ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.003, 0.031, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.003, 0.040, 0.078, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.013, 0.051, 0.090, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.051 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.013, 0.053, 0.093, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.005, 0.047, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.042
N2 A 0, -0.001, 0.098, 0.197, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.098 std_dev=0.099
O3' B 0, 0.107, 0.367, 0.628, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.367 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.086, 0.382, 0.677, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.382 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.044, 0.348, 0.651, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.348 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.107, 0.412, 0.717, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.412 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.127, 0.434, 0.741, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.434 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.122, 0.439, 0.757, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.439 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.129, 0.446, 0.764, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.446 std_dev=0.318
C4' B 0, 0.139, 0.479, 0.820, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.479 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.151, 0.518, 0.884, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.518 std_dev=0.366
N3 B 0, 0.116, 0.484, 0.852, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.484 std_dev=0.368
C2 B 0, -0.019, 0.365, 0.749, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.365 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.152, 0.539, 0.927, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.539 std_dev=0.387
O4 B 0, 0.158, 0.592, 1.025, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.592 std_dev=0.434
O2 B 0, 0.030, 0.499, 0.967, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.499 std_dev=0.469
C2' B 0, 0.122, 0.625, 1.127, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.625 std_dev=0.502
P B 0, 0.157, 0.659, 1.162, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.659 std_dev=0.503
C5' B 0, 0.157, 0.764, 1.370, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.764 std_dev=0.606
O2' B 0, 0.050, 0.892, 1.734, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.892 std_dev=0.842
OP2 B 0, 0.080, 1.234, 2.388, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.234 std_dev=1.154
O4' A 0, -0.210, 0.960, 2.131, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.960 std_dev=1.171
C2' A 0, -0.259, 0.932, 2.123, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.932 std_dev=1.191
OP1 B 0, -0.062, 1.421, 2.903, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.421 std_dev=1.483
C4' A 0, -0.254, 1.376, 3.007, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.376 std_dev=1.630
C3' A 0, -0.297, 1.419, 3.135, 3.833 max_d=3.833 avg_d=1.419 std_dev=1.716
O2' A 0, -0.457, 1.298, 3.054, 3.780 max_d=3.780 avg_d=1.298 std_dev=1.756
O3' A 0, -0.265, 1.659, 3.583, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.659 std_dev=1.924
C5' A 0, -0.510, 2.422, 5.354, 6.548 max_d=6.548 avg_d=2.422 std_dev=2.932
O5' A 0, -0.476, 3.019, 6.515, 7.919 max_d=7.919 avg_d=3.019 std_dev=3.496
P A 0, -0.875, 3.970, 8.816, 10.793 max_d=10.793 avg_d=3.970 std_dev=4.846
OP1 A 0, -0.991, 4.085, 9.162, 11.241 max_d=11.241 avg_d=4.085 std_dev=5.077
OP2 A 0, -0.932, 4.383, 9.699, 11.864 max_d=11.864 avg_d=4.383 std_dev=5.315

