ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53330

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 11, 13, 10, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.007, 0.012, 0.031, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.012 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.006, 0.014, 0.034, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.014 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.007, 0.014, 0.035, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.014 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.003, 0.032, 0.062, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.032 std_dev=0.029
N2 A 0, -0.010, 0.028, 0.066, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.028 std_dev=0.038
C2 B 0, 0.282, 0.409, 0.537, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.409 std_dev=0.128
N3 B 0, 0.336, 0.465, 0.593, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.465 std_dev=0.129
N1 B 0, 0.172, 0.318, 0.464, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.318 std_dev=0.146
O2 B 0, 0.348, 0.501, 0.654, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.501 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.253, 0.409, 0.565, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.409 std_dev=0.156
O4 B 0, 0.296, 0.463, 0.630, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.463 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.173, 0.342, 0.512, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.342 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.165, 0.335, 0.505, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.335 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.171, 0.342, 0.514, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.342 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.162, 0.353, 0.544, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.353 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.154, 0.381, 0.607, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.381 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.167, 0.454, 0.740, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.454 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.113, 0.421, 0.729, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.421 std_dev=0.308
C2' B 0, 0.103, 0.468, 0.833, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.468 std_dev=0.365
O3' B 0, 0.196, 0.591, 0.985, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.591 std_dev=0.395
O5' B 0, 0.081, 0.598, 1.115, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.598 std_dev=0.517
O4' A 0, -0.208, 0.325, 0.857, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.325 std_dev=0.532
C2' A 0, -0.208, 0.352, 0.912, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.352 std_dev=0.560
O2' B 0, 0.028, 0.632, 1.236, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.632 std_dev=0.604
C4' A 0, -0.214, 0.507, 1.229, 3.462 max_d=3.462 avg_d=0.507 std_dev=0.722
P B 0, 0.014, 0.737, 1.460, 3.003 max_d=3.003 avg_d=0.737 std_dev=0.723
O2' A 0, -0.303, 0.465, 1.234, 3.423 max_d=3.423 avg_d=0.465 std_dev=0.768
OP2 B 0, 0.055, 0.882, 1.708, 3.248 max_d=3.248 avg_d=0.882 std_dev=0.827
C3' A 0, -0.253, 0.576, 1.405, 3.964 max_d=3.964 avg_d=0.576 std_dev=0.829
OP1 B 0, -0.010, 0.836, 1.682, 3.488 max_d=3.488 avg_d=0.836 std_dev=0.846
O3' A 0, -0.295, 0.865, 2.026, 5.317 max_d=5.317 avg_d=0.865 std_dev=1.161
C5' A 0, -0.473, 0.806, 2.085, 6.341 max_d=6.341 avg_d=0.806 std_dev=1.279
O5' A 0, -0.620, 0.797, 2.214, 7.277 max_d=7.277 avg_d=0.797 std_dev=1.417
P A 0, -0.939, 1.023, 2.984, 9.856 max_d=9.856 avg_d=1.023 std_dev=1.962
OP1 A 0, -0.911, 1.229, 3.369, 10.761 max_d=10.761 avg_d=1.229 std_dev=2.140
