ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.008, 0.037, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.010, 0.041, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.013, 0.055, 0.098, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.042
C5 B 0, 0.083, 0.318, 0.552, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.318 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.149, 0.391, 0.633, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.391 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.091, 0.343, 0.594, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.343 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.115, 0.380, 0.644, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.380 std_dev=0.264
N7 B 0, 0.072, 0.343, 0.614, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.343 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.157, 0.473, 0.788, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.473 std_dev=0.316
C2' A 0, 0.082, 0.401, 0.721, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.401 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.172, 0.528, 0.884, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.528 std_dev=0.356
C2 B 0, 0.190, 0.568, 0.946, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.568 std_dev=0.378
O6 B 0, 0.116, 0.498, 0.880, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.498 std_dev=0.382
O2' A 0, 0.165, 0.559, 0.953, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.559 std_dev=0.394
O4' A 0, 0.110, 0.525, 0.939, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.525 std_dev=0.414
N3 B 0, 0.195, 0.643, 1.092, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.643 std_dev=0.449
N2 B 0, 0.235, 0.744, 1.253, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.744 std_dev=0.509
C1' B 0, 0.254, 0.793, 1.333, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.793 std_dev=0.539
C5' A 0, 0.199, 0.867, 1.534, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.867 std_dev=0.667
C4' A 0, 0.145, 0.836, 1.527, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.836 std_dev=0.691
C3' A 0, 0.244, 1.047, 1.850, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.047 std_dev=0.803
O2' B 0, 0.460, 1.461, 2.461, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.461 std_dev=1.000
O5' A 0, 0.388, 1.523, 2.657, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.523 std_dev=1.134
C2' B 0, 0.492, 1.683, 2.875, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.683 std_dev=1.191
OP1 A 0, 0.554, 1.837, 3.119, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.837 std_dev=1.282
P A 0, 0.542, 1.868, 3.193, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.868 std_dev=1.325
O3' A 0, 0.454, 1.800, 3.146, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.800 std_dev=1.346
O4' B 0, 0.614, 1.993, 3.372, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.993 std_dev=1.379
C3' B 0, 0.848, 2.699, 4.550, 4.458 max_d=4.458 avg_d=2.699 std_dev=1.851
