ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53310

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.012, 0.047, 0.083, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.047 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.022, 0.057, 0.093, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.057 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.023, 0.062, 0.102, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.062 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.110, 0.322, 0.534, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.322 std_dev=0.212
C2' A 0, 0.114, 0.358, 0.603, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.358 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.174, 0.473, 0.772, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.473 std_dev=0.299
O2' A 0, 0.104, 0.417, 0.729, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.417 std_dev=0.313
C3' A 0, 0.182, 0.538, 0.895, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.538 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.186, 0.656, 1.126, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.656 std_dev=0.470
O5' A 0, 0.301, 0.904, 1.507, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.904 std_dev=0.603
O6 B 0, 0.064, 0.676, 1.288, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.676 std_dev=0.612
N7 B 0, 0.119, 0.740, 1.361, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.740 std_dev=0.621
C5' A 0, 0.365, 0.991, 1.617, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.991 std_dev=0.626
C5 B 0, 0.091, 0.722, 1.352, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.722 std_dev=0.631
C6 B 0, 0.060, 0.692, 1.324, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.692 std_dev=0.632
C8 B 0, 0.138, 0.774, 1.410, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.774 std_dev=0.636
O4' B 0, 0.206, 0.849, 1.492, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.849 std_dev=0.643
C1' B 0, 0.171, 0.816, 1.461, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.816 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.045, 0.693, 1.341, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.693 std_dev=0.648
N9 B 0, 0.133, 0.781, 1.430, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.781 std_dev=0.649
C4 B 0, 0.104, 0.752, 1.401, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.752 std_dev=0.649
N2 B 0, 0.088, 0.742, 1.396, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.742 std_dev=0.654
C2 B 0, 0.074, 0.730, 1.386, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.730 std_dev=0.656
N3 B 0, 0.097, 0.758, 1.420, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.758 std_dev=0.661
O2' B 0, 0.240, 1.021, 1.802, 1.813 max_d=1.813 avg_d=1.021 std_dev=0.781
C4' B 0, 0.240, 1.028, 1.816, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.028 std_dev=0.788
C2' B 0, 0.186, 1.008, 1.829, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.008 std_dev=0.822
C5' B 0, 0.272, 1.167, 2.063, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.167 std_dev=0.895
O5' B 0, 0.264, 1.166, 2.068, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.166 std_dev=0.902
C3' B 0, 0.212, 1.142, 2.072, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.142 std_dev=0.930
O3' B 0, 0.240, 1.302, 2.365, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.302 std_dev=1.062
P A 0, 0.373, 1.483, 2.592, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.483 std_dev=1.110
P B 0, 0.247, 1.541, 2.835, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.541 std_dev=1.294
