Doublet Group distance statistics: 53328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 18, 10, 3, 6, 5, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2	A	0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N7	A	0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O6	A	0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C8	A	0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N2	A	0, -0.004, 0.028, 0.060, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.028 std_dev=0.032
O4'	B	0, 0.076, 0.234, 0.392, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.234 std_dev=0.158
C1'	B	0, 0.099, 0.287, 0.474, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.287 std_dev=0.188
C4'	B	0, 0.076, 0.265, 0.453, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.265 std_dev=0.189
C6	B	0, 0.223, 0.417, 0.611, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.417 std_dev=0.194
N1	B	0, 0.119, 0.323, 0.528, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.323 std_dev=0.204
O2	B	0, 0.227, 0.435, 0.643, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.435 std_dev=0.208
C5'	B	0, 0.089, 0.301, 0.512, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.301 std_dev=0.212
C5	B	0, 0.248, 0.479, 0.710, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.479 std_dev=0.231
C2	B	0, 0.128, 0.360, 0.592, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.360 std_dev=0.232
C2'	B	0, 0.100, 0.346, 0.592, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.346 std_dev=0.246
C3'	B	0, 0.100, 0.350, 0.600, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.350 std_dev=0.250
O5'	A	0, 0.107, 0.367, 0.628, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.367 std_dev=0.261
N3	B	0, 0.134, 0.402, 0.669, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.402 std_dev=0.268
C4	B	0, 0.182, 0.451, 0.719, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.451 std_dev=0.268
O3'	B	0, 0.129, 0.405, 0.682, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.405 std_dev=0.277
O4'	A	0, -0.039, 0.241, 0.520, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.241 std_dev=0.280
O2'	B	0, 0.116, 0.412, 0.707, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.412 std_dev=0.296
O4	B	0, 0.203, 0.516, 0.829, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.516 std_dev=0.313
C2'	A	0, -0.058, 0.270, 0.599, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.270 std_dev=0.328
C5'	A	0, -0.001, 0.462, 0.925, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.462 std_dev=0.463
C4'	A	0, -0.073, 0.420, 0.914, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.420 std_dev=0.494
P	A	0, 0.067, 0.587, 1.107, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.587 std_dev=0.520
C3'	A	0, -0.142, 0.491, 1.125, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.491 std_dev=0.634
O2'	A	0, -0.133, 0.556, 1.245, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.556 std_dev=0.689
OP1	A	0, 0.006, 0.784, 1.562, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.784 std_dev=0.778
OP2	A	0, 0.021, 0.910, 1.799, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.910 std_dev=0.889
O5'	B	0, -0.072, 0.878, 1.828, 2.918 max_d=2.918 avg_d=0.878 std_dev=0.950
O3'	A	0, -0.314, 0.848, 2.011, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.848 std_dev=1.162
P	B	0, -0.158, 1.135, 2.428, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.135 std_dev=1.293
OP2	B	0, -0.169, 1.235, 2.638, 4.306 max_d=4.306 avg_d=1.235 std_dev=1.404
OP1	B	0, -0.122, 1.334, 2.790, 4.469 max_d=4.469 avg_d=1.334 std_dev=1.456

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.02	0.01	0.03	0.05	0.03	0.01	0.00	0.02	0.31	0.00	0.17	0.02	0.28	0.36	0.24