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.00 0.02 0.30 0.00 0.49 0.02 0.52 0.26 0.50
C2 0.06 0.00 0.04 0.79 0.01 1.03 0.01 1.69 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.59 0.31 0.73 1.10 0.01 1.57 1.51 1.29
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.18 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.55 0.05 0.51 0.45 0.57
C3' 0.00 0.79 0.00 0.00 0.52 0.00 0.49 0.01 0.62 0.11 0.74 0.88 0.70 0.27 0.25 0.01 0.00 0.01 0.04 0.60 0.10 0.14 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.52 0.00 0.52 0.00 0.76 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.13 0.35 0.10 0.01 0.15 0.29 0.04
C4' 0.01 1.03 0.01 0.00 0.52 0.00 0.31 0.00 0.51 0.29 0.82 1.27 0.97 0.11 0.10 0.30 0.01 0.00 0.02 0.42 0.04 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.49 0.00 0.31 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.37 0.21 0.12 0.32 0.01 0.41 0.23 0.46
C5' 0.04 1.69 0.18 0.01 0.76 0.00 0.44 0.00 0.79 0.54 1.34 2.15 1.51 0.26 0.08 0.09 0.18 0.01 0.00 0.64 0.13 0.10 0.00
C6 0.02 0.01 0.04 0.62 0.01 0.51 0.01 0.79 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.46 0.32 0.26 0.12 0.00 0.13 0.20 0.04
C8 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.29 0.00 0.54 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.39 1.30 0.01 1.62 1.27 1.56
N1 0.04 0.00 0.04 0.74 0.01 0.82 0.01 1.34 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.56 0.35 0.52 0.70 0.01 1.04 1.00 0.79
N2 0.09 0.00 0.07 0.88 0.02 1.27 0.01 2.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.62 0.38 0.91 1.67 0.03 2.46 2.29 2.07
N3 0.06 0.01 0.03 0.70 0.01 0.97 0.00 1.51 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.54 0.19 0.75 0.89 0.01 1.18 1.23 1.00
N7 0.02 0.00 0.03 0.27 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.14 0.24 1.06 0.01 1.43 1.12 1.38
N9 0.00 0.02 0.02 0.25 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.04 0.01 0.57 0.01 0.66 0.41 0.66
O2' 0.02 0.59 0.00 0.01 0.42 0.30 0.37 0.09 0.46 0.05 0.56 0.62 0.54 0.19 0.20 0.00 0.04 0.23 0.22 0.43 0.26 0.14 0.25
O3' 0.30 0.31 0.02 0.00 0.13 0.01 0.21 0.18 0.32 0.05 0.35 0.38 0.19 0.14 0.04 0.04 0.00 0.21 0.53 0.36 0.51 0.48 0.56
O4' 0.00 0.73 0.01 0.01 0.35 0.00 0.12 0.01 0.26 0.39 0.52 0.91 0.75 0.24 0.01 0.23 0.21 0.00 0.33 0.17 0.39 0.10 0.31
O5' 0.49 1.10 0.55 0.04 0.10 0.02 0.32 0.00 0.12 1.30 0.70 1.67 0.89 1.06 0.57 0.22 0.53 0.33 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.60 0.01 0.42 0.01 0.64 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.43 0.36 0.17 0.17 0.00 0.17 0.10 0.28
OP1 0.52 1.57 0.51 0.10 0.15 0.04 0.41 0.13 0.13 1.62 1.04 2.46 1.18 1.43 0.66 0.26 0.51 0.39 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 1.51 0.45 0.14 0.29 0.13 0.23 0.10 0.20 1.27 1.00 2.29 1.23 1.12 0.41 0.14 0.48 0.10 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.50 1.29 0.57 0.03 0.04 0.03 0.46 0.00 0.04 1.56 0.79 2.07 1.00 1.38 0.66 0.25 0.56 0.31 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.05 0.21 0.04 0.23 0.05 0.19 0.30 0.11 0.08 0.16 0.02 0.45 0.06 0.31 0.12 0.05 0.54 0.82 0.04
C2 0.17 0.06 0.19 0.16 0.18 0.04 0.05 0.05 0.15 0.10 0.18 0.06 0.21 0.12 0.29 0.05 0.16 0.29 1.17 0.27
C2' 0.50 0.63 0.58 0.92 0.75 0.96 0.80 1.40 0.76 0.64 0.69 0.57 0.23 0.90 0.77 0.73 1.14 1.79 0.36 1.23
C3' 0.92 1.31 0.98 1.18 1.59 1.04 1.62 1.37 1.47 1.26 1.47 1.20 0.52 1.04 1.65 0.96 1.28 1.74 0.84 1.44
C4 0.26 0.01 0.28 0.14 0.13 0.01 0.05 0.16 0.14 0.13 0.11 0.03 0.38 0.10 0.22 0.07 0.11 0.04 1.12 0.18
C4' 0.11 0.77 0.04 0.08 1.36 0.11 1.32 0.16 0.91 0.62 1.10 0.60 0.43 0.12 1.56 0.06 0.10 0.74 0.06 0.44
C5 0.32 0.12 0.38 0.23 0.09 0.04 0.06 0.15 0.18 0.21 0.11 0.12 0.44 0.14 0.15 0.06 0.11 0.04 1.09 0.21
C5' 0.14 1.17 0.04 0.09 2.14 0.34 2.04 0.10 1.37 0.93 1.71 0.91 0.62 0.40 2.48 0.09 0.05 0.63 0.36 0.49
