ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.006, 0.026, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.008, 0.036, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.005, 0.039, 0.072, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.013, 0.070, 0.126, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.070 std_dev=0.057
N9 B 0, 0.051, 0.291, 0.532, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.291 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.060, 0.319, 0.578, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.319 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.047, 0.313, 0.579, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.313 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.083, 0.412, 0.741, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.412 std_dev=0.329
C2 B 0, 0.048, 0.493, 0.937, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.493 std_dev=0.445
C8 B 0, -0.008, 0.451, 0.910, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.451 std_dev=0.459
C5 B 0, 0.072, 0.554, 1.036, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.554 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.025, 0.524, 1.024, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.524 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.046, 0.560, 1.074, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.560 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.099, 0.615, 1.131, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.615 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.076, 0.654, 1.232, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.654 std_dev=0.578
N2 B 0, -0.013, 0.565, 1.143, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.565 std_dev=0.578
N7 B 0, 0.030, 0.616, 1.203, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.616 std_dev=0.587
C5' B 0, 0.043, 0.646, 1.248, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.646 std_dev=0.603
N1 B 0, 0.092, 0.696, 1.299, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.696 std_dev=0.603
C6 B 0, 0.108, 0.758, 1.407, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.758 std_dev=0.650
O5' B 0, -0.025, 0.680, 1.386, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.680 std_dev=0.706
O3' B 0, 0.134, 0.961, 1.788, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.961 std_dev=0.827
O6 B 0, 0.147, 1.001, 1.855, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.001 std_dev=0.854
O2' B 0, 0.154, 1.037, 1.920, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.037 std_dev=0.883
O4' A 0, -0.363, 0.630, 1.624, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.630 std_dev=0.993
C2' A 0, -0.387, 0.660, 1.707, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.660 std_dev=1.047
C4' A 0, -0.410, 0.789, 1.988, 3.164 max_d=3.164 avg_d=0.789 std_dev=1.199
P B 0, -0.317, 0.929, 2.174, 3.259 max_d=3.259 avg_d=0.929 std_dev=1.245
OP1 B 0, -0.207, 1.141, 2.488, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.141 std_dev=1.348
C3' A 0, -0.490, 0.915, 2.320, 3.695 max_d=3.695 avg_d=0.915 std_dev=1.405
O2' A 0, -0.583, 0.912, 2.406, 3.883 max_d=3.883 avg_d=0.912 std_dev=1.495
O3' A 0, -0.566, 1.155, 2.876, 4.549 max_d=4.549 avg_d=1.155 std_dev=1.721
OP2 B 0, -0.670, 1.413, 3.497, 5.454 max_d=5.454 avg_d=1.413 std_dev=2.083
C5' A 0, -0.825, 1.510, 3.845, 6.144 max_d=6.144 avg_d=1.510 std_dev=2.335
O5' A 0, -0.898, 1.930, 4.757, 7.508 max_d=7.508 avg_d=1.930 std_dev=2.827
P A 0, -1.250, 2.668, 6.586, 10.397 max_d=10.397 avg_d=2.668 std_dev=3.918
OP1 A 0, -0.978, 3.213, 7.404, 11.270 max_d=11.270 avg_d=3.213 std_dev=4.191
OP2 A 0, -1.408, 3.138, 7.683, 12.082 max_d=12.082 avg_d=3.138 std_dev=4.545

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 1.08 0.42 0.51
C2 0.05 0.00 0.20 0.87 0.01 0.76 0.00 1.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.50 0.72 0.46 1.42 0.01 1.40 1.68 1.61
