ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 14, 14, 9, 6, 6, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.008, 0.046, 0.084, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.046 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.034, 0.076, 0.117, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.076 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.051, 0.114, 0.177, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.114 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.055, 0.119, 0.183, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.119 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.020, 0.097, 0.173, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.097 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.086, 0.173, 0.260, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.173 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.026, 0.151, 0.276, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.151 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.122, 0.291, 0.459, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.291 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.116, 0.286, 0.455, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.286 std_dev=0.169
C4 B 0, 0.099, 0.276, 0.452, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.276 std_dev=0.177
N1 B 0, 0.116, 0.294, 0.473, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.294 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.103, 0.282, 0.461, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.282 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.137, 0.317, 0.497, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.317 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.129, 0.312, 0.495, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.312 std_dev=0.183
O4 B 0, 0.100, 0.302, 0.504, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.302 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.127, 0.331, 0.534, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.331 std_dev=0.204
O2 B 0, 0.169, 0.378, 0.588, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.378 std_dev=0.210
C4' B 0, 0.109, 0.354, 0.599, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.354 std_dev=0.245
C5' B 0, 0.116, 0.367, 0.619, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.367 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.129, 0.387, 0.646, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.387 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.075, 0.410, 0.745, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.410 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.039, 0.410, 0.782, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.410 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.108, 0.485, 0.862, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.485 std_dev=0.377
O5' A 0, -0.144, 0.236, 0.615, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.236 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.045, 0.444, 0.843, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.444 std_dev=0.399
P B 0, -0.004, 0.397, 0.797, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.397 std_dev=0.400
OP1 A 0, -0.087, 0.423, 0.934, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.423 std_dev=0.510
OP1 B 0, -0.157, 0.407, 0.970, 3.156 max_d=3.156 avg_d=0.407 std_dev=0.563
P A 0, -0.193, 0.402, 0.997, 3.612 max_d=3.612 avg_d=0.402 std_dev=0.595
O3' B 0, -0.179, 0.528, 1.235, 4.355 max_d=4.355 avg_d=0.528 std_dev=0.707
OP2 A 0, -0.396, 0.576, 1.547, 5.856 max_d=5.856 avg_d=0.576 std_dev=0.971

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.01 0.16 0.07 0.11
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.28 0.01 0.33 0.38 0.32
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.23 0.10 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.27 0.13 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.30 0.01 0.29 0.35 0.32
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.24 0.06
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.35 0.01 0.32 0.51 0.41
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.35 0.00 0.35 0.58 0.44
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.36 0.01 0.24 0.40 0.36
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.32 0.01 0.35 0.51 0.39
N2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.26 0.01 0.34 0.35 0.30
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.26 0.01 0.30 0.29 0.27
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.38 0.01 0.29 0.56 0.44
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.01 0.24 0.25 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.17 0.25 0.10
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.05 0.29 0.20 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.02 0.09 0.17 0.06
