ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.027, 0.055, 0.082, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.055 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.027, 0.056, 0.085, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.056 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.026, 0.055, 0.085, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.055 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.027, 0.058, 0.089, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.058 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.033, 0.068, 0.104, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.068 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.036, 0.073, 0.109, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.073 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.035, 0.072, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.072 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.036, 0.081, 0.126, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.081 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.050, 0.100, 0.150, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.100 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.091, 0.199, 0.307, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.199 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.111, 0.235, 0.359, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.235 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.143, 0.290, 0.436, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.290 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.174, 0.349, 0.525, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.349 std_dev=0.176
C3' B 0, 0.198, 0.397, 0.597, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.397 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.249, 0.500, 0.750, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.500 std_dev=0.250
O5' A 0, 0.249, 0.519, 0.790, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.519 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.301, 0.604, 0.908, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.604 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.302, 0.625, 0.948, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.625 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.337, 0.691, 1.045, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.691 std_dev=0.354
C4 B 0, 0.343, 0.704, 1.066, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.704 std_dev=0.361
C2 B 0, 0.337, 0.701, 1.064, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.701 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.350, 0.720, 1.089, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.720 std_dev=0.370
N7 B 0, 0.356, 0.730, 1.105, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.730 std_dev=0.374
N9 B 0, 0.364, 0.739, 1.115, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.739 std_dev=0.376
N2 B 0, 0.346, 0.728, 1.110, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.728 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.364, 0.746, 1.128, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.746 std_dev=0.382
N3 B 0, 0.364, 0.747, 1.131, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.747 std_dev=0.383
OP2 B 0, 0.361, 0.747, 1.134, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.747 std_dev=0.386
P B 0, 0.387, 0.774, 1.160, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.774 std_dev=0.387
C6 B 0, 0.398, 0.810, 1.222, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.810 std_dev=0.412
P A 0, 0.422, 0.856, 1.289, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.856 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.458, 0.918, 1.378, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.918 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.458, 0.918, 1.379, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.918 std_dev=0.460
C4' B 0, 0.441, 0.914, 1.388, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.914 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.458, 0.950, 1.443, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.950 std_dev=0.493
O6 B 0, 0.492, 0.994, 1.497, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.994 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.496, 1.002, 1.507, 1.351 max_d=1.351 avg_d=1.002 std_dev=0.505
OP1 A 0, 0.525, 1.062, 1.598, 1.429 max_d=1.429 avg_d=1.062 std_dev=0.537
OP1 B 0, 0.530, 1.107, 1.685, 1.578 max_d=1.578 avg_d=1.107 std_dev=0.578
O4' B 0, 0.646, 1.309, 1.973, 1.761 max_d=1.761 avg_d=1.309 std_dev=0.663
C5' B 0, 0.745, 1.502, 2.259, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.502 std_dev=0.757
O5' B 0, 0.806, 1.619, 2.432, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.619 std_dev=0.813
O2' B 0, 1.123, 2.263, 3.404, 2.997 max_d=2.997 avg_d=2.263 std_dev=1.141

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.18 0.15 0.16
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.14 0.10 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.15 0.10 0.13
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.17 0.13 0.15
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.11 0.06 0.10
N1 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.02 0.18 0.15 0.15
N2 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.20 0.18 0.17
N3 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.16 0.13 0.15
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.13 0.07 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.07 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.17 0.13 0.15
