ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53337

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.013, 0.040, 0.068, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.003, 0.037, 0.070, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.037 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.024, 0.060, 0.095, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.060 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.033, 0.071, 0.110, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.071 std_dev=0.038
N9 A 0, -0.006, 0.053, 0.112, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.053 std_dev=0.059
N7 A 0, -0.006, 0.063, 0.131, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.063 std_dev=0.068
C8 A 0, -0.013, 0.068, 0.150, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.068 std_dev=0.082
O4' B 0, 0.072, 0.201, 0.330, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.201 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.095, 0.265, 0.435, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.265 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.097, 0.299, 0.500, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.299 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.048, 0.283, 0.517, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.283 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.027, 0.293, 0.559, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.293 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.043, 0.322, 0.601, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.322 std_dev=0.279
O4 B 0, 0.027, 0.358, 0.688, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.358 std_dev=0.330
C2 B 0, -0.006, 0.344, 0.695, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.344 std_dev=0.350
N3 B 0, -0.011, 0.347, 0.706, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.347 std_dev=0.359
C4' B 0, -0.049, 0.376, 0.802, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.376 std_dev=0.425
O2 B 0, -0.023, 0.426, 0.875, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.426 std_dev=0.449
C2' B 0, -0.105, 0.489, 1.083, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.489 std_dev=0.594
C3' B 0, -0.122, 0.531, 1.184, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.531 std_dev=0.653
O2' B 0, -0.131, 0.522, 1.175, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.522 std_dev=0.653
C5' B 0, -0.227, 0.520, 1.268, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.520 std_dev=0.747
O4' A 0, -0.346, 0.487, 1.321, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.487 std_dev=0.833
P B 0, -0.339, 0.535, 1.409, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.535 std_dev=0.874
OP1 B 0, -0.300, 0.588, 1.476, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.588 std_dev=0.888
C2' A 0, -0.437, 0.513, 1.463, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.513 std_dev=0.950
O5' B 0, -0.394, 0.589, 1.571, 2.776 max_d=2.776 avg_d=0.589 std_dev=0.982
O3' B 0, -0.253, 0.741, 1.735, 2.924 max_d=2.924 avg_d=0.741 std_dev=0.994
C4' A 0, -0.401, 0.646, 1.694, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.646 std_dev=1.048
OP2 B 0, -0.483, 0.688, 1.859, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.688 std_dev=1.171
C3' A 0, -0.585, 0.720, 2.025, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.720 std_dev=1.305
O2' A 0, -0.666, 0.720, 2.106, 3.811 max_d=3.811 avg_d=0.720 std_dev=1.386
O3' A 0, -0.780, 0.856, 2.493, 4.513 max_d=4.513 avg_d=0.856 std_dev=1.637
C5' A 0, -0.904, 1.207, 3.319, 5.897 max_d=5.897 avg_d=1.207 std_dev=2.112
O5' A 0, -1.233, 1.451, 4.134, 7.435 max_d=7.435 avg_d=1.451 std_dev=2.683
P A 0, -1.981, 1.892, 5.765, 10.548 max_d=10.548 avg_d=1.892 std_dev=3.873