OP2 A 0, -1.078, 1.146, 3.369, 10.935 max_d=10.935 avg_d=1.146 std_dev=2.224

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.20 0.01 0.16 0.02 0.26 0.19 0.15
C2 0.04 0.00 0.20 0.37 0.01 0.33 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.39 0.23 0.46 0.01 0.55 0.71 0.62
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.13 0.10 0.11 0.16 0.25 0.20 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.35 0.09 0.55 0.53 0.45
C3' 0.02 0.37 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.25 0.31 0.30 0.46 0.35 0.29 0.15 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.48 0.22 0.27
C4 0.02 0.01 0.11 0.21 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.18 0.13 0.24 0.01 0.25 0.27 0.25
C4' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.24 0.23 0.43 0.32 0.17 0.05 0.20 0.02 0.00 0.01 0.09 0.21 0.15 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.22 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.06 0.31 0.01 0.33 0.39 0.28
C5' 0.05 0.54 0.13 0.02 0.21 0.01 0.08 0.00 0.18 0.35 0.38 0.72 0.50 0.27 0.07 0.08 0.14 0.02 0.01 0.12 0.16 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.10 0.29 0.01 0.34 0.42 0.32
C8 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.24 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.24 0.14 0.59 0.03 0.60 0.70 0.56
N1 0.03 0.00 0.16 0.30 0.01 0.23 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.18 0.35 0.01 0.43 0.54 0.48
N2 0.05 0.01 0.25 0.46 0.01 0.43 0.01 0.72 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.52 0.28 0.62 0.03 0.78 1.01 0.86
N3 0.04 0.00 0.20 0.35 0.00 0.32 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.38 0.23 0.41 0.01 0.47 0.60 0.54
N7 0.01 0.01 0.07 0.29 0.01 0.17 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.23 0.08 0.54 0.03 0.59 0.74 0.54
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.27 0.02 0.28 0.26 0.21
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.11 0.20 0.18 0.08 0.17 0.25 0.14 0.20 0.14 0.25 0.13 0.00 0.06 0.14 0.23 0.20 0.48 0.62 0.40
O3' 0.20 0.39 0.03 0.01 0.18 0.02 0.13 0.14 0.18 0.24 0.29 0.52 0.38 0.23 0.09 0.06 0.00 0.14 0.21 0.19 0.48 0.15 0.25
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.10 0.14 0.18 0.28 0.23 0.08 0.01 0.14 0.14 0.00 0.08 0.07 0.11 0.16 0.10
O5' 0.16 0.46 0.35 0.23 0.24 0.01 0.31 0.01 0.29 0.59 0.35 0.62 0.41 0.54 0.27 0.23 0.21 0.08 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.20 0.19 0.07 0.34 0.00 0.40 0.52 0.36
OP1 0.26 0.55 0.55 0.48 0.25 0.21 0.33 0.16 0.34 0.60 0.43 0.78 0.47 0.59 0.28 0.48 0.48 0.11 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.71 0.53 0.22 0.27 0.15 0.39 0.25 0.42 0.70 0.54 1.01 0.60 0.74 0.26 0.62 0.15 0.16 0.02 0.52 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.62 0.45 0.27 0.25 0.05 0.28 0.01 0.32 0.56 0.48 0.86 0.54 0.54 0.21 0.40 0.25 0.10 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.20 0.15 0.21 0.22 0.24 0.24 0.27 0.23 0.19 0.21 0.22 0.23 0.37 0.23 0.17 0.18 0.40 0.20 0.27
C2 0.14 0.11 0.15 0.14 0.17 0.20 0.20 0.26 0.18 0.10 0.13 0.20 0.19 0.31 0.22 0.22 0.31 0.51 0.46 0.46
C2' 0.38 0.38 0.32 0.29 0.46 0.25 0.51 0.26 0.49 0.41 0.41 0.34 0.47 0.31 0.48 0.31 0.43 0.57 0.36 0.34
C3' 0.32 0.46 0.22 0.18 0.64 0.18 0.66 0.24 0.57 0.45 0.55 0.40 0.36 0.29 0.70 0.21 0.46 0.45 0.46 0.40
C4 0.11 0.16 0.10 0.12 0.20 0.18 0.21 0.23 0.19 0.13 0.19 0.20 0.27 0.38 0.22 0.15 0.17 0.37 0.27 0.29
C4' 0.25 0.27 0.33 0.48 0.38 0.52 0.36 0.62 0.29 0.25 0.33 0.25 0.31 0.61 0.45 0.31 0.61 0.34 0.60 0.55
C5 0.14 0.17 0.19 0.13 0.21 0.17 0.21 0.20 0.20 0.15 0.20 0.20 0.38 0.43 0.23 0.17 0.15 0.27 0.24 0.22
C5' 0.33 0.32 0.51 0.75 0.53 0.78 0.47 0.90 0.35 0.28 0.45 0.28 0.47 0.91 0.65 0.44 0.98 0.73 0.95 0.94