C6 0.26 0.16 0.37 0.27 0.12 0.07 0.12 0.11 0.21 0.22 0.15 0.16 0.32 0.18 0.15 0.07 0.14 0.21 1.12 0.27
C8 0.34 0.10 0.40 0.16 0.08 0.03 0.01 0.29 0.10 0.17 0.07 0.12 0.61 0.10 0.14 0.08 0.07 0.40 0.90 0.08
N1 0.18 0.06 0.26 0.22 0.11 0.05 0.09 0.06 0.18 0.14 0.14 0.06 0.21 0.15 0.20 0.03 0.15 0.33 1.16 0.29
N2 0.14 0.11 0.14 0.13 0.23 0.05 0.09 0.02 0.13 0.09 0.22 0.11 0.16 0.11 0.37 0.06 0.20 0.40 1.11 0.27
N3 0.20 0.07 0.19 0.11 0.21 0.04 0.11 0.11 0.15 0.10 0.18 0.06 0.27 0.09 0.30 0.08 0.14 0.11 1.16 0.22
N7 0.37 0.17 0.48 0.25 0.08 0.06 0.06 0.22 0.16 0.22 0.12 0.18 0.61 0.15 0.12 0.09 0.10 0.20 0.97 0.15
N9 0.28 0.01 0.28 0.09 0.15 0.03 0.09 0.27 0.09 0.11 0.10 0.03 0.47 0.07 0.22 0.08 0.08 0.34 0.97 0.06
O2' 0.30 0.24 0.46 0.92 0.28 1.01 0.37 1.56 0.40 0.32 0.24 0.21 0.18 0.99 0.26 0.62 1.25 2.20 0.49 1.44
O3' 0.92 1.18 1.13 1.40 1.32 1.18 1.34 1.56 1.26 1.15 1.27 1.12 0.70 1.31 1.34 0.94 1.49 2.05 1.28 1.83
O4' 0.53 0.10 0.61 0.59 0.61 0.68 0.52 0.44 0.16 0.10 0.40 0.01 0.94 0.70 0.82 0.61 0.58 0.05 0.93 0.36
O5' 0.17 0.91 0.27 0.18 2.05 0.42 1.99 0.11 1.24 0.69 1.52 0.58 0.99 0.48 2.46 0.30 0.34 1.06 0.91 0.95
O6 0.25 0.26 0.42 0.33 0.18 0.10 0.18 0.12 0.23 0.26 0.23 0.27 0.31 0.21 0.18 0.11 0.15 0.26 1.08 0.28
OP1 0.73 0.80 1.03 1.08 2.43 1.38 2.13 0.92 1.07 0.43 1.71 0.37 1.91 1.60 3.16 0.98 0.42 0.17 0.38 0.23
OP2 0.42 0.86 0.67 0.63 2.29 0.89 2.09 0.41 1.19 0.58 1.65 0.45 1.54 1.12 2.92 0.59 0.12 0.88 0.96 0.78
P 0.46 0.85 0.65 0.57 2.30 0.86 2.13 0.36 1.19 0.56 1.64 0.44 1.52 1.02 2.90 0.63 0.08 0.81 0.91 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.22 0.65 0.17
C2 0.04 0.00 0.10 0.28 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.24 0.02 0.02 0.23 0.61 0.72 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.15 0.00 0.05 0.05 0.01 0.26 0.14 0.27 0.03
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.24 0.00 0.12 0.01 0.07 0.14 0.30 0.32 0.01 0.01 0.27 0.01 0.27 0.11 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.24 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.25 0.00 0.02 0.25 0.80 0.80 0.31
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.14 0.00 0.09 0.00 0.04 0.06 0.16 0.11 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.34 0.11
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.03 0.29 0.65 0.85 0.26
C5' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.22 0.00 0.12 0.00 0.03 0.08 0.24 0.19 0.08 0.09 0.25 0.03 0.00 0.04 0.11 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.32 0.45 0.83 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.00 0.26 0.44 0.73 0.21
N3 0.03 0.00 0.08 0.30 0.01 0.16 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.29 0.02 0.01 0.23 0.77 0.76 0.30
O2 0.07 0.00 0.15 0.32 0.03 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.28 0.04 0.05 0.21 0.57 0.66 0.24
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.09 0.05 0.08 0.03 0.05 0.12 0.18 0.00 0.12 0.08 0.09 0.04 0.15 0.42 0.15
O3' 0.05 0.24 0.05 0.01 0.25 0.01 0.13 0.09 0.06 0.09 0.29 0.28 0.12 0.00 0.30 0.03 0.12 0.13 0.10 0.07
O4 0.01 0.02 0.05 0.27 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.30 0.00 0.02 0.23 0.90 0.78 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.02 0.00 0.05 0.15 0.72 0.23
O5' 0.18 0.23 0.26 0.27 0.25 0.01 0.29 0.00 0.32 0.26 0.23 0.21 0.04 0.12 0.23 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.22 0.61 0.14 0.11 0.80 0.04 0.65 0.04 0.45 0.44 0.77 0.57 0.15 0.13 0.90 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.65 0.72 0.27 0.09 0.80 0.34 0.85 0.11 0.83 0.73 0.76 0.66 0.42 0.10 0.78 0.72 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.26 0.03 0.08 0.31 0.11 0.26 0.01 0.20 0.21 0.30 0.24 0.15 0.07 0.33 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00