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.07 0.16 0.24 0.19 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.09 0.98 0.25 0.44
C3' 0.01 0.87 0.01 0.00 0.51 0.00 0.38 0.01 0.54 0.09 0.75 1.01 0.81 0.08 0.16 0.03 0.01 0.01 0.20 0.48 0.74 0.08 0.35
C4 0.03 0.01 0.11 0.51 0.00 0.40 0.00 0.69 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.37 0.23 0.64 0.00 0.98 0.75 0.79
C4' 0.02 0.76 0.02 0.00 0.40 0.00 0.25 0.00 0.39 0.20 0.62 0.93 0.72 0.05 0.07 0.16 0.02 0.01 0.00 0.33 0.70 0.27 0.29
C5 0.02 0.00 0.07 0.38 0.00 0.25 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.31 0.08 0.44 0.01 0.83 0.47 0.55
C5' 0.02 1.38 0.01 0.01 0.69 0.00 0.48 0.00 0.75 0.25 1.14 1.71 1.24 0.03 0.16 0.14 0.03 0.00 0.01 0.64 0.24 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.54 0.00 0.39 0.00 0.75 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.47 0.18 0.70 0.00 0.81 0.80 0.82
C8 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.25 0.59 0.02 1.21 0.59 0.70
N1 0.04 0.00 0.16 0.75 0.01 0.62 0.01 1.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.64 0.34 1.14 0.01 1.12 1.36 1.32
N2 0.07 0.00 0.24 1.01 0.01 0.93 0.01 1.71 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.56 0.88 0.55 1.79 0.01 1.76 2.23 2.07
N3 0.05 0.00 0.19 0.81 0.00 0.72 0.00 1.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.46 0.62 0.47 1.25 0.01 1.32 1.42 1.39
N7 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.15 0.42 0.02 1.06 0.40 0.52
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.23 0.01 1.00 0.35 0.47
O2' 0.01 0.50 0.00 0.03 0.32 0.16 0.26 0.14 0.34 0.04 0.45 0.56 0.46 0.11 0.13 0.00 0.03 0.13 0.05 0.31 1.04 0.46 0.45
O3' 0.07 0.72 0.00 0.01 0.37 0.02 0.31 0.03 0.47 0.08 0.64 0.88 0.62 0.08 0.09 0.03 0.00 0.03 0.10 0.44 0.58 0.10 0.22
O4' 0.01 0.46 0.01 0.01 0.23 0.01 0.08 0.00 0.18 0.25 0.34 0.55 0.47 0.15 0.01 0.13 0.03 0.00 0.11 0.12 1.01 0.45 0.52
O5' 0.14 1.42 0.21 0.20 0.64 0.00 0.44 0.01 0.70 0.59 1.14 1.79 1.25 0.42 0.23 0.05 0.10 0.11 0.00 0.59 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.48 0.00 0.33 0.01 0.64 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.44 0.12 0.59 0.00 0.70 0.64 0.67
OP1 1.08 1.40 0.98 0.74 0.98 0.70 0.83 0.24 0.81 1.21 1.12 1.76 1.32 1.06 1.00 1.04 0.58 1.01 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 1.68 0.25 0.08 0.75 0.27 0.47 0.07 0.80 0.59 1.36 2.23 1.42 0.40 0.35 0.46 0.10 0.45 0.01 0.64 0.01 0.00 0.00
P 0.51 1.61 0.44 0.35 0.79 0.29 0.55 0.01 0.82 0.70 1.32 2.07 1.39 0.52 0.47 0.45 0.22 0.52 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.21 0.15 0.17 0.22 0.22 0.40 0.38 0.42 0.45 0.31 0.20 0.15 0.55 0.19 0.50 0.25 0.10 0.17 0.52 0.06 0.86 0.47
C2 0.23 0.22 0.20 0.23 0.19 0.25 0.34 0.25 0.42 0.19 0.34 0.19 0.14 0.35 0.13 0.27 0.20 0.27 0.47 0.48 0.56 1.46 0.86
C2' 0.91 0.56 0.96 0.96 0.55 0.95 0.35 0.79 0.31 0.39 0.42 0.61 0.65 0.24 0.62 1.29 0.98 0.95 1.13 0.23 0.90 1.69 1.41
C3' 1.03 0.95 0.97 0.91 0.95 0.85 0.88 0.75 0.86 0.89 0.90 0.96 0.97 0.81 0.97 1.19 0.84 1.00 1.35 0.80 1.02 2.12 1.71
C4 0.19 0.20 0.23 0.19 0.17 0.27 0.33 0.34 0.36 0.35 0.29 0.19 0.12 0.43 0.14 0.42 0.26 0.23 0.28 0.43 0.19 1.07 0.59
C4' 0.20 0.37 0.09 0.16 0.31 0.22 0.34 0.38 0.39 0.24 0.40 0.38 0.32 0.31 0.24 0.30 0.25 0.12 0.26 0.42 0.08 1.26 0.71
C5 0.23 0.23 0.29 0.27 0.14 0.35 0.28 0.41 0.32 0.31 0.29 0.25 0.12 0.35 0.16 0.46 0.38 0.32 0.21 0.37 0.10 0.86 0.44
C5' 0.22 0.65 0.24 0.46 0.56 0.55 0.74 0.65 0.86 0.54 0.79 0.62 0.52 0.74 0.42 0.22 0.67 0.17 0.18 0.97 0.30 1.32 0.57
C6 0.26 0.22 0.29 0.23 0.12 0.31 0.25 0.34 0.34 0.20 0.32 0.23 0.09 0.25 0.14 0.41 0.34 0.31 0.23 0.40 0.17 0.96 0.50
C8 0.18 0.24 0.31 0.35 0.16 0.44 0.29 0.54 0.30 0.41 0.26 0.30 0.17 0.42 0.20 0.60 0.50 0.34 0.20 0.36 0.30 0.57 0.24
N1 0.24 0.20 0.23 0.19 0.16 0.24 0.28 0.26 0.37 0.15 0.32 0.18 0.12 0.26 0.14 0.33 0.20 0.25 0.36 0.43 0.41 1.23 0.69
