ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O2' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C3' A 0, 0.011, 0.049, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.049 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.011, 0.049, 0.087, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.019, 0.074, 0.129, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.074 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.013, 0.077, 0.140, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.077 std_dev=0.063
P A 0, 0.037, 0.319, 0.601, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.319 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.038, 0.328, 0.618, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.328 std_dev=0.290
OP2 A 0, 0.059, 0.362, 0.665, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.362 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.065, 0.379, 0.693, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.379 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.093, 0.449, 0.805, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.449 std_dev=0.356
O6 B 0, 0.088, 0.448, 0.807, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.448 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.093, 0.460, 0.828, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.460 std_dev=0.367
N2 B 0, 0.102, 0.472, 0.841, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.472 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.102, 0.475, 0.848, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.475 std_dev=0.373
C5 B 0, 0.102, 0.498, 0.895, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.498 std_dev=0.397
N3 B 0, 0.108, 0.507, 0.907, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.507 std_dev=0.399
C4 B 0, 0.105, 0.514, 0.923, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.514 std_dev=0.409
N7 B 0, 0.106, 0.531, 0.956, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.531 std_dev=0.425
N9 B 0, 0.104, 0.549, 0.995, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.549 std_dev=0.445
C8 B 0, 0.105, 0.557, 1.009, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.557 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.109, 0.600, 1.091, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.600 std_dev=0.491
C2' B 0, 0.118, 0.612, 1.105, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.612 std_dev=0.494
C3' B 0, 0.122, 0.655, 1.188, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.655 std_dev=0.533
O2' B 0, 0.122, 0.655, 1.189, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.655 std_dev=0.534
O4' B 0, 0.112, 0.651, 1.191, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.651 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.126, 0.685, 1.244, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.685 std_dev=0.559
OP2 B 0, 0.130, 0.711, 1.292, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.711 std_dev=0.581
C4' B 0, 0.122, 0.710, 1.299, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.710 std_dev=0.589
O5' B 0, 0.132, 0.732, 1.333, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.732 std_dev=0.601
C5' B 0, 0.129, 0.768, 1.407, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.768 std_dev=0.639
P B 0, 0.133, 0.772, 1.412, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.772 std_dev=0.639
OP1 B 0, 0.160, 0.938, 1.717, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.938 std_dev=0.778

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.10 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.18 0.00 0.14 0.08 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.07 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.12 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.13 0.07 0.09
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.22 0.01 0.14 0.08 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.08 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.23 0.00 0.15 0.10 0.13
C8 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.23 0.01 0.12 0.07 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.21 0.00 0.15 0.09 0.12
N2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.16 0.01 0.14 0.08 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.08
