ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O6 B 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C6 B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C5 B 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
N7 B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
OP1 A 0, 0.000, 0.510, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C8 B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
C4 B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
N1 B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
N9 B 0, 0.000, 0.530, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.530 std_dev=0.530
P A 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N3 B 0, 0.000, 0.564, 1.129, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.564 std_dev=0.564
O4' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C2 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
O5' B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
C1' B 0, 0.000, 0.586, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.586
OP2 B 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
P B 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
C5' B 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
OP2 A 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
N2 B 0, 0.000, 0.654, 1.309, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.654 std_dev=0.654
C2' B 0, 0.000, 0.657, 1.314, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.657 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.000, 0.666, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O2' B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
OP1 B 0, 0.000, 0.744, 1.488, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.744 std_dev=0.744
O3' B 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
OP3 A 0, 0.000, 1.899, 3.799, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.899 std_dev=1.899

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2OP3P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03 0.16 0.06
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.05 0.11 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.14 0.31 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.02 0.21 0.11
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.18 0.02 0.30 0.16
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.19 0.05 0.27 0.15
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.18 0.04 0.42 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.16 0.06 0.18 0.12
N2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.06 0.05 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.03 0.11 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.43 0.20
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.02 0.25 0.11
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.22 0.57 0.13
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.27 0.07
O5' 0.04 0.06 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.05 0.11 0.07 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.21 0.06 0.32 0.18
OP1 0.07 0.12 0.01 0.04 0.13 0.00 0.18 0.00 0.19 0.18 0.16 0.10 0.10 0.22 0.12 0.00 0.09 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.08 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.22 0.11 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP3 0.16 0.11 0.15 0.31 0.21 0.03 0.30 0.01 0.27 0.42 0.18 0.05 0.11 0.43 0.25 0.17 0.57 0.27 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.02 0.07 0.11 0.00 0.16 0.00 0.15 0.18 0.12 0.07 0.07 0.20 0.11 0.03 0.13 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.01 0.23 0.24 0.07 0.27 0.01 0.26 0.09 0.08 0.08 0.02 0.10 0.01 0.13 0.28 0.25 0.24 0.21 0.15 0.23 0.15 0.18
C2 0.08 0.13 0.08 0.11 0.07 0.16 0.14 0.17 0.20 0.05 0.20 0.11 0.05 0.12 0.01 0.11 0.11 0.14 0.13 0.24 0.14 0.06 0.10
C2' 0.18 0.01 0.19 0.21 0.05 0.24 0.03 0.23 0.09 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.24 0.22 0.21 0.19 0.15 0.20 0.12 0.16
C3' 0.19 0.06 0.21 0.22 0.08 0.24 0.00 0.23 0.06 0.06 0.04 0.09 0.12 0.01 0.12 0.26 0.23 0.22 0.19 0.13 0.20 0.12 0.15
C4 0.20 0.01 0.20 0.20 0.07 0.24 0.03 0.23 0.11 0.06 0.10 0.02 0.11 0.02 0.12 0.24 0.21 0.23 0.19 0.17 0.20 0.12 0.16
C4' 0.22 0.06 0.24 0.25 0.10 0.27 0.01 0.26 0.06 0.08 0.04 0.09 0.14 0.01 0.14 0.30 0.27 0.24 0.21 0.13 0.23 0.14 0.18
C5 0.24 0.11 0.23 0.23 0.14 0.26 0.03 0.25 0.06 0.10 0.03 0.14 0.20 0.02 0.17 0.26 0.23 0.25 0.21 0.14 0.20 0.13 0.17
C5' 0.22 0.09 0.25 0.24 0.10 0.26 0.02 0.24 0.05 0.08 0.02 0.13 0.15 0.01 0.14 0.31 0.27 0.23 0.19 0.13 0.21 0.12 0.16
C6 0.21 0.08 0.19 0.19 0.11 0.23 0.00 0.22 0.09 0.08 0.05 0.10 0.16 0.00 0.14 0.21 0.19 0.23 0.19 0.17 0.17 0.11 0.15
C8 0.28 0.17 0.28 0.27 0.18 0.29 0.08 0.28 0.00 0.14 0.03 0.23 0.24 0.07 0.20 0.33 0.28 0.28 0.23 0.09 0.24 0.17 0.20
N1 0.13 0.06 0.11 0.13 0.01 0.17 0.11 0.18 0.18 0.01 0.15 0.03 0.02 0.09 0.04 0.13 0.13 0.17 0.14 0.23 0.14 0.07 0.11
N2 0.03 0.19 0.02 0.03 0.16 0.08 0.21 0.11 0.25 0.13 0.24 0.18 0.15 0.18 0.11 0.01 0.04 0.05 0.07 0.27 0.10 0.02 0.06
N3 0.13 0.10 0.12 0.15 0.03 0.19 0.10 0.20 0.17 0.01 0.17 0.10 0.01 0.08 0.03 0.16 0.15 0.18 0.15 0.22 0.17 0.09 0.13
N7 0.28 0.22 0.28 0.27 0.20 0.29 0.10 0.27 0.02 0.15 0.07 0.29 0.27 0.08 0.22 0.32 0.27 0.28 0.23 0.08 0.23 0.16 0.19
N9 0.23 0.06 0.24 0.24 0.10 0.27 0.01 0.26 0.07 0.09 0.06 0.08 0.15 0.02 0.15 0.29 0.25 0.25 0.21 0.14 0.22 0.15 0.18
O2' 0.16 0.04 0.17 0.20 0.02 0.23 0.05 0.23 0.11 0.03 0.11 0.05 0.03 0.03 0.07 0.22 0.22 0.20 0.19 0.16 0.22 0.13 0.17
O3' 0.18 0.05 0.20 0.21 0.07 0.23 0.01 0.22 0.07 0.05 0.04 0.08 0.11 0.01 0.10 0.24 0.22 0.20 0.18 0.13 0.19 0.11 0.15
O4' 0.24 0.06 0.26 0.26 0.11 0.28 0.02 0.27 0.05 0.10 0.04 0.07 0.14 0.03 0.15 0.31 0.28 0.25 0.22 0.12 0.24 0.16 0.19
O5' 0.18 0.08 0.19 0.19 0.07 0.21 0.02 0.19 0.08 0.03 0.03 0.14 0.13 0.03 0.10 0.25 0.20 0.19 0.14 0.16 0.14 0.06 0.10
O6 0.22 0.15 0.20 0.20 0.16 0.23 0.06 0.22 0.03 0.11 0.03 0.16 0.20 0.04 0.17 0.21 0.19 0.23 0.19 0.14 0.17 0.12 0.15
OP1 0.07 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.12 0.06 0.17 0.08 0.11 0.09 0.05 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.01 0.26 0.00 0.08 0.04
OP2 0.38 0.38 0.44 0.41 0.31 0.37 0.21 0.32 0.17 0.22 0.26 0.48 0.39 0.17 0.31 0.51 0.46 0.33 0.28 0.08 0.28 0.21 0.22
OP3 0.24 0.49 0.31 0.29 0.40 0.17 0.50 0.14 0.60 0.38 0.60 0.49 0.38 0.47 0.34 0.25 0.32 0.15 0.22 0.68 0.20 0.32 0.24
P 0.09 0.01 0.09 0.09 0.02 0.12 0.11 0.10 0.18 0.06 0.13 0.05 0.04 0.13 0.01 0.16 0.10 0.11 0.05 0.26 0.05 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00