N2 0.25 0.29 0.20 0.31 0.21 0.29 0.35 0.29 0.47 0.19 0.41 0.28 0.20 0.32 0.17 0.24 0.28 0.32 0.60 0.56 0.81 1.71 1.02
N3 0.21 0.20 0.18 0.21 0.18 0.25 0.36 0.27 0.41 0.28 0.32 0.17 0.12 0.44 0.11 0.32 0.21 0.27 0.45 0.49 0.48 1.42 0.84
N7 0.23 0.27 0.34 0.38 0.14 0.47 0.26 0.52 0.29 0.36 0.29 0.34 0.17 0.35 0.19 0.57 0.54 0.41 0.20 0.34 0.25 0.59 0.24
N9 0.14 0.20 0.22 0.22 0.18 0.30 0.34 0.43 0.36 0.42 0.27 0.22 0.14 0.48 0.17 0.51 0.32 0.20 0.19 0.43 0.09 0.84 0.44
O2' 0.76 0.21 0.92 1.05 0.21 1.10 0.27 0.98 0.38 0.14 0.25 0.27 0.32 0.37 0.33 1.33 1.22 0.90 1.11 0.57 1.14 1.61 1.44
O3' 1.24 1.04 1.26 1.33 1.06 1.27 0.95 1.29 0.89 1.04 0.95 1.05 1.09 0.90 1.13 1.48 1.34 1.28 1.81 0.80 1.70 2.51 2.28
O4' 0.34 0.25 0.48 0.68 0.30 0.76 0.38 0.93 0.37 0.48 0.31 0.22 0.23 0.46 0.36 0.28 0.76 0.47 0.34 0.41 0.43 0.68 0.16
O5' 0.56 0.65 0.77 1.05 0.57 1.13 0.75 1.12 0.90 0.55 0.81 0.61 0.53 0.76 0.49 0.68 1.34 0.68 0.34 1.06 0.59 0.98 0.27
O6 0.28 0.27 0.32 0.28 0.08 0.36 0.22 0.37 0.36 0.16 0.38 0.30 0.09 0.19 0.14 0.46 0.43 0.36 0.19 0.43 0.12 0.83 0.41
OP1 1.04 0.72 1.24 1.51 0.73 1.52 0.73 1.32 0.81 0.69 0.76 0.72 0.76 0.72 0.79 1.27 1.92 1.16 0.63 0.95 0.73 0.96 0.54
OP2 0.45 0.54 0.78 1.14 0.45 1.16 0.79 1.04 1.01 0.50 0.85 0.46 0.34 0.86 0.29 0.80 1.60 0.60 0.28 1.30 0.60 1.01 0.30
P 0.52 0.59 0.76 1.09 0.48 1.15 0.73 1.06 0.93 0.46 0.82 0.54 0.43 0.74 0.37 0.75 1.49 0.67 0.25 1.15 0.56 1.03 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.17 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.14 0.02 0.05 0.01 0.03 0.24 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.05 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.29 0.06 0.36 0.55 0.35
C3' 0.03 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.20 0.19 0.19 0.17 0.16 0.20 0.14 0.01 0.00 0.03 0.24 0.21 0.37 0.61 0.36
C4 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.01 0.02 0.01 0.06 0.36 0.14
C4' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.23 0.02 0.00 0.00 0.05 0.21 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.18 0.01 0.06 0.01 0.17 0.56 0.21
C5' 0.07 0.11 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.15 0.01 0.01 0.13 0.14 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.20 0.01 0.03 0.00 0.17 0.51 0.17
C8 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.18 0.02 0.19 0.02 0.22 0.74 0.36
N1 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.17 0.01 0.03 0.01 0.09 0.35 0.10
N2 0.03 0.00 0.09 0.17 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.17 0.04 0.08 0.02 0.07 0.19 0.08
N3 0.02 0.00 0.08 0.16 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.12 0.02 0.04 0.00 0.03 0.22 0.08
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.22 0.02 0.15 0.02 0.28 0.81 0.34
N9 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.07 0.02 0.07 0.40 0.20
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.23 0.23 0.23 0.14 0.29 0.09 0.33 0.35 0.29 0.16 0.12 0.00 0.08 0.15 0.14 0.29 0.23 0.54 0.22
O3' 0.08 0.14 0.01 0.00 0.12 0.02 0.18 0.15 0.20 0.18 0.17 0.17 0.12 0.22 0.08 0.08 0.00 0.07 0.18 0.24 0.34 0.75 0.36
O4' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.15 0.07 0.00 0.25 0.03 0.09 0.40 0.34
O5' 0.04 0.05 0.29 0.24 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.19 0.03 0.08 0.04 0.15 0.07 0.14 0.18 0.25 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.29 0.24 0.03 0.05 0.00 0.23 0.61 0.20
OP1 0.07 0.03 0.36 0.37 0.06 0.21 0.17 0.14 0.17 0.22 0.09 0.07 0.03 0.28 0.07 0.23 0.34 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.24 0.55 0.61 0.36 0.15 0.56 0.06 0.51 0.74 0.35 0.19 0.22 0.81 0.40 0.54 0.75 0.40 0.01 0.61 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.35 0.36 0.14 0.04 0.21 0.01 0.17 0.36 0.10 0.08 0.08 0.34 0.20 0.22 0.36 0.34 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00