ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53331

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.023, 0.048, 0.073, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.048 std_dev=0.025
C1' B 0, 0.318, 0.714, 1.109, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.714 std_dev=0.396
N1 B 0, 0.309, 0.706, 1.103, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.706 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.337, 0.739, 1.141, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.739 std_dev=0.402
C6 B 0, 0.281, 0.689, 1.096, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.689 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.333, 0.777, 1.221, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.777 std_dev=0.444
C5 B 0, 0.304, 0.765, 1.227, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.765 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.254, 0.716, 1.178, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.716 std_dev=0.462
C2 B 0, 0.313, 0.796, 1.280, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.796 std_dev=0.484
C3' B 0, 0.329, 0.833, 1.336, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.833 std_dev=0.504
C4 B 0, 0.352, 0.872, 1.393, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.872 std_dev=0.521
N3 B 0, 0.346, 0.878, 1.411, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.878 std_dev=0.533
O4' A 0, -0.196, 0.344, 0.885, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.344 std_dev=0.540
C2' A 0, -0.195, 0.354, 0.904, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.354 std_dev=0.550
C4' B 0, 0.251, 0.807, 1.362, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.807 std_dev=0.556
O2 B 0, 0.302, 0.865, 1.428, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.865 std_dev=0.563
O3' B 0, 0.319, 0.908, 1.497, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.908 std_dev=0.589
O4 B 0, 0.394, 0.999, 1.604, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.999 std_dev=0.605
C3' A 0, -0.095, 0.511, 1.117, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.511 std_dev=0.606
O3' A 0, 0.190, 0.839, 1.488, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.839 std_dev=0.649
C4' A 0, -0.202, 0.456, 1.115, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.456 std_dev=0.659
C5' B 0, 0.214, 0.915, 1.615, 2.970 max_d=2.970 avg_d=0.915 std_dev=0.701
O5' B 0, 0.207, 0.934, 1.661, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.934 std_dev=0.727
P B 0, 0.128, 0.908, 1.688, 3.376 max_d=3.376 avg_d=0.908 std_dev=0.780
O2' A 0, -0.257, 0.598, 1.453, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.598 std_dev=0.855
OP1 B 0, 0.108, 1.029, 1.951, 4.155 max_d=4.155 avg_d=1.029 std_dev=0.921
OP2 B 0, 0.278, 1.437, 2.597, 4.908 max_d=4.908 avg_d=1.437 std_dev=1.159
C5' A 0, -0.284, 0.876, 2.036, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.876 std_dev=1.160
O5' A 0, -0.571, 0.686, 1.942, 5.306 max_d=5.306 avg_d=0.686 std_dev=1.256
OP1 A 0, -0.695, 0.866, 2.426, 6.612 max_d=6.612 avg_d=0.866 std_dev=1.560
P A 0, -0.839, 0.760, 2.360, 6.667 max_d=6.667 avg_d=0.760 std_dev=1.599
OP2 A 0, -1.159, 0.949, 3.057, 8.753 max_d=8.753 avg_d=0.949 std_dev=2.108

