ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.018, 0.078, 0.139, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.078 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.018, 0.085, 0.151, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.085 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.042, 0.109, 0.177, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.028, 0.123, 0.218, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.123 std_dev=0.095
N1 B 0, 0.086, 0.188, 0.289, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.188 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.026, 0.134, 0.241, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.134 std_dev=0.107
C1' B 0, 0.104, 0.224, 0.344, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.224 std_dev=0.120
C2 B 0, 0.116, 0.262, 0.408, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.262 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.042, 0.195, 0.347, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.195 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.099, 0.260, 0.421, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.260 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.127, 0.289, 0.451, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.289 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.059, 0.223, 0.387, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.223 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.139, 0.304, 0.470, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.304 std_dev=0.166
O2 B 0, 0.179, 0.372, 0.564, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.372 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.141, 0.342, 0.543, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.342 std_dev=0.201
C5 B 0, 0.197, 0.411, 0.624, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.411 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.141, 0.359, 0.578, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.359 std_dev=0.219
C5' B 0, 0.149, 0.369, 0.589, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.369 std_dev=0.220
P A 0, 0.270, 0.491, 0.712, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.491 std_dev=0.221
P B 0, 0.204, 0.434, 0.665, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.434 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.184, 0.416, 0.648, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.416 std_dev=0.232
OP1 B 0, 0.305, 0.538, 0.771, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.538 std_dev=0.233
OP1 A 0, 0.265, 0.500, 0.735, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.500 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.096, 0.334, 0.572, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.334 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.227, 0.491, 0.754, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.491 std_dev=0.263
C3' B 0, 0.121, 0.403, 0.685, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.403 std_dev=0.282
OP2 A 0, 0.419, 0.714, 1.009, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.714 std_dev=0.295
O2' B 0, 0.158, 0.455, 0.751, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.455 std_dev=0.296
O4 B 0, 0.234, 0.544, 0.854, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.544 std_dev=0.310
O5' B 0, 0.090, 0.407, 0.725, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.407 std_dev=0.317
O3' B 0, 0.063, 0.564, 1.064, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.564 std_dev=0.501

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.13 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.07 0.00 0.09 0.13 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.12 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.09 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.13 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.13 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.17 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.09 0.00 0.13 0.13 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.08 0.14 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.00 0.12 0.13 0.08
N2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.07 0.01 0.09 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.13 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.13 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.09 0.11 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.13 0.04 0.13 0.12 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.05
O5' 0.06 0.07 0.04 0.09 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.04 0.13 0.09 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.16 0.14 0.09
