ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.031, 0.056, 0.080, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.056 std_dev=0.025
C4' A 0, 0.048, 0.085, 0.122, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.085 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.041, 0.079, 0.116, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.079 std_dev=0.037
C5' A 0, 0.060, 0.114, 0.169, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.114 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.077, 0.150, 0.223, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.150 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.093, 0.169, 0.245, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.169 std_dev=0.076
C8 B 0, 0.062, 0.141, 0.219, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.141 std_dev=0.078
N7 B 0, 0.108, 0.193, 0.278, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.193 std_dev=0.085
N9 B 0, 0.028, 0.116, 0.203, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.116 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.052, 0.140, 0.228, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.140 std_dev=0.088
C4 B 0, 0.068, 0.159, 0.251, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.159 std_dev=0.092
C5 B 0, 0.095, 0.203, 0.311, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.203 std_dev=0.108
C3' B 0, 0.086, 0.209, 0.332, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.209 std_dev=0.123
P A 0, 0.169, 0.309, 0.449, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.309 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.126, 0.273, 0.420, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.273 std_dev=0.147
O3' B 0, 0.091, 0.246, 0.401, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.246 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.189, 0.350, 0.510, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.350 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.192, 0.354, 0.516, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.354 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.230, 0.400, 0.570, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.400 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.227, 0.398, 0.570, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.398 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.063, 0.237, 0.411, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.237 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.029, 0.205, 0.381, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.205 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.148, 0.325, 0.503, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.325 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.139, 0.323, 0.506, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.323 std_dev=0.183
O6 B 0, 0.260, 0.453, 0.647, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.453 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.212, 0.411, 0.610, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.411 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.179, 0.379, 0.578, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.379 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.279, 0.480, 0.681, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.480 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.270, 0.475, 0.680, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.475 std_dev=0.205
P B 0, 0.283, 0.510, 0.737, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.510 std_dev=0.227
N2 B 0, 0.262, 0.526, 0.790, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.526 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.186, 0.472, 0.758, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.472 std_dev=0.286
OP2 B 0, 0.394, 0.691, 0.988, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.691 std_dev=0.297
OP1 B 0, 0.441, 0.782, 1.122, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.782 std_dev=0.341

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.08 0.19 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.17 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.20 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.13 0.22 0.13
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.17 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.11 0.21 0.12
N2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.18 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.17 0.09
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.13 0.21 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.08
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.10 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03
O5' 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.16 0.23 0.14
OP1 0.03 0.08 0.01 0.01 0.08 0.04 0.11 0.04 0.13 0.09 0.11 0.07 0.06 0.13 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.19 0.12 0.10 0.17 0.04 0.20 0.00 0.22 0.17 0.21 0.18 0.17 0.21 0.15 0.10 0.10 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.06 0.06 0.10 0.02 0.12 0.00 0.13 0.10 0.12 0.09 0.09 0.12 0.08 0.03 0.06 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.10 0.11 0.08 0.11 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.15 0.08 0.10 0.08
C2 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.05 0.09 0.16 0.14 0.09 0.05 0.11 0.09 0.09 0.06 0.13 0.07 0.10 0.07
C2' 0.04 0.09 0.04 0.04 0.08 0.06 0.12 0.07 0.14 0.10 0.11 0.12 0.08 0.13 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.17 0.09 0.12 0.09
C3' 0.04 0.10 0.05 0.05 0.08 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.12 0.14 0.09 0.12 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.17 0.09 0.12 0.10
C4 0.06 0.12 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.11 0.16 0.11 0.10 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.15 0.07 0.10 0.07
C4' 0.04 0.09 0.05 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.12 0.08 0.10 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.14 0.08 0.10 0.08
C5 0.06 0.13 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.12 0.06 0.12 0.18 0.11 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.16 0.07 0.10 0.07
C5' 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.14 0.09 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08
C6 0.07 0.15 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.12 0.05 0.13 0.19 0.12 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.16 0.07 0.10 0.07
C8 0.05 0.11 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.12 0.16 0.10 0.10 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.16 0.07 0.10 0.07
N1 0.08 0.15 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.05 0.11 0.18 0.14 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.05 0.14 0.07 0.10 0.07
N2 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.11 0.06 0.09 0.07 0.04 0.06 0.13 0.13 0.08 0.07 0.14 0.12 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07
N3 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.06 0.09 0.15 0.11 0.10 0.05 0.10 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.10 0.07
N7 0.06 0.12 0.05 0.04 0.07 0.07 0.09 0.06 0.12 0.06 0.12 0.17 0.10 0.09 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.16 0.07 0.10 0.07
N9 0.05 0.10 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07 0.12 0.07 0.11 0.15 0.09 0.10 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.15 0.07 0.10 0.08
O2' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.08 0.06 0.12 0.08 0.14 0.11 0.11 0.08 0.06 0.14 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.17 0.09 0.10 0.09
O3' 0.03 0.10 0.03 0.04 0.08 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.12 0.13 0.08 0.14 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.18 0.10 0.13 0.10
O4' 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.09 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.13 0.07 0.09 0.08
O5' 0.05 0.10 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.10 0.13 0.09 0.09 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.14 0.08 0.10 0.08
O6 0.06 0.14 0.05 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.11 0.05 0.13 0.19 0.12 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.16 0.07 0.10 0.07
OP1 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.12 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03
OP2 0.16 0.17 0.14 0.14 0.15 0.17 0.13 0.17 0.12 0.13 0.14 0.20 0.17 0.12 0.15 0.13 0.13 0.18 0.16 0.10 0.15 0.17 0.15
P 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.04 0.04 0.07 0.13 0.10 0.03 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04
N2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03
OP1 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00