C4' B 0, 0.900, 2.905, 4.911, 4.934 max_d=4.934 avg_d=2.905 std_dev=2.005
O5' B 0, 0.654, 2.677, 4.700, 5.019 max_d=5.019 avg_d=2.677 std_dev=2.023
OP2 A 0, 0.903, 2.933, 4.964, 4.730 max_d=4.730 avg_d=2.933 std_dev=2.030
OP2 B 0, 0.442, 2.589, 4.735, 5.691 max_d=5.691 avg_d=2.589 std_dev=2.147
O3' B 0, 1.013, 3.169, 5.326, 5.028 max_d=5.028 avg_d=3.169 std_dev=2.157
P B 0, 0.547, 2.783, 5.019, 5.696 max_d=5.696 avg_d=2.783 std_dev=2.236
OP1 B 0, 0.290, 2.907, 5.524, 6.841 max_d=6.841 avg_d=2.907 std_dev=2.617
C5' B 0, 1.105, 3.762, 6.420, 6.542 max_d=6.542 avg_d=3.762 std_dev=2.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.12 0.02 0.18 0.10 0.14
C2 0.03 0.00 0.21 0.33 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.29 0.11 0.22 0.01 0.34 0.35 0.31
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.14 0.03 0.10 0.18 0.14 0.05 0.18 0.24 0.21 0.05 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.12 0.23 0.16 0.06
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.31 0.01 0.36 0.04 0.40 0.25 0.38 0.31 0.28 0.34 0.22 0.04 0.01 0.01 0.25 0.43 0.32 0.38 0.24
C4 0.01 0.00 0.14 0.31 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.25 0.06 0.21 0.01 0.36 0.31 0.30
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.14 0.12 0.11 0.06 0.06 0.14 0.08 0.22 0.03 0.01 0.03 0.16 0.09 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.35 0.04 0.27 0.01 0.49 0.43 0.39
C5' 0.13 0.18 0.18 0.04 0.19 0.01 0.24 0.00 0.25 0.24 0.22 0.15 0.15 0.26 0.18 0.08 0.13 0.02 0.01 0.28 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.40 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.41 0.06 0.30 0.00 0.53 0.49 0.43
C8 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.23 0.05 0.21 0.02 0.48 0.32 0.34
N1 0.02 0.00 0.18 0.38 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.37 0.10 0.27 0.01 0.45 0.44 0.38
N2 0.03 0.00 0.24 0.31 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.28 0.13 0.21 0.01 0.30 0.34 0.29
N3 0.03 0.00 0.21 0.28 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.22 0.10 0.18 0.01 0.29 0.28 0.26
N7 0.01 0.01 0.05 0.34 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.34 0.02 0.28 0.03 0.57 0.47 0.42
N9 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.15 0.01 0.16 0.01 0.33 0.22 0.25
O2' 0.03 0.15 0.00 0.04 0.15 0.22 0.17 0.08 0.18 0.13 0.17 0.14 0.14 0.16 0.12 0.00 0.14 0.14 0.09 0.19 0.16 0.16 0.10
O3' 0.11 0.29 0.05 0.01 0.25 0.03 0.35 0.13 0.41 0.23 0.37 0.28 0.22 0.34 0.15 0.14 0.00 0.12 0.34 0.46 0.57 0.45 0.35
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.10 0.13 0.10 0.02 0.01 0.14 0.12 0.00 0.14 0.06 0.11 0.19 0.15
O5' 0.12 0.22 0.06 0.25 0.21 0.03 0.27 0.01 0.30 0.21 0.27 0.21 0.18 0.28 0.16 0.09 0.34 0.14 0.00 0.33 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.12 0.43 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.46 0.06 0.33 0.00 0.61 0.57 0.48