C2	0.03	0.00	0.19	0.10	0.01	0.10	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.39	0.17	0.12	0.01	0.15	0.22	0.15
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.21	0.08	0.11	0.14	0.23	0.18	0.07	0.02	0.00	0.03	0.02	0.48	0.06	0.65	0.89	0.68
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.18	0.00	0.29	0.01	0.28	0.36	0.19	0.07	0.07	0.38	0.20	0.01	0.01	0.02	0.07	0.32	0.28	0.30	0.21
C4	0.01	0.01	0.09	0.18	0.00	0.02	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.20	0.09	0.12	0.01	0.15	0.22	0.15
C4'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.05	0.19	0.05	0.16	0.10	0.17	0.07	0.30	0.02	0.00	0.01	0.08	0.14	0.13	0.07
C5	0.01	0.00	0.04	0.29	0.00	0.07	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.29	0.04	0.04	0.14	0.01	0.23	0.30	0.21
C5'	0.08	0.14	0.21	0.01	0.08	0.00	0.07	0.00	0.08	0.12	0.11	0.18	0.15	0.12	0.05	0.08	0.21	0.01	0.01	0.09	0.05	0.04	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.28	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.28	0.07	0.07	0.15	0.00	0.25	0.35	0.23
C8	0.01	0.01	0.11	0.36	0.00	0.19	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.36	0.20	0.10	0.15	0.01	0.22	0.24	0.19
N1	0.03	0.00	0.14	0.19	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.24	0.13	0.13	0.01	0.18	0.29	0.19
N2	0.05	0.00	0.23	0.07	0.01	0.16	0.01	0.18	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.13	0.53	0.21	0.14	0.02	0.17	0.21	0.15
N3	0.03	0.00	0.18	0.07	0.00	0.10	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.42	0.17	0.13	0.01	0.17	0.22	0.16
N7	0.01	0.01	0.07	0.38	0.01	0.17	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.39	0.20	0.06	0.18	0.01	0.31	0.35	0.25
N9	0.00	0.01	0.02	0.20	0.01	0.07	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.20	0.10	0.01	0.11	0.01	0.16	0.24	0.16
O2'	0.02	0.10	0.00	0.01	0.17	0.30	0.29	0.08	0.28	0.36	0.18	0.13	0.08	0.39	0.20	0.00	0.04	0.21	0.34	0.34	0.61	1.05	0.65
O3'	0.31	0.39	0.03	0.01	0.20	0.02	0.04	0.21	0.07	0.20	0.24	0.53	0.42	0.20	0.10	0.04	0.00	0.22	0.16	0.06	0.19	0.12	0.14
O4'	0.00	0.17	0.02	0.02	0.09	0.00	0.04	0.01	0.07	0.10	0.13	0.21	0.17	0.06	0.01	0.21	0.22	0.00	0.06	0.05	0.07	0.09	0.06
O5'	0.17	0.12	0.48	0.07	0.12	0.01	0.14	0.01	0.15	0.15	0.13	0.14	0.13	0.18	0.11	0.34	0.16	0.06	0.00	0.18	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.06	0.32	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.34	0.06	0.05	0.18	0.00	0.34	0.44	0.29
OP1	0.28	0.15	0.65	0.28	0.15	0.14	0.23	0.05	0.25	0.22	0.18	0.17	0.17	0.31	0.16	0.61	0.19	0.07	0.01	0.34	0.00	0.01	0.01
OP2	0.36	0.22	0.89	0.30	0.22	0.13	0.30	0.04	0.35	0.24	0.29	0.21	0.22	0.35	0.24	1.05	0.12	0.09	0.02	0.44	0.01	0.00	0.01
P	0.24	0.15	0.68	0.21	0.15	0.07	0.21	0.01	0.23	0.19	0.19	0.15	0.16	0.25	0.16	0.65	0.14	0.06	0.00	0.29	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.17	0.10	0.09	0.14	0.09	0.14	0.14	0.14	0.13	0.17	0.21	0.11	0.12	0.14	0.10	0.10	0.44	0.11	0.21
C2	0.12	0.10	0.12	0.13	0.11	0.15	0.18	0.15	0.19	0.11	0.11	0.18	0.13	0.17	0.12	0.14	0.38	0.66	0.50	0.61
C2'	0.10	0.20	0.09	0.15	0.25	0.13	0.23	0.10	0.18	0.15	0.24	0.22	0.11	0.25	0.27	0.09	0.32	0.18	0.15	0.11
C3'	0.11	0.15	0.10	0.09	0.11	0.09	0.15	0.15	0.15	0.11	0.14	0.23	0.10	0.12	0.12	0.10	0.55	0.26	0.58	0.49
C4	0.09	0.14	0.09	0.11	0.10	0.11	0.11	0.12	0.12	0.09	0.14	0.20	0.11	0.17	0.11	0.08	0.13	0.40	0.19	0.30
C4'	0.19	0.18	0.20	0.17	0.23	0.18	0.27	0.24	0.26	0.21	0.20	0.18	0.18	0.15	0.23	0.20	0.66	0.26	0.70	0.59
C5	0.13	0.15	0.15	0.17	0.12	0.15	0.13	0.14	0.13	0.12	0.14	0.21	0.17	0.24	0.12	0.12	0.13	0.21	0.12	0.17
C5'	0.25	0.23	0.28	0.26	0.26	0.27	0.30	0.35	0.30	0.26	0.24	0.21	0.25	0.20	0.26	0.26	1.03	0.77	1.09	1.06
C6	0.16	0.17	0.18	0.19	0.16	0.17	0.17	0.15	0.18	0.16	0.16	0.21	0.20	0.26	0.16	0.15	0.14	0.27	0.18	0.26
