	0.22	0.02	0.84	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.43	0.15	0.11	0.41	0.06	0.51	0.02	0.55	0.42	0.51	0.41	0.37	0.53	0.33	0.11	0.11	0.13	0.00	0.61	0.00	0.01	0.00