OP1 0.18 0.34 0.23 0.32 0.36 0.09 0.49 0.04 0.53 0.48 0.45 0.30 0.29 0.57 0.33 0.16 0.57 0.11 0.02 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.35 0.16 0.38 0.31 0.07 0.43 0.02 0.49 0.32 0.44 0.34 0.28 0.47 0.22 0.16 0.45 0.19 0.01 0.57 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.31 0.06 0.24 0.30 0.05 0.39 0.01 0.43 0.34 0.38 0.29 0.26 0.42 0.25 0.10 0.35 0.15 0.00 0.48 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.29 0.14 0.58 0.22 1.18 0.13 1.39 0.11 0.25 0.15 0.49 0.34 0.21 0.29 0.17 0.85 1.15 1.21 0.22 1.07 1.50 1.26
C2 0.41 0.34 0.44 0.54 0.26 0.92 0.12 1.20 0.21 0.22 0.26 0.41 0.38 0.20 0.30 0.39 0.65 0.84 1.14 0.31 1.03 1.70 1.30
C2' 0.26 0.34 0.27 0.67 0.14 1.19 0.15 1.45 0.23 0.09 0.26 0.53 0.32 0.19 0.10 0.35 0.97 1.01 1.13 0.33 1.07 1.34 1.17
C3' 0.48 0.34 0.30 0.89 0.24 1.42 0.12 1.61 0.19 0.15 0.19 0.53 0.42 0.14 0.28 0.18 1.26 1.24 1.25 0.33 1.18 1.37 1.24
C4 0.39 0.31 0.21 0.46 0.23 0.99 0.12 1.24 0.11 0.24 0.15 0.44 0.36 0.22 0.28 0.20 0.63 0.99 1.13 0.28 0.96 1.64 1.25
C4' 0.59 0.42 0.22 0.73 0.41 1.32 0.29 1.49 0.20 0.39 0.23 0.57 0.51 0.31 0.46 0.26 1.06 1.28 1.28 0.17 1.16 1.49 1.30
C5 0.37 0.30 0.18 0.33 0.25 0.85 0.16 1.08 0.10 0.25 0.11 0.40 0.34 0.23 0.29 0.21 0.48 0.87 1.03 0.28 0.83 1.68 1.20
C5' 0.65 0.53 0.29 0.70 0.51 1.33 0.39 1.52 0.31 0.46 0.37 0.63 0.59 0.38 0.54 0.36 0.99 1.32 1.34 0.24 1.19 1.57 1.36
C6 0.35 0.29 0.26 0.28 0.25 0.72 0.15 0.95 0.11 0.24 0.16 0.36 0.32 0.22 0.28 0.31 0.39 0.73 0.94 0.29 0.77 1.72 1.16
C8 0.38 0.28 0.09 0.36 0.25 0.96 0.20 1.18 0.16 0.27 0.11 0.42 0.33 0.25 0.30 0.12 0.55 0.99 1.09 0.28 0.87 1.61 1.20
N1 0.37 0.31 0.38 0.38 0.26 0.74 0.14 0.99 0.17 0.23 0.22 0.36 0.34 0.21 0.29 0.40 0.47 0.70 0.98 0.32 0.86 1.74 1.21
N2 0.45 0.36 0.61 0.68 0.30 0.93 0.21 1.26 0.27 0.22 0.31 0.41 0.39 0.22 0.33 0.53 0.75 0.75 1.22 0.32 1.16 1.72 1.37
N3 0.41 0.35 0.34 0.58 0.22 1.07 0.06 1.33 0.16 0.22 0.24 0.45 0.39 0.19 0.28 0.28 0.75 1.01 1.20 0.28 1.07 1.63 1.30
N7 0.37 0.29 0.11 0.29 0.26 0.85 0.20 1.08 0.16 0.26 0.12 0.40 0.33 0.25 0.29 0.15 0.44 0.90 1.02 0.28 0.79 1.66 1.17
N9 0.39 0.29 0.13 0.46 0.23 1.05 0.15 1.28 0.12 0.25 0.12 0.46 0.34 0.23 0.29 0.14 0.68 1.05 1.15 0.26 0.97 1.58 1.24
O2' 0.35 0.39 0.35 0.88 0.19 1.43 0.10 1.75 0.16 0.19 0.27 0.59 0.37 0.17 0.21 0.39 1.17 1.17 1.42 0.21 1.40 1.53 1.46
O3' 0.78 0.53 0.63 1.30 0.47 1.78 0.25 1.93 0.17 0.36 0.27 0.70 0.66 0.22 0.53 0.43 1.75 1.52 1.51 0.21 1.48 1.48 1.46
O4' 0.63 0.45 0.22 0.65 0.47 1.26 0.36 1.42 0.25 0.47 0.25 0.59 0.55 0.39 0.53 0.24 0.93 1.30 1.29 0.19 1.13 1.57 1.32
O5' 0.73 0.76 0.35 0.74 0.63 1.32 0.50 1.47 0.46 0.52 0.58 0.94 0.76 0.44 0.62 0.36 1.03 1.35 1.30 0.34 1.10 1.57 1.31
O6 0.33 0.27 0.25 0.20 0.25 0.60 0.17 0.81 0.13 0.23 0.17 0.33 0.30 0.21 0.27 0.33 0.27 0.64 0.83 0.26 0.65 1.71 1.10
OP1 0.73 0.80 0.35 0.73 0.69 1.34 0.63 1.55 0.65 0.60 0.74 0.91 0.77 0.57 0.67 0.33 0.98 1.37 1.39 0.60 1.17 1.67 1.41
OP2 0.84 1.00 0.51 0.80 0.81 1.28 0.71 1.38 0.72 0.65 0.87 1.19 0.95 0.62 0.76 0.53 1.10 1.34 1.23 0.63 0.93 1.54 1.19
