Doublet Group distance statistics: 53313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9	A	0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N2	A	0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O6	A	0, 0.005, 0.035, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.031
C2	B	0, 0.060, 0.209, 0.358, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.209 std_dev=0.149
N3	B	0, 0.061, 0.227, 0.394, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.227 std_dev=0.167
N1	B	0, 0.045, 0.244, 0.443, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.199
C4	B	0, 0.101, 0.344, 0.587, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.344 std_dev=0.243
N2	B	0, 0.057, 0.305, 0.552, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.305 std_dev=0.247
C6	B	0, 0.062, 0.380, 0.698, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.380 std_dev=0.318
C1'	B	0, 0.136, 0.466, 0.795, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.466 std_dev=0.329
N9	B	0, 0.136, 0.468, 0.801, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.468 std_dev=0.332
O4'	B	0, 0.123, 0.459, 0.794, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.459 std_dev=0.335
C5	B	0, 0.107, 0.449, 0.790, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.449 std_dev=0.341
O6	B	0, 0.033, 0.465, 0.896, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.465 std_dev=0.432
O4'	A	0, 0.140, 0.615, 1.091, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.615 std_dev=0.475
C8	B	0, 0.168, 0.648, 1.128, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.648 std_dev=0.480
N7	B	0, 0.144, 0.644, 1.144, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.644 std_dev=0.500
C4'	B	0, 0.218, 0.753, 1.287, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.753 std_dev=0.535
C2'	B	0, 0.242, 0.834, 1.427, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.834 std_dev=0.593
C2'	A	0, 0.230, 0.832, 1.434, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.832 std_dev=0.602
C4'	A	0, 0.205, 0.821, 1.437, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.821 std_dev=0.616
C3'	A	0, 0.221, 0.848, 1.474, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.848 std_dev=0.627
C5'	B	0, 0.243, 0.906, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.906 std_dev=0.663
O2'	B	0, 0.260, 0.930, 1.599, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.930 std_dev=0.670
C3'	B	0, 0.293, 1.006, 1.719, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.006 std_dev=0.713
O3'	A	0, 0.301, 1.035, 1.770, 1.623 max_d=1.623 avg_d=1.035 std_dev=0.734
P	B	0, 0.224, 0.980, 1.736, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.980 std_dev=0.756
O5'	B	0, 0.260, 1.104, 1.947, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.104 std_dev=0.844
C5'	A	0, 0.315, 1.286, 2.256, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.286 std_dev=0.971
O3'	B	0, 0.387, 1.366, 2.346, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.366 std_dev=0.979
O2'	A	0, 0.409, 1.432, 2.455, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.432 std_dev=1.023
OP1	B	0, 0.164, 1.199, 2.235, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.199 std_dev=1.036
O5'	A	0, 0.387, 1.494, 2.602, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.494 std_dev=1.108
OP2	B	0, 0.172, 1.330, 2.489, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.330 std_dev=1.159
P	A	0, 0.464, 1.748, 3.033, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.748 std_dev=1.285
OP2	A	0, 0.500, 1.866, 3.233, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.866 std_dev=1.366
OP1	A	0, 0.478, 1.861, 3.243, 3.312 max_d=3.312 avg_d=1.861 std_dev=1.383

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.00	0.11	0.01	0.21	0.01	0.23	0.10	0.19
C2	0.02	0.00	0.19	0.08	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.23	0.13	0.16	0.19	0.01	0.19	0.24	0.22
