ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.048 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.027, 0.093, 0.160, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.093 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.030, 0.101, 0.172, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.101 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.031, 0.105, 0.179, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.105 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.032, 0.110, 0.188, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.110 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.056, 0.193, 0.331, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.193 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.063, 0.214, 0.365, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.214 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.063, 0.216, 0.369, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.216 std_dev=0.153
O4 B 0, 0.076, 0.262, 0.449, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.262 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.096, 0.326, 0.557, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.326 std_dev=0.231
C4 B 0, 0.096, 0.328, 0.560, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.328 std_dev=0.232
OP1 A 0, 0.108, 0.370, 0.632, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.370 std_dev=0.262
P A 0, 0.117, 0.399, 0.680, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.399 std_dev=0.282
OP2 A 0, 0.124, 0.423, 0.723, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.423 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.139, 0.476, 0.812, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.476 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.140, 0.479, 0.818, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.479 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.145, 0.495, 0.845, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.495 std_dev=0.350
O5' A 0, 0.148, 0.505, 0.862, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.505 std_dev=0.357
P B 0, 0.156, 0.533, 0.910, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.533 std_dev=0.377
O5' B 0, 0.162, 0.552, 0.943, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.552 std_dev=0.390
OP1 B 0, 0.168, 0.574, 0.980, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.574 std_dev=0.406
N1 B 0, 0.174, 0.594, 1.015, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.594 std_dev=0.420
C2 B 0, 0.175, 0.597, 1.019, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.597 std_dev=0.422
OP2 B 0, 0.196, 0.670, 1.145, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.670 std_dev=0.474
C5' B 0, 0.196, 0.670, 1.145, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.670 std_dev=0.474
C4' B 0, 0.201, 0.688, 1.174, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.688 std_dev=0.486
O3' B 0, 0.207, 0.706, 1.206, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.706 std_dev=0.499
C1' B 0, 0.208, 0.710, 1.212, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.710 std_dev=0.502
O2 B 0, 0.213, 0.726, 1.240, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.726 std_dev=0.514
C3' B 0, 0.247, 0.843, 1.440, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.843 std_dev=0.597
C2' B 0, 0.291, 0.995, 1.699, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.995 std_dev=0.704
O2' B 0, 0.375, 1.280, 2.185, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.280 std_dev=0.905

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.04
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.04
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.11 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.05
OP1 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.03 0.03 0.09 0.03 0.10 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.05 0.07 0.01 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02
C2 0.02 0.06 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C2' 0.08 0.10 0.06 0.05 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.09 0.12 0.08 0.03 0.03 0.05 0.01 0.10 0.06 0.05
C3' 0.09 0.11 0.07 0.05 0.08 0.02 0.06 0.05 0.07 0.09 0.11 0.13 0.08 0.02 0.06 0.05 0.01 0.10 0.06 0.05
C4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05
C4' 0.12 0.15 0.11 0.10 0.11 0.06 0.08 0.01 0.10 0.12 0.14 0.17 0.12 0.02 0.09 0.08 0.02 0.08 0.04 0.03
C5 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.03 0.09 0.03 0.03 0.03 0.03 0.11 0.09 0.04 0.01 0.06 0.13 0.08 0.08
C5' 0.13 0.16 0.12 0.11 0.13 0.07 0.10 0.00 0.11 0.14 0.16 0.19 0.13 0.04 0.12 0.09 0.03 0.09 0.04 0.03
C6 0.07 0.07 0.13 0.07 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.07 0.07 0.07 0.17 0.11 0.06 0.04 0.08 0.15 0.10 0.10
C8 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.12 0.08 0.08
N1 0.07 0.09 0.12 0.07 0.07 0.07 0.05 0.11 0.05 0.07 0.09 0.09 0.14 0.11 0.08 0.04 0.06 0.11 0.05 0.06
N2 0.02 0.08 0.05 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.10 0.10 0.05 0.09 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04
N3 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01
N7 0.03 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02 0.01 0.06 0.15 0.10 0.10
N9 0.05 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.05 0.05
O2' 0.11 0.13 0.10 0.06 0.07 0.02 0.06 0.05 0.08 0.11 0.11 0.15 0.13 0.02 0.04 0.05 0.01 0.09 0.06 0.05
O3' 0.06 0.09 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.05 0.07 0.08 0.11 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.12 0.09 0.07
O4' 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.08 0.09 0.01 0.10 0.13 0.15 0.17 0.12 0.03 0.09 0.10 0.04 0.07 0.02 0.02
O5' 0.16 0.20 0.15 0.15 0.19 0.10 0.16 0.03 0.15 0.18 0.21 0.22 0.15 0.08 0.20 0.13 0.06 0.08 0.01 0.01
O6 0.11 0.10 0.18 0.11 0.07 0.11 0.08 0.14 0.10 0.11 0.08 0.10 0.22 0.14 0.06 0.07 0.12 0.19 0.14 0.14
OP1 0.16 0.19 0.14 0.14 0.17 0.10 0.14 0.03 0.14 0.17 0.20 0.21 0.13 0.07 0.18 0.13 0.06 0.06 0.01 0.00
OP2 0.14 0.17 0.11 0.13 0.17 0.09 0.14 0.03 0.13 0.15 0.19 0.19 0.09 0.07 0.18 0.13 0.06 0.07 0.01 0.01
P 0.13 0.17 0.12 0.13 0.16 0.08 0.13 0.01 0.12 0.15 0.18 0.19 0.11 0.06 0.17 0.11 0.05 0.08 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.09 0.14 0.13
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05
C5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.00 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.11 0.18 0.16
O3' 0.10 0.12 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.11 0.16 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
O5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.13 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.07 0.09 0.00 0.09 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07 0.11 0.01 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.14 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.18 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.13 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.16 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00