OP1 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.11 0.17 0.13 0.08 0.12 0.09 0.07 0.12 0.05 0.09 0.13 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.09 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.02 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.06 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.10 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.13 0.18 0.08 0.17 0.08 0.21 0.10 0.10 0.12 0.18 0.17 0.37 0.09 0.14 0.17 0.23 0.14 0.11
C2 0.12 0.06 0.14 0.10 0.17 0.10 0.21 0.22 0.17 0.09 0.08 0.16 0.23 0.28 0.20 0.11 0.26 0.22 0.18 0.14
C2' 0.13 0.12 0.13 0.19 0.09 0.18 0.11 0.21 0.11 0.09 0.12 0.19 0.17 0.39 0.12 0.14 0.18 0.21 0.14 0.12
C3' 0.16 0.11 0.18 0.24 0.08 0.20 0.08 0.14 0.10 0.10 0.10 0.17 0.23 0.46 0.10 0.17 0.11 0.18 0.15 0.09
C4 0.13 0.08 0.14 0.13 0.11 0.11 0.14 0.18 0.13 0.08 0.08 0.16 0.24 0.35 0.13 0.13 0.21 0.24 0.15 0.12
C4' 0.19 0.15 0.22 0.28 0.10 0.23 0.11 0.12 0.13 0.15 0.14 0.19 0.24 0.46 0.10 0.19 0.13 0.18 0.18 0.11
C5 0.14 0.08 0.18 0.14 0.14 0.08 0.15 0.13 0.14 0.10 0.11 0.13 0.32 0.36 0.16 0.13 0.18 0.25 0.15 0.11
C5' 0.24 0.18 0.30 0.37 0.14 0.27 0.16 0.13 0.19 0.20 0.16 0.20 0.34 0.54 0.13 0.24 0.24 0.22 0.24 0.19
C6 0.13 0.09 0.20 0.13 0.18 0.09 0.18 0.14 0.16 0.11 0.15 0.10 0.34 0.32 0.21 0.12 0.20 0.25 0.15 0.11
C8 0.15 0.11 0.18 0.19 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.15 0.29 0.44 0.10 0.14 0.12 0.26 0.13 0.10
N1 0.12 0.07 0.17 0.11 0.20 0.09 0.21 0.18 0.17 0.11 0.13 0.11 0.29 0.29 0.23 0.12 0.24 0.23 0.17 0.12
N2 0.11 0.08 0.12 0.10 0.19 0.11 0.23 0.25 0.18 0.10 0.08 0.17 0.20 0.25 0.23 0.10 0.29 0.21 0.19 0.15
N3 0.12 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.17 0.23 0.15 0.08 0.07 0.18 0.20 0.31 0.14 0.11 0.25 0.22 0.17 0.13
N7 0.15 0.10 0.20 0.17 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.35 0.41 0.14 0.13 0.13 0.27 0.14 0.10
N9 0.14 0.11 0.14 0.16 0.08 0.12 0.10 0.16 0.11 0.09 0.09 0.17 0.22 0.39 0.09 0.14 0.17 0.24 0.14 0.11
O2' 0.12 0.15 0.14 0.18 0.12 0.20 0.12 0.27 0.12 0.10 0.15 0.20 0.12 0.35 0.14 0.13 0.22 0.21 0.18 0.16
O3' 0.15 0.12 0.17 0.25 0.11 0.21 0.10 0.15 0.10 0.09 0.12 0.17 0.22 0.46 0.14 0.17 0.12 0.16 0.16 0.10
O4' 0.19 0.17 0.20 0.25 0.13 0.21 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.20 0.22 0.42 0.13 0.19 0.11 0.21 0.17 0.10
O5' 0.16 0.10 0.17 0.19 0.09 0.13 0.10 0.25 0.12 0.12 0.09 0.12 0.28 0.37 0.09 0.12 0.16 0.35 0.15 0.19
O6 0.12 0.12 0.23 0.14 0.20 0.09 0.19 0.11 0.16 0.12 0.18 0.10 0.38 0.32 0.23 0.12 0.19 0.25 0.15 0.11
OP1 0.20 0.16 0.23 0.26 0.10 0.12 0.11 0.26 0.13 0.15 0.14 0.21 0.34 0.48 0.10 0.16 0.14 0.39 0.14 0.19
OP2 0.35 0.28 0.42 0.47 0.26 0.28 0.28 0.11 0.30 0.31 0.26 0.29 0.49 0.69 0.24 0.33 0.29 0.16 0.30 0.19
P 0.20 0.15 0.24 0.29 0.12 0.14 0.13 0.19 0.15 0.16 0.13 0.17 0.34 0.48 0.11 0.17 0.15 0.29 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.15 0.20 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.06 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.00 0.07 0.18 0.13 0.19 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.17 0.08 0.01 0.05 0.13 0.00 0.04 0.02 0.01 0.13 0.23 0.22 0.16
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.28 0.10 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.20 0.10 0.26 0.11
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.08 0.04 0.05 0.05 0.11 0.00 0.01 0.21 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.12 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.01 0.04 0.19 0.11 0.26 0.11
C5' 0.12 0.24 0.17 0.01 0.34 0.00 0.35 0.00 0.33 0.25 0.29 0.19 0.12 0.09 0.35 0.01 0.01 0.24 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.11 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.01 0.05 0.18 0.09 0.22 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.01 0.02 0.17 0.13 0.18 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.08 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.00 0.06 0.19 0.10 0.23 0.08
O2 0.02 0.00 0.13 0.06 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.20 0.01 0.11 0.16 0.15 0.17 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.05 0.11 0.12 0.12 0.04 0.09 0.20 0.00 0.03 0.07 0.02 0.12 0.25 0.28 0.19
O3' 0.18 0.17 0.04 0.01 0.12 0.05 0.11 0.09 0.12 0.15 0.15 0.20 0.03 0.00 0.11 0.20 0.05 0.40 0.14 0.16
O4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.11 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.00 0.03 0.20 0.12 0.27 0.12
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.11 0.02 0.20 0.03 0.00 0.22 0.27 0.10 0.14
O5' 0.15 0.18 0.13 0.05 0.20 0.01 0.19 0.01 0.18 0.17 0.19 0.16 0.12 0.05 0.20 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.13 0.23 0.28 0.10 0.21 0.11 0.24 0.09 0.13 0.10 0.15 0.25 0.40 0.12 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.19 0.22 0.10 0.26 0.13 0.26 0.24 0.22 0.18 0.23 0.17 0.28 0.14 0.27 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.16 0.12 0.11 0.03 0.11 0.02 0.08 0.05 0.08 0.05 0.19 0.16 0.12 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00