ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 19, 11, 6, 4, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.038 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.034, 0.062, 0.090, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.040, 0.069, 0.098, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.069 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.031, 0.060, 0.090, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.070, 0.134, 0.198, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.134 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.009, 0.089, 0.168, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.089 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.092, 0.193, 0.295, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.193 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.105, 0.211, 0.318, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.211 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.054, 0.171, 0.288, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.171 std_dev=0.117
O4' B 0, 0.082, 0.218, 0.354, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.218 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.106, 0.255, 0.404, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.255 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.119, 0.269, 0.419, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.269 std_dev=0.150
C4' B 0, 0.106, 0.258, 0.411, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.258 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.144, 0.300, 0.456, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.300 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.107, 0.265, 0.424, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.265 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.088, 0.249, 0.410, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.249 std_dev=0.161
C5' B 0, 0.141, 0.302, 0.463, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.302 std_dev=0.161
O5' B 0, 0.179, 0.364, 0.548, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.364 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.105, 0.289, 0.474, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.289 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.161, 0.348, 0.534, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.348 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.089, 0.276, 0.462, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.276 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.137, 0.327, 0.518, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.327 std_dev=0.190
O3' B 0, 0.151, 0.343, 0.534, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.343 std_dev=0.191
P A 0, 0.170, 0.362, 0.555, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.362 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.137, 0.334, 0.532, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.334 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.096, 0.294, 0.492, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.294 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.120, 0.331, 0.542, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.331 std_dev=0.211
OP2 A 0, 0.201, 0.413, 0.625, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.413 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.188, 0.404, 0.621, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.404 std_dev=0.217
OP1 A 0, 0.193, 0.414, 0.635, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.414 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.108, 0.331, 0.554, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.331 std_dev=0.223
P B 0, 0.257, 0.491, 0.725, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.491 std_dev=0.234
O4 B 0, 0.108, 0.353, 0.597, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.353 std_dev=0.244
OP2 B 0, 0.291, 0.574, 0.857, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.574 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.286, 0.649, 1.012, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.649 std_dev=0.363

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.07
C2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.06 0.13 0.01 0.10 0.07 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.11 0.02 0.06 0.08 0.05
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.14 0.02 0.07 0.13 0.09
C5' 0.04 0.18 0.02 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.22 0.17 0.20 0.18 0.16 0.21 0.13 0.04 0.03 0.01 0.02 0.23 0.03 0.05 0.03
C6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.15 0.01 0.08 0.13 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.11 0.02 0.08 0.15 0.10
N1 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04 0.14 0.01 0.09 0.09 0.08
N2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.07 0.13 0.02 0.14 0.08 0.09
N3 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.11 0.01 0.10 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.14 0.02 0.10 0.18 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.10 0.05 0.07
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.07 0.09 0.08 0.14 0.09
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.09 0.10 0.10
O5' 0.04 0.13 0.02 0.04 0.11 0.02 0.14 0.02 0.15 0.11 0.14 0.13 0.11 0.14 0.08 0.06 0.07 0.06 0.00 0.17 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.17 0.00 0.11 0.17 0.13
OP1 0.08 0.10 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.08 0.08 0.09 0.14 0.10 0.10 0.05 0.10 0.08 0.09 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.13 0.05 0.13 0.15 0.09 0.08 0.07 0.18 0.09 0.05 0.14 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.03 0.05 0.05 0.02 0.09 0.03 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.06 0.07 0.09 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.11 0.13 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.19 0.11 0.16 0.08 0.08 0.12 0.25 0.10 0.12
C2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.07 0.10 0.13 0.07 0.09 0.14 0.07 0.12 0.11 0.20 0.09
C2' 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.07 0.10 0.17 0.07 0.10 0.09 0.07 0.11 0.27 0.10 0.13
C3' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.09 0.10 0.15 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.25 0.11 0.13
C4 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.06 0.09 0.14 0.06 0.10 0.09 0.07 0.07 0.14 0.12 0.06
C4' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.13 0.08 0.08 0.13 0.06 0.08 0.10 0.10 0.12 0.25 0.14 0.15
C5 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.13 0.14 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.11 0.12 0.08 0.11 0.16 0.08
C5' 0.18 0.14 0.15 0.13 0.19 0.19 0.23 0.19 0.23 0.18 0.15 0.12 0.12 0.08 0.19 0.23 0.20 0.22 0.19 0.20
C6 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.14 0.16 0.12 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.22 0.11
C8 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.11 0.16 0.11 0.12 0.11 0.12 0.07 0.17 0.10 0.08
N1 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.15 0.12 0.13 0.07 0.11 0.12 0.07 0.08 0.14 0.08 0.12 0.09 0.24 0.12
N2 0.11 0.12 0.10 0.09 0.15 0.10 0.16 0.10 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.18 0.11 0.16 0.13 0.24 0.13
N3 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.10 0.07 0.09 0.15 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.15 0.13 0.06
N7 0.14 0.12 0.14 0.13 0.12 0.14 0.14 0.14 0.16 0.13 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.08 0.13 0.14 0.09
N9 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.17 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08 0.19 0.08 0.07
O2' 0.09 0.11 0.10 0.13 0.08 0.13 0.11 0.17 0.11 0.08 0.10 0.17 0.09 0.14 0.09 0.09 0.17 0.36 0.16 0.19
O3' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.14 0.12 0.14 0.10 0.11 0.14 0.11 0.08 0.11 0.12 0.12 0.28 0.14 0.16
O4' 0.12 0.14 0.13 0.14 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.21 0.15 0.19 0.08 0.09 0.11 0.24 0.11 0.12
O5' 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.11 0.14 0.12 0.14 0.09 0.08 0.11 0.05 0.01 0.11 0.13 0.13 0.20 0.15 0.14
O6 0.16 0.18 0.16 0.14 0.17 0.14 0.19 0.16 0.19 0.18 0.17 0.19 0.15 0.12 0.16 0.14 0.13 0.11 0.25 0.14
OP1 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.14 0.09 0.02 0.07 0.07 0.11 0.16 0.17 0.10
OP2 0.04 0.10 0.05 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.10 0.15 0.08 0.01 0.08 0.05 0.08 0.15 0.14 0.08
P 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.13 0.05 0.00 0.04 0.04 0.08 0.15 0.14 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.12 0.10 0.06
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04 0.08 0.12 0.14 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.13 0.10 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.12 0.09 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.09 0.14 0.21 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.09 0.15 0.22 0.13
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.12 0.05 0.08 0.04 0.02 0.02 0.15 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.13 0.17 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.08 0.12 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.08 0.11 0.17 0.10
O2 0.05 0.00 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.03 0.07 0.10 0.14 0.13 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.14 0.14 0.07
O3' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.14 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.13 0.10 0.06
O4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.04 0.10 0.16 0.25 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.04 0.00 0.09 0.12 0.11 0.07
O5' 0.06 0.08 0.04 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.11 0.15 0.11 0.13 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.16 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.14 0.10 0.09 0.21 0.04 0.22 0.04 0.17 0.14 0.17 0.13 0.14 0.10 0.25 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.06 0.05 0.12 0.02 0.13 0.01 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.15 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00