Doublet Group distance statistics: 53343

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O6	A	0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.008, 0.035, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N1	A	0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9	A	0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N3	A	0, -0.004, 0.031, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.035
C2	A	0, -0.001, 0.039, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.040
C1'	A	0, 0.003, 0.053, 0.102, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.053 std_dev=0.050
N2	A	0, -0.002, 0.076, 0.155, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.076 std_dev=0.078
C2'	A	0, 0.103, 0.404, 0.706, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.404 std_dev=0.302
C6	B	0, 0.129, 0.446, 0.763, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.446 std_dev=0.317
O4'	A	0, 0.113, 0.439, 0.765, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.439 std_dev=0.326
O2'	A	0, 0.103, 0.450, 0.797, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.450 std_dev=0.347
N1	B	0, 0.061, 0.412, 0.764, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.412 std_dev=0.352
C2'	B	0, 0.022, 0.407, 0.791, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.407 std_dev=0.384
C1'	B	0, 0.104, 0.512, 0.920, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.512 std_dev=0.408
C3'	B	0, 0.163, 0.634, 1.104, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.634 std_dev=0.470
C4'	A	0, 0.176, 0.654, 1.131, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.654 std_dev=0.478
C5	B	0, 0.152, 0.639, 1.126, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.639 std_dev=0.487
C3'	A	0, 0.180, 0.679, 1.177, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.679 std_dev=0.498
O4'	B	0, 0.209, 0.716, 1.223, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.716 std_dev=0.507
O5'	B	0, 0.191, 0.719, 1.247, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.719 std_dev=0.528
C2	B	0, 0.165, 0.745, 1.325, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.745 std_dev=0.580
C4'	B	0, 0.250, 0.868, 1.485, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.868 std_dev=0.618
OP2	A	0, 0.255, 0.904, 1.553, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.904 std_dev=0.649
O2'	B	0, 0.189, 0.896, 1.604, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.896 std_dev=0.707
N3	B	0, 0.095, 0.804, 1.512, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.804 std_dev=0.708
O3'	A	0, 0.252, 0.961, 1.671, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.961 std_dev=0.710
C4	B	0, -0.040, 0.675, 1.390, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.675 std_dev=0.715
P	A	0, 0.244, 1.001, 1.758, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.001 std_dev=0.757
C5'	B	0, 0.305, 1.080, 1.855, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.080 std_dev=0.775
O2	B	0, 0.294, 1.075, 1.856, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.075 std_dev=0.781
O3'	B	0, 0.272, 1.099, 1.926, 1.994 max_d=1.994 avg_d=1.099 std_dev=0.827
OP2	B	0, 0.310, 1.153, 1.997, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.153 std_dev=0.844
C5'	A	0, 0.322, 1.215, 2.107, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.215 std_dev=0.893
P	B	0, 0.234, 1.144, 2.053, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.144 std_dev=0.910
OP1	A	0, 0.184, 1.109, 2.034, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.109 std_dev=0.925
O4	B	0, -0.091, 0.873, 1.837, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.873 std_dev=0.964
O5'	A	0, 0.413, 1.411, 2.410, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.411 std_dev=0.999
OP1	B	0, 0.639, 2.325, 4.010, 3.943 max_d=3.943 avg_d=2.325 std_dev=1.686

