ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53324

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 2, 1, 0, 17, 25, 10, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.025, 0.039, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.039 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.025, 0.040, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.026, 0.044, 0.062, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.044 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.035, 0.056, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.056 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.043, 0.066, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.025, 0.053, 0.080, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.053 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.047, 0.076, 0.105, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.076 std_dev=0.029
N3 B 0, 0.212, 0.356, 0.500, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.356 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.397, 0.566, 0.735, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.566 std_dev=0.169
C4 B 0, 0.264, 0.435, 0.607, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.435 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.316, 0.500, 0.684, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.500 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.396, 0.581, 0.766, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.581 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.358, 0.545, 0.731, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.545 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.421, 0.625, 0.828, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.625 std_dev=0.204
O4 B 0, 0.480, 0.740, 1.001, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.740 std_dev=0.260
O2 B 0, 0.642, 0.919, 1.196, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.919 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.691, 1.015, 1.338, 1.461 max_d=1.461 avg_d=1.015 std_dev=0.323
C3' B 0, 1.197, 1.719, 2.240, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.719 std_dev=0.521
O4' B 0, 1.137, 1.681, 2.225, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.681 std_dev=0.544
O2' B 0, 1.493, 2.090, 2.687, 2.776 max_d=2.776 avg_d=2.090 std_dev=0.597
O3' B 0, 1.862, 2.551, 3.240, 3.682 max_d=3.682 avg_d=2.551 std_dev=0.689
C4' B 0, 1.533, 2.296, 3.060, 3.037 max_d=3.037 avg_d=2.296 std_dev=0.763
O4' A 0, 1.386, 2.166, 2.947, 2.539 max_d=2.539 avg_d=2.166 std_dev=0.780
C2' A 0, 1.380, 2.163, 2.945, 2.645 max_d=2.645 avg_d=2.163 std_dev=0.783
O3' A 0, 1.648, 2.535, 3.423, 3.175 max_d=3.175 avg_d=2.535 std_dev=0.887
C4' A 0, 1.637, 2.543, 3.450, 3.055 max_d=3.055 avg_d=2.543 std_dev=0.907
C3' A 0, 1.623, 2.533, 3.443, 3.089 max_d=3.089 avg_d=2.533 std_dev=0.910
O5' B 0, 2.022, 3.070, 4.118, 4.195 max_d=4.195 avg_d=3.070 std_dev=1.048
C5' B 0, 2.109, 3.201, 4.293, 4.035 max_d=4.035 avg_d=3.201 std_dev=1.092
O2' A 0, 2.105, 3.300, 4.496, 4.131 max_d=4.131 avg_d=3.300 std_dev=1.196
P B 0, 2.611, 4.065, 5.519, 5.535 max_d=5.535 avg_d=4.065 std_dev=1.454
OP2 B 0, 3.241, 5.063, 6.886, 6.974 max_d=6.974 avg_d=5.063 std_dev=1.823
C5' A 0, 3.298, 5.162, 7.026, 6.052 max_d=6.052 avg_d=5.162 std_dev=1.864
OP1 B 0, 3.635, 5.686, 7.737, 7.388 max_d=7.388 avg_d=5.686 std_dev=2.051
O5' A 0, 3.926, 6.173, 8.421, 7.095 max_d=7.095 avg_d=6.173 std_dev=2.248
P A 0, 5.611, 8.822, 12.033, 10.121 max_d=10.121 avg_d=8.822 std_dev=3.211
OP2 A 0, 6.002, 9.421, 12.840, 10.918 max_d=10.918 avg_d=9.421 std_dev=3.419
