ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O4' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.000, 0.137, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C8 B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C4' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C3' A 0, 0.000, 0.286, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.000, 0.308, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O6 B 0, 0.000, 0.324, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.324 std_dev=0.324
N1 B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C5' A 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP2 A 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N2 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.000, 0.451, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
P A 0, 0.000, 0.456, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.456 std_dev=0.456
O5' A 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O3' A 0, 0.000, 0.478, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.478 std_dev=0.478
O2' B 0, 0.000, 0.502, 1.004, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.502 std_dev=0.502
OP2 B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C3' B 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
O3' B 0, 0.000, 0.549, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.549 std_dev=0.549
OP1 B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C5' B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
OP1 A 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
P B 0, 0.000, 0.604, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O5' B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.10 0.00 0.13 0.10 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.15 0.09 0.13 0.09 0.08 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.03 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.01 0.05 0.00 0.08 0.07 0.08
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.13 0.10 0.04 0.04 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.06 0.00 0.10 0.06 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.03 0.08 0.00 0.12 0.08 0.11
N2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.12 0.00 0.15 0.11 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.10 0.00 0.12 0.11 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05
N9 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02
O3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.19 0.12 0.17 0.10 0.09 0.17 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.22 0.01 0.01 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.09 0.07
O5' 0.07 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.12 0.10 0.01 0.06 0.03 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.06 0.16 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.01 0.04 0.00 0.09 0.04 0.08
OP1 0.06 0.13 0.03 0.03 0.09 0.02 0.08 0.04 0.10 0.03 0.12 0.15 0.12 0.05 0.07 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.08 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.11 0.11 0.05 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.09 0.04 0.11 0.13 0.11 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.10 0.03 0.12 0.00 0.02 0.02 0.11 0.08 0.01 0.03 0.11 0.11 0.03 0.10 0.03 0.07
C2 0.19 0.09 0.21 0.22 0.15 0.20 0.16 0.23 0.12 0.18 0.08 0.05 0.12 0.18 0.18 0.23 0.22 0.17 0.24 0.11 0.20 0.17 0.21
C2' 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.10 0.03 0.07 0.03 0.09 0.05 0.06 0.00 0.08 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02
C3' 0.04 0.15 0.16 0.15 0.09 0.07 0.05 0.07 0.07 0.03 0.12 0.19 0.14 0.03 0.04 0.23 0.13 0.01 0.09 0.05 0.08 0.14 0.11
C4 0.15 0.00 0.13 0.14 0.08 0.14 0.08 0.15 0.02 0.15 0.01 0.03 0.04 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.01 0.13 0.07 0.12
C4' 0.04 0.08 0.15 0.16 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.11 0.08 0.06 0.02 0.25 0.18 0.01 0.05 0.02 0.04 0.11 0.07
C5 0.16 0.05 0.15 0.16 0.05 0.15 0.03 0.15 0.03 0.13 0.06 0.08 0.00 0.09 0.12 0.18 0.20 0.13 0.13 0.05 0.12 0.06 0.10
C5' 0.13 0.16 0.27 0.27 0.12 0.16 0.08 0.15 0.08 0.04 0.12 0.19 0.16 0.02 0.10 0.38 0.30 0.06 0.16 0.05 0.13 0.21 0.18
C6 0.19 0.02 0.22 0.23 0.09 0.20 0.07 0.20 0.00 0.14 0.04 0.05 0.05 0.10 0.15 0.27 0.26 0.15 0.19 0.02 0.16 0.12 0.16
C8 0.06 0.09 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.01 0.03 0.02 0.07 0.07 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01
N1 0.20 0.07 0.24 0.25 0.14 0.22 0.13 0.23 0.08 0.17 0.05 0.02 0.11 0.15 0.17 0.27 0.26 0.17 0.24 0.05 0.20 0.18 0.21
N2 0.20 0.13 0.23 0.23 0.17 0.22 0.18 0.25 0.17 0.19 0.14 0.10 0.15 0.19 0.19 0.24 0.23 0.18 0.27 0.17 0.22 0.20 0.24
N3 0.17 0.06 0.17 0.17 0.12 0.17 0.14 0.19 0.09 0.17 0.06 0.03 0.09 0.17 0.16 0.17 0.17 0.15 0.20 0.08 0.17 0.12 0.17
N7 0.10 0.11 0.06 0.09 0.04 0.09 0.05 0.07 0.10 0.07 0.12 0.13 0.08 0.01 0.04 0.08 0.15 0.08 0.04 0.09 0.06 0.02 0.02
N9 0.10 0.03 0.06 0.07 0.03 0.09 0.03 0.10 0.01 0.12 0.04 0.05 0.00 0.09 0.08 0.04 0.08 0.11 0.10 0.02 0.10 0.02 0.07
O2' 0.07 0.04 0.00 0.01 0.07 0.04 0.10 0.07 0.10 0.12 0.06 0.01 0.04 0.14 0.08 0.05 0.03 0.09 0.09 0.12 0.09 0.05 0.07
O3' 0.10 0.19 0.24 0.24 0.12 0.15 0.06 0.15 0.08 0.01 0.14 0.23 0.18 0.02 0.08 0.32 0.22 0.06 0.17 0.03 0.17 0.20 0.18
O4' 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.11 0.02 0.00 0.03 0.11 0.07 0.08 0.04 0.11 0.09 0.05 0.09 0.01 0.06
O5' 0.03 0.07 0.10 0.13 0.08 0.01 0.12 0.03 0.12 0.13 0.09 0.05 0.06 0.16 0.08 0.23 0.21 0.11 0.04 0.14 0.07 0.01 0.03
O6 0.19 0.05 0.25 0.27 0.06 0.21 0.03 0.20 0.03 0.12 0.08 0.10 0.02 0.07 0.13 0.32 0.31 0.14 0.18 0.05 0.16 0.13 0.16
OP1 0.04 0.11 0.09 0.13 0.11 0.01 0.13 0.06 0.14 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.09 0.22 0.24 0.14 0.08 0.15 0.11 0.01 0.05
OP2 0.03 0.01 0.18 0.21 0.01 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.29 0.28 0.05 0.07 0.06 0.02 0.10 0.08
P 0.02 0.07 0.10 0.14 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.23 0.23 0.12 0.04 0.11 0.07 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.15 0.00 0.08 0.00 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.10 0.07 0.06
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.11 0.00 0.06 0.04 0.03
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.08 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.11 0.00 0.06 0.04 0.04
C5' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.04 0.12 0.14 0.11 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.13 0.00 0.06 0.02 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.00
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08
N2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.02 0.16 0.00 0.08 0.04 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.13 0.00 0.07 0.03 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.06 0.05 0.02
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.06 0.00
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.13 0.13 0.09
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.10 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.09
O5' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.13 0.06 0.15 0.16 0.13 0.09 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.13 0.00 0.06 0.02 0.06
OP1 0.05 0.08 0.10 0.14 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.13 0.16 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.00 0.07 0.09 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.13 0.10 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.06 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.13 0.06 0.02 0.00 0.09 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00