ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.042 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.026, 0.074, 0.123, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.074 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.024, 0.074, 0.123, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.074 std_dev=0.050
O4' B 0, 0.093, 0.156, 0.218, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.156 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.034, 0.099, 0.163, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.099 std_dev=0.065
P B 0, 0.080, 0.147, 0.214, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.147 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.045, 0.113, 0.181, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.113 std_dev=0.068
C6 B 0, 0.115, 0.187, 0.258, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.187 std_dev=0.071
N1 B 0, 0.060, 0.137, 0.215, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.137 std_dev=0.078
C1' B 0, 0.068, 0.150, 0.232, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.150 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.046, 0.128, 0.210, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.128 std_dev=0.082
C4' B 0, 0.133, 0.218, 0.303, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.218 std_dev=0.085
C3' B 0, 0.145, 0.242, 0.339, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.242 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.029, 0.128, 0.227, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.128 std_dev=0.099
C5 B 0, 0.100, 0.200, 0.299, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.200 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.042, 0.143, 0.243, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.143 std_dev=0.100
C5' B 0, 0.153, 0.257, 0.362, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.257 std_dev=0.105
C2' B 0, 0.117, 0.222, 0.327, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.222 std_dev=0.105
O5' B 0, 0.139, 0.244, 0.350, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.244 std_dev=0.106
OP1 B 0, 0.120, 0.229, 0.339, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.229 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.117, 0.234, 0.350, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.234 std_dev=0.116
O3' B 0, 0.181, 0.303, 0.424, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.303 std_dev=0.121
P A 0, 0.075, 0.213, 0.350, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.213 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.131, 0.269, 0.407, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.269 std_dev=0.138
O2' B 0, 0.136, 0.277, 0.418, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.277 std_dev=0.141
OP2 B 0, 0.173, 0.318, 0.463, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.318 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.055, 0.204, 0.352, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.204 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.114, 0.264, 0.415, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.264 std_dev=0.150
O2 B 0, 0.162, 0.324, 0.486, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.324 std_dev=0.162
OP1 A 0, 0.092, 0.257, 0.422, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.257 std_dev=0.165
O4 B 0, 0.087, 0.279, 0.471, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.279 std_dev=0.192

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.09 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07
N2 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.07
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.10 0.06 0.06 0.08 0.03 0.07 0.02 0.09 0.04 0.10 0.11 0.09 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.11 0.14 0.07 0.07 0.13 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06
C2 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.08 0.06 0.07 0.09 0.11 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08
C2' 0.06 0.10 0.07 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.11 0.14 0.08 0.06 0.13 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06
C3' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.09 0.14 0.08 0.06 0.12 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06
C4 0.05 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.04 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07
C4' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.05 0.09 0.14 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06
C5 0.04 0.08 0.05 0.06 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.04 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06
C5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.15 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06
C6 0.04 0.07 0.05 0.07 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.09 0.12 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07
C8 0.05 0.08 0.05 0.05 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.02 0.09 0.13 0.06 0.06 0.12 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06
N1 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07
N2 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08 0.07 0.08 0.10 0.14 0.13 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08
N3 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.06 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07
N7 0.05 0.10 0.05 0.05 0.11 0.08 0.10 0.09 0.06 0.04 0.11 0.13 0.06 0.06 0.12 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06
N9 0.05 0.08 0.05 0.06 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.04 0.09 0.12 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06
O2' 0.07 0.12 0.08 0.06 0.13 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.13 0.15 0.08 0.07 0.15 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07
O3' 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.14 0.08 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06
O4' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.14 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07
O5' 0.05 0.09 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.15 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04
O6 0.04 0.09 0.04 0.06 0.14 0.09 0.14 0.11 0.10 0.06 0.11 0.09 0.06 0.08 0.15 0.06 0.10 0.09 0.12 0.07
OP1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.07 0.03 0.06 0.13 0.07 0.05 0.12 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03
OP2 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.10 0.05 0.09 0.05 0.07 0.13 0.08 0.06 0.10 0.05 0.04 0.08 0.07 0.03
P 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.03 0.06 0.12 0.07 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.11 0.10 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.07
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06
O4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.13 0.12 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.07 0.11 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.03 0.10 0.03 0.11 0.04 0.08 0.05 0.08 0.04 0.03 0.04 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00