Doublet Group distance statistics: 53340

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N7	A	0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.007, 0.033, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N2	A	0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N1	B	0, 0.094, 0.290, 0.486, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.290 std_dev=0.196
C1'	B	0, 0.120, 0.373, 0.626, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.373 std_dev=0.253
C2	B	0, 0.186, 0.506, 0.826, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.506 std_dev=0.320
C6	B	0, 0.113, 0.454, 0.796, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.454 std_dev=0.341
O4'	B	0, 0.242, 0.616, 0.991, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.616 std_dev=0.374
O2	B	0, 0.242, 0.658, 1.073, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.658 std_dev=0.416
N3	B	0, 0.288, 0.738, 1.188, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.738 std_dev=0.450
C5	B	0, 0.246, 0.714, 1.183, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.714 std_dev=0.468
C4	B	0, 0.321, 0.841, 1.361, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.841 std_dev=0.520
C2'	B	0, 0.423, 1.009, 1.595, 1.442 max_d=1.442 avg_d=1.009 std_dev=0.586
C4'	B	0, 0.452, 1.077, 1.702, 1.532 max_d=1.532 avg_d=1.077 std_dev=0.625
O4	B	0, 0.454, 1.134, 1.814, 1.680 max_d=1.680 avg_d=1.134 std_dev=0.680
C3'	B	0, 0.494, 1.202, 1.911, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.202 std_dev=0.709
O2'	B	0, 0.459, 1.233, 2.007, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.233 std_dev=0.774
C5'	B	0, 0.504, 1.311, 2.118, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.311 std_dev=0.807
O4'	A	0, 0.706, 1.675, 2.645, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.675 std_dev=0.969
C2'	A	0, 0.740, 1.757, 2.775, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.757 std_dev=1.017
O3'	B	0, 0.827, 2.015, 3.203, 3.049 max_d=3.049 avg_d=2.015 std_dev=1.188
O2'	A	0, 0.876, 2.079, 3.282, 2.905 max_d=2.905 avg_d=2.079 std_dev=1.203
O5'	B	0, 0.738, 2.010, 3.283, 3.231 max_d=3.231 avg_d=2.010 std_dev=1.273
C4'	A	0, 0.993, 2.363, 3.734, 3.327 max_d=3.327 avg_d=2.363 std_dev=1.371
C3'	A	0, 1.136, 2.699, 4.262, 3.782 max_d=3.782 avg_d=2.699 std_dev=1.563
P	B	0, 1.135, 2.704, 4.274, 3.866 max_d=3.866 avg_d=2.704 std_dev=1.570
OP2	B	0, 1.197, 2.871, 4.545, 4.157 max_d=4.157 avg_d=2.871 std_dev=1.674
OP1	B	0, 1.272, 3.142, 5.012, 4.911 max_d=4.911 avg_d=3.142 std_dev=1.870
O3'	A	0, 1.589, 3.777, 5.964, 5.325 max_d=5.325 avg_d=3.777 std_dev=2.188
C5'	A	0, 1.791, 4.259, 6.727, 5.969 max_d=5.969 avg_d=4.259 std_dev=2.468
