Doublet Group distance statistics: 53336

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N2	A	0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.011
O6	A	0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.043 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.028, 0.049, 0.070, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N1	B	0, 0.216, 0.379, 0.542, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.379 std_dev=0.163
C2	B	0, 0.114, 0.282, 0.450, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.282 std_dev=0.168
O2	B	0, 0.189, 0.386, 0.583, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.386 std_dev=0.197
C5	B	0, 0.198, 0.396, 0.594, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.396 std_dev=0.198
O4'	B	0, 0.275, 0.481, 0.687, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.481 std_dev=0.206
C6	B	0, 0.264, 0.489, 0.714, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.489 std_dev=0.225
C4	B	0, 0.263, 0.501, 0.740, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.501 std_dev=0.238
N3	B	0, 0.234, 0.499, 0.765, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.499 std_dev=0.265
C1'	B	0, 0.326, 0.618, 0.909, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.618 std_dev=0.291
C4'	B	0, 0.324, 0.710, 1.097, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.710 std_dev=0.386
O4	B	0, 0.399, 0.788, 1.177, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.788 std_dev=0.389
C2'	B	0, 0.486, 0.927, 1.369, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.927 std_dev=0.442
C5'	B	0, 0.376, 0.860, 1.344, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.860 std_dev=0.484
C3'	B	0, 0.341, 0.868, 1.396, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.868 std_dev=0.527
O2'	B	0, 0.841, 1.517, 2.192, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.517 std_dev=0.676
O5'	B	0, 0.482, 1.196, 1.910, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.196 std_dev=0.714
O3'	B	0, 0.332, 1.219, 2.107, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.219 std_dev=0.887
O4'	A	0, 0.737, 1.800, 2.864, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.800 std_dev=1.063
C2'	A	0, 0.784, 1.916, 3.048, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.916 std_dev=1.132
P	B	0, 0.723, 1.921, 3.118, 4.258 max_d=4.258 avg_d=1.921 std_dev=1.198
C4'	A	0, 1.058, 2.553, 4.049, 3.712 max_d=3.712 avg_d=2.553 std_dev=1.495
OP2	B	0, 1.488, 3.078, 4.668, 5.485 max_d=5.485 avg_d=3.078 std_dev=1.590
C3'	A	0, 1.101, 2.732, 4.362, 3.830 max_d=3.830 avg_d=2.732 std_dev=1.631
O2'	A	0, 1.163, 2.845, 4.527, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.845 std_dev=1.682
OP1	B	0, 1.958, 3.746, 5.533, 6.268 max_d=6.268 avg_d=3.746 std_dev=1.788