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.00 0.09 0.02 0.20 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.19 0.43 0.01 0.30 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.47 0.16 0.42 0.01 0.24 0.48 0.36
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.12 0.04 0.16 0.12 0.25 0.20 0.12 0.04 0.00 0.10 0.02 0.35 0.03 0.30 0.30 0.32
C3' 0.02 0.43 0.00 0.00 0.20 0.01 0.11 0.01 0.19 0.18 0.33 0.53 0.40 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.34 0.16 0.32 0.32 0.27
C4 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.28 0.08 0.16 0.01 0.26 0.17 0.14
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.18 0.23 0.38 0.28 0.12 0.04 0.14 0.05 0.00 0.02 0.11 0.25 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.20 0.04 0.16 0.01 0.41 0.18 0.21
C5' 0.05 0.42 0.12 0.01 0.15 0.00 0.13 0.00 0.17 0.38 0.32 0.57 0.37 0.30 0.12 0.07 0.13 0.02 0.01 0.16 0.21 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.08 0.19 0.00 0.37 0.20 0.18
C8 0.00 0.01 0.16 0.18 0.00 0.18 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.10 0.45 0.03 0.58 0.49 0.50
N1 0.01 0.00 0.12 0.33 0.01 0.23 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.38 0.13 0.33 0.01 0.26 0.36 0.27
N2 0.02 0.00 0.25 0.53 0.01 0.38 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.57 0.19 0.55 0.01 0.30 0.67 0.50
N3 0.01 0.00 0.20 0.40 0.00 0.28 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.44 0.15 0.35 0.01 0.23 0.39 0.30
N7 0.00 0.01 0.12 0.11 0.00 0.12 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.14 0.05 0.35 0.03 0.64 0.43 0.46
N9 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.20 0.01 0.17 0.02 0.30 0.18 0.19
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.19 0.14 0.19 0.07 0.23 0.11 0.26 0.30 0.24 0.15 0.10 0.00 0.13 0.09 0.30 0.23 0.27 0.28 0.26
O3' 0.24 0.47 0.10 0.02 0.28 0.05 0.20 0.13 0.25 0.17 0.38 0.57 0.44 0.14 0.20 0.13 0.00 0.18 0.33 0.21 0.35 0.42 0.31
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.13 0.19 0.15 0.05 0.01 0.09 0.18 0.00 0.18 0.08 0.23 0.10 0.15
O5' 0.09 0.42 0.35 0.34 0.16 0.02 0.16 0.01 0.19 0.45 0.33 0.55 0.35 0.35 0.17 0.30 0.33 0.18 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.23 0.21 0.08 0.18 0.00 0.46 0.20 0.22
OP1 0.20 0.24 0.30 0.32 0.26 0.25 0.41 0.21 0.37 0.58 0.26 0.30 0.23 0.64 0.30 0.27 0.35 0.23 0.02 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.48 0.30 0.32 0.17 0.09 0.18 0.11 0.20 0.49 0.36 0.67 0.39 0.43 0.18 0.28 0.42 0.10 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.36 0.32 0.27 0.14 0.05 0.21 0.01 0.18 0.50 0.27 0.50 0.30 0.46 0.19 0.26 0.31 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.19 0.28 0.34 0.26 0.42 0.18 0.46 0.15 0.18 0.24 0.20 0.32 0.38 0.31 0.38 0.43 0.29 0.63 0.30
C2 0.36 0.34 0.32 0.38 0.17 0.44 0.23 0.52 0.30 0.31 0.31 0.42 0.33 0.37 0.20 0.42 0.56 0.45 1.04 0.58
C2' 0.39 0.14 0.43 0.56 0.12 0.64 0.23 0.76 0.33 0.27 0.10 0.15 0.42 0.60 0.18 0.55 0.76 0.61 1.07 0.77
C3' 0.31 0.20 0.34 0.36 0.12 0.40 0.10 0.45 0.15 0.21 0.16 0.26 0.40 0.40 0.16 0.36 0.45 0.40 0.69 0.40
C4 0.34 0.22 0.30 0.35 0.13 0.41 0.15 0.47 0.23 0.24 0.18 0.30 0.32 0.35 0.25 0.40 0.48 0.31 0.88 0.45
C4' 0.53 0.46 0.54 0.55 0.40 0.55 0.41 0.53 0.47 0.49 0.43 0.47 0.53 0.55 0.35 0.55 0.55 0.64 0.34 0.37
C5 0.31 0.16 0.28 0.31 0.22 0.35 0.25 0.40 0.24 0.22 0.09 0.28 0.31 0.31 0.35 0.36 0.43 0.27 0.85 0.41
