ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53334

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.043, 0.090, 0.138, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.090 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.053, 0.113, 0.173, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.113 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.119, 0.207, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.207 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.158, 0.272, 0.387, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.272 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.084, 0.211, 0.338, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.211 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.163, 0.301, 0.439, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.301 std_dev=0.138
C5 B 0, 0.242, 0.408, 0.575, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.408 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.208, 0.394, 0.580, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.394 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.325, 0.516, 0.707, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.516 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.337, 0.535, 0.732, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.535 std_dev=0.197
N1 B 0, 0.148, 0.346, 0.544, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.346 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.285, 0.490, 0.695, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.490 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.122, 0.338, 0.554, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.338 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.315, 0.539, 0.764, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.539 std_dev=0.225
O2 B 0, 0.234, 0.470, 0.706, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.470 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.272, 0.513, 0.755, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.513 std_dev=0.242
C5' B 0, 0.453, 0.703, 0.953, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.703 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.478, 0.739, 1.000, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.739 std_dev=0.261
O4 B 0, 0.414, 0.691, 0.969, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.691 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.382, 0.660, 0.938, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.660 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.464, 0.743, 1.022, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.743 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.336, 0.635, 0.933, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.635 std_dev=0.299
P A 0, 0.559, 0.903, 1.246, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.903 std_dev=0.344
P B 0, 0.201, 0.565, 0.929, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.565 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.359, 0.746, 1.134, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.746 std_dev=0.387
OP2 B 0, 0.433, 0.823, 1.213, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.823 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.231, 0.630, 1.028, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.630 std_dev=0.398
O5' B 0, 0.628, 1.067, 1.505, 1.649 max_d=1.649 avg_d=1.067 std_dev=0.438
OP1 A 0, 0.629, 1.096, 1.563, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.096 std_dev=0.467
OP2 A 0, 0.733, 1.222, 1.710, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.222 std_dev=0.488
O3' B 0, 0.808, 1.337, 1.866, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.337 std_dev=0.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.15 0.01 0.16 0.26 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.16 0.01 0.15 0.24 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.18 0.01 0.18 0.29 0.19
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.18 0.00 0.20 0.32 0.21
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.18 0.01 0.15 0.24 0.17
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.17 0.01 0.19 0.30 0.19
N2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.14 0.02 0.15 0.25 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.14 0.01 0.13 0.23 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.19 0.01 0.19 0.30 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.01 0.12 0.20 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.10 0.07 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.02 0.08 0.09 0.08
O5' 0.10 0.15 0.04 0.06 0.16 0.02 0.18 0.00 0.18 0.18 0.17 0.14 0.14 0.19 0.15 0.05 0.06 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.19 0.00 0.22 0.34 0.22