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.09	0.00	0.04	0.09	0.08	0.12	0.14	0.23	0.18	0.07	0.02	0.00	0.03	0.01	0.17	0.06	0.13	0.19	0.16
C3'	0.02	0.08	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.09	0.09	0.09	0.08	0.06	0.09	0.06	0.01	0.01	0.02	0.27	0.09	0.21	0.16	0.22
C4	0.01	0.00	0.09	0.07	0.00	0.04	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.07	0.09	0.29	0.01	0.29	0.28	0.30
C4'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.07	0.07	0.11	0.08	0.05	0.02	0.15	0.03	0.01	0.02	0.05	0.12	0.17	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.09	0.00	0.03	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.03	0.05	0.38	0.01	0.39	0.41	0.40
C5'	0.04	0.17	0.09	0.01	0.12	0.00	0.11	0.00	0.14	0.09	0.16	0.20	0.15	0.09	0.07	0.06	0.10	0.03	0.00	0.14	0.26	0.28	0.00
C6	0.01	0.00	0.08	0.09	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.06	0.07	0.35	0.00	0.36	0.41	0.38
C8	0.00	0.00	0.12	0.09	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.26	0.05	0.11	0.48	0.02	0.47	0.43	0.48
N1	0.02	0.00	0.14	0.09	0.00	0.07	0.01	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.10	0.12	0.27	0.01	0.27	0.33	0.30
N2	0.03	0.00	0.23	0.08	0.01	0.11	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.33	0.17	0.19	0.12	0.02	0.11	0.19	0.15
N3	0.02	0.00	0.18	0.06	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.23	0.13	0.16	0.18	0.01	0.18	0.20	0.19
N7	0.00	0.00	0.07	0.09	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.03	0.07	0.48	0.02	0.49	0.50	0.50
N9	0.00	0.01	0.02	0.06	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.04	0.03	0.34	0.01	0.33	0.27	0.32
O2'	0.00	0.23	0.00	0.01	0.07	0.15	0.10	0.06	0.08	0.26	0.13	0.33	0.23	0.23	0.10	0.00	0.07	0.08	0.09	0.11	0.15	0.12	0.06
O3'	0.11	0.13	0.03	0.01	0.07	0.03	0.03	0.10	0.06	0.05	0.10	0.17	0.13	0.03	0.04	0.07	0.00	0.09	0.29	0.05	0.20	0.15	0.22
O4'	0.01	0.16	0.01	0.02	0.09	0.01	0.05	0.03	0.07	0.11	0.12	0.19	0.16	0.07	0.03	0.08	0.09	0.00	0.27	0.06	0.29	0.18	0.22
O5'	0.21	0.19	0.17	0.27	0.29	0.02	0.38	0.00	0.35	0.48	0.27	0.12	0.18	0.48	0.34	0.09	0.29	0.27	0.00	0.39	0.01	0.00	0.00
O6	0.01	0.01	0.06	0.09	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.11	0.05	0.06	0.39	0.00	0.40	0.47	0.43
OP1	0.23	0.19	0.13	0.21	0.29	0.12	0.39	0.26	0.36	0.47	0.27	0.11	0.18	0.49	0.33	0.15	0.20	0.29	0.01	0.40	0.00	0.00	0.00
OP2	0.10	0.24	0.19	0.16	0.28	0.17	0.41	0.28	0.41	0.43	0.33	0.19	0.20	0.50	0.27	0.12	0.15	0.18	0.00	0.47	0.00	0.00	0.00
P	0.19	0.22	0.16	0.22	0.30	0.02	0.40	0.00	0.38	0.48	0.30	0.15	0.19	0.50	0.32	0.06	0.22	0.22	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.12	0.19	0.22	0.07	0.25	0.02	0.23	0.03	0.00	0.07	0.16	0.14	0.03	0.06	0.24	0.30	0.19	0.35	0.05	0.05	0.79	0.15
C2	0.13	0.21	0.17	0.22	0.11	0.19	0.13	0.23	0.05	0.26	0.14	0.28	0.17	0.26	0.16	0.12	0.22	0.15	0.34	0.06	0.61	0.79	0.36
C2'	0.15	0.12	0.24	0.28	0.05	0.30	0.06	0.27	0.05	0.10	0.03	0.19	0.14	0.12	0.07	0.31	0.39	0.20	0.36	0.10	0.28	0.86	0.34
C3'	0.30	0.18	0.42	0.44	0.17	0.42	0.09	0.34	0.06	0.12	0.11	0.22	0.23	0.08	0.19	0.50	0.58	0.30	0.39	0.02	0.33	0.65	0.09
C4	0.10	0.16	0.10	0.15	0.07	0.17	0.10	0.21	0.06	0.17	0.06	0.25	0.15	0.18	0.10	0.12	0.16	0.16	0.34	0.10	0.34	0.86	0.27
C4'	0.39	0.22	0.51	0.54	0.27	0.48	0.23	0.39	0.19	0.27	0.19	0.20	0.28	0.23	0.31	0.57	0.66	0.38	0.45	0.17	0.43	0.56	0.14
C5	0.07	0.11	0.06	0.11	0.08	0.15	0.17	0.20	0.15	0.20	0.02	0.25	0.09	0.24	0.11	0.09	0.12	0.14	0.32	0.19	0.42	0.87	0.30
C5'	0.47	0.36	0.62	0.62	0.39	0.50	0.36	0.40	0.34	0.38	0.34	0.34	0.40	0.36	0.41	0.71	0.78	0.40	0.46	0.32	0.49	0.53	0.16
C6	0.09	0.12	0.09	0.15	0.11	0.15	0.21	0.20	0.18	0.25	0.02	0.26	0.09	0.29	0.15	0.05	0.12	0.13	0.31	0.24	0.57	0.83	0.35
C8	0.07	0.06	0.11	0.13	0.04	0.18	0.11	0.20	0.12	0.11	0.05	0.16	0.07	0.15	0.04	0.20	0.22	0.14	0.32	0.15	0.17	0.86	0.21
N1	0.11	0.17	0.14	0.20	0.11	0.17	0.19	0.22	0.12	0.27	0.08	0.28	0.13	0.31	0.16	0.09	0.18	0.14	0.32	0.17	0.66	0.78	0.38