OP1 A 0, 0.368, 2.445, 4.522, 4.543 max_d=4.543 avg_d=2.445 std_dev=2.077
OP2 B 0, 0.234, 2.311, 4.389, 4.596 max_d=4.596 avg_d=2.311 std_dev=2.078
OP2 A 0, 0.390, 2.476, 4.562, 4.721 max_d=4.721 avg_d=2.476 std_dev=2.086
OP1 B 0, 0.254, 2.414, 4.574, 4.899 max_d=4.899 avg_d=2.414 std_dev=2.160

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.02 0.36 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.48 0.00 1.02 0.64 0.61
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.31 0.05 0.50 0.09 0.27
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.11 0.06 0.11 0.08 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.41 0.07 0.57 0.06 0.31
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.48 0.01 0.97 0.72 0.62
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.11 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.58 0.01 1.23 0.98 0.79
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.61 0.00 1.34 1.03 0.85
C8 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.54 0.02 1.03 0.99 0.73
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.56 0.00 1.23 0.85 0.75
N2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.03 0.43 0.01 0.96 0.53 0.55
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.42 0.00 0.87 0.54 0.52
N7 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.61 0.02 1.29 1.15 0.87
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.42 0.02 0.79 0.67 0.53
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.13 0.22 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.11 0.06 0.14 0.09 0.11 0.03 0.02 0.00 0.02 0.32 0.07 0.43 0.38 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.27 0.06
O5' 0.20 0.48 0.31 0.41 0.48 0.01 0.58 0.00 0.61 0.54 0.56 0.43 0.42 0.61 0.42 0.07 0.32 0.03 0.00 0.66 0.04 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.66 0.00 1.49 1.18 0.95
OP1 0.36 1.02 0.50 0.57 0.97 0.06 1.23 0.03 1.34 1.03 1.23 0.96 0.87 1.29 0.79 0.13 0.43 0.06 0.04 1.49 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.64 0.09 0.06 0.72 0.11 0.98 0.02 1.03 0.99 0.85 0.53 0.54 1.15 0.67 0.22 0.38 0.27 0.02 1.18 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.61 0.27 0.31 0.62 0.03 0.79 0.01 0.85 0.73 0.75 0.55 0.52 0.87 0.53 0.04 0.18 0.06 0.00 0.95 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.33 0.10 0.08 0.16 0.07 0.16 0.07 0.28 0.12 0.36 0.37 0.24 0.07 0.08 0.11 0.09 0.09 0.14 0.27 0.58 1.07 0.44
C2 0.33 0.02 0.35 0.34 0.29 0.32 0.33 0.33 0.22 0.41 0.05 0.18 0.15 0.40 0.36 0.34 0.35 0.31 0.19 0.23 0.27 0.41 0.10
C2' 0.10 0.33 0.10 0.08 0.14 0.08 0.14 0.08 0.27 0.13 0.37 0.39 0.22 0.08 0.09 0.14 0.08 0.10 0.11 0.27 0.51 1.06 0.40
C3' 0.10 0.33 0.09 0.05 0.15 0.08 0.15 0.07 0.28 0.10 0.36 0.39 0.22 0.04 0.07 0.16 0.06 0.10 0.12 0.29 0.30 1.07 0.29
C4 0.18 0.28 0.18 0.16 0.04 0.19 0.06 0.20 0.09 0.28 0.26 0.37 0.15 0.23 0.17 0.21 0.18 0.20 0.15 0.05 0.25 0.62 0.15
C4' 0.08 0.33 0.09 0.09 0.19 0.03 0.20 0.01 0.30 0.06 0.36 0.37 0.25 0.07 0.09 0.10 0.08 0.05 0.07 0.31 0.44 1.23 0.41
C5 0.16 0.31 0.17 0.16 0.05 0.18 0.00 0.19 0.12 0.23 0.27 0.40 0.21 0.16 0.13 0.21 0.18 0.18 0.24 0.07 0.14 0.43 0.06
C5' 0.09 0.33 0.09 0.10 0.20 0.04 0.21 0.07 0.30 0.07 0.35 0.37 0.26 0.11 0.11 0.10 0.08 0.05 0.13 0.30 0.27 1.20 0.28
C6 0.27 0.20 0.29 0.28 0.10 0.27 0.12 0.27 0.01 0.30 0.15 0.34 0.08 0.24 0.25 0.31 0.30 0.26 0.31 0.03 0.17 0.19 0.15
C8 0.11 0.41 0.12 0.09 0.28 0.03 0.25 0.02 0.32 0.05 0.40 0.45 0.35 0.09 0.15 0.13 0.09 0.04 0.14 0.27 0.17 0.79 0.15