OP1 A 0, -2.168, 2.108, 6.383, 11.656 max_d=11.656 avg_d=2.108 std_dev=4.275
OP2 A 0, -1.992, 2.327, 6.647, 11.951 max_d=11.951 avg_d=2.327 std_dev=4.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.42 0.00 0.08 0.04 0.10 0.32 0.16
C2 0.03 0.00 0.30 0.36 0.01 0.44 0.01 0.87 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.40 0.31 0.78 0.01 0.94 1.18 0.91
C2' 0.04 0.30 0.00 0.04 0.22 0.01 0.14 0.18 0.18 0.01 0.25 0.34 0.32 0.05 0.10 0.00 0.13 0.04 0.32 0.15 0.41 0.55 0.40
C3' 0.09 0.36 0.04 0.00 0.14 0.02 0.06 0.04 0.05 0.29 0.20 0.51 0.39 0.27 0.04 0.03 0.05 0.04 0.39 0.09 0.41 0.38 0.39
C4 0.03 0.01 0.22 0.14 0.00 0.18 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.34 0.16 0.18 0.02 0.22 0.39 0.19
C4' 0.01 0.44 0.01 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.11 0.32 0.30 0.59 0.44 0.24 0.04 0.26 0.11 0.00 0.04 0.05 0.06 0.14 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.06 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.20 0.05 0.13 0.02 0.24 0.43 0.28
C5' 0.06 0.87 0.18 0.04 0.36 0.01 0.09 0.00 0.27 0.51 0.62 1.16 0.82 0.39 0.03 0.07 0.09 0.01 0.01 0.15 0.08 0.05 0.05
C6 0.03 0.01 0.18 0.05 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.44 0.21 0.13 0.10 0.01 0.14 0.31 0.13
C8 0.02 0.01 0.01 0.29 0.00 0.32 0.00 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.13 0.22 0.73 0.04 0.88 1.16 0.97
N1 0.03 0.00 0.25 0.20 0.01 0.30 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.30 0.24 0.49 0.00 0.58 0.75 0.55
N2 0.03 0.00 0.34 0.51 0.01 0.59 0.01 1.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.47 0.39 1.14 0.01 1.43 1.76 1.39
N3 0.03 0.00 0.32 0.39 0.00 0.44 0.01 0.82 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.45 0.31 0.70 0.02 0.81 1.03 0.79
N7 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.24 0.00 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.10 0.13 0.62 0.04 0.82 1.08 0.88
N9 0.02 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.29 0.00 0.21 0.03 0.27 0.47 0.33
O2' 0.02 0.31 0.00 0.03 0.33 0.26 0.41 0.07 0.44 0.31 0.39 0.26 0.26 0.40 0.24 0.00 0.16 0.19 0.06 0.47 0.26 0.52 0.25
O3' 0.42 0.40 0.13 0.05 0.34 0.11 0.20 0.09 0.21 0.13 0.30 0.47 0.45 0.10 0.29 0.16 0.00 0.28 0.31 0.15 0.30 0.27 0.29
O4' 0.00 0.31 0.04 0.04 0.16 0.00 0.05 0.01 0.13 0.22 0.24 0.39 0.31 0.13 0.00 0.19 0.28 0.00 0.28 0.09 0.26 0.36 0.30
O5' 0.08 0.78 0.32 0.39 0.18 0.04 0.13 0.01 0.10 0.73 0.49 1.14 0.70 0.62 0.21 0.06 0.31 0.28 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02
O6 0.04 0.01 0.15 0.09 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.47 0.15 0.09 0.09 0.00 0.23 0.38 0.24
OP1 0.10 0.94 0.41 0.41 0.22 0.06 0.24 0.08 0.14 0.88 0.58 1.43 0.81 0.82 0.27 0.26 0.30 0.26 0.01 0.23 0.00 0.04 0.00
OP2 0.32 1.18 0.55 0.38 0.39 0.14 0.43 0.05 0.31 1.16 0.75 1.76 1.03 1.08 0.47 0.52 0.27 0.36 0.04 0.38 0.04 0.00 0.00
P 0.16 0.91 0.40 0.39 0.19 0.06 0.28 0.05 0.13 0.97 0.55 1.39 0.79 0.88 0.33 0.25 0.29 0.30 0.02 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.21 0.09 0.17 0.26 0.13 0.52 0.15 0.21 0.22 0.27 0.27 0.14 0.17 0.11 0.63 0.02 0.93 0.56
C2 0.28 0.42 0.43 0.29 0.26 0.08 0.17 0.09 0.18 0.29 0.42 0.48 0.42 0.33 0.22 0.05 0.07 0.21 0.83 0.18
C2' 0.36 0.37 0.40 0.80 0.50 0.92 0.65 1.28 0.64 0.47 0.40 0.28 0.21 0.84 0.47 0.72 1.31 0.65 1.82 1.29
C3' 0.13 0.23 0.15 0.63 0.53 0.76 0.68 1.29 0.57 0.31 0.34 0.13 0.18 0.68 0.56 0.50 1.48 0.99 2.09 1.65
C4 0.35 0.40 0.47 0.26 0.20 0.03 0.14 0.17 0.18 0.32 0.33 0.45 0.48 0.27 0.17 0.02 0.18 0.23 0.79 0.26
C4' 0.47 0.24 0.49 0.14 0.18 0.04 0.21 0.38 0.11 0.24 0.14 0.36 0.74 0.12 0.25 0.20 0.64 0.06 1.05 0.70
C5 0.32 0.35 0.57 0.38 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.25 0.25 0.47 0.57 0.44 0.08 0.03 0.12 0.33 0.67 0.18