O5' 0.19 0.28 0.10 0.07 0.30 0.01 0.35 0.01 0.35 0.36 0.32 0.26 0.26 0.38 0.29 0.03 0.12 0.16 0.00 0.37 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.37 0.00 0.37 0.68 0.49
OP1 0.16 0.33 0.23 0.27 0.29 0.11 0.32 0.09 0.35 0.24 0.35 0.34 0.30 0.29 0.24 0.17 0.29 0.09 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.38 0.10 0.13 0.35 0.24 0.51 0.16 0.58 0.40 0.51 0.35 0.29 0.56 0.25 0.25 0.20 0.17 0.02 0.68 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.32 0.09 0.11 0.32 0.06 0.41 0.01 0.44 0.36 0.39 0.30 0.27 0.44 0.27 0.10 0.14 0.06 0.00 0.49 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.16 0.12 0.14 0.18
C2 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.09 0.12 0.08 0.17 0.27 0.16 0.13
C2' 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.09 0.16 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.07 0.08 0.07 0.21 0.19 0.13 0.25
C3' 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.13 0.08 0.06 0.07 0.10 0.10 0.14 0.08 0.05 0.18 0.25 0.14 0.24
C4 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.11 0.08 0.06 0.07 0.11 0.09 0.15 0.08 0.07 0.13 0.22 0.13 0.12
C4' 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.13 0.14 0.15 0.07 0.06 0.15 0.28 0.19 0.20
C5 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.11 0.10 0.11 0.10 0.07 0.05 0.10 0.13 0.27 0.09 0.10 0.13 0.27 0.14 0.12
C5' 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.13 0.09 0.14 0.10 0.09 0.12 0.15 0.16 0.28 0.10 0.08 0.14 0.27 0.24 0.19
C6 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.06 0.12 0.17 0.26 0.11 0.11 0.13 0.31 0.13 0.11
C8 0.10 0.08 0.11 0.14 0.08 0.15 0.10 0.13 0.12 0.09 0.08 0.10 0.10 0.34 0.09 0.12 0.14 0.20 0.19 0.14
N1 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.13 0.16 0.15 0.11 0.09 0.14 0.30 0.14 0.11
N2 0.10 0.13 0.11 0.18 0.14 0.10 0.13 0.16 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.10 0.16 0.10 0.20 0.28 0.21 0.16
N3 0.08 0.10 0.08 0.13 0.09 0.08 0.09 0.14 0.08 0.08 0.10 0.12 0.10 0.08 0.10 0.08 0.17 0.22 0.15 0.15
N7 0.13 0.08 0.14 0.16 0.09 0.16 0.12 0.13 0.13 0.11 0.07 0.10 0.15 0.39 0.10 0.14 0.15 0.25 0.18 0.14
N9 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09 0.06 0.07 0.11 0.07 0.18 0.07 0.06 0.12 0.17 0.15 0.13
O2' 0.11 0.11 0.11 0.18 0.10 0.13 0.11 0.21 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.15 0.10 0.11 0.28 0.31 0.16 0.33
O3' 0.07 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.09 0.15 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.11 0.08 0.06 0.21 0.33 0.13 0.29
O4' 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.13 0.07 0.06 0.14 0.20 0.20 0.18
O5' 0.32 0.32 0.32 0.37 0.31 0.32 0.30 0.18 0.31 0.31 0.32 0.33 0.21 0.54 0.31 0.29 0.15 0.22 0.24 0.14
O6 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.14 0.22 0.33 0.14 0.13 0.14 0.33 0.14 0.12
OP1 0.09 0.14 0.07 0.13 0.20 0.10 0.20 0.16 0.17 0.12 0.17 0.14 0.18 0.29 0.23 0.09 0.16 0.31 0.21 0.21
OP2 0.16 0.33 0.11 0.11 0.33 0.16 0.24 0.40 0.18 0.22 0.37 0.38 0.17 0.22 0.37 0.12 0.38 0.61 0.36 0.49
P 0.22 0.30 0.18 0.23 0.30 0.15 0.26 0.14 0.23 0.25 0.32 0.32 0.10 0.41 0.32 0.16 0.14 0.39 0.15 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.30 0.12 0.14
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.16 0.01 0.02 0.12 0.38 0.09 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.18 0.30 0.14 0.19
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.07 0.07 0.07 0.01 0.01 0.14 0.01 0.05 0.09 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.03 0.00 0.02 0.14 0.48 0.10 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.11 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.02 0.14 0.50 0.10 0.16
C5' 0.03 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.09 0.09 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.14 0.45 0.09 0.15
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.01 0.12 0.38 0.09 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.01 0.02 0.13 0.43 0.09 0.15
O2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.27 0.01 0.04 0.13 0.34 0.10 0.14
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.13 0.11 0.10 0.04 0.08 0.08 0.15 0.16 0.00 0.04 0.14 0.06 0.12 0.24 0.11 0.16
O3' 0.15 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.27 0.04 0.00 0.04 0.10 0.18 0.16 0.26 0.19
O4 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.00 0.02 0.14 0.49 0.10 0.16
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.02 0.00 0.06 0.24 0.13 0.11
O5' 0.11 0.12 0.18 0.05 0.14 0.01 0.14 0.01 0.14 0.12 0.13 0.13 0.12 0.18 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.30 0.38 0.30 0.09 0.48 0.10 0.50 0.09 0.45 0.38 0.43 0.34 0.24 0.16 0.49 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.14 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.26 0.10 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.19 0.05 0.16 0.03 0.16 0.01 0.15 0.14 0.15 0.14 0.16 0.19 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00