ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53341

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.028, 0.117, 0.206, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.117 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.014, 0.114, 0.214, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.114 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.046, 0.157, 0.269, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.157 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.030, 0.157, 0.285, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.157 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.010, 0.154, 0.298, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.154 std_dev=0.144
C5' A 0, 0.073, 0.283, 0.492, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.283 std_dev=0.209
O5' A 0, 0.029, 0.256, 0.483, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.256 std_dev=0.227
P A 0, 0.047, 0.278, 0.509, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.278 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.051, 0.285, 0.519, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.285 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.127, 0.432, 0.738, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.432 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.120, 0.471, 0.823, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.471 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.102, 0.513, 0.925, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.513 std_dev=0.411
N3 B 0, 0.080, 0.497, 0.914, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.497 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.162, 0.623, 1.083, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.623 std_dev=0.460
O2 B 0, 0.121, 0.584, 1.046, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.584 std_dev=0.463
O4 B 0, 0.037, 0.501, 0.966, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.501 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.088, 0.572, 1.056, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.572 std_dev=0.484
O4' B 0, 0.066, 0.555, 1.043, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.555 std_dev=0.489
N1 B 0, 0.093, 0.587, 1.081, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.587 std_dev=0.494
C4 B 0, 0.047, 0.549, 1.051, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.549 std_dev=0.502
C4' B 0, 0.206, 0.710, 1.214, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.710 std_dev=0.504
C3' B 0, 0.213, 0.737, 1.262, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.737 std_dev=0.524
OP1 B 0, 0.212, 0.740, 1.268, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.740 std_dev=0.528
O2' B 0, 0.230, 0.787, 1.343, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.787 std_dev=0.556
C5' B 0, 0.248, 0.855, 1.461, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.855 std_dev=0.606
P B 0, 0.282, 0.968, 1.654, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.968 std_dev=0.686
C6 B 0, 0.035, 0.725, 1.416, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.725 std_dev=0.690
C5 B 0, 0.007, 0.709, 1.412, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.709 std_dev=0.702
O3' B 0, 0.186, 0.904, 1.622, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.904 std_dev=0.718
O5' B 0, 0.266, 1.051, 1.835, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.051 std_dev=0.785
OP2 B 0, 0.331, 1.430, 2.530, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.430 std_dev=1.099

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06
C2 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.07 0.01 0.02 0.06 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.18 0.16 0.08
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.24 0.18 0.15
C4 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.06 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.01 0.04 0.08 0.12
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.09 0.13
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.09 0.02 0.04 0.07 0.11
N1 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.06 0.09 0.01 0.02 0.08 0.11
N2 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.07 0.02 0.03 0.06 0.08
N3 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.01 0.02 0.05 0.08
N7 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.09 0.02 0.06 0.09 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.02 0.02 0.04 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.12 0.05 0.01 0.06 0.17 0.13 0.06
O3' 0.04 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.12 0.00 0.02 0.11 0.05 0.34 0.20 0.20
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.08 0.06 0.11 0.02 0.08
O5' 0.06 0.07 0.04 0.09 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.01 0.11 0.08 0.00 0.09 0.02 0.05 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.09 0.00 0.07 0.11 0.14