O3'	A	0, 1.200, 3.135, 5.069, 4.507 max_d=4.507 avg_d=3.135 std_dev=1.935
C5'	A	0, 1.919, 4.653, 7.387, 6.620 max_d=6.620 avg_d=4.653 std_dev=2.734
O5'	A	0, 2.240, 5.607, 8.974, 7.975 max_d=7.975 avg_d=5.607 std_dev=3.367
OP1	A	0, 4.135, 8.583, 13.032, 11.815 max_d=11.815 avg_d=8.583 std_dev=4.449
P	A	0, 3.213, 7.727, 12.242, 11.012 max_d=11.012 avg_d=7.727 std_dev=4.514
OP2	A	0, 3.560, 8.664, 13.769, 12.722 max_d=12.722 avg_d=8.664 std_dev=5.104

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.26	0.00	0.45	0.01	0.37	0.72	0.42
C2	0.01	0.00	0.20	0.71	0.01	0.78	0.01	1.31	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.43	0.40	0.48	0.85	0.00	1.69	0.75	1.11
C2'	0.00	0.20	0.00	0.00	0.10	0.01	0.03	0.17	0.08	0.12	0.15	0.25	0.20	0.07	0.01	0.00	0.02	0.01	0.54	0.05	0.69	0.92	0.63
C3'	0.01	0.71	0.00	0.00	0.46	0.00	0.41	0.02	0.52	0.19	0.65	0.80	0.65	0.26	0.22	0.01	0.01	0.01	0.14	0.50	0.49	0.44	0.25
C4	0.01	0.01	0.10	0.46	0.00	0.40	0.00	0.58	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.32	0.15	0.24	0.09	0.00	0.57	0.38	0.16
C4'	0.01	0.78	0.01	0.00	0.40	0.00	0.25	0.01	0.40	0.22	0.63	0.94	0.73	0.09	0.08	0.26	0.03	0.00	0.01	0.34	0.20	0.46	0.08
C5	0.01	0.01	0.03	0.41	0.00	0.25	0.00	0.34	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.33	0.18	0.08	0.35	0.01	0.43	0.68	0.30
C5'	0.06	1.31	0.17	0.02	0.58	0.01	0.34	0.00	0.61	0.45	1.04	1.66	1.16	0.23	0.06	0.08	0.14	0.01	0.01	0.50	0.11	0.32	0.01
C6	0.01	0.00	0.08	0.52	0.00	0.40	0.00	0.61	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.39	0.28	0.18	0.14	0.00	0.82	0.37	0.23
C8	0.01	0.01	0.12	0.19	0.00	0.22	0.00	0.45	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.15	0.20	0.25	1.14	0.01	0.85	1.49	1.17
N1	0.01	0.00	0.15	0.65	0.00	0.63	0.01	1.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.44	0.36	0.35	0.52	0.00	1.41	0.37	0.77
N2	0.01	0.00	0.25	0.80	0.01	0.94	0.01	1.66	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.45	0.51	0.59	1.32	0.00	2.34	1.34	1.71
N3	0.01	0.00	0.20	0.65	0.00	0.73	0.00	1.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.38	0.32	0.50	0.68	0.00	1.29	0.59	0.85
N7	0.01	0.01	0.07	0.26	0.00	0.09	0.00	0.23	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.24	0.20	0.15	0.94	0.01	0.62	1.36	0.98
N9	0.00	0.01	0.01	0.22	0.00	0.08	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.18	0.05	0.01	0.55	0.01	0.32	0.83	0.51
O2'	0.01	0.43	0.00	0.01	0.32	0.26	0.33	0.08	0.39	0.15	0.44	0.45	0.38	0.24	0.18	0.00	0.06	0.20	0.23	0.39	0.53	0.81	0.41
O3'	0.26	0.40	0.02	0.01	0.15	0.03	0.18	0.14	0.28	0.20	0.36	0.51	0.32	0.20	0.05	0.06	0.00	0.19	0.38	0.30	0.29	0.35	0.36
O4'	0.00	0.48	0.01	0.01	0.24	0.00	0.08	0.01	0.18	0.25	0.35	0.59	0.50	0.15	0.01	0.20	0.19	0.00	0.27	0.12	0.15	0.55	0.20