N1 0.35 0.03 0.38 0.37 0.27 0.34 0.28 0.34 0.16 0.39 0.01 0.22 0.13 0.35 0.36 0.38 0.38 0.32 0.26 0.17 0.12 0.23 0.09
N2 0.37 0.20 0.40 0.40 0.38 0.36 0.41 0.37 0.36 0.45 0.24 0.04 0.28 0.45 0.40 0.38 0.41 0.34 0.18 0.36 0.36 0.39 0.13
N3 0.26 0.13 0.25 0.25 0.18 0.25 0.24 0.27 0.10 0.37 0.11 0.27 0.02 0.35 0.28 0.26 0.25 0.26 0.14 0.13 0.37 0.60 0.19
N7 0.08 0.39 0.10 0.05 0.23 0.05 0.18 0.07 0.25 0.05 0.36 0.44 0.34 0.03 0.09 0.14 0.07 0.04 0.25 0.20 0.24 0.51 0.08
N9 0.09 0.35 0.10 0.07 0.16 0.09 0.13 0.10 0.25 0.15 0.36 0.40 0.26 0.07 0.07 0.14 0.08 0.10 0.10 0.21 0.33 0.84 0.25
O2' 0.10 0.31 0.12 0.12 0.16 0.08 0.17 0.08 0.28 0.13 0.36 0.37 0.22 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.26 0.30 0.82 1.23 0.61
O3' 0.10 0.33 0.10 0.06 0.16 0.07 0.17 0.06 0.29 0.10 0.38 0.40 0.23 0.07 0.08 0.16 0.07 0.10 0.11 0.31 0.33 1.13 0.32
O4' 0.09 0.33 0.10 0.10 0.20 0.04 0.21 0.03 0.30 0.06 0.35 0.36 0.26 0.07 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.30 0.56 1.20 0.46
O5' 0.17 0.14 0.11 0.06 0.09 0.07 0.21 0.10 0.29 0.09 0.24 0.12 0.08 0.23 0.05 0.31 0.05 0.16 0.04 0.39 0.37 1.39 0.46
O6 0.25 0.21 0.29 0.28 0.06 0.27 0.08 0.27 0.02 0.25 0.15 0.34 0.10 0.19 0.20 0.34 0.31 0.25 0.38 0.01 0.34 0.06 0.27
OP1 0.55 0.24 0.46 0.22 0.21 0.35 0.13 0.15 0.20 0.09 0.11 0.33 0.34 0.26 0.27 0.82 0.26 0.50 0.25 0.38 0.39 1.40 0.48
OP2 1.11 0.42 1.10 1.09 0.64 1.26 0.44 1.21 0.20 0.80 0.23 0.40 0.62 0.51 0.87 1.29 1.16 1.24 1.46 0.07 1.41 0.12 1.08
P 0.45 0.11 0.40 0.27 0.15 0.39 0.09 0.25 0.18 0.13 0.12 0.13 0.20 0.10 0.25 0.64 0.31 0.46 0.47 0.31 0.48 1.05 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.02 0.36 0.31 0.23
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.45 0.01 1.04 0.63 0.60
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.12 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.30 0.06 0.50 0.09 0.27
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.12 0.09 0.16 0.11 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.42 0.07 0.56 0.04 0.31
C4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.45 0.01 0.98 0.71 0.61
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.54 0.01 1.24 0.96 0.79
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.56 0.01 1.35 1.00 0.84
C8 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.49 0.01 1.05 0.98 0.73
N1 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.52 0.01 1.24 0.83 0.74
N2 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.19 0.03 0.41 0.02 0.97 0.52 0.54
N3 0.03 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03 0.40 0.01 0.88 0.54 0.52
N7 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.56 0.01 1.31 1.13 0.87
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.39 0.01 0.80 0.66 0.53
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.11 0.24 0.03
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.12 0.10 0.19 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.02 0.34 0.08 0.40 0.36 0.17
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.25 0.04
O5' 0.17 0.45 0.30 0.42 0.45 0.01 0.54 0.00 0.56 0.49 0.52 0.41 0.40 0.56 0.39 0.06 0.34 0.08 0.00 0.60 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.60 0.00 1.49 1.15 0.93
OP1 0.36 1.04 0.50 0.56 0.98 0.05 1.24 0.02 1.35 1.05 1.24 0.97 0.88 1.31 0.80 0.11 0.40 0.07 0.01 1.49 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.63 0.09 0.04 0.71 0.09 0.96 0.03 1.00 0.98 0.83 0.52 0.54 1.13 0.66 0.24 0.36 0.25 0.02 1.15 0.00 0.00 0.01
P 0.23 0.60 0.27 0.31 0.61 0.03 0.79 0.01 0.84 0.73 0.74 0.54 0.52 0.87 0.53 0.03 0.17 0.04 0.00 0.93 0.00 0.01 0.00