ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C2' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O4' A 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O2' A 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C8 B 0, 0.000, 0.419, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C3' A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C4' A 0, 0.000, 0.429, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.429 std_dev=0.429
N2 B 0, 0.000, 0.443, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C1' B 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O6 B 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O3' A 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
O4' B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C5' A 0, 0.000, 0.616, 1.232, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.616 std_dev=0.616
C2' B 0, 0.000, 0.659, 1.318, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.659 std_dev=0.659
O2' B 0, 0.000, 0.786, 1.572, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.786 std_dev=0.786
C3' B 0, 0.000, 0.808, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.808 std_dev=0.808
C4' B 0, 0.000, 0.821, 1.642, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.821 std_dev=0.821
O5' B 0, 0.000, 0.941, 1.882, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.941 std_dev=0.941
C5' B 0, 0.000, 0.988, 1.976, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.988 std_dev=0.988
O5' A 0, 0.000, 1.016, 2.032, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.016 std_dev=1.016
O3' B 0, 0.000, 1.025, 2.050, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.025 std_dev=1.025
P B 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124
P A 0, 0.000, 1.322, 2.643, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.322 std_dev=1.322
OP1 A 0, 0.000, 1.341, 2.682, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.341 std_dev=1.341
OP2 A 0, 0.000, 1.459, 2.917, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.459 std_dev=1.459
OP2 B 0, 0.000, 1.623, 3.245, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.623 std_dev=1.623
OP1 B 0, 0.000, 1.963, 3.925, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.963 std_dev=1.963

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.20 0.07 0.11
C2 0.01 0.00 0.13 0.18 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.22 0.03 0.36 0.00 0.42 0.46 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.15 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.07 0.37 0.25 0.27
C3' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.03 0.14 0.02 0.17 0.21 0.16 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.35 0.14 0.50 0.26 0.38
C4 0.00 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.02 0.38 0.00 0.42 0.40 0.38
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.12 0.14 0.00
C5 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.03 0.51 0.01 0.53 0.55 0.52
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.28 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.18 0.03 0.52 0.00 0.56 0.62 0.56
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.52 0.01 0.50 0.42 0.47
N1 0.02 0.01 0.10 0.17 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.21 0.04 0.46 0.00 0.52 0.58 0.50
N2 0.01 0.00 0.15 0.21 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.26 0.03 0.31 0.01 0.37 0.44 0.34
N3 0.01 0.00 0.13 0.16 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.18 0.02 0.30 0.00 0.36 0.37 0.32
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.58 0.01 0.58 0.58 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.36 0.00 0.37 0.29 0.32
O2' 0.01 0.12 0.01 0.05 0.07 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.16 0.12 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.05 0.07 0.21 0.11 0.10
O3' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.02 0.18 0.02 0.21 0.26 0.18 0.04 0.04 0.10 0.00 0.00 0.23 0.17 0.50 0.22 0.33
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.18 0.08
O5' 0.14 0.36 0.24 0.35 0.38 0.02 0.51 0.00 0.52 0.52 0.46 0.31 0.30 0.58 0.36 0.05 0.23 0.04 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.03 0.57 0.00 0.62 0.70 0.63
OP1 0.20 0.42 0.37 0.50 0.42 0.12 0.53 0.12 0.56 0.50 0.52 0.37 0.36 0.58 0.37 0.21 0.50 0.03 0.00 0.62 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.46 0.25 0.26 0.40 0.14 0.55 0.28 0.62 0.42 0.58 0.44 0.37 0.58 0.29 0.11 0.22 0.18 0.01 0.70 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.39 0.27 0.38 0.38 0.00 0.52 0.01 0.56 0.47 0.50 0.34 0.32 0.58 0.32 0.10 0.33 0.08 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.04 0.34 0.33 0.07 0.24 0.02 0.20 0.09 0.04 0.08 0.08 0.11 0.02 0.10 0.40 0.41 0.14 0.16 0.15 0.34 0.16 0.09