O5'	A	0, 2.088, 5.005, 7.923, 7.195 max_d=7.195 avg_d=5.005 std_dev=2.918
P	A	0, 2.982, 7.066, 11.151, 9.714 max_d=9.714 avg_d=7.066 std_dev=4.084
OP1	A	0, 3.125, 7.416, 11.707, 10.311 max_d=10.311 avg_d=7.416 std_dev=4.291
OP2	A	0, 3.432, 8.175, 12.919, 11.492 max_d=11.492 avg_d=8.175 std_dev=4.743

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.02	0.33	0.60	0.24
C2	0.01	0.00	0.11	0.38	0.01	0.37	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.39	0.23	0.27	0.01	0.30	0.64	0.25
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.02	0.06	0.06	0.09	0.12	0.10	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.15	0.06	0.12	0.71	0.21
C3'	0.02	0.38	0.00	0.00	0.17	0.00	0.07	0.01	0.16	0.20	0.29	0.47	0.35	0.12	0.02	0.01	0.00	0.03	0.13	0.12	0.10	0.72	0.25
C4	0.01	0.01	0.06	0.17	0.00	0.16	0.00	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.17	0.11	0.24	0.01	0.36	0.45	0.24
C4'	0.01	0.37	0.01	0.00	0.16	0.00	0.06	0.00	0.13	0.19	0.27	0.47	0.36	0.13	0.03	0.04	0.01	0.00	0.02	0.09	0.19	0.47	0.09
C5	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.09	0.05	0.45	0.01	0.55	0.52	0.49
C5'	0.04	0.60	0.02	0.01	0.25	0.00	0.16	0.00	0.24	0.34	0.44	0.79	0.55	0.27	0.12	0.04	0.06	0.02	0.00	0.19	0.25	0.22	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.16	0.01	0.13	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.17	0.09	0.34	0.00	0.47	0.37	0.38
C8	0.01	0.00	0.06	0.20	0.00	0.19	0.01	0.34	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.19	0.11	0.77	0.03	0.77	0.92	0.79
N1	0.01	0.00	0.09	0.29	0.01	0.27	0.01	0.44	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.31	0.17	0.18	0.00	0.29	0.41	0.13
N2	0.02	0.00	0.12	0.47	0.01	0.47	0.01	0.79	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.50	0.27	0.50	0.01	0.50	0.98	0.56
N3	0.01	0.00	0.10	0.35	0.00	0.36	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.35	0.23	0.23	0.01	0.28	0.59	0.20
N7	0.01	0.01	0.04	0.12	0.00	0.13	0.00	0.27	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.13	0.06	0.74	0.03	0.80	0.86	0.81
N9	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.01	0.42	0.02	0.48	0.62	0.43
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.09	0.04	0.11	0.07	0.07	0.03	0.00	0.05	0.02	0.07	0.04	0.09	0.68	0.17
O3'	0.00	0.39	0.01	0.00	0.17	0.01	0.09	0.06	0.17	0.19	0.31	0.50	0.35	0.13	0.02	0.05	0.00	0.01	0.21	0.14	0.24	0.76	0.33
O4'	0.00	0.23	0.00	0.03	0.11	0.00	0.05	0.02	0.09	0.11	0.17	0.27	0.23	0.06	0.01	0.02	0.01	0.00	0.20	0.06	0.38	0.49	0.20
O5'	0.23	0.27	0.15	0.13	0.24	0.02	0.45	0.00	0.34	0.77	0.18	0.50	0.23	0.74	0.42	0.07	0.21	0.20	0.00	0.43	0.01	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.06	0.12	0.01	0.09	0.01	0.19	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.04	0.14	0.06	0.43	0.00	0.57	0.44	0.52