OP1 0.05 0.02 0.18 0.24 0.01 0.08 0.04 0.09 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.17 0.34 0.11 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.06 0.16 0.18 0.06 0.07 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.04 0.13 0.20 0.02 0.05 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.08 0.15 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.11 0.11 0.08 0.08 0.14 0.09 0.06 0.20 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.15 0.17 0.14 0.09 0.16 0.17 0.22 0.17 0.12 0.10 0.28 0.35 0.26 0.05 0.21 0.42 0.17 0.73 0.23
C2 0.08 0.06 0.11 0.07 0.27 0.17 0.41 0.32 0.36 0.16 0.07 0.26 0.22 0.09 0.24 0.20 0.54 0.16 0.69 0.17
C2' 0.21 0.14 0.33 0.29 0.17 0.24 0.31 0.16 0.33 0.23 0.10 0.21 0.53 0.45 0.10 0.14 0.24 0.21 0.86 0.33
C3' 0.18 0.15 0.27 0.24 0.13 0.22 0.27 0.16 0.29 0.19 0.11 0.25 0.47 0.40 0.07 0.14 0.29 0.21 0.81 0.31
C4 0.13 0.17 0.11 0.11 0.11 0.20 0.22 0.33 0.19 0.11 0.11 0.34 0.25 0.12 0.08 0.24 0.58 0.18 0.62 0.17
C4' 0.13 0.17 0.16 0.15 0.05 0.17 0.13 0.19 0.15 0.12 0.14 0.29 0.35 0.29 0.03 0.19 0.39 0.17 0.72 0.23
C5 0.16 0.22 0.09 0.17 0.07 0.25 0.17 0.43 0.14 0.12 0.17 0.35 0.20 0.11 0.03 0.28 0.71 0.19 0.49 0.17
C5' 0.15 0.20 0.13 0.13 0.07 0.17 0.09 0.22 0.11 0.13 0.17 0.31 0.30 0.23 0.07 0.22 0.45 0.17 0.65 0.20
C6 0.15 0.20 0.08 0.20 0.09 0.29 0.22 0.49 0.16 0.09 0.14 0.32 0.15 0.15 0.08 0.29 0.78 0.19 0.41 0.19
C8 0.17 0.22 0.11 0.13 0.08 0.21 0.12 0.36 0.12 0.14 0.19 0.33 0.26 0.12 0.06 0.27 0.63 0.19 0.54 0.18
N1 0.09 0.12 0.05 0.15 0.23 0.25 0.37 0.44 0.28 0.07 0.02 0.29 0.14 0.11 0.21 0.25 0.71 0.17 0.52 0.14
N2 0.13 0.09 0.17 0.06 0.37 0.12 0.53 0.24 0.51 0.29 0.18 0.16 0.22 0.11 0.32 0.13 0.42 0.14 0.81 0.23
N3 0.10 0.10 0.15 0.09 0.21 0.16 0.32 0.26 0.29 0.15 0.06 0.29 0.28 0.16 0.18 0.19 0.47 0.17 0.74 0.21
N7 0.18 0.24 0.11 0.18 0.09 0.26 0.11 0.43 0.10 0.15 0.22 0.35 0.21 0.12 0.07 0.29 0.73 0.20 0.44 0.19
N9 0.14 0.18 0.13 0.11 0.08 0.18 0.17 0.29 0.16 0.12 0.13 0.32 0.29 0.16 0.04 0.24 0.54 0.18 0.64 0.18
O2' 0.24 0.15 0.40 0.38 0.20 0.28 0.33 0.19 0.35 0.26 0.12 0.16 0.60 0.57 0.14 0.13 0.13 0.20 0.93 0.38
O3' 0.19 0.13 0.29 0.28 0.15 0.25 0.31 0.17 0.34 0.21 0.10 0.24 0.48 0.45 0.08 0.14 0.23 0.21 0.85 0.34
O4' 0.18 0.21 0.12 0.12 0.07 0.19 0.07 0.26 0.09 0.14 0.17 0.32 0.29 0.20 0.07 0.26 0.48 0.18 0.65 0.19
O5' 0.16 0.20 0.17 0.14 0.09 0.17 0.13 0.23 0.15 0.15 0.17 0.29 0.35 0.25 0.07 0.20 0.47 0.20 0.65 0.21
O6 0.16 0.21 0.10 0.26 0.05 0.33 0.17 0.55 0.11 0.11 0.17 0.31 0.11 0.22 0.04 0.30 0.87 0.20 0.28 0.25
OP1 0.17 0.19 0.20 0.16 0.08 0.20 0.13 0.25 0.15 0.15 0.15 0.28 0.39 0.29 0.04 0.23 0.48 0.20 0.63 0.20
OP2 0.16 0.21 0.07 0.12 0.09 0.19 0.02 0.35 0.03 0.11 0.20 0.31 0.21 0.06 0.13 0.25 0.67 0.11 0.42 0.11
P 0.11 0.14 0.14 0.09 0.06 0.13 0.13 0.21 0.13 0.10 0.11 0.22 0.34 0.21 0.02 0.17 0.49 0.17 0.61 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.00 0.04 0.00 0.24 0.05 0.84 0.29
C2 0.06 0.00 0.11 0.09 0.00 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.09 0.00 0.12 0.47 0.14 0.71 0.18
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.03 0.16 0.02 0.06 0.20 0.00 0.00 0.03 0.02 0.12 0.07 0.74 0.25
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.22 0.00 0.33 0.02 0.34 0.15 0.12 0.14 0.01 0.01 0.21 0.01 0.05 0.21 0.52 0.14
C4 0.04 0.00 0.04 0.22 0.00 0.18 0.00 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.22 0.01 0.07 0.70 0.16 0.39 0.03
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.20 0.12 0.14 0.08 0.05 0.01 0.19 0.01 0.07 0.24 0.57 0.16
C5 0.01 0.01 0.13 0.33 0.00 0.21 0.00 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.37 0.01 0.02 0.78 0.10 0.31 0.07
C5' 0.07 0.24 0.03 0.02 0.38 0.01 0.40 0.00 0.36 0.25 0.31 0.18 0.05 0.01 0.40 0.05 0.02 0.37 0.23 0.02
C6 0.01 0.00 0.16 0.34 0.01 0.20 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.37 0.00 0.05 0.71 0.06 0.51 0.05
N1 0.02 0.01 0.02 0.15 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.05 0.50 0.08 0.71 0.17
N3 0.06 0.00 0.06 0.12 0.00 0.14 0.00 0.31 0.00 0.02 0.00 0.02 0.15 0.10 0.00 0.11 0.58 0.18 0.57 0.11
O2 0.09 0.00 0.20 0.14 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00 0.28 0.22 0.01 0.18 0.36 0.14 0.78 0.23
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.15 0.28 0.00 0.03 0.08 0.05 0.10 0.20 0.69 0.19
O3' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.22 0.01 0.37 0.01 0.37 0.13 0.10 0.22 0.03 0.00 0.22 0.00 0.03 0.48 0.30 0.07
O4 0.04 0.00 0.03 0.21 0.01 0.19 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.22 0.00 0.08 0.72 0.20 0.28 0.05
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.11 0.18 0.05 0.00 0.08 0.00 0.17 0.05 0.87 0.35
O5' 0.24 0.47 0.12 0.05 0.70 0.07 0.78 0.02 0.71 0.50 0.58 0.36 0.10 0.03 0.72 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.05 0.14 0.07 0.21 0.16 0.24 0.10 0.37 0.06 0.08 0.18 0.14 0.20 0.48 0.20 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.84 0.71 0.74 0.52 0.39 0.57 0.31 0.23 0.51 0.71 0.57 0.78 0.69 0.30 0.28 0.87 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.29 0.18 0.25 0.14 0.03 0.16 0.07 0.02 0.05 0.17 0.11 0.23 0.19 0.07 0.05 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00