C2 0.15 0.01 0.22 0.20 0.10 0.14 0.09 0.11 0.05 0.14 0.02 0.04 0.06 0.12 0.13 0.23 0.21 0.10 0.10 0.04 0.23 0.06 0.06
C2' 0.06 0.03 0.21 0.20 0.02 0.09 0.07 0.05 0.11 0.04 0.10 0.00 0.02 0.07 0.00 0.26 0.27 0.01 0.03 0.14 0.43 0.04 0.04
C3' 0.03 0.05 0.22 0.20 0.01 0.06 0.08 0.01 0.09 0.08 0.03 0.13 0.06 0.11 0.02 0.26 0.29 0.04 0.01 0.13 0.52 0.08 0.10
C4 0.13 0.06 0.25 0.23 0.07 0.14 0.01 0.10 0.03 0.05 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.28 0.27 0.08 0.08 0.06 0.40 0.04 0.02
C4' 0.18 0.15 0.38 0.38 0.11 0.24 0.01 0.19 0.03 0.03 0.04 0.26 0.18 0.02 0.11 0.43 0.49 0.12 0.17 0.10 0.37 0.17 0.08
C5 0.05 0.11 0.17 0.14 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.10 0.02 0.03 0.18 0.17 0.01 0.01 0.01 0.55 0.02 0.07
C5' 0.22 0.26 0.43 0.43 0.17 0.28 0.08 0.23 0.05 0.07 0.14 0.39 0.26 0.03 0.15 0.47 0.54 0.15 0.21 0.02 0.39 0.24 0.11
C6 0.01 0.10 0.09 0.06 0.06 0.02 0.07 0.05 0.09 0.01 0.11 0.10 0.07 0.04 0.02 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.55 0.12 0.11
C8 0.07 0.10 0.22 0.19 0.02 0.09 0.06 0.05 0.10 0.05 0.02 0.21 0.10 0.09 0.02 0.25 0.25 0.02 0.02 0.15 0.59 0.08 0.06
N1 0.06 0.06 0.12 0.10 0.09 0.03 0.11 0.00 0.10 0.10 0.08 0.02 0.06 0.11 0.09 0.11 0.10 0.00 0.00 0.10 0.37 0.14 0.04
N2 0.20 0.02 0.23 0.22 0.11 0.18 0.11 0.17 0.06 0.20 0.01 0.10 0.04 0.17 0.17 0.24 0.21 0.16 0.15 0.07 0.07 0.08 0.12
N3 0.17 0.01 0.28 0.26 0.09 0.19 0.05 0.15 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.07 0.13 0.31 0.29 0.13 0.13 0.03 0.26 0.02 0.08
N7 0.02 0.13 0.15 0.12 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.23 0.09 0.10 0.01 0.17 0.17 0.04 0.04 0.09 0.67 0.01 0.12
N9 0.13 0.06 0.28 0.26 0.05 0.16 0.03 0.12 0.08 0.01 0.05 0.12 0.11 0.03 0.07 0.32 0.32 0.08 0.09 0.13 0.44 0.10 0.02
O2' 0.08 0.08 0.23 0.23 0.02 0.13 0.08 0.10 0.14 0.02 0.14 0.08 0.01 0.07 0.01 0.28 0.30 0.04 0.07 0.17 0.33 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.20 0.18 0.03 0.03 0.09 0.03 0.10 0.10 0.04 0.11 0.04 0.13 0.04 0.25 0.27 0.07 0.04 0.14 0.53 0.16 0.13
O4' 0.26 0.18 0.45 0.45 0.16 0.33 0.05 0.29 0.02 0.10 0.03 0.27 0.23 0.03 0.18 0.50 0.55 0.21 0.26 0.10 0.29 0.30 0.18
O5' 0.50 0.44 0.60 0.60 0.46 0.53 0.41 0.51 0.37 0.44 0.38 0.46 0.47 0.41 0.47 0.60 0.64 0.46 0.51 0.32 0.11 0.65 0.45
O6 0.07 0.11 0.00 0.03 0.03 0.11 0.07 0.15 0.14 0.04 0.16 0.12 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.69 0.21 0.21
OP1 0.51 0.43 0.59 0.59 0.45 0.53 0.41 0.51 0.36 0.44 0.37 0.44 0.46 0.41 0.47 0.61 0.63 0.48 0.49 0.32 0.16 0.65 0.43
OP2 0.51 0.41 0.57 0.56 0.46 0.53 0.42 0.51 0.37 0.46 0.36 0.41 0.45 0.43 0.48 0.58 0.58 0.49 0.48 0.32 0.22 0.66 0.42
P 0.48 0.41 0.55 0.56 0.44 0.50 0.40 0.49 0.36 0.43 0.36 0.42 0.44 0.40 0.45 0.56 0.59 0.45 0.48 0.32 0.18 0.67 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.02 0.11 0.00 0.40 0.37 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.08 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04 0.11 0.13 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.01
C4 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.06 0.00 0.43 0.24 0.04
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.07 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.18 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.56 0.35 0.04
C5' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.09 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.26 0.24 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.08 0.00 0.58 0.46 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.53 0.07 0.05
N1 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.12 0.00 0.49 0.46 0.11
N2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.01 0.36 0.38 0.11
N3 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.09 0.00 0.35 0.26 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.65 0.27 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.07 0.00
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.13 0.16 0.13 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.13 0.11 0.04
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.25 0.02
O5' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.05 0.12 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.08 0.00 0.66 0.52 0.07
OP1 0.20 0.40 0.13 0.03 0.43 0.12 0.56 0.26 0.58 0.53 0.49 0.36 0.35 0.65 0.38 0.01 0.13 0.06 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.37 0.02 0.06 0.24 0.18 0.35 0.24 0.46 0.07 0.46 0.38 0.26 0.27 0.07 0.08 0.11 0.25 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.11 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00