ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.020, 0.034, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.043 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.021, 0.050, 0.080, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.040, 0.070, 0.101, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.070 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.071, 0.119, 0.167, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.119 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.097, 0.163, 0.229, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.163 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.141, 0.235, 0.328, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.235 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.127, 0.223, 0.319, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.223 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.112, 0.241, 0.370, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.241 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.222, 0.365, 0.509, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.365 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.143, 0.289, 0.435, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.289 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.171, 0.324, 0.476, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.324 std_dev=0.152
C8 B 0, 0.239, 0.412, 0.586, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.412 std_dev=0.174
N7 B 0, 0.290, 0.478, 0.666, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.478 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.136, 0.326, 0.516, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.326 std_dev=0.190
N9 B 0, 0.148, 0.341, 0.533, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.341 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.200, 0.398, 0.595, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.398 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.231, 0.434, 0.637, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.434 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.152, 0.362, 0.572, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.362 std_dev=0.210
C5' B 0, 0.225, 0.440, 0.655, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.440 std_dev=0.215
P B 0, 0.253, 0.469, 0.684, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.469 std_dev=0.215
P A 0, 0.177, 0.393, 0.609, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.393 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.212, 0.428, 0.645, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.428 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.188, 0.423, 0.659, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.423 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.260, 0.503, 0.746, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.503 std_dev=0.243
O6 B 0, 0.227, 0.471, 0.716, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.471 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.197, 0.444, 0.691, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.444 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.289, 0.538, 0.787, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.538 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.199, 0.454, 0.710, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.454 std_dev=0.256
C3' B 0, 0.305, 0.571, 0.837, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.571 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.209, 0.477, 0.745, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.477 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.355, 0.627, 0.899, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.627 std_dev=0.272
OP1 A 0, 0.200, 0.478, 0.756, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.478 std_dev=0.278
OP1 B 0, 0.254, 0.538, 0.822, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.538 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.227, 0.514, 0.800, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.514 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.246, 0.564, 0.883, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.564 std_dev=0.319
O3' B 0, 0.394, 0.719, 1.045, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.719 std_dev=0.326
O2' B 0, 0.509, 0.888, 1.266, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.888 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.05 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.06 0.15 0.01 0.12 0.17 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.10 0.08 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.09 0.01 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.05 0.15 0.18 0.13 0.08 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.12 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.12 0.01 0.11 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.17 0.11 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.05 0.14 0.01 0.11 0.18 0.13
N2 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.18 0.01 0.17 0.21 0.17
N3 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.12 0.01 0.08 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.07 0.02 0.16 0.13 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.12 0.09 0.10
O2' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.00 0.04 0.07 0.09 0.05 0.11 0.10 0.09
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.13 0.09 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.04
