ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53338

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.014, 0.041, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.005, 0.036, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.031
C1' A 0, -0.001, 0.033, 0.067, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.034
N3 A 0, 0.009, 0.052, 0.094, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C2 A 0, 0.013, 0.063, 0.112, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.063 std_dev=0.050
O6 A 0, 0.037, 0.105, 0.172, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.105 std_dev=0.067
N2 A 0, 0.016, 0.100, 0.184, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.100 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.042, 0.153, 0.263, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.153 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.034, 0.186, 0.338, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.186 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.044, 0.206, 0.367, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.206 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.057, 0.313, 0.568, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.313 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.062, 0.327, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.327 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.204, 0.542, 0.879, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.542 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.097, 0.447, 0.798, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.447 std_dev=0.350
O2 B 0, 0.159, 0.571, 0.984, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.571 std_dev=0.413
O3' A 0, 0.094, 0.514, 0.934, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.514 std_dev=0.420
C2 B 0, 0.142, 0.572, 1.003, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.572 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.147, 0.596, 1.044, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.596 std_dev=0.448
N1 B 0, 0.129, 0.579, 1.029, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.579 std_dev=0.450
C6 B 0, 0.136, 0.608, 1.080, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.608 std_dev=0.472
C4 B 0, 0.136, 0.624, 1.112, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.624 std_dev=0.488
C1' B 0, 0.101, 0.594, 1.088, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.594 std_dev=0.494
C5 B 0, 0.131, 0.630, 1.130, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.630 std_dev=0.499
P A 0, 0.142, 0.644, 1.147, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.644 std_dev=0.503
O5' A 0, 0.048, 0.567, 1.086, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.567 std_dev=0.519
O4' B 0, 0.147, 0.674, 1.200, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.674 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.160, 0.698, 1.236, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.698 std_dev=0.538
O4 B 0, 0.128, 0.675, 1.221, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.675 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.091, 0.642, 1.192, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.642 std_dev=0.551
C5' B 0, 0.233, 0.788, 1.344, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.788 std_dev=0.555
OP1 A 0, 0.157, 0.724, 1.291, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.724 std_dev=0.567
O2' B 0, 0.048, 0.636, 1.225, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.636 std_dev=0.589
C3' B 0, 0.145, 0.740, 1.335, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.740 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.156, 0.788, 1.420, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.788 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.172, 0.860, 1.548, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.860 std_dev=0.688
P B 0, 0.078, 0.891, 1.704, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.891 std_dev=0.813
OP2 B 0, 0.121, 1.264, 2.407, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.264 std_dev=1.143
OP1 B 0, 0.082, 1.922, 3.763, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.922 std_dev=1.841

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.11 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.06
C2 0.07 0.00 0.14 0.16 0.04 0.10 0.04 0.13 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.18 0.07 0.16 0.03 0.14 0.16 0.14
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.12 0.19 0.12 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.13 0.20 0.13 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07
C4 0.02 0.04 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.14 0.01 0.13 0.14 0.12
C4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.08 0.14 0.09 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.04 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.16 0.14
C5' 0.04 0.13 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.11 0.16 0.12 0.08 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.09 0.09 0.03 0.03
C6 0.01 0.02 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.02 0.14 0.01 0.13 0.16 0.14
C8 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.02 0.16 0.16 0.14
N1 0.04 0.01 0.12 0.13 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.17 0.04 0.15 0.03 0.13 0.16 0.14
N2 0.11 0.01 0.19 0.20 0.05 0.14 0.04 0.16 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.15 0.23 0.10 0.17 0.03 0.15 0.17 0.15