OP1	0.33	0.30	0.12	0.10	0.36	0.19	0.55	0.25	0.47	0.77	0.29	0.50	0.28	0.80	0.48	0.09	0.24	0.38	0.01	0.57	0.00	0.01	0.00
OP2	0.60	0.64	0.71	0.72	0.45	0.47	0.52	0.22	0.37	0.92	0.41	0.98	0.59	0.86	0.62	0.68	0.76	0.49	0.01	0.44	0.01	0.00	0.00
P	0.24	0.25	0.21	0.25	0.24	0.09	0.49	0.01	0.38	0.79	0.13	0.56	0.20	0.81	0.43	0.17	0.33	0.20	0.00	0.52	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.23	0.16	0.28	0.22	0.26	0.21	0.22	0.20	0.22	0.23	0.25	0.19	0.51	0.23	0.10	0.35	0.66	0.67	0.46
C2	0.15	0.23	0.13	0.18	0.23	0.33	0.16	0.58	0.13	0.18	0.25	0.24	0.17	0.29	0.25	0.21	0.82	0.46	0.43	0.31
C2'	0.34	0.32	0.27	0.13	0.40	0.20	0.45	0.33	0.44	0.37	0.35	0.27	0.43	0.17	0.40	0.34	0.89	1.14	1.10	1.04
C3'	0.28	0.34	0.19	0.16	0.57	0.17	0.65	0.35	0.59	0.41	0.43	0.23	0.25	0.39	0.60	0.35	0.89	1.19	1.28	1.17
C4	0.16	0.23	0.09	0.18	0.21	0.28	0.17	0.41	0.15	0.19	0.23	0.25	0.20	0.41	0.21	0.15	0.51	0.46	0.56	0.21
C4'	0.19	0.18	0.31	0.51	0.36	0.40	0.41	0.23	0.30	0.17	0.25	0.22	0.23	0.79	0.43	0.11	0.33	0.80	0.80	0.61
C5	0.10	0.20	0.08	0.12	0.16	0.24	0.12	0.39	0.10	0.14	0.20	0.24	0.25	0.38	0.17	0.25	0.51	0.39	0.58	0.14
C5'	0.29	0.17	0.54	0.77	0.45	0.59	0.50	0.39	0.31	0.11	0.26	0.30	0.53	1.11	0.57	0.20	0.25	0.78	0.69	0.46
C6	0.09	0.18	0.10	0.11	0.13	0.27	0.07	0.46	0.03	0.08	0.19	0.22	0.23	0.29	0.15	0.29	0.66	0.36	0.55	0.17
C8	0.16	0.21	0.15	0.22	0.18	0.17	0.17	0.18	0.16	0.18	0.21	0.25	0.31	0.52	0.18	0.16	0.32	0.49	0.66	0.30
N1	0.12	0.21	0.12	0.16	0.17	0.31	0.08	0.55	0.06	0.13	0.23	0.23	0.19	0.26	0.19	0.26	0.81	0.41	0.49	0.28
N2	0.16	0.23	0.16	0.20	0.26	0.33	0.18	0.61	0.14	0.18	0.27	0.24	0.17	0.25	0.30	0.21	0.93	0.50	0.36	0.42
N3	0.18	0.24	0.12	0.20	0.24	0.32	0.20	0.52	0.17	0.20	0.25	0.25	0.16	0.35	0.25	0.16	0.66	0.49	0.47	0.27
N7	0.10	0.19	0.13	0.13	0.16	0.17	0.13	0.25	0.12	0.13	0.19	0.23	0.32	0.44	0.16	0.25	0.36	0.39	0.63	0.18
N9	0.19	0.23	0.13	0.23	0.21	0.24	0.19	0.27	0.18	0.20	0.22	0.25	0.23	0.49	0.21	0.09	0.36	0.54	0.63	0.32
O2'	0.34	0.31	0.28	0.14	0.33	0.20	0.36	0.29	0.37	0.34	0.31	0.29	0.49	0.11	0.33	0.31	0.88	1.26	1.09	1.08
O3'	0.40	0.44	0.33	0.25	0.69	0.35	0.79	0.63	0.73	0.53	0.53	0.30	0.39	0.27	0.73	0.49	1.20	1.62	1.69	1.63
O4'	0.32	0.21	0.43	0.64	0.20	0.61	0.19	0.54	0.16	0.20	0.18	0.27	0.30	0.88	0.24	0.31	0.03	0.61	0.50	0.22
O5'	0.70	0.47	0.98	1.15	0.06	0.93	0.21	0.61	0.18	0.40	0.24	0.71	1.00	1.50	0.18	0.59	0.30	1.05	0.66	0.63
O6	0.11	0.12	0.15	0.10	0.10	0.25	0.09	0.44	0.07	0.04	0.14	0.19	0.25	0.24	0.13	0.32	0.65	0.32	0.57	0.16