O5'	0.45	0.85	0.54	0.14	0.09	0.01	0.35	0.01	0.14	1.14	0.52	1.32	0.68	0.94	0.55	0.23	0.38	0.27	0.00	0.23	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.00	0.05	0.50	0.00	0.34	0.01	0.50	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.39	0.30	0.12	0.23	0.00	0.73	0.55	0.23
OP1	0.37	1.69	0.69	0.49	0.57	0.20	0.43	0.11	0.82	0.85	1.41	2.34	1.29	0.62	0.32	0.53	0.29	0.15	0.01	0.73	0.00	0.01	0.00
OP2	0.72	0.75	0.92	0.44	0.38	0.46	0.68	0.32	0.37	1.49	0.37	1.34	0.59	1.36	0.83	0.81	0.35	0.55	0.02	0.55	0.01	0.00	0.00
P	0.42	1.11	0.63	0.25	0.16	0.08	0.30	0.01	0.23	1.17	0.77	1.71	0.85	0.98	0.51	0.41	0.36	0.20	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.30	0.10	0.36	0.40	0.16	0.44	0.14	0.28	0.15	0.16	0.12	0.12	0.41	0.58	0.24	0.34	0.16	0.66	0.41	0.42
C2	0.20	0.11	0.19	0.27	0.21	0.24	0.20	0.26	0.17	0.11	0.17	0.17	0.19	0.49	0.30	0.23	0.63	0.83	0.92	0.80
C2'	0.38	0.39	0.40	0.45	0.54	0.42	0.61	0.64	0.58	0.45	0.44	0.31	0.52	0.39	0.56	0.40	0.77	1.36	1.03	1.15
C3'	0.73	0.93	0.69	0.62	1.16	0.48	1.20	0.61	1.10	0.94	1.05	0.82	0.68	0.42	1.20	0.65	0.89	1.17	1.21	1.21
C4	0.25	0.07	0.28	0.34	0.16	0.31	0.14	0.16	0.12	0.11	0.12	0.13	0.28	0.63	0.24	0.28	0.32	0.63	0.53	0.51
C4'	0.18	0.56	0.25	0.34	0.96	0.47	0.90	0.47	0.63	0.46	0.80	0.45	0.16	0.54	1.11	0.17	0.15	0.25	0.31	0.21
C5	0.23	0.07	0.26	0.37	0.16	0.30	0.14	0.15	0.11	0.09	0.12	0.13	0.26	0.76	0.21	0.21	0.21	0.54	0.37	0.38
C5'	0.40	0.97	0.45	0.59	1.64	0.72	1.56	0.77	1.11	0.82	1.35	0.77	0.38	0.85	1.88	0.33	0.57	0.62	0.22	0.35
C6	0.16	0.09	0.19	0.29	0.18	0.23	0.16	0.12	0.10	0.05	0.15	0.17	0.22	0.71	0.23	0.15	0.31	0.56	0.46	0.44
C8	0.28	0.10	0.37	0.52	0.15	0.44	0.15	0.29	0.15	0.15	0.11	0.12	0.37	0.83	0.20	0.27	0.25	0.60	0.28	0.32
N1	0.16	0.11	0.16	0.22	0.22	0.17	0.20	0.13	0.14	0.08	0.17	0.19	0.18	0.55	0.28	0.16	0.51	0.70	0.73	0.65
N2	0.19	0.13	0.19	0.32	0.24	0.27	0.26	0.36	0.22	0.14	0.19	0.19	0.17	0.44	0.35	0.24	0.78	0.98	1.16	0.98
N3	0.24	0.09	0.25	0.31	0.18	0.31	0.15	0.29	0.15	0.12	0.14	0.15	0.24	0.53	0.27	0.29	0.57	0.80	0.85	0.76
N7	0.26	0.09	0.33	0.52	0.15	0.42	0.15	0.32	0.13	0.13	0.11	0.12	0.33	0.92	0.19	0.23	0.22	0.55	0.26	0.30
N9	0.29	0.09	0.34	0.41	0.16	0.40	0.14	0.18	0.14	0.14	0.11	0.12	0.36	0.66	0.22	0.31	0.14	0.60	0.36	0.38
O2'	0.31	0.15	0.40	0.53	0.21	0.52	0.35	0.82	0.37	0.26	0.12	0.16	0.58	0.56	0.21	0.36	0.94	1.82	1.36	1.47
O3'	0.76	0.80	0.85	0.91	0.94	0.68	1.03	0.85	1.00	0.86	0.85	0.71	0.83	0.75	0.94	0.67	1.30	1.75	1.82	1.81
O4'	0.50	0.23	0.70	0.83	0.45	0.93	0.34	0.91	0.22	0.26	0.35	0.23	0.63	1.01	0.60	0.63	0.57	0.17	0.36	0.21
O5'	0.51	0.79	0.62	0.76	1.59	0.92	1.62	0.76	1.15	0.74	1.18	0.55	0.62	1.11	1.86	0.55	0.52	0.45	0.63	0.33
O6	0.14	0.11	0.19	0.32	0.19	0.27	0.17	0.20	0.11	0.07	0.16	0.18	0.26	0.78	0.23	0.15	0.26	0.51	0.37	0.37