OP1 0.07 0.16 0.06 0.07 0.15 0.05 0.18 0.06 0.20 0.15 0.19 0.15 0.13 0.19 0.12 0.07 0.08 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.04 0.08 0.24 0.03 0.29 0.01 0.32 0.24 0.30 0.25 0.23 0.30 0.20 0.06 0.08 0.09 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.03 0.06 0.16 0.03 0.19 0.02 0.21 0.17 0.19 0.16 0.15 0.20 0.14 0.05 0.05 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.16 0.11 0.05 0.11 0.17 0.08 0.22 0.10 0.07 0.14 0.16 0.30 0.11
C2 0.10 0.20 0.10 0.13 0.13 0.12 0.09 0.25 0.09 0.10 0.22 0.26 0.11 0.15 0.16 0.11 0.26 0.13 0.28 0.12
C2' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.09 0.07 0.11 0.13 0.11 0.05 0.12 0.19 0.07 0.20 0.11 0.06 0.13 0.17 0.28 0.10
C3' 0.06 0.10 0.04 0.05 0.09 0.04 0.11 0.10 0.10 0.05 0.11 0.16 0.09 0.16 0.11 0.04 0.15 0.14 0.30 0.11
C4 0.09 0.15 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.20 0.10 0.07 0.14 0.23 0.11 0.23 0.09 0.09 0.21 0.14 0.29 0.10
C4' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.10 0.08 0.12 0.14 0.12 0.07 0.11 0.14 0.14 0.18 0.11 0.10 0.21 0.12 0.35 0.17
C5 0.12 0.14 0.12 0.11 0.07 0.11 0.12 0.19 0.13 0.09 0.12 0.24 0.15 0.28 0.09 0.10 0.22 0.15 0.28 0.12
C5' 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.15 0.12 0.08 0.09 0.13 0.19 0.21 0.10 0.13 0.24 0.12 0.36 0.20
C6 0.11 0.16 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.20 0.12 0.10 0.15 0.25 0.15 0.25 0.10 0.10 0.25 0.13 0.27 0.11
C8 0.14 0.09 0.15 0.16 0.07 0.13 0.13 0.17 0.15 0.11 0.08 0.18 0.19 0.36 0.08 0.13 0.18 0.19 0.30 0.14
N1 0.10 0.18 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.23 0.10 0.10 0.20 0.26 0.12 0.19 0.13 0.10 0.27 0.12 0.27 0.11
N2 0.12 0.21 0.13 0.17 0.18 0.15 0.11 0.27 0.11 0.13 0.24 0.25 0.13 0.14 0.21 0.13 0.29 0.16 0.28 0.15
N3 0.09 0.18 0.09 0.11 0.11 0.12 0.08 0.24 0.08 0.08 0.19 0.24 0.09 0.16 0.13 0.11 0.23 0.13 0.29 0.11
N7 0.15 0.11 0.16 0.15 0.08 0.13 0.14 0.17 0.15 0.12 0.09 0.20 0.20 0.36 0.09 0.13 0.21 0.18 0.29 0.14
N9 0.10 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.11 0.17 0.12 0.06 0.10 0.20 0.12 0.27 0.09 0.09 0.17 0.16 0.30 0.12
O2' 0.11 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.14 0.15 0.09 0.15 0.21 0.09 0.20 0.13 0.12 0.20 0.24 0.24 0.14
O3' 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.05 0.12 0.07 0.11 0.12 0.07 0.13 0.12 0.08 0.14 0.16 0.27 0.09
O4' 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.12 0.15 0.12 0.07 0.10 0.14 0.12 0.24 0.11 0.10 0.14 0.16 0.32 0.14
O5' 0.13 0.18 0.11 0.10 0.18 0.08 0.18 0.12 0.17 0.15 0.19 0.21 0.16 0.28 0.19 0.13 0.14 0.12 0.30 0.13
O6 0.12 0.15 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.20 0.12 0.11 0.13 0.24 0.18 0.28 0.13 0.10 0.26 0.14 0.26 0.12
OP1 0.11 0.12 0.13 0.10 0.15 0.11 0.16 0.15 0.15 0.11 0.14 0.14 0.23 0.26 0.17 0.15 0.23 0.11 0.35 0.20
OP2 0.18 0.26 0.16 0.16 0.28 0.10 0.27 0.11 0.24 0.22 0.29 0.29 0.19 0.38 0.30 0.12 0.11 0.16 0.24 0.10
P 0.11 0.16 0.09 0.10 0.18 0.05 0.19 0.10 0.17 0.14 0.18 0.18 0.16 0.32 0.20 0.10 0.11 0.10 0.27 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.01 0.00 0.25 0.13 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.21 0.01 0.05 0.28 0.10 0.19 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.03 0.02 0.26 0.15 0.10 0.11
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.15 0.06 0.05 0.08 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.10 0.31 0.15
C4 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.05 0.00 0.02 0.30 0.08 0.22 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.10 0.26 0.06
C5 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.01 0.05 0.31 0.09 0.25 0.06
C5' 0.04 0.16 0.05 0.02 0.23 0.00 0.23 0.00 0.20 0.15 0.20 0.13 0.03 0.04 0.24 0.02 0.00 0.24 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.06 0.31 0.08 0.26 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.01 0.29 0.09 0.21 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.15 0.01 0.04 0.30 0.08 0.21 0.07
O2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.32 0.01 0.09 0.26 0.12 0.18 0.08
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.15 0.05 0.11 0.03 0.09 0.09 0.19 0.23 0.00 0.04 0.17 0.05 0.21 0.15 0.10 0.13
O3' 0.17 0.21 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.11 0.15 0.32 0.04 0.00 0.05 0.11 0.28 0.35 0.43 0.36
O4 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.05 0.00 0.02 0.30 0.09 0.22 0.07
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.09 0.05 0.11 0.02 0.00 0.23 0.18 0.18 0.11
O5' 0.25 0.28 0.26 0.06 0.30 0.01 0.31 0.00 0.31 0.29 0.30 0.26 0.21 0.28 0.30 0.23 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.10 0.15 0.10 0.08 0.10 0.09 0.24 0.08 0.09 0.08 0.12 0.15 0.35 0.09 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.19 0.10 0.31 0.22 0.26 0.25 0.27 0.26 0.21 0.21 0.18 0.10 0.43 0.22 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.11 0.15 0.07 0.06 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.13 0.36 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00