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.07
O5' 0.04 0.15 0.03 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.07 0.14 0.18 0.12 0.07 0.06 0.09 0.03 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.12 0.00 0.13 0.17 0.14
OP1 0.10 0.12 0.06 0.03 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.17 0.11 0.17 0.08 0.16 0.12 0.11 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.17 0.05 0.06 0.11 0.04 0.13 0.04 0.16 0.11 0.18 0.21 0.13 0.13 0.09 0.10 0.10 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.13 0.17 0.09 0.13 0.10 0.09 0.04 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.12 0.04 0.11 0.17 0.08 0.10 0.08 0.18 0.10 0.18 0.07 0.08 0.11 0.15 0.04 0.08 0.03
C2 0.25 0.17 0.24 0.20 0.15 0.20 0.06 0.13 0.06 0.09 0.10 0.20 0.22 0.08 0.17 0.30 0.21 0.22 0.17 0.10 0.14 0.22 0.14
C2' 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.09 0.17 0.05 0.16 0.21 0.12 0.09 0.10 0.22 0.14 0.15 0.07 0.11 0.10 0.19 0.06 0.07 0.04
C3' 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.11 0.18 0.07 0.18 0.21 0.15 0.12 0.12 0.23 0.13 0.14 0.09 0.13 0.06 0.22 0.01 0.07 0.01
C4 0.14 0.12 0.16 0.12 0.06 0.13 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.15 0.13 0.13 0.06 0.25 0.15 0.11 0.16 0.13 0.09 0.16 0.09
C4' 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.16 0.06 0.17 0.20 0.13 0.12 0.12 0.22 0.13 0.15 0.08 0.13 0.05 0.21 0.06 0.08 0.03
C5 0.12 0.16 0.16 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.14 0.12 0.14 0.20 0.15 0.15 0.08 0.25 0.15 0.09 0.17 0.16 0.10 0.17 0.10
C5' 0.16 0.18 0.15 0.12 0.17 0.12 0.20 0.08 0.21 0.22 0.19 0.19 0.17 0.25 0.16 0.17 0.11 0.16 0.07 0.25 0.10 0.10 0.06
C6 0.15 0.20 0.19 0.15 0.13 0.14 0.14 0.11 0.17 0.10 0.18 0.24 0.20 0.14 0.10 0.27 0.18 0.12 0.18 0.19 0.12 0.20 0.12
C8 0.10 0.14 0.13 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08 0.14 0.16 0.13 0.17 0.12 0.17 0.10 0.22 0.12 0.08 0.17 0.16 0.08 0.12 0.07
N1 0.22 0.21 0.23 0.19 0.16 0.18 0.12 0.13 0.13 0.10 0.15 0.24 0.24 0.12 0.15 0.30 0.21 0.18 0.18 0.16 0.14 0.22 0.14
N2 0.29 0.22 0.28 0.23 0.23 0.22 0.12 0.15 0.07 0.17 0.14 0.23 0.27 0.10 0.25 0.31 0.24 0.27 0.17 0.06 0.18 0.24 0.16
N3 0.21 0.12 0.21 0.17 0.10 0.18 0.05 0.12 0.06 0.09 0.07 0.15 0.16 0.10 0.12 0.27 0.18 0.20 0.15 0.10 0.11 0.18 0.11
N7 0.10 0.17 0.14 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.16 0.15 0.16 0.21 0.15 0.17 0.10 0.23 0.14 0.08 0.18 0.18 0.09 0.15 0.09
N9 0.10 0.10 0.12 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.11 0.15 0.09 0.14 0.10 0.16 0.07 0.21 0.11 0.06 0.15 0.14 0.06 0.12 0.06
O2' 0.16 0.13 0.15 0.15 0.16 0.15 0.20 0.12 0.19 0.25 0.15 0.11 0.13 0.25 0.18 0.16 0.14 0.16 0.10 0.22 0.07 0.07 0.05
O3' 0.11 0.15 0.10 0.09 0.16 0.09 0.22 0.07 0.23 0.23 0.19 0.13 0.13 0.26 0.15 0.11 0.08 0.11 0.02 0.27 0.02 0.03 0.00
O4' 0.12 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.12 0.05 0.11 0.18 0.07 0.10 0.09 0.19 0.11 0.18 0.08 0.11 0.09 0.15 0.03 0.08 0.02
O5' 0.15 0.16 0.14 0.11 0.14 0.11 0.18 0.07 0.19 0.20 0.17 0.18 0.16 0.23 0.14 0.18 0.10 0.15 0.07 0.23 0.13 0.11 0.07
O6 0.14 0.25 0.18 0.14 0.15 0.13 0.17 0.11 0.21 0.12 0.23 0.29 0.22 0.16 0.11 0.26 0.18 0.11 0.18 0.22 0.12 0.20 0.12
OP1 0.21 0.21 0.19 0.14 0.17 0.15 0.17 0.08 0.18 0.19 0.18 0.25 0.21 0.21 0.17 0.25 0.12 0.19 0.07 0.22 0.14 0.12 0.08
OP2 0.22 0.26 0.19 0.15 0.22 0.14 0.23 0.10 0.25 0.23 0.25 0.28 0.25 0.26 0.21 0.22 0.14 0.20 0.12 0.28 0.20 0.15 0.12
P 0.21 0.21 0.19 0.14 0.18 0.15 0.18 0.08 0.19 0.20 0.20 0.25 0.21 0.22 0.18 0.23 0.12 0.20 0.09 0.23 0.15 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.15 0.01 0.19 0.27 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.11 0.12 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.13 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.16 0.01 0.19 0.25 0.19
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.08 0.02
C5 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.21 0.01 0.27 0.31 0.26
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.10 0.04 0.05 0.17 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00 0.16 0.09 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.22 0.00 0.30 0.34 0.28
C8 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.21 0.02 0.24 0.25 0.24
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.19 0.00 0.26 0.31 0.24
N2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.03 0.13 0.01 0.17 0.26 0.17
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.13 0.01 0.15 0.23 0.15
N7 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.24 0.02 0.31 0.33 0.29
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.16 0.20 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.08 0.10 0.10 0.04
O3' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.09 0.17 0.08 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.13 0.05
O5' 0.07 0.15 0.06 0.06 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.21 0.19 0.13 0.13 0.24 0.14 0.03 0.07 0.05 0.00 0.25 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.03 0.25 0.00 0.36 0.37 0.32
OP1 0.07 0.19 0.11 0.13 0.19 0.08 0.27 0.09 0.30 0.24 0.26 0.17 0.15 0.31 0.16 0.10 0.17 0.04 0.02 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.27 0.12 0.09 0.25 0.08 0.31 0.03 0.34 0.25 0.31 0.26 0.23 0.33 0.20 0.10 0.08 0.13 0.02 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.19 0.07 0.06 0.19 0.02 0.26 0.01 0.28 0.24 0.24 0.17 0.15 0.29 0.16 0.04 0.08 0.05 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00