OP1	0.74	1.62	0.69	0.53	2.70	0.66	2.54	0.67	1.83	1.40	2.21	1.31	0.76	0.84	3.14	0.46	0.46	0.84	0.52	0.31
OP2	0.51	0.79	0.69	0.81	1.80	0.93	1.82	0.65	1.24	0.75	1.28	0.52	0.72	1.28	2.19	0.56	0.42	0.44	0.89	0.45
P	0.51	1.08	0.63	0.67	2.09	0.80	2.09	0.64	1.48	0.98	1.59	0.76	0.65	1.07	2.46	0.43	0.44	0.56	0.70	0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.21	0.00	0.01	0.30	0.41	0.15	0.24
C2	0.01	0.00	0.08	0.15	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.23	0.01	0.04	0.51	0.63	0.44	0.48
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.04	0.03	0.05	0.15	0.06	0.03	0.07	0.13	0.00	0.02	0.05	0.02	0.11	0.23	0.36	0.12
C3'	0.03	0.15	0.01	0.00	0.25	0.00	0.28	0.01	0.25	0.15	0.20	0.12	0.02	0.01	0.27	0.01	0.08	0.22	0.26	0.10
C4	0.01	0.00	0.04	0.25	0.00	0.12	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.23	0.21	0.00	0.01	0.76	0.91	0.82	0.79
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.12	0.00	0.16	0.00	0.16	0.07	0.06	0.06	0.17	0.02	0.12	0.01	0.00	0.22	0.22	0.06
C5	0.01	0.00	0.05	0.28	0.00	0.16	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.23	0.00	0.03	0.81	0.94	0.85	0.83
C5'	0.04	0.07	0.15	0.01	0.20	0.00	0.26	0.00	0.23	0.11	0.13	0.02	0.12	0.12	0.22	0.02	0.00	0.35	0.23	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.25	0.00	0.16	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.19	0.00	0.05	0.73	0.81	0.62	0.68
N1	0.00	0.00	0.03	0.15	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.16	0.00	0.01	0.53	0.63	0.39	0.48
N3	0.01	0.00	0.07	0.20	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21	0.21	0.01	0.03	0.63	0.77	0.64	0.64
O2	0.01	0.00	0.13	0.12	0.01	0.06	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.34	0.01	0.07	0.38	0.52	0.33	0.36
O2'	0.01	0.17	0.00	0.02	0.23	0.17	0.20	0.12	0.16	0.13	0.21	0.16	0.00	0.09	0.24	0.13	0.06	0.25	0.46	0.16
O3'	0.21	0.23	0.02	0.01	0.21	0.02	0.23	0.12	0.19	0.16	0.21	0.34	0.09	0.00	0.23	0.15	0.13	0.30	0.23	0.16
O4	0.00	0.01	0.05	0.27	0.00	0.12	0.00	0.22	0.00	0.00	0.01	0.01	0.24	0.23	0.00	0.02	0.80	0.98	0.94	0.86
O4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.05	0.01	0.03	0.07	0.13	0.15	0.02	0.00	0.34	0.48	0.18	0.31
O5'	0.30	0.51	0.11	0.08	0.76	0.00	0.81	0.00	0.73	0.53	0.63	0.38	0.06	0.13	0.80	0.34	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.41	0.63	0.23	0.22	0.91	0.22	0.94	0.35	0.81	0.63	0.77	0.52	0.25	0.30	0.98	0.48	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.15	0.44	0.36	0.26	0.82	0.22	0.85	0.23	0.62	0.39	0.64	0.33	0.46	0.23	0.94	0.18	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.24	0.48	0.12	0.10	0.79	0.06	0.83	0.01	0.68	0.48	0.64	0.36	0.16	0.16	0.86	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00