C5' 0.93 0.72 0.99 0.99 0.49 0.99 0.52 0.89 0.67 0.78 0.59 0.77 1.03 1.02 0.37 0.95 0.83 0.85 0.42 0.59
C6 0.32 0.22 0.29 0.31 0.24 0.35 0.31 0.40 0.28 0.25 0.09 0.35 0.32 0.30 0.39 0.36 0.45 0.32 0.93 0.46
C8 0.27 0.09 0.26 0.28 0.25 0.32 0.19 0.34 0.14 0.13 0.21 0.14 0.30 0.30 0.33 0.32 0.34 0.22 0.65 0.27
N1 0.34 0.30 0.31 0.34 0.15 0.39 0.29 0.47 0.30 0.29 0.21 0.41 0.33 0.34 0.24 0.39 0.52 0.41 1.01 0.54
N2 0.37 0.38 0.34 0.39 0.26 0.46 0.25 0.56 0.31 0.33 0.39 0.45 0.34 0.39 0.28 0.43 0.60 0.53 1.09 0.63
N3 0.36 0.31 0.32 0.39 0.19 0.45 0.17 0.54 0.27 0.29 0.30 0.36 0.33 0.39 0.25 0.43 0.56 0.40 0.98 0.54
N7 0.27 0.09 0.25 0.27 0.31 0.30 0.26 0.32 0.21 0.17 0.23 0.15 0.29 0.27 0.41 0.31 0.34 0.21 0.72 0.31
N9 0.31 0.15 0.28 0.33 0.18 0.39 0.11 0.43 0.14 0.18 0.17 0.21 0.31 0.35 0.27 0.39 0.43 0.26 0.73 0.35
O2' 0.69 0.26 0.78 0.99 0.18 1.11 0.30 1.28 0.50 0.48 0.15 0.25 0.78 1.07 0.26 0.94 1.18 0.99 1.32 1.15
O3' 0.13 0.22 0.15 0.23 0.36 0.30 0.29 0.41 0.16 0.13 0.31 0.23 0.24 0.31 0.44 0.20 0.37 0.51 0.62 0.40
O4' 0.49 0.50 0.48 0.50 0.51 0.47 0.54 0.47 0.57 0.53 0.50 0.46 0.42 0.47 0.47 0.49 0.56 0.61 0.41 0.41
O5' 0.95 0.82 0.99 0.94 0.58 0.91 0.57 0.79 0.69 0.83 0.69 0.89 1.04 0.97 0.48 0.89 0.72 0.92 0.27 0.55
O6 0.30 0.19 0.28 0.29 0.34 0.31 0.35 0.36 0.28 0.23 0.15 0.32 0.33 0.29 0.50 0.33 0.41 0.30 0.91 0.44
OP1 1.17 1.09 1.32 1.21 0.79 1.07 0.74 0.87 0.85 1.04 0.95 1.23 1.43 1.26 0.68 1.01 0.86 0.87 0.42 0.62
OP2 1.26 1.00 1.42 1.41 0.64 1.37 0.65 1.21 0.84 1.03 0.81 1.13 1.58 1.53 0.50 1.21 1.08 1.20 0.53 0.83
P 1.10 0.92 1.21 1.16 0.62 1.10 0.61 0.94 0.75 0.92 0.76 1.04 1.34 1.23 0.50 1.02 0.86 0.99 0.34 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.19 0.30 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.18 0.13 0.52 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.11 0.22 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.04 0.15 0.13 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.29 0.16 0.70 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.14 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.30 0.19 0.67 0.25
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.14 0.08 0.12 0.04 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.24 0.18 0.54 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.17 0.16 0.46 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.25 0.13 0.63 0.21
O2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.14 0.14 0.46 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.13 0.18 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06 0.03 0.00 0.11 0.01 0.07 0.29 0.09 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.32 0.19 0.76 0.29
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.28 0.24 0.11
O5' 0.07 0.18 0.04 0.04 0.29 0.01 0.30 0.01 0.24 0.17 0.25 0.14 0.03 0.07 0.32 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.19 0.13 0.11 0.15 0.16 0.14 0.19 0.14 0.18 0.16 0.13 0.14 0.13 0.29 0.19 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.52 0.22 0.13 0.70 0.11 0.67 0.07 0.54 0.46 0.63 0.46 0.18 0.09 0.76 0.24 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.06 0.07 0.25 0.04 0.25 0.01 0.18 0.12 0.21 0.12 0.05 0.11 0.29 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00