N3 0.07 0.01 0.12 0.13 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.07 0.14 0.06 0.15 0.02 0.14 0.14 0.13
N7 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.16 0.02 0.16 0.17 0.15
N9 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.15 0.01 0.14 0.13 0.12
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.15 0.07 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.06
O3' 0.03 0.18 0.02 0.01 0.09 0.05 0.09 0.04 0.13 0.02 0.17 0.23 0.14 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.13 0.14 0.08 0.13 0.13
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.06 0.06
O5' 0.10 0.16 0.05 0.08 0.14 0.03 0.14 0.02 0.14 0.17 0.15 0.17 0.15 0.16 0.15 0.06 0.13 0.10 0.00 0.14 0.03 0.02 0.00
O6 0.01 0.03 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.14 0.00 0.14 0.17 0.14
OP1 0.11 0.14 0.06 0.05 0.13 0.07 0.14 0.09 0.13 0.16 0.13 0.15 0.14 0.16 0.14 0.03 0.08 0.12 0.03 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.07 0.08 0.14 0.03 0.16 0.03 0.16 0.16 0.16 0.17 0.14 0.17 0.13 0.06 0.13 0.06 0.02 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.05 0.07 0.12 0.03 0.14 0.03 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.12 0.06 0.13 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.11 0.14 0.16 0.23 0.15 0.30 0.20 0.26 0.18 0.14 0.04 0.13 0.16 0.22 0.16 0.27 0.63 0.90 0.39
C2 0.26 0.29 0.25 0.25 0.20 0.26 0.12 0.23 0.20 0.26 0.28 0.31 0.23 0.23 0.20 0.28 0.18 0.48 0.77 0.23
C2' 0.17 0.10 0.17 0.18 0.21 0.16 0.29 0.21 0.27 0.18 0.12 0.09 0.21 0.18 0.21 0.19 0.27 0.48 1.02 0.38
C3' 0.20 0.12 0.21 0.21 0.22 0.19 0.29 0.22 0.27 0.20 0.14 0.07 0.25 0.22 0.22 0.21 0.28 0.52 0.99 0.38
C4 0.13 0.15 0.10 0.11 0.09 0.13 0.19 0.14 0.17 0.13 0.11 0.22 0.10 0.09 0.08 0.15 0.17 0.65 0.81 0.31
C4' 0.23 0.16 0.25 0.24 0.23 0.22 0.29 0.25 0.27 0.22 0.17 0.09 0.26 0.25 0.23 0.23 0.30 0.59 0.88 0.39
C5 0.16 0.18 0.13 0.15 0.16 0.17 0.22 0.18 0.21 0.18 0.17 0.22 0.11 0.13 0.13 0.19 0.20 0.74 0.75 0.33
C5' 0.25 0.20 0.28 0.28 0.26 0.25 0.30 0.27 0.28 0.24 0.20 0.13 0.29 0.28 0.26 0.25 0.33 0.66 0.85 0.41
C6 0.23 0.26 0.21 0.23 0.21 0.24 0.24 0.23 0.25 0.25 0.26 0.28 0.18 0.21 0.18 0.26 0.23 0.72 0.70 0.32
C8 0.11 0.12 0.10 0.13 0.25 0.13 0.30 0.18 0.25 0.16 0.16 0.09 0.05 0.12 0.27 0.13 0.25 0.79 0.80 0.38
N1 0.27 0.30 0.26 0.28 0.24 0.28 0.22 0.26 0.26 0.29 0.31 0.32 0.23 0.26 0.23 0.30 0.23 0.60 0.70 0.28
N2 0.28 0.30 0.28 0.30 0.28 0.30 0.19 0.27 0.22 0.28 0.31 0.31 0.25 0.27 0.30 0.31 0.22 0.33 0.78 0.19
N3 0.17 0.22 0.16 0.15 0.07 0.16 0.07 0.14 0.10 0.16 0.20 0.28 0.16 0.13 0.09 0.18 0.12 0.51 0.84 0.25
N7 0.12 0.14 0.10 0.13 0.23 0.14 0.28 0.17 0.24 0.16 0.15 0.15 0.04 0.12 0.24 0.15 0.23 0.81 0.75 0.36
N9 0.09 0.08 0.07 0.10 0.21 0.11 0.27 0.16 0.23 0.13 0.10 0.11 0.04 0.09 0.22 0.12 0.23 0.70 0.85 0.36
O2' 0.23 0.14 0.23 0.24 0.20 0.22 0.28 0.25 0.28 0.22 0.14 0.14 0.27 0.24 0.19 0.25 0.29 0.38 1.01 0.37
O3' 0.18 0.10 0.20 0.20 0.20 0.18 0.27 0.21 0.25 0.18 0.11 0.07 0.26 0.21 0.21 0.21 0.26 0.40 1.03 0.36
O4' 0.20 0.16 0.21 0.21 0.23 0.19 0.28 0.23 0.26 0.21 0.17 0.07 0.21 0.22 0.23 0.19 0.29 0.68 0.81 0.39
O5' 0.20 0.12 0.24 0.23 0.13 0.20 0.19 0.22 0.18 0.16 0.10 0.13 0.27 0.24 0.11 0.19 0.26 0.62 0.76 0.34
O6 0.24 0.26 0.23 0.25 0.25 0.27 0.29 0.27 0.29 0.27 0.27 0.27 0.19 0.24 0.24 0.28 0.27 0.77 0.66 0.36
OP1 0.20 0.10 0.25 0.24 0.09 0.21 0.15 0.23 0.15 0.14 0.06 0.12 0.30 0.27 0.08 0.20 0.25 0.61 0.71 0.31
OP2 0.11 0.03 0.14 0.13 0.10 0.12 0.14 0.15 0.12 0.07 0.03 0.05 0.19 0.15 0.12 0.11 0.19 0.69 0.67 0.29
P 0.16 0.07 0.19 0.19 0.10 0.17 0.16 0.20 0.15 0.12 0.05 0.06 0.23 0.20 0.10 0.16 0.23 0.67 0.69 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.18 0.45 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.06 0.03 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.02 0.15 0.59 0.36 0.20
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.16 0.21 0.06
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.12 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.14 0.85 0.23 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.16 0.34 0.04
C5 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.77 0.27 0.19
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.11 0.12 0.01 0.03 0.11 0.02 0.00 0.35 0.27 0.01
C6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.57 0.39 0.18
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.12 0.47 0.40 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.01 0.01 0.16 0.77 0.30 0.22
O2 0.05 0.02 0.11 0.12 0.03 0.08 0.05 0.12 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.13 0.03 0.04 0.17 0.54 0.39 0.20
O2' 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.31 0.05
O3' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.13 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.09 0.07 0.04
O4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.15 0.94 0.17 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.56 0.09
O5' 0.05 0.15 0.04 0.04 0.14 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.16 0.17 0.02 0.04 0.15 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.18 0.59 0.16 0.06 0.85 0.16 0.77 0.35 0.57 0.47 0.77 0.54 0.02 0.09 0.94 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.36 0.21 0.04 0.23 0.34 0.27 0.27 0.39 0.40 0.30 0.39 0.31 0.07 0.17 0.56 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.06 0.03 0.21 0.04 0.19 0.01 0.18 0.17 0.22 0.20 0.05 0.04 0.21 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00