C5' 0.71 0.28 0.84 0.52 0.45 0.46 0.45 0.03 0.18 0.30 0.24 0.45 1.23 0.59 0.63 0.49 0.34 0.28 0.90 0.47
C6 0.24 0.32 0.56 0.43 0.06 0.12 0.13 0.05 0.12 0.18 0.22 0.49 0.54 0.53 0.04 0.05 0.04 0.33 0.68 0.14
C8 0.35 0.28 0.52 0.27 0.13 0.04 0.10 0.19 0.14 0.25 0.21 0.35 0.58 0.29 0.11 0.05 0.35 0.34 0.60 0.24
N1 0.25 0.37 0.49 0.39 0.13 0.12 0.14 0.06 0.13 0.22 0.33 0.49 0.47 0.46 0.09 0.04 0.09 0.28 0.74 0.14
N2 0.26 0.40 0.38 0.27 0.31 0.09 0.19 0.09 0.18 0.27 0.44 0.46 0.37 0.30 0.31 0.07 0.13 0.15 0.86 0.17
N3 0.33 0.43 0.40 0.22 0.29 0.05 0.21 0.16 0.23 0.34 0.40 0.46 0.41 0.22 0.25 0.05 0.08 0.17 0.87 0.25
N7 0.33 0.28 0.62 0.41 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.22 0.19 0.40 0.67 0.47 0.07 0.05 0.20 0.40 0.56 0.16
N9 0.37 0.33 0.43 0.17 0.19 0.06 0.14 0.27 0.19 0.30 0.27 0.38 0.47 0.16 0.17 0.02 0.36 0.22 0.76 0.33
O2' 0.93 0.83 1.08 1.46 0.74 1.50 0.86 1.76 1.02 0.95 0.75 0.78 0.89 1.52 0.62 1.24 1.57 0.73 1.87 1.33
O3' 0.64 0.59 0.76 1.32 0.74 1.47 0.92 2.04 0.92 0.73 0.62 0.46 0.50 1.44 0.71 1.09 2.26 1.84 2.58 2.43
O4' 0.72 0.46 0.74 0.49 0.21 0.38 0.22 0.07 0.38 0.51 0.33 0.52 0.88 0.47 0.14 0.48 0.17 0.48 0.51 0.15
O5' 1.01 0.45 1.16 0.86 0.33 0.88 0.33 0.39 0.20 0.52 0.18 0.67 1.59 0.97 0.56 0.87 0.03 0.58 0.62 0.18
O6 0.17 0.21 0.56 0.49 0.06 0.15 0.15 0.07 0.12 0.10 0.12 0.41 0.55 0.62 0.08 0.07 0.05 0.37 0.62 0.11
OP1 1.17 0.49 1.44 1.16 0.46 1.18 0.46 0.65 0.20 0.58 0.12 0.80 2.02 1.38 0.79 1.05 0.19 0.62 0.51 0.13
OP2 1.35 0.55 1.72 1.42 0.68 1.39 0.69 0.81 0.33 0.65 0.26 0.91 2.40 1.69 1.06 1.19 0.41 0.77 0.73 0.29
P 1.35 0.62 1.64 1.39 0.32 1.40 0.33 0.86 0.29 0.73 0.16 0.93 2.20 1.61 0.64 1.24 0.40 0.88 0.38 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.62 0.24 0.21
C2 0.01 0.00 0.11 0.24 0.00 0.15 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.26 0.01 0.05 0.43 0.59 0.27 0.28
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.08 0.01 0.07 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.46 0.27 0.10
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.04 0.08 0.08 0.20 0.35 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04 0.24 0.29 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.56 0.49 0.37 0.30
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.02 0.08 0.15 0.19 0.05 0.04 0.11 0.00 0.03 0.38 0.13 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.53 0.47 0.41 0.29
C5' 0.02 0.21 0.03 0.04 0.18 0.00 0.10 0.00 0.06 0.12 0.23 0.25 0.06 0.07 0.20 0.02 0.03 0.10 0.12 0.04
C6 0.01 0.02 0.08 0.08 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.06 0.45 0.54 0.37 0.28
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.38 0.59 0.29 0.26
N3 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.15 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.01 0.06 0.52 0.55 0.32 0.30
O2 0.02 0.00 0.22 0.35 0.01 0.19 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.41 0.01 0.04 0.38 0.62 0.22 0.28
O2' 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.52 0.19 0.09
O3' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.10 0.04 0.07 0.07 0.10 0.07 0.23 0.41 0.04 0.00 0.10 0.03 0.07 0.09 0.25 0.09
O4 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.59 0.45 0.38 0.31
O4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.00 0.10 0.62 0.17 0.20
O5' 0.16 0.43 0.07 0.04 0.56 0.03 0.53 0.03 0.45 0.38 0.52 0.38 0.06 0.07 0.59 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02
OP1 0.62 0.59 0.46 0.24 0.49 0.38 0.47 0.10 0.54 0.59 0.55 0.62 0.52 0.09 0.45 0.62 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.24 0.27 0.27 0.29 0.37 0.13 0.41 0.12 0.37 0.29 0.32 0.22 0.19 0.25 0.38 0.17 0.02 0.05 0.00 0.00
P 0.21 0.28 0.10 0.01 0.30 0.07 0.29 0.04 0.28 0.26 0.30 0.28 0.09 0.09 0.31 0.20 0.02 0.00 0.00 0.00