ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C3' A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O4' B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O2 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
N3 B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
O2' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C4 B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.000, 0.441, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O4 B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O3' B 0, 0.000, 0.522, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.522 std_dev=0.522
P B 0, 0.000, 0.607, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C5' A 0, 0.000, 0.625, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.625 std_dev=0.625
O5' B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
P A 0, 0.000, 0.749, 1.498, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.749 std_dev=0.749
O5' A 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
OP1 A 0, 0.000, 0.793, 1.587, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.793 std_dev=0.793
OP2 A 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
OP2 B 0, 0.000, 1.102, 2.204, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.102 std_dev=1.102
OP1 B 0, 0.000, 1.367, 2.735, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.367 std_dev=1.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.33 0.02 0.29 0.17 0.21
C2 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.44 0.00 0.44 0.41 0.39
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.01 0.32 0.18 0.20
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.34 0.12 0.18
C4 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.46 0.00 0.44 0.38 0.38
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.06 0.02 0.02 0.10 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.15 0.03
C5 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.50 0.00 0.49 0.47 0.45
C5' 0.06 0.20 0.02 0.00 0.21 0.00 0.27 0.00 0.29 0.24 0.25 0.18 0.17 0.29 0.18 0.05 0.04 0.00 0.01 0.33 0.29 0.29 0.00
C6 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.49 0.00 0.51 0.50 0.47
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.53 0.02 0.48 0.39 0.44
N1 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.47 0.00 0.49 0.47 0.44
N2 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.41 0.00 0.42 0.40 0.37
N3 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.42 0.00 0.42 0.37 0.36
N7 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.52 0.02 0.51 0.49 0.48
N9 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.45 0.01 0.41 0.32 0.35
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.04 0.18 0.07 0.07
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.25 0.03 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.25 0.01 0.21 0.04 0.11
O5' 0.33 0.44 0.26 0.18 0.46 0.01 0.50 0.01 0.49 0.53 0.47 0.41 0.42 0.52 0.45 0.13 0.01 0.25 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.33 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.48 0.00 0.52 0.53 0.48
OP1 0.29 0.44 0.32 0.34 0.44 0.14 0.49 0.29 0.51 0.48 0.49 0.42 0.42 0.51 0.41 0.18 0.25 0.21 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.41 0.18 0.12 0.38 0.15 0.47 0.29 0.50 0.39 0.47 0.40 0.37 0.49 0.32 0.07 0.03 0.04 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.39 0.20 0.18 0.38 0.03 0.45 0.00 0.47 0.44 0.44 0.37 0.36 0.48 0.35 0.07 0.06 0.11 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.26 0.01 0.24 0.00 0.18 0.11 0.20 0.01 0.05 0.01 0.29 0.00 0.09 0.80 0.19 0.06
C2 0.18 0.15 0.17 0.14 0.07 0.16 0.13 0.13 0.04 0.11 0.06 0.23 0.22 0.15 0.12 0.17 0.24 0.81 0.23 0.04