OP1	1.08	0.80	1.47	1.61	0.27	1.25	0.20	0.99	0.40	0.74	0.54	1.04	1.57	1.93	0.19	0.88	0.89	0.56	0.52	0.26
OP2	0.81	0.47	1.12	1.24	0.29	0.95	0.45	0.52	0.26	0.41	0.15	0.79	1.34	1.76	0.47	0.71	0.33	0.55	0.65	0.29
P	1.02	0.72	1.37	1.53	0.10	1.17	0.06	0.76	0.27	0.65	0.44	0.99	1.49	1.99	0.07	0.83	0.49	0.66	0.46	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.13	0.01	0.00	0.24	0.35	0.78	0.29
C2	0.01	0.00	0.09	0.14	0.00	0.03	0.01	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.14	0.00	0.05	0.44	0.41	0.75	0.33
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.03	0.01	0.06	0.09	0.08	0.02	0.07	0.16	0.00	0.02	0.03	0.02	0.33	0.62	0.73	0.48
C3'	0.02	0.14	0.00	0.00	0.19	0.00	0.20	0.01	0.18	0.12	0.17	0.16	0.00	0.01	0.20	0.02	0.23	0.60	0.46	0.30
C4	0.01	0.00	0.03	0.19	0.00	0.10	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.01	0.16	0.13	0.00	0.02	0.68	0.41	0.60	0.32
C4'	0.02	0.03	0.01	0.00	0.10	0.00	0.13	0.00	0.12	0.05	0.06	0.04	0.15	0.02	0.10	0.00	0.01	0.37	0.55	0.10
C5	0.01	0.01	0.06	0.20	0.00	0.13	0.00	0.35	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.13	0.00	0.03	0.76	0.36	0.55	0.30
C5'	0.07	0.17	0.09	0.01	0.31	0.00	0.35	0.00	0.32	0.20	0.24	0.09	0.07	0.11	0.33	0.01	0.00	0.36	0.34	0.01
C6	0.01	0.00	0.08	0.18	0.00	0.12	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.09	0.01	0.04	0.69	0.34	0.65	0.28
N1	0.01	0.00	0.02	0.12	0.00	0.05	0.01	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.06	0.00	0.01	0.48	0.37	0.75	0.30
N3	0.01	0.00	0.07	0.17	0.00	0.06	0.01	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.13	0.00	0.04	0.56	0.43	0.69	0.33
O2	0.02	0.00	0.16	0.16	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00	0.24	0.21	0.01	0.08	0.31	0.42	0.78	0.35
O2'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.16	0.15	0.13	0.07	0.11	0.10	0.19	0.24	0.00	0.01	0.18	0.10	0.14	0.50	0.63	0.34
O3'	0.13	0.14	0.02	0.01	0.13	0.02	0.13	0.11	0.09	0.06	0.13	0.21	0.01	0.00	0.14	0.10	0.17	0.57	0.41	0.16
O4	0.01	0.00	0.03	0.20	0.00	0.10	0.00	0.33	0.01	0.00	0.00	0.01	0.18	0.14	0.00	0.02	0.71	0.42	0.54	0.32
O4'	0.00	0.05	0.02	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.08	0.10	0.10	0.02	0.00	0.15	0.13	0.87	0.29
O5'	0.24	0.44	0.33	0.23	0.68	0.01	0.76	0.00	0.69	0.48	0.56	0.31	0.14	0.17	0.71	0.15	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.35	0.41	0.62	0.60	0.41	0.37	0.36	0.36	0.34	0.37	0.43	0.42	0.50	0.57	0.42	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.78	0.75	0.73	0.46	0.60	0.55	0.55	0.34	0.65	0.75	0.69	0.78	0.63	0.41	0.54	0.87	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.29	0.33	0.48	0.30	0.32	0.10	0.30	0.01	0.28	0.30	0.33	0.35	0.34	0.16	0.32	0.29	0.00	0.00	0.00	0.00