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.25 0.01 0.14 0.08 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.17 0.01 0.11 0.07 0.06
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.08 0.13 0.03
O5' 0.10 0.18 0.05 0.04 0.18 0.00 0.22 0.00 0.23 0.23 0.21 0.16 0.16 0.25 0.17 0.02 0.02 0.09 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.25 0.00 0.16 0.12 0.16
OP1 0.09 0.14 0.11 0.12 0.13 0.10 0.14 0.12 0.15 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.11 0.09 0.13 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.03 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.02 0.12 0.00 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.16 0.18 0.18 0.19 0.19 0.20 0.18 0.20 0.21 0.18 0.12 0.16 0.21 0.19 0.20 0.18 0.19 0.17 0.21 0.12 0.07 0.11
C2 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.14 0.06 0.14 0.14 0.05 0.11 0.05 0.18 0.08 0.08 0.05 0.06 0.07 0.18 0.04 0.04 0.04
C2' 0.20 0.15 0.19 0.19 0.19 0.21 0.21 0.20 0.20 0.23 0.17 0.11 0.16 0.23 0.21 0.20 0.19 0.21 0.18 0.20 0.14 0.10 0.13
C3' 0.20 0.14 0.19 0.18 0.18 0.20 0.20 0.19 0.19 0.21 0.16 0.10 0.15 0.22 0.20 0.20 0.19 0.20 0.17 0.19 0.13 0.09 0.12
C4 0.09 0.05 0.10 0.09 0.11 0.10 0.15 0.09 0.15 0.14 0.10 0.04 0.06 0.16 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.18 0.05 0.03 0.04
C4' 0.20 0.16 0.19 0.19 0.18 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.17 0.13 0.16 0.21 0.19 0.21 0.19 0.20 0.17 0.19 0.12 0.07 0.11
C5 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.08 0.06 0.12 0.06 0.10 0.06 0.10 0.07 0.04 0.03 0.13 0.04 0.06 0.03
C5' 0.19 0.15 0.19 0.18 0.17 0.19 0.18 0.18 0.18 0.19 0.16 0.12 0.15 0.19 0.18 0.21 0.19 0.19 0.15 0.18 0.10 0.07 0.10
C6 0.06 0.14 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.07 0.04 0.11 0.18 0.12 0.06 0.05 0.11 0.07 0.03 0.03 0.10 0.08 0.10 0.07
C8 0.10 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.12 0.10 0.07 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.10 0.07 0.15 0.03 0.04 0.03
N1 0.06 0.14 0.09 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.09 0.06 0.10 0.18 0.13 0.10 0.05 0.12 0.07 0.03 0.01 0.14 0.05 0.06 0.04
N2 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.15 0.08 0.13 0.17 0.04 0.11 0.05 0.21 0.09 0.08 0.04 0.06 0.10 0.18 0.07 0.06 0.07
N3 0.11 0.05 0.09 0.10 0.12 0.11 0.17 0.12 0.18 0.17 0.11 0.03 0.06 0.20 0.13 0.10 0.09 0.12 0.12 0.20 0.08 0.05 0.07
N7 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.05 0.03 0.11 0.05 0.08 0.04
N9 0.13 0.10 0.14 0.13 0.14 0.14 0.16 0.13 0.17 0.16 0.14 0.05 0.11 0.18 0.14 0.15 0.13 0.14 0.11 0.19 0.07 0.04 0.06
O2' 0.24 0.19 0.22 0.22 0.22 0.24 0.23 0.24 0.22 0.25 0.20 0.17 0.20 0.25 0.23 0.23 0.21 0.25 0.22 0.22 0.18 0.12 0.16
O3' 0.20 0.14 0.19 0.19 0.19 0.21 0.20 0.21 0.19 0.23 0.16 0.11 0.15 0.23 0.21 0.20 0.19 0.21 0.18 0.19 0.15 0.11 0.14
O4' 0.19 0.16 0.19 0.18 0.18 0.19 0.19 0.18 0.19 0.20 0.18 0.13 0.16 0.20 0.19 0.21 0.19 0.19 0.16 0.20 0.11 0.05 0.10
O5' 0.31 0.30 0.30 0.30 0.32 0.31 0.35 0.30 0.36 0.34 0.34 0.27 0.29 0.36 0.32 0.30 0.29 0.31 0.29 0.38 0.24 0.20 0.24
O6 0.11 0.19 0.12 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.12 0.06 0.18 0.22 0.17 0.04 0.10 0.14 0.10 0.09 0.08 0.09 0.15 0.16 0.14
OP1 0.24 0.19 0.23 0.22 0.22 0.24 0.23 0.22 0.23 0.24 0.21 0.17 0.20 0.25 0.23 0.25 0.22 0.24 0.19 0.23 0.14 0.09 0.13
OP2 0.12 0.09 0.14 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.10 0.13 0.12 0.16 0.14 0.11 0.08 0.13 0.10 0.12 0.10
P 0.18 0.15 0.18 0.17 0.18 0.18 0.20 0.16 0.20 0.20 0.17 0.12 0.15 0.21 0.18 0.19 0.17 0.18 0.14 0.22 0.10 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.15 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.16 0.11
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.17 0.12
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.16 0.11
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.08 0.15 0.10
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.13 0.16 0.12
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.11 0.08
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.17 0.13
OP1 0.04 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.01 0.05 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.15 0.07 0.04 0.14 0.04 0.16 0.01 0.17 0.13 0.16 0.15 0.13 0.16 0.11 0.06 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00