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.02	0.03	0.01	0.06	0.09	0.07	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.25	0.03	0.11	0.47	0.19
C2	0.07	0.00	0.07	0.16	0.02	0.08	0.01	0.17	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.11	0.20	0.04	0.66	0.02	0.49	0.17	0.35
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.05	0.06	0.09	0.07	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.32	0.03	0.40	0.27	0.11
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.01	0.07	0.08	0.12	0.19	0.15	0.05	0.02	0.02	0.01	0.01	0.39	0.05	0.64	0.25	0.28
C4	0.03	0.02	0.03	0.09	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.61	0.01	0.33	0.08	0.21
C4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.07	0.04	0.08	0.09	0.07	0.03	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.06	0.22	0.46	0.16
C5	0.02	0.01	0.03	0.04	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.04	0.00	0.71	0.00	0.35	0.10	0.32
C5'	0.02	0.17	0.01	0.01	0.12	0.00	0.12	0.00	0.15	0.07	0.17	0.18	0.14	0.08	0.06	0.03	0.02	0.00	0.01	0.15	0.33	0.43	0.02
C6	0.03	0.02	0.03	0.07	0.01	0.07	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.06	0.08	0.00	0.75	0.00	0.44	0.25	0.42
C8	0.01	0.02	0.05	0.08	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.01	0.62	0.01	0.16	0.31	0.13
N1	0.06	0.01	0.06	0.12	0.02	0.08	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.09	0.15	0.03	0.74	0.01	0.51	0.26	0.43
N2	0.09	0.00	0.09	0.19	0.02	0.09	0.02	0.18	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.03	0.14	0.25	0.05	0.64	0.03	0.55	0.20	0.36
N3	0.07	0.01	0.07	0.15	0.01	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.08	0.18	0.04	0.59	0.01	0.41	0.06	0.24
N7	0.00	0.02	0.04	0.05	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.01	0.71	0.00	0.24	0.09	0.27
N9	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.51	0.01	0.19	0.28	0.06
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.04	0.03	0.04	0.03	0.06	0.00	0.09	0.14	0.08	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.06	0.06	0.21	0.39	0.18
O3'	0.02	0.20	0.01	0.01	0.10	0.02	0.04	0.02	0.08	0.08	0.15	0.25	0.18	0.06	0.02	0.02	0.00	0.02	0.28	0.05	0.83	0.31	0.37
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.01	0.18	0.70	0.41
O5'	0.25	0.66	0.32	0.39	0.61	0.00	0.71	0.01	0.75	0.62	0.74	0.64	0.59	0.71	0.51	0.06	0.28	0.08	0.00	0.78	0.01	0.01	0.01
O6	0.03	0.02	0.03	0.05	0.01	0.06	0.00	0.15	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.06	0.05	0.01	0.78	0.00	0.45	0.33	0.48
OP1	0.11	0.49	0.40	0.64	0.33	0.22	0.35	0.33	0.44	0.16	0.51	0.55	0.41	0.24	0.19	0.21	0.83	0.18	0.01	0.45	0.00	0.01	0.00
OP2	0.47	0.17	0.27	0.25	0.08	0.46	0.10	0.43	0.25	0.31	0.26	0.20	0.06	0.09	0.28	0.39	0.31	0.70	0.01	0.33	0.01	0.00	0.00
P	0.19	0.35	0.11	0.28	0.21	0.16	0.32	0.02	0.42	0.13	0.43	0.36	0.24	0.27	0.06	0.18	0.37	0.41	0.01	0.48	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.39	0.40	0.33	0.54	0.32	0.24	0.26	0.08	0.05	0.65	0.55	0.59	0.48	0.76	0.29	0.16	1.18	0.28	0.42
C2	0.31	0.20	0.34	0.20	0.25	0.24	0.18	0.26	0.24	0.17	0.31	0.33	0.46	0.26	0.40	0.26	0.35	1.62	0.31	0.67
C2'	0.07	0.56	0.27	0.18	0.61	0.14	0.35	0.16	0.23	0.18	0.77	0.76	0.42	0.31	0.77	0.14	0.31	1.26	0.16	0.54
C3'	0.04	0.54	0.26	0.15	0.61	0.12	0.36	0.18	0.24	0.18	0.74	0.73	0.42	0.30	0.78	0.14	0.41	1.41	0.22	0.63
C4	0.28	0.27	0.36	0.24	0.45	0.24	0.21	0.21	0.12	0.09	0.50	0.41	0.51	0.33	0.68	0.25	0.23	1.50	0.23	0.56
C4'	0.20	0.43	0.39	0.32	0.55	0.29	0.26	0.25	0.10	0.08	0.65	0.61	0.59	0.51	0.76	0.25	0.25	1.25	0.20	0.51
C5	0.28	0.21	0.34	0.20	0.37	0.20	0.18	0.18	0.11	0.14	0.35	0.35	0.48	0.27	0.63	0.24	0.22	1.63	0.22	0.58
C5'	0.22	0.38	0.41	0.33	0.52	0.27	0.27	0.22	0.12	0.06	0.59	0.55	0.62	0.52	0.75	0.24	0.27	1.37	0.17	0.54
C6	0.30	0.22	0.32	0.16	0.18	0.18	0.13	0.18	0.16	0.20	0.20	0.33	0.44	0.21	0.41	0.23	0.25	1.75	0.22	0.63