P 0.71 0.77 0.34 0.70 0.64 1.26 0.55 1.41 0.54 0.53 0.65 0.93 0.75 0.49 0.62 0.30 0.98 1.30 1.24 0.47 0.99 1.53 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.24 0.02 0.31 0.47 0.20
C2 0.06 0.00 0.48 0.40 0.02 0.24 0.01 0.36 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.32 0.27 0.45 0.49 0.03 0.31 0.95 0.47
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.26 0.02 0.15 0.17 0.24 0.18 0.38 0.57 0.46 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.57 0.19 0.85 0.72 0.64
C3' 0.03 0.40 0.01 0.00 0.35 0.01 0.42 0.04 0.46 0.31 0.45 0.38 0.33 0.39 0.26 0.02 0.01 0.02 0.31 0.49 0.67 0.37 0.36
C4 0.02 0.02 0.26 0.35 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.23 0.39 0.01 0.25 0.91 0.42
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.16 0.35 0.18 0.33 0.23 0.31 0.15 0.23 0.06 0.01 0.01 0.19 0.17 0.25 0.14
C5 0.02 0.01 0.15 0.42 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.28 0.09 0.40 0.02 0.31 1.12 0.53
C5' 0.08 0.36 0.17 0.04 0.22 0.00 0.28 0.00 0.29 0.44 0.32 0.45 0.34 0.43 0.19 0.07 0.16 0.04 0.01 0.34 0.35 0.27 0.03
C6 0.03 0.01 0.24 0.46 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.33 0.19 0.44 0.01 0.35 1.18 0.58
C8 0.01 0.03 0.18 0.31 0.01 0.35 0.01 0.44 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.43 0.21 0.27 0.38 0.04 0.27 1.01 0.49
N1 0.05 0.00 0.38 0.45 0.03 0.18 0.02 0.32 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.16 0.32 0.35 0.47 0.02 0.32 1.10 0.54
N2 0.07 0.00 0.57 0.38 0.03 0.33 0.01 0.45 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.49 0.28 0.54 0.53 0.04 0.34 0.90 0.48
N3 0.05 0.01 0.46 0.33 0.01 0.23 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.31 0.21 0.45 0.45 0.02 0.30 0.83 0.42
N7 0.01 0.02 0.07 0.39 0.00 0.31 0.01 0.43 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.37 0.28 0.15 0.42 0.04 0.39 1.20 0.60
N9 0.01 0.04 0.04 0.26 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.17 0.11 0.02 0.30 0.02 0.21 0.79 0.33
O2' 0.03 0.32 0.00 0.02 0.05 0.23 0.14 0.07 0.06 0.43 0.16 0.49 0.31 0.37 0.17 0.00 0.04 0.17 0.33 0.12 0.70 0.57 0.48
O3' 0.17 0.27 0.02 0.01 0.19 0.06 0.28 0.16 0.33 0.21 0.32 0.28 0.21 0.28 0.11 0.04 0.00 0.15 0.13 0.38 0.55 0.34 0.20
O4' 0.00 0.45 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.04 0.19 0.27 0.35 0.54 0.45 0.15 0.02 0.17 0.15 0.00 0.12 0.13 0.17 0.33 0.19
O5' 0.24 0.49 0.57 0.31 0.39 0.01 0.40 0.01 0.44 0.38 0.47 0.53 0.45 0.42 0.30 0.33 0.13 0.12 0.00 0.45 0.03 0.05 0.01
O6 0.02 0.03 0.19 0.49 0.01 0.19 0.02 0.34 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.12 0.38 0.13 0.45 0.00 0.43 1.28 0.64
OP1 0.31 0.31 0.85 0.67 0.25 0.17 0.31 0.35 0.35 0.27 0.32 0.34 0.30 0.39 0.21 0.70 0.55 0.17 0.03 0.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.95 0.72 0.37 0.91 0.25 1.12 0.27 1.18 1.01 1.10 0.90 0.83 1.20 0.79 0.57 0.34 0.33 0.05 1.28 0.02 0.00 0.02
P 0.20 0.47 0.64 0.36 0.42 0.14 0.53 0.03 0.58 0.49 0.54 0.48 0.42 0.60 0.33 0.48 0.20 0.19 0.01 0.64 0.01 0.02 0.00