C2' 0.08 0.14 0.06 0.06 0.26 0.04 0.26 0.04 0.21 0.15 0.20 0.05 0.00 0.04 0.29 0.05 0.06 0.78 0.07 0.08
C3' 0.07 0.12 0.04 0.05 0.27 0.04 0.28 0.04 0.22 0.14 0.19 0.02 0.02 0.03 0.31 0.05 0.06 0.83 0.09 0.09
C4 0.08 0.05 0.07 0.04 0.20 0.07 0.21 0.05 0.13 0.01 0.06 0.16 0.13 0.05 0.24 0.07 0.16 0.87 0.28 0.02
C4' 0.00 0.09 0.03 0.02 0.28 0.04 0.26 0.02 0.18 0.09 0.20 0.02 0.11 0.05 0.34 0.01 0.09 0.82 0.19 0.07
C5 0.11 0.10 0.09 0.06 0.15 0.09 0.17 0.08 0.08 0.05 0.01 0.19 0.14 0.06 0.21 0.10 0.19 0.90 0.38 0.01
C5' 0.07 0.15 0.02 0.05 0.41 0.05 0.40 0.08 0.29 0.18 0.29 0.02 0.08 0.01 0.48 0.07 0.01 1.01 0.10 0.20
C6 0.16 0.18 0.14 0.11 0.03 0.14 0.09 0.13 0.00 0.12 0.12 0.24 0.18 0.11 0.10 0.16 0.25 0.87 0.44 0.06
C8 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.03 0.23 0.02 0.15 0.05 0.12 0.09 0.07 0.01 0.30 0.03 0.11 0.92 0.33 0.05
N1 0.20 0.20 0.17 0.15 0.00 0.18 0.06 0.16 0.03 0.15 0.14 0.25 0.22 0.15 0.07 0.19 0.28 0.84 0.36 0.08
N2 0.21 0.15 0.21 0.19 0.03 0.21 0.08 0.17 0.00 0.13 0.08 0.22 0.26 0.21 0.07 0.22 0.28 0.70 0.12 0.08
N3 0.10 0.06 0.10 0.07 0.17 0.09 0.21 0.06 0.13 0.00 0.04 0.18 0.17 0.09 0.20 0.09 0.17 0.82 0.18 0.02
N7 0.08 0.06 0.05 0.03 0.17 0.07 0.18 0.06 0.09 0.02 0.03 0.16 0.10 0.03 0.25 0.08 0.16 0.92 0.41 0.02
N9 0.02 0.04 0.02 0.00 0.24 0.03 0.24 0.02 0.16 0.07 0.14 0.08 0.08 0.01 0.28 0.03 0.11 0.87 0.26 0.05
O2' 0.08 0.15 0.06 0.05 0.25 0.02 0.24 0.02 0.19 0.15 0.21 0.10 0.00 0.02 0.27 0.04 0.07 0.66 0.04 0.05
O3' 0.10 0.15 0.08 0.08 0.28 0.06 0.28 0.06 0.23 0.16 0.21 0.07 0.02 0.05 0.31 0.08 0.04 0.79 0.03 0.09
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.23 0.02 0.21 0.02 0.14 0.08 0.17 0.01 0.06 0.01 0.27 0.02 0.10 0.80 0.25 0.05
O5' 0.37 0.36 0.34 0.35 0.27 0.38 0.27 0.40 0.31 0.35 0.32 0.40 0.33 0.33 0.23 0.39 0.53 0.42 0.75 0.40
O6 0.18 0.20 0.15 0.13 0.05 0.16 0.01 0.16 0.05 0.15 0.16 0.24 0.18 0.12 0.02 0.18 0.28 0.84 0.54 0.10
OP1 0.29 0.26 0.22 0.24 0.20 0.30 0.21 0.34 0.25 0.27 0.22 0.27 0.21 0.20 0.17 0.33 0.46 0.46 0.74 0.36
OP2 0.30 0.28 0.24 0.26 0.23 0.33 0.24 0.37 0.27 0.29 0.25 0.29 0.23 0.22 0.20 0.35 0.50 0.48 0.84 0.39
P 0.26 0.25 0.21 0.22 0.19 0.28 0.20 0.31 0.23 0.25 0.22 0.26 0.20 0.19 0.17 0.30 0.44 0.50 0.74 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.48 0.15 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.12 0.69 0.42 0.00
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.34 0.13 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.18 0.80 0.66 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.12 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.22 0.80 0.64 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.25 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.21 0.73 0.46 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.65 0.35 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.15 0.76 0.56 0.02
O2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.09 0.64 0.35 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.24 0.03 0.02
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.04 0.06
O4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.18 0.81 0.73 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.38 0.00 0.01
O5' 0.10 0.12 0.02 0.03 0.18 0.02 0.22 0.00 0.21 0.14 0.15 0.09 0.02 0.09 0.18 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.48 0.69 0.34 0.17 0.80 0.11 0.80 0.12 0.73 0.65 0.76 0.64 0.24 0.02 0.81 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.42 0.13 0.05 0.66 0.12 0.64 0.25 0.46 0.35 0.56 0.35 0.03 0.04 0.73 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00