C8	0.26	0.25	0.36	0.25	0.49	0.23	0.25	0.17	0.07	0.08	0.48	0.36	0.53	0.36	0.76	0.24	0.15	1.46	0.26	0.49
N1	0.31	0.20	0.32	0.17	0.12	0.20	0.18	0.22	0.24	0.22	0.18	0.30	0.43	0.20	0.29	0.23	0.32	1.76	0.27	0.68
N2	0.31	0.16	0.32	0.20	0.15	0.25	0.25	0.30	0.33	0.17	0.23	0.29	0.43	0.25	0.25	0.26	0.44	1.59	0.44	0.73
N3	0.28	0.31	0.36	0.24	0.42	0.26	0.19	0.25	0.17	0.08	0.51	0.44	0.50	0.33	0.58	0.27	0.30	1.47	0.26	0.60
N7	0.28	0.21	0.35	0.22	0.40	0.20	0.21	0.16	0.07	0.12	0.35	0.34	0.50	0.30	0.68	0.23	0.17	1.58	0.25	0.53
N9	0.26	0.31	0.38	0.28	0.52	0.26	0.24	0.21	0.09	0.06	0.57	0.44	0.54	0.39	0.75	0.26	0.18	1.38	0.25	0.49
O2'	0.08	0.58	0.30	0.25	0.58	0.24	0.29	0.23	0.18	0.17	0.76	0.83	0.46	0.41	0.73	0.19	0.21	0.99	0.19	0.42
O3'	0.10	0.62	0.22	0.11	0.64	0.08	0.41	0.22	0.31	0.27	0.79	0.83	0.35	0.23	0.79	0.16	0.52	1.42	0.36	0.70
O4'	0.32	0.35	0.48	0.42	0.50	0.38	0.20	0.32	0.05	0.12	0.58	0.51	0.69	0.59	0.73	0.34	0.17	1.15	0.34	0.41
O5'	0.56	0.25	0.66	0.62	0.08	0.57	0.42	0.50	0.55	0.42	0.18	0.45	0.79	0.73	0.15	0.52	0.28	0.86	0.66	0.18
O6	0.30	0.25	0.30	0.14	0.06	0.15	0.11	0.16	0.16	0.22	0.18	0.35	0.42	0.16	0.24	0.21	0.24	1.82	0.21	0.63
OP1	0.37	0.35	0.40	0.36	0.34	0.43	0.16	0.38	0.26	0.17	0.51	0.60	0.59	0.47	0.58	0.42	0.14	1.18	0.45	0.31
OP2	0.23	0.56	0.17	0.16	0.52	0.29	0.20	0.30	0.04	0.21	0.70	0.78	0.33	0.22	0.72	0.32	0.29	1.55	0.29	0.58
P	0.22	0.42	0.23	0.19	0.39	0.27	0.15	0.24	0.14	0.10	0.56	0.66	0.40	0.29	0.59	0.27	0.14	1.31	0.36	0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.09	0.00	0.03	0.02	0.00	0.02	0.49	0.24	0.18
C2	0.03	0.00	0.18	0.32	0.01	0.16	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.36	0.01	0.02	0.28	0.67	0.74	0.08
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.01	0.12	0.02	0.11	0.30	0.00	0.02	0.02	0.01	0.14	0.21	0.29	0.12
C3'	0.01	0.32	0.00	0.00	0.11	0.01	0.14	0.01	0.20	0.08	0.27	0.49	0.01	0.01	0.12	0.01	0.20	0.10	0.19	0.05
C4	0.02	0.01	0.01	0.11	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.13	0.00	0.07	0.23	1.08	0.83	0.06
C4'	0.00	0.16	0.01	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.06	0.04	0.16	0.20	0.07	0.02	0.11	0.00	0.01	0.10	0.07	0.08
C5	0.05	0.01	0.10	0.14	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.16	0.00	0.09	0.04	1.35	0.58	0.37
C5'	0.01	0.21	0.01	0.01	0.15	0.00	0.04	0.00	0.10	0.05	0.23	0.26	0.06	0.02	0.18	0.01	0.01	0.34	0.23	0.01
C6	0.05	0.01	0.12	0.20	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.21	0.01	0.08	0.12	1.20	0.43	0.46
N1	0.01	0.01	0.02	0.08	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.07	0.01	0.02	0.07	0.78	0.45	0.18
N3	0.01	0.00	0.11	0.27	0.01	0.16	0.01	0.23	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.32	0.01	0.03	0.33	0.82	0.91	0.10
O2	0.09	0.00	0.30	0.49	0.01	0.20	0.02	0.26	0.02	0.03	0.01	0.00	0.09	0.58	0.01	0.07	0.34	0.51	0.81	0.20
O2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.03	0.07	0.05	0.06	0.04	0.01	0.04	0.09	0.00	0.04	0.04	0.04	0.05	0.14	0.16	0.10
O3'	0.03	0.36	0.02	0.01	0.13	0.02	0.16	0.02	0.21	0.07	0.32	0.58	0.04	0.00	0.15	0.03	0.22	0.42	0.14	0.07
O4	0.02	0.01	0.02	0.12	0.00	0.11	0.00	0.18	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.15	0.00	0.07	0.28	1.10	0.95	0.01
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.07	0.00	0.09	0.01	0.08	0.02	0.03	0.07	0.04	0.03	0.07	0.00	0.14	0.37	0.08	0.19
O5'	0.02	0.28	0.14	0.20	0.23	0.01	0.04	0.01	0.12	0.07	0.33	0.34	0.05	0.22	0.28	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.49	0.67	0.21	0.10	1.08	0.10	1.35	0.34	1.20	0.78	0.82	0.51	0.14	0.42	1.10	0.37	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.24	0.74	0.29	0.19	0.83	0.07	0.58	0.23	0.43	0.45	0.91	0.81	0.16	0.14	0.95	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.08	0.12	0.05	0.06	0.08	0.37	0.01	0.46	0.18	0.10	0.20	0.10	0.07	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.00