C8	0.13	0.16	0.13	0.15	0.11	0.13	0.10	0.13	0.10	0.12	0.15	0.21	0.16	0.21	0.11	0.10	0.34	0.16	0.28	0.20
N1	0.15	0.13	0.15	0.17	0.16	0.16	0.20	0.15	0.20	0.15	0.14	0.18	0.17	0.21	0.16	0.15	0.28	0.48	0.37	0.47
N2	0.14	0.11	0.14	0.15	0.13	0.16	0.23	0.18	0.23	0.14	0.12	0.17	0.14	0.16	0.14	0.16	0.53	0.84	0.70	0.79
N3	0.09	0.13	0.09	0.11	0.10	0.12	0.14	0.14	0.15	0.09	0.14	0.19	0.10	0.14	0.11	0.11	0.32	0.65	0.42	0.55
N7	0.15	0.16	0.18	0.20	0.12	0.16	0.12	0.15	0.12	0.13	0.15	0.22	0.20	0.27	0.12	0.12	0.31	0.18	0.27	0.18
N9	0.10	0.15	0.08	0.09	0.11	0.09	0.10	0.11	0.10	0.10	0.15	0.20	0.11	0.15	0.11	0.07	0.14	0.28	0.10	0.14
O2'	0.14	0.21	0.17	0.12	0.36	0.14	0.43	0.35	0.37	0.23	0.26	0.20	0.13	0.18	0.39	0.15	0.23	0.82	0.53	0.59
O3'	0.36	0.41	0.35	0.25	0.61	0.27	0.67	0.35	0.60	0.46	0.49	0.31	0.32	0.17	0.65	0.36	0.66	0.23	0.75	0.60
O4'	0.17	0.18	0.14	0.10	0.21	0.11	0.22	0.10	0.22	0.19	0.20	0.18	0.13	0.12	0.22	0.16	0.31	0.27	0.32	0.17
O5'	0.14	0.17	0.13	0.13	0.16	0.14	0.16	0.16	0.16	0.15	0.17	0.20	0.13	0.14	0.17	0.15	0.88	0.76	0.90	0.90
O6	0.18	0.20	0.21	0.23	0.19	0.18	0.19	0.17	0.19	0.18	0.20	0.24	0.25	0.29	0.20	0.16	0.14	0.19	0.16	0.20
OP1	0.15	0.18	0.13	0.14	0.18	0.13	0.20	0.19	0.18	0.15	0.18	0.25	0.17	0.23	0.19	0.15	1.05	1.25	1.23	1.27
OP2	0.41	0.40	0.46	0.47	0.28	0.35	0.25	0.22	0.27	0.35	0.35	0.48	0.55	0.58	0.27	0.33	0.65	0.82	0.71	0.77
P	0.22	0.23	0.22	0.23	0.17	0.18	0.15	0.11	0.15	0.19	0.21	0.29	0.27	0.31	0.17	0.19	0.86	0.99	0.95	0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.01	0.00	0.45	0.49	0.30	0.47
C2	0.02	0.00	0.06	0.04	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.06	0.01	0.04	0.66	0.76	0.69	0.80
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.03	0.07	0.02	0.05	0.10	0.00	0.01	0.05	0.01	0.47	0.40	0.21	0.39
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.06	0.02	0.03	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.09	0.09	0.21	0.03
C4	0.01	0.00	0.05	0.04	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.04	0.01	0.02	0.91	1.16	1.12	1.17
C4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.18	0.21	0.02
C5	0.01	0.01	0.07	0.07	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.04	0.01	0.03	0.96	1.23	1.15	1.23
C5'	0.01	0.05	0.03	0.01	0.09	0.00	0.10	0.00	0.08	0.05	0.06	0.05	0.02	0.01	0.10	0.01	0.01	0.37	0.30	0.01
C6	0.01	0.01	0.07	0.06	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.04	0.02	0.04	0.89	1.06	0.92	1.06
N1	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.01	0.69	0.79	0.65	0.80
N3	0.01	0.00	0.05	0.03	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.05	0.01	0.03	0.79	0.95	0.91	0.99
O2	0.04	0.00	0.10	0.08	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.17	0.10	0.01	0.06	0.52	0.58	0.53	0.63
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.04	0.01	0.07	0.02	0.07	0.02	0.07	0.17	0.00	0.03	0.05	0.01	0.42	0.31	0.22	0.35
O3'	0.04	0.06	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.04	0.04	0.05	0.10	0.03	0.00	0.04	0.03	0.13	0.18	0.32	0.17
O4	0.01	0.01	0.05	0.05	0.01	0.04	0.01	0.10	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.04	0.00	0.03	0.95	1.25	1.23	1.25
O4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.03	0.06	0.01	0.03	0.03	0.00	0.30	0.45	0.15	0.35
O5'	0.45	0.66	0.47	0.09	0.91	0.01	0.96	0.01	0.89	0.69	0.79	0.52	0.42	0.13	0.95	0.30	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.49	0.76	0.40	0.09	1.16	0.18	1.23	0.37	1.06	0.79	0.95	0.58	0.31	0.18	1.25	0.45	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	0.69	0.21	0.21	1.12	0.21	1.15	0.30	0.92	0.65	0.91	0.53	0.22	0.32	1.23	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.47	0.80	0.39	0.03	1.17	0.02	1.23	0.01	1.06	0.80	0.99	0.63	0.35	0.17	1.25	0.35	0.00	0.01	0.00	0.00