N2	0.15	0.22	0.21	0.28	0.13	0.21	0.12	0.24	0.09	0.27	0.19	0.28	0.18	0.26	0.17	0.17	0.29	0.15	0.35	0.04	0.74	0.68	0.40
N3	0.13	0.20	0.15	0.20	0.11	0.20	0.08	0.23	0.03	0.19	0.13	0.26	0.19	0.18	0.13	0.13	0.20	0.17	0.36	0.03	0.42	0.84	0.30
N7	0.04	0.04	0.05	0.09	0.08	0.15	0.16	0.19	0.17	0.17	0.08	0.19	0.05	0.21	0.09	0.14	0.15	0.13	0.31	0.21	0.31	0.87	0.26
N9	0.09	0.12	0.12	0.15	0.03	0.19	0.06	0.21	0.05	0.10	0.03	0.20	0.13	0.12	0.04	0.18	0.22	0.16	0.33	0.09	0.16	0.85	0.20
O2'	0.31	0.09	0.37	0.44	0.20	0.46	0.23	0.48	0.17	0.34	0.09	0.13	0.14	0.32	0.28	0.38	0.51	0.37	0.53	0.20	0.58	0.98	0.62
O3'	0.34	0.20	0.47	0.51	0.23	0.47	0.19	0.40	0.15	0.24	0.15	0.23	0.25	0.20	0.26	0.54	0.64	0.35	0.41	0.14	0.50	0.55	0.14
O4'	0.38	0.18	0.43	0.45	0.26	0.43	0.23	0.38	0.18	0.28	0.16	0.14	0.25	0.24	0.31	0.44	0.52	0.40	0.48	0.16	0.27	0.60	0.06
O5'	0.07	0.19	0.10	0.13	0.08	0.12	0.09	0.12	0.14	0.06	0.18	0.25	0.13	0.06	0.05	0.14	0.18	0.08	0.10	0.14	0.21	0.85	0.21
O6	0.08	0.07	0.09	0.14	0.12	0.14	0.23	0.20	0.22	0.26	0.06	0.22	0.05	0.31	0.15	0.03	0.11	0.12	0.30	0.30	0.62	0.82	0.37
OP1	0.03	0.23	0.04	0.02	0.12	0.08	0.12	0.13	0.17	0.04	0.22	0.29	0.18	0.07	0.06	0.08	0.10	0.07	0.08	0.17	0.22	0.84	0.24
OP2	0.11	0.21	0.14	0.15	0.11	0.13	0.12	0.13	0.17	0.09	0.21	0.27	0.14	0.10	0.09	0.16	0.16	0.12	0.13	0.18	0.21	0.82	0.19
P	0.05	0.22	0.10	0.11	0.10	0.09	0.11	0.10	0.16	0.04	0.21	0.28	0.15	0.07	0.04	0.13	0.14	0.06	0.07	0.17	0.22	0.82	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.21	0.82	0.31
C2	0.02	0.00	0.05	0.02	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.08	0.21	0.00	0.47	0.85	0.35
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.00	0.04	0.03	0.04	0.05	0.04	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.04	0.16	0.66	0.26
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01	0.00	0.00	0.09	0.06	0.16	0.50	0.20
C4	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.16	0.00	0.49	0.86	0.39
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.03	0.08	0.05	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.14	0.56	0.14
C5	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.14	0.01	0.67	0.82	0.44
C5'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.04	0.07	0.11	0.08	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.29	0.30	0.00
C6	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.05	0.03	0.16	0.00	0.71	0.78	0.44
C8	0.00	0.00	0.03	0.05	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.05	0.06	0.01	0.64	0.83	0.48
N1	0.02	0.00	0.04	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.06	0.19	0.00	0.61	0.82	0.39
N2	0.03	0.00	0.05	0.02	0.00	0.08	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.06	0.10	0.23	0.00	0.40	0.84	0.32
N3	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.08	0.19	0.00	0.39	0.86	0.34
N7	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.03	0.09	0.01	0.78	0.77	0.49
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.00	0.44	0.86	0.40
O2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.07	0.05	0.02	0.00	0.00	0.07	0.00	0.04	0.02	0.15	0.67	0.22
O3'	0.03	0.04	0.03	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.05	0.06	0.03	0.06	0.04	0.07	0.01	0.07	0.00	0.02	0.20	0.07	0.35	0.42	0.21
O4'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.06	0.10	0.08	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.11	0.02	0.12	0.81	0.29
O5'	0.09	0.21	0.02	0.09	0.16	0.01	0.14	0.00	0.16	0.06	0.19	0.23	0.19	0.09	0.11	0.04	0.20	0.11	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.00	0.04	0.06	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.07	0.02	0.14	0.00	0.82	0.72	0.46
OP1	0.21	0.47	0.16	0.16	0.49	0.14	0.67	0.29	0.71	0.64	0.61	0.40	0.39	0.78	0.44	0.15	0.35	0.12	0.01	0.82	0.00	0.00	0.00
OP2	0.82	0.85	0.66	0.50	0.86	0.56	0.82	0.30	0.78	0.83	0.82	0.84	0.86	0.77	0.86	0.67	0.42	0.81	0.01	0.72	0.00	0.00	0.00
P	0.31	0.35	0.26	0.20	0.39	0.14	0.44	0.00	0.44	0.48	0.39	0.32	0.34	0.49	0.40	0.22	0.21	0.29	0.00	0.46	0.00	0.00	0.00