ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
O3' A 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4 B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C5' A 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P A 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
OP1 A 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O4' B 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
P B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
O2 B 0, 0.000, 0.476, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.476 std_dev=0.476
OP1 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C1' B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
O3' B 0, 0.000, 0.586, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C4' B 0, 0.000, 0.632, 1.264, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.632 std_dev=0.632
OP2 B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C3' B 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
O5' B 0, 0.000, 0.777, 1.554, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.777 std_dev=0.777
C2' B 0, 0.000, 0.919, 1.838, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.919 std_dev=0.919
C5' B 0, 0.000, 1.157, 2.313, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.157 std_dev=1.157
O2' B 0, 0.000, 1.216, 2.432, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.216 std_dev=1.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.00 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.01 0.07 0.07 0.09
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.07 0.09
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05
N7 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.02 0.04 0.10 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.10 0.13
OP1 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.04 0.05 0.10 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.04 0.05 0.11 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.18 0.13 0.07 0.09 0.04 0.11 0.03 0.06 0.07 0.09 0.18 0.03 0.08 0.10 0.31 0.08 0.42 0.00
C2 0.16 0.12 0.15 0.12 0.04 0.07 0.08 0.16 0.14 0.14 0.07 0.12 0.20 0.14 0.03 0.05 0.40 0.14 0.29 0.08
C2' 0.03 0.05 0.16 0.12 0.06 0.11 0.04 0.17 0.02 0.04 0.06 0.06 0.13 0.01 0.09 0.09 0.28 0.10 0.43 0.01
C3' 0.04 0.06 0.18 0.14 0.06 0.15 0.04 0.28 0.02 0.04 0.07 0.08 0.13 0.02 0.08 0.10 0.22 0.14 0.44 0.02
C4 0.09 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.07 0.09 0.08 0.01 0.37 0.15 0.33 0.07
C4' 0.09 0.09 0.25 0.19 0.07 0.16 0.06 0.32 0.06 0.08 0.08 0.11 0.23 0.03 0.08 0.12 0.21 0.13 0.45 0.03
C5 0.15 0.03 0.13 0.10 0.03 0.05 0.07 0.11 0.14 0.11 0.04 0.00 0.18 0.14 0.08 0.05 0.36 0.18 0.30 0.09
C5' 0.07 0.08 0.24 0.19 0.04 0.18 0.02 0.41 0.03 0.06 0.06 0.10 0.20 0.01 0.05 0.10 0.16 0.19 0.42 0.02
C6 0.23 0.12 0.25 0.19 0.02 0.11 0.10 0.19 0.19 0.18 0.03 0.10 0.33 0.20 0.05 0.10 0.38 0.20 0.25 0.11
C8 0.00 0.10 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.12 0.13 0.05 0.04 0.11 0.05 0.31 0.17 0.37 0.04
N1 0.22 0.15 0.24 0.19 0.05 0.11 0.11 0.21 0.19 0.19 0.08 0.15 0.32 0.19 0.03 0.10 0.40 0.18 0.25 0.11
N2 0.17 0.15 0.16 0.13 0.06 0.08 0.09 0.17 0.14 0.15 0.10 0.16 0.22 0.15 0.00 0.06 0.41 0.12 0.29 0.08
N3 0.10 0.07 0.06 0.05 0.02 0.04 0.06 0.10 0.11 0.09 0.03 0.06 0.09 0.10 0.04 0.02 0.39 0.12 0.33 0.06
N7 0.10 0.06 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.03 0.11 0.05 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.02 0.32 0.20 0.32 0.07
N9 0.00 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.08 0.06 0.03 0.10 0.05 0.34 0.13 0.38 0.04
O2' 0.06 0.06 0.20 0.14 0.06 0.10 0.05 0.15 0.04 0.06 0.05 0.06 0.19 0.02 0.08 0.10 0.29 0.06 0.43 0.02
O3' 0.04 0.06 0.19 0.15 0.07 0.17 0.04 0.33 0.03 0.05 0.07 0.08 0.13 0.02 0.09 0.10 0.19 0.15 0.45 0.03
O4' 0.13 0.12 0.28 0.21 0.08 0.15 0.07 0.23 0.08 0.12 0.10 0.14 0.28 0.08 0.07 0.15 0.26 0.08 0.44 0.02
O5' 0.03 0.05 0.17 0.13 0.01 0.16 0.02 0.39 0.02 0.02 0.03 0.08 0.11 0.05 0.02 0.07 0.17 0.25 0.38 0.02
O6 0.28 0.14 0.34 0.25 0.03 0.14 0.11 0.22 0.21 0.22 0.03 0.13 0.45 0.25 0.04 0.14 0.37 0.23 0.21 0.13
OP1 0.01 0.04 0.08 0.08 0.00 0.19 0.04 0.46 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.04 0.04 0.33 0.31 0.02
OP2 0.13 0.12 0.31 0.27 0.06 0.27 0.05 0.65 0.07 0.11 0.09 0.15 0.26 0.04 0.06 0.13 0.09 0.23 0.41 0.09
P 0.04 0.06 0.18 0.16 0.02 0.22 0.01 0.53 0.01 0.03 0.05 0.10 0.11 0.06 0.03 0.08 0.02 0.27 0.38 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.11 0.44 0.19
C2 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.21 0.09 0.34 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.10 0.15 0.02 0.04 0.16 0.01 0.02 0.04 0.02 0.22 0.37 0.57 0.42
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.36 0.29
C4 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.31 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.01 0.02 0.38 0.03 0.29 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.20 0.13 0.02
C5 0.04 0.02 0.13 0.03 0.01 0.09 0.00 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.05 0.01 0.00 0.40 0.02 0.34 0.01
C5' 0.13 0.26 0.10 0.02 0.31 0.01 0.28 0.00 0.25 0.25 0.30 0.22 0.08 0.01 0.32 0.02 0.01 0.17 0.02 0.04
C6 0.03 0.01 0.15 0.05 0.02 0.08 0.00 0.25 0.00 0.01 0.03 0.00 0.22 0.04 0.02 0.02 0.31 0.05 0.42 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.21 0.08 0.39 0.09
N3 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.30 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.31 0.05 0.29 0.01
O2 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02 0.00 0.02 0.22 0.00 0.00 0.02 0.00 0.20 0.10 0.01 0.08 0.12 0.11 0.33 0.11
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.13 0.00 0.22 0.08 0.22 0.08 0.02 0.20 0.00 0.03 0.12 0.01 0.31 0.57 0.68 0.55
O3' 0.04 0.08 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.03 0.00 0.05 0.07 0.22 0.08 0.32 0.21
O4 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.02 0.42 0.02 0.25 0.05
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.13 0.31 0.02
O5' 0.03 0.21 0.22 0.28 0.38 0.02 0.40 0.01 0.31 0.21 0.31 0.12 0.31 0.22 0.42 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.11 0.09 0.37 0.17 0.03 0.20 0.02 0.17 0.05 0.08 0.05 0.11 0.57 0.08 0.02 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.34 0.57 0.36 0.29 0.13 0.34 0.02 0.42 0.39 0.29 0.33 0.68 0.32 0.25 0.31 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.08 0.42 0.29 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.55 0.21 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00