OP1 A 0, 6.149, 9.649, 13.149, 11.105 max_d=11.105 avg_d=9.649 std_dev=3.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.22 0.02 0.16 0.31 0.22
C2 0.03 0.00 0.39 0.65 0.01 0.33 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.41 0.07 0.49 0.01 1.25 0.55 0.73
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.13 0.17 0.18 0.30 0.47 0.38 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.48 0.13 0.54 0.69 0.55
C3' 0.02 0.65 0.00 0.00 0.37 0.01 0.27 0.02 0.39 0.08 0.55 0.77 0.61 0.06 0.11 0.01 0.01 0.02 0.30 0.35 0.37 0.41 0.33
C4 0.02 0.01 0.20 0.37 0.00 0.19 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.13 0.01 0.55 0.19 0.21
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.19 0.00 0.15 0.01 0.21 0.05 0.29 0.38 0.30 0.04 0.05 0.16 0.02 0.00 0.02 0.20 0.12 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.27 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.04 0.10 0.01 0.49 0.21 0.13
C5' 0.07 0.63 0.13 0.02 0.29 0.01 0.22 0.00 0.37 0.19 0.54 0.78 0.54 0.11 0.07 0.04 0.13 0.01 0.01 0.34 0.15 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.21 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.05 0.20 0.01 0.83 0.23 0.35
C8 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.17 0.05 0.44 0.02 0.26 0.65 0.48
N1 0.03 0.00 0.30 0.55 0.01 0.29 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.34 0.06 0.39 0.01 1.18 0.45 0.62
N2 0.04 0.01 0.47 0.77 0.01 0.38 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.54 0.09 0.66 0.02 1.56 0.78 0.97
N3 0.03 0.00 0.38 0.61 0.00 0.30 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.35 0.07 0.38 0.01 0.95 0.40 0.54
N7 0.00 0.01 0.10 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.09 0.05 0.30 0.01 0.11 0.51 0.30
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01 0.21 0.01 0.08 0.35 0.19
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.10 0.16 0.18 0.04 0.17 0.26 0.12 0.16 0.11 0.27 0.13 0.00 0.05 0.10 0.30 0.21 0.52 0.57 0.42
O3' 0.14 0.41 0.03 0.01 0.16 0.02 0.10 0.13 0.20 0.17 0.34 0.54 0.35 0.09 0.06 0.05 0.00 0.10 0.19 0.18 0.28 0.27 0.18
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.10 0.10 0.00 0.09 0.05 0.15 0.18 0.09
O5' 0.22 0.49 0.48 0.30 0.13 0.02 0.10 0.01 0.20 0.44 0.39 0.66 0.38 0.30 0.21 0.30 0.19 0.09 0.00 0.17 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.05 0.17 0.00 0.82 0.20 0.31
OP1 0.16 1.25 0.54 0.37 0.55 0.12 0.49 0.15 0.83 0.26 1.18 1.56 0.95 0.11 0.08 0.52 0.28 0.15 0.02 0.82 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.55 0.69 0.41 0.19 0.13 0.21 0.14 0.23 0.65 0.45 0.78 0.40 0.51 0.35 0.57 0.27 0.18 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.73 0.55 0.33 0.21 0.03 0.13 0.02 0.35 0.48 0.62 0.97 0.54 0.30 0.19 0.42 0.18 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.09 0.11 0.34 0.13 0.67 0.21 0.82 0.24 0.16 0.11 0.21 0.24 0.46 0.13 0.59 0.70 1.34 0.68 0.92
C2 0.18 0.19 0.18 0.13 0.16 0.26 0.23 0.45 0.17 0.12 0.13 0.31 0.32 0.16 0.20 0.22 0.48 1.33 0.52 0.82
C2' 0.50 0.53 0.76 0.41 0.39 0.13 0.38 0.15 0.41 0.48 0.46 0.63 0.91 0.33 0.36 0.19 0.12 0.60 0.13 0.23
C3' 0.46 0.45 0.57 0.23 0.41 0.09 0.41 0.15 0.43 0.45 0.42 0.47 0.73 0.20 0.39 0.21 0.09 0.51 0.10 0.18
C4 0.12 0.09 0.13 0.19 0.14 0.45 0.21 0.59 0.21 0.11 0.09 0.24 0.21 0.26 0.15 0.43 0.52 1.27 0.46 0.79
C4' 0.39 0.22 0.37 0.73 0.20 0.85 0.26 0.91 0.31 0.30 0.18 0.19 0.29 0.96 0.18 0.62 0.80 1.18 0.81 0.90
C5 0.14 0.07 0.13 0.15 0.15 0.37 0.21 0.48 0.20 0.13 0.08 0.16 0.15 0.22 0.16 0.37 0.40 1.16 0.30 0.66
C5' 0.53 0.47 0.67 0.89 0.34 0.80 0.33 0.75 0.36 0.45 0.40 0.56 0.69 1.22 0.31 0.55 0.67 0.90 0.64 0.69