C6 0.17 0.16 0.25 0.14 0.21 0.18 0.21 0.21 0.19 0.15 0.20 0.18 0.39 0.40 0.24 0.21 0.20 0.30 0.31 0.28
C8 0.20 0.22 0.18 0.22 0.22 0.20 0.23 0.20 0.23 0.21 0.22 0.24 0.41 0.47 0.23 0.15 0.19 0.22 0.19 0.17
N1 0.17 0.13 0.22 0.15 0.21 0.20 0.22 0.24 0.19 0.14 0.17 0.19 0.28 0.35 0.24 0.23 0.27 0.42 0.41 0.39
N2 0.16 0.15 0.16 0.17 0.16 0.22 0.21 0.28 0.18 0.13 0.13 0.23 0.15 0.27 0.21 0.23 0.39 0.60 0.58 0.56
N3 0.10 0.13 0.09 0.12 0.18 0.20 0.20 0.26 0.17 0.08 0.16 0.20 0.18 0.32 0.21 0.18 0.27 0.50 0.40 0.42
N7 0.18 0.21 0.22 0.19 0.22 0.17 0.22 0.18 0.21 0.19 0.22 0.23 0.47 0.49 0.23 0.16 0.17 0.20 0.20 0.16
N9 0.16 0.20 0.12 0.18 0.22 0.20 0.23 0.23 0.22 0.18 0.21 0.22 0.30 0.40 0.23 0.13 0.14 0.31 0.18 0.22
O2' 0.37 0.28 0.34 0.37 0.36 0.35 0.44 0.42 0.43 0.34 0.29 0.28 0.48 0.38 0.38 0.36 0.50 0.89 0.59 0.59
O3' 0.47 0.58 0.39 0.32 0.82 0.29 0.87 0.38 0.77 0.61 0.69 0.48 0.48 0.27 0.89 0.39 0.65 0.70 0.72 0.64
O4' 0.32 0.23 0.42 0.58 0.23 0.63 0.25 0.72 0.28 0.26 0.22 0.24 0.30 0.69 0.24 0.44 0.60 0.48 0.58 0.58
O5' 0.47 0.27 0.66 0.96 0.37 0.97 0.29 0.99 0.24 0.29 0.32 0.31 0.60 1.20 0.49 0.61 0.97 0.76 0.89 0.90
O6 0.20 0.18 0.32 0.18 0.22 0.19 0.21 0.20 0.20 0.18 0.21 0.19 0.47 0.42 0.24 0.22 0.20 0.26 0.30 0.25
OP1 0.44 0.26 0.66 1.01 0.47 0.99 0.36 1.05 0.25 0.25 0.39 0.29 0.60 1.30 0.64 0.60 1.13 1.14 1.17 1.19
OP2 0.54 0.44 0.73 1.06 0.70 1.01 0.56 0.94 0.37 0.37 0.59 0.46 0.78 1.45 0.89 0.63 0.81 0.71 0.76 0.76
P 0.44 0.27 0.66 1.03 0.50 1.00 0.36 1.02 0.21 0.23 0.41 0.30 0.63 1.34 0.66 0.59 0.99 0.93 0.97 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.00 0.31 0.35 0.31 0.34
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.18 0.01 0.05 0.44 0.52 0.56 0.54
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.11 0.02 0.06 0.17 0.00 0.04 0.06 0.03 0.41 0.35 0.42 0.39
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.02 0.15 0.10 0.13 0.12 0.02 0.01 0.17 0.02 0.10 0.09 0.23 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.00 0.02 0.60 0.79 0.84 0.78
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.15 0.03 0.06 0.00 0.02 0.16 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.17 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.08 0.01 0.04 0.63 0.83 0.84 0.81
C5' 0.05 0.08 0.13 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.10 0.05 0.06 0.13 0.15 0.02 0.01 0.26 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.06 0.01 0.05 0.58 0.72 0.68 0.70
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01 0.01 0.46 0.54 0.53 0.54
N3 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.01 0.04 0.52 0.65 0.71 0.66
O2 0.02 0.00 0.17 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.28 0.02 0.08 0.35 0.40 0.46 0.43
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.22 0.15 0.23 0.06 0.19 0.12 0.19 0.20 0.00 0.06 0.25 0.10 0.34 0.27 0.45 0.35
O3' 0.21 0.18 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.13 0.06 0.11 0.13 0.28 0.06 0.00 0.07 0.14 0.21 0.30 0.50 0.32
O4 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.07 0.00 0.02 0.63 0.85 0.92 0.83
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.10 0.14 0.02 0.00 0.22 0.38 0.16 0.27
O5' 0.31 0.44 0.41 0.10 0.60 0.02 0.63 0.01 0.58 0.46 0.52 0.35 0.34 0.21 0.63 0.22 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.35 0.52 0.35 0.09 0.79 0.16 0.83 0.26 0.72 0.54 0.65 0.40 0.27 0.30 0.85 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.56 0.42 0.23 0.84 0.18 0.84 0.23 0.68 0.53 0.71 0.46 0.45 0.50 0.92 0.16 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.34 0.54 0.39 0.09 0.78 0.04 0.81 0.02 0.70 0.54 0.66 0.43 0.35 0.32 0.83 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00