OP1 0.05 0.18 0.04 0.03 0.14 0.02 0.15 0.01 0.17 0.11 0.18 0.20 0.16 0.13 0.11 0.03 0.04 0.04 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.15 0.02 0.02 0.10 0.03 0.10 0.02 0.13 0.06 0.15 0.18 0.13 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.05 0.05 0.13 0.01 0.13 0.02 0.15 0.10 0.15 0.17 0.15 0.11 0.11 0.03 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.01 0.05 0.11 0.07 0.06 0.28 0.06 0.04 0.10 0.16 0.14 0.02 0.09 0.09 0.01 0.05 0.14 0.04 0.03 0.04 0.02
C2 0.03 0.07 0.06 0.06 0.03 0.08 0.03 0.23 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.07 0.02 0.04 0.06 0.02 0.23 0.09 0.05 0.10 0.07
C2' 0.10 0.12 0.05 0.09 0.08 0.09 0.05 0.32 0.06 0.02 0.09 0.15 0.12 0.05 0.07 0.06 0.03 0.05 0.15 0.07 0.04 0.03 0.04
C3' 0.16 0.15 0.04 0.03 0.13 0.04 0.09 0.18 0.09 0.08 0.12 0.17 0.16 0.05 0.13 0.03 0.04 0.20 0.10 0.07 0.02 0.03 0.01
C4 0.06 0.10 0.02 0.06 0.05 0.10 0.02 0.27 0.04 0.04 0.07 0.13 0.10 0.07 0.03 0.06 0.04 0.03 0.23 0.07 0.01 0.07 0.05
C4' 0.18 0.18 0.02 0.02 0.17 0.05 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.19 0.18 0.11 0.17 0.03 0.05 0.20 0.06 0.11 0.11 0.03 0.04
C5 0.04 0.07 0.03 0.07 0.01 0.13 0.06 0.30 0.06 0.09 0.04 0.11 0.06 0.12 0.03 0.09 0.07 0.10 0.26 0.11 0.03 0.06 0.07
C5' 0.24 0.25 0.03 0.06 0.25 0.13 0.23 0.04 0.22 0.23 0.24 0.26 0.25 0.22 0.24 0.03 0.10 0.29 0.04 0.20 0.16 0.04 0.06
C6 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.14 0.10 0.29 0.11 0.11 0.04 0.06 0.01 0.14 0.05 0.05 0.09 0.11 0.28 0.16 0.03 0.08 0.08
C8 0.10 0.12 0.07 0.06 0.06 0.13 0.03 0.31 0.03 0.08 0.07 0.16 0.12 0.09 0.06 0.20 0.05 0.08 0.21 0.06 0.06 0.05 0.05
N1 0.02 0.03 0.06 0.07 0.02 0.11 0.07 0.26 0.08 0.08 0.04 0.06 0.02 0.11 0.04 0.02 0.08 0.06 0.26 0.14 0.03 0.09 0.08
N2 0.04 0.07 0.09 0.06 0.04 0.06 0.03 0.20 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.09 0.07 0.03 0.22 0.07 0.09 0.13 0.07
N3 0.06 0.10 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.24 0.05 0.02 0.08 0.12 0.09 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.21 0.07 0.06 0.09 0.05
N7 0.07 0.08 0.07 0.07 0.03 0.15 0.07 0.31 0.06 0.10 0.04 0.13 0.08 0.12 0.05 0.18 0.07 0.13 0.25 0.10 0.06 0.04 0.06
N9 0.10 0.12 0.02 0.05 0.08 0.10 0.02 0.29 0.04 0.04 0.09 0.15 0.13 0.05 0.06 0.12 0.03 0.02 0.20 0.05 0.02 0.05 0.04
O2' 0.07 0.11 0.10 0.16 0.07 0.16 0.06 0.38 0.07 0.04 0.09 0.14 0.11 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.10 0.08 0.06 0.02 0.04
O3' 0.13 0.12 0.11 0.09 0.10 0.05 0.07 0.17 0.08 0.06 0.10 0.14 0.12 0.05 0.10 0.07 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01
O4' 0.16 0.16 0.01 0.02 0.15 0.01 0.11 0.21 0.10 0.10 0.14 0.18 0.17 0.08 0.14 0.06 0.03 0.13 0.11 0.08 0.09 0.04 0.02
O5' 0.15 0.13 0.05 0.03 0.13 0.08 0.11 0.06 0.10 0.12 0.12 0.14 0.14 0.10 0.14 0.06 0.05 0.21 0.05 0.08 0.22 0.04 0.07
O6 0.06 0.04 0.04 0.09 0.08 0.17 0.14 0.30 0.15 0.13 0.09 0.02 0.04 0.17 0.09 0.05 0.11 0.16 0.30 0.21 0.05 0.08 0.10
OP1 0.09 0.06 0.10 0.03 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.15 0.04 0.18 0.04 0.08 0.28 0.06 0.09
OP2 0.14 0.09 0.08 0.06 0.10 0.17 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.10 0.11 0.08 0.12 0.15 0.09 0.27 0.06 0.07 0.32 0.04 0.12
P 0.10 0.08 0.10 0.03 0.08 0.09 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.09 0.15 0.04 0.20 0.04 0.06 0.26 0.06 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.05 0.21 0.05
C2 0.02 0.00 0.14 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.03 0.08 0.18 0.02 0.02 0.18 0.05
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.09 0.05 0.09 0.10 0.17 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.05 0.29 0.05 0.19
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.06 0.24 0.08 0.11
C4 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.19 0.01 0.01 0.18 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.23 0.06
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.21 0.02 0.03 0.16 0.04
C5' 0.04 0.08 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.01 0.00 0.09 0.09 0.16 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.21 0.01 0.04 0.16 0.05
C8 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.06 0.06 0.22 0.03 0.02 0.17 0.03
N1 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.06 0.20 0.02 0.03 0.17 0.05
N2 0.04 0.01 0.17 0.09 0.03 0.05 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.22 0.04 0.11 0.16 0.04 0.03 0.19 0.07
N3 0.02 0.01 0.14 0.07 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.03 0.08 0.17 0.01 0.01 0.19 0.05
N7 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.12 0.05 0.03 0.22 0.03 0.04 0.15 0.04
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.18 0.02 0.02 0.19 0.04
O2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.14 0.09 0.22 0.16 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.28 0.04 0.31 0.10 0.19
O3' 0.07 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.07 0.04 0.19 0.12 0.03
O4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.11 0.08 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.13 0.36 0.20
O5' 0.13 0.18 0.32 0.19 0.19 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.20 0.16 0.17 0.22 0.18 0.28 0.07 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.21 0.00 0.07 0.15 0.06
OP1 0.05 0.02 0.29 0.24 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.31 0.19 0.13 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.18 0.05 0.08 0.18 0.23 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.19 0.19 0.15 0.19 0.10 0.12 0.36 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.19 0.11 0.04 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.19 0.03 0.20 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00