C6 0.13 0.08 0.14 0.13 0.16 0.26 0.22 0.36 0.19 0.11 0.07 0.17 0.16 0.16 0.19 0.26 0.31 1.09 0.23 0.59
C8 0.24 0.11 0.12 0.23 0.16 0.52 0.21 0.61 0.23 0.19 0.12 0.12 0.15 0.35 0.16 0.51 0.49 1.17 0.37 0.71
N1 0.16 0.15 0.17 0.13 0.16 0.21 0.22 0.34 0.17 0.12 0.11 0.24 0.23 0.15 0.22 0.20 0.34 1.16 0.31 0.65
N2 0.28 0.23 0.22 0.15 0.18 0.20 0.24 0.41 0.16 0.19 0.16 0.33 0.41 0.17 0.23 0.16 0.52 1.43 0.67 0.92
N3 0.10 0.16 0.16 0.18 0.14 0.41 0.22 0.61 0.19 0.08 0.12 0.32 0.33 0.23 0.16 0.37 0.59 1.37 0.61 0.89
N7 0.21 0.12 0.13 0.18 0.17 0.43 0.21 0.51 0.22 0.18 0.12 0.12 0.15 0.27 0.17 0.43 0.40 1.12 0.27 0.63
N9 0.20 0.08 0.11 0.25 0.14 0.55 0.21 0.68 0.22 0.16 0.10 0.18 0.18 0.36 0.14 0.52 0.57 1.26 0.50 0.81
O2' 0.55 0.57 0.96 0.59 0.36 0.22 0.32 0.24 0.37 0.49 0.47 0.74 1.21 0.59 0.31 0.22 0.21 0.78 0.26 0.39
O3' 0.54 0.50 0.76 0.38 0.39 0.15 0.38 0.13 0.42 0.49 0.44 0.56 1.05 0.31 0.36 0.26 0.09 0.53 0.19 0.22
O4' 0.75 0.45 0.64 0.98 0.43 1.20 0.56 1.27 0.64 0.62 0.37 0.35 0.50 1.12 0.37 1.04 1.16 1.63 1.11 1.29
O5' 0.73 0.77 0.84 0.99 0.58 0.89 0.52 0.82 0.55 0.68 0.69 0.92 0.91 1.28 0.55 0.69 0.75 1.02 0.68 0.77
O6 0.14 0.09 0.15 0.15 0.17 0.22 0.22 0.29 0.19 0.13 0.09 0.13 0.15 0.16 0.21 0.23 0.25 0.99 0.20 0.48
OP1 0.19 0.28 0.47 0.56 0.11 0.33 0.25 0.19 0.21 0.11 0.20 0.56 0.68 1.00 0.13 0.14 0.14 0.23 0.19 0.15
OP2 0.87 1.09 1.05 1.08 0.86 0.89 0.71 0.75 0.70 0.87 1.04 1.32 1.19 1.39 0.85 0.71 0.70 0.94 0.57 0.69
P 0.67 0.82 0.90 0.97 0.56 0.75 0.43 0.60 0.45 0.63 0.74 1.05 1.05 1.33 0.55 0.52 0.54 0.73 0.43 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.28 0.09 0.13
C2 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.11 0.32 0.32 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.10 0.17 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.11 0.07 0.12
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.23 0.00 0.20 0.02 0.15 0.13 0.22 0.17 0.02 0.01 0.25 0.01 0.05 0.12 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.20 0.00 0.02 0.21 0.32 0.52 0.11
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05 0.05 0.13 0.02 0.09 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01 0.03 0.22 0.29 0.50 0.11
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.08 0.06 0.11 0.07 0.14 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.18 0.27 0.35 0.09
N1 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.01 0.10 0.29 0.26 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.22 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.01 0.05 0.17 0.33 0.44 0.09
O2 0.02 0.00 0.17 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.08 0.09 0.33 0.27 0.11
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.12 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.10 0.00 0.08 0.12 0.09 0.03 0.09 0.07 0.04
O3' 0.07 0.13 0.02 0.01 0.20 0.02 0.18 0.07 0.13 0.08 0.18 0.15 0.08 0.00 0.23 0.03 0.11 0.36 0.18 0.18
O4 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.23 0.00 0.03 0.24 0.32 0.59 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.08 0.09 0.03 0.03 0.00 0.05 0.32 0.05 0.14
O5' 0.05 0.11 0.09 0.05 0.21 0.01 0.22 0.01 0.18 0.10 0.17 0.09 0.03 0.11 0.24 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.28 0.32 0.11 0.12 0.32 0.08 0.29 0.05 0.27 0.29 0.33 0.33 0.09 0.36 0.32 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.32 0.07 0.09 0.52 0.04 0.50 0.10 0.35 0.26 0.44 0.27 0.07 0.18 0.59 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.10 0.12 0.05 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.09 0.09 0.11 0.04 0.18 0.12 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00