ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4 B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O2' A 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O5' A 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O3' B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C3' B 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
P A 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.000, 0.379, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP2 B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.000, 0.436, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.436 std_dev=0.436
OP1 A 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
P B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
OP1 B 0, 0.000, 0.619, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.619 std_dev=0.619

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.00 0.16 0.12 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.07 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.06 0.06
C5' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.09 0.07 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07 0.00 0.13 0.10 0.11
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.11 0.00 0.20 0.15 0.16
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.00 0.14 0.10 0.12
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O5' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.11 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.05 0.06
OP1 0.02 0.16 0.01 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.09 0.02 0.13 0.20 0.14 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.10 0.15 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.11 0.16 0.12 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.03 0.01 0.07 0.03 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.05 0.06
C2 0.17 0.13 0.17 0.15 0.11 0.15 0.18 0.14 0.23 0.18 0.10 0.12 0.16 0.15 0.03 0.17 0.12 0.13 0.09 0.12
C2' 0.06 0.10 0.03 0.01 0.09 0.04 0.11 0.06 0.11 0.10 0.10 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.06
C3' 0.07 0.12 0.05 0.00 0.11 0.03 0.12 0.05 0.12 0.11 0.12 0.13 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.02 0.05
C4 0.14 0.13 0.12 0.09 0.11 0.06 0.16 0.03 0.19 0.16 0.11 0.11 0.12 0.10 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02
C4' 0.06 0.10 0.03 0.00 0.08 0.03 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.11 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.03 0.06
C5 0.12 0.13 0.11 0.07 0.12 0.04 0.18 0.01 0.20 0.16 0.11 0.10 0.10 0.08 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.09 0.13 0.06 0.02 0.11 0.00 0.10 0.03 0.10 0.11 0.12 0.14 0.09 0.04 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03
C6 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.07 0.20 0.04 0.23 0.16 0.10 0.08 0.11 0.09 0.04 0.09 0.03 0.05 0.03 0.04
C8 0.05 0.10 0.04 0.00 0.09 0.04 0.12 0.06 0.12 0.10 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.05
N1 0.16 0.12 0.16 0.13 0.11 0.12 0.20 0.10 0.24 0.18 0.10 0.10 0.15 0.13 0.04 0.14 0.09 0.11 0.08 0.10
N2 0.19 0.14 0.19 0.19 0.11 0.18 0.18 0.20 0.23 0.19 0.11 0.12 0.18 0.18 0.03 0.19 0.19 0.21 0.14 0.18
N3 0.16 0.13 0.15 0.13 0.10 0.12 0.16 0.10 0.20 0.17 0.11 0.12 0.14 0.13 0.03 0.15 0.08 0.07 0.05 0.07
N7 0.07 0.11 0.06 0.02 0.11 0.01 0.15 0.04 0.15 0.12 0.11 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03
N9 0.08 0.11 0.06 0.03 0.09 0.01 0.12 0.03 0.14 0.12 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04
O2' 0.05 0.09 0.03 0.01 0.08 0.03 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.06 0.07
O3' 0.08 0.13 0.05 0.01 0.12 0.03 0.12 0.05 0.12 0.11 0.13 0.14 0.08 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.02 0.05
O4' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.08 0.04 0.06
O5' 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.06
O6 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.04 0.20 0.02 0.19 0.12 0.08 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02
OP2 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02
P 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.10 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.07 0.06 0.05
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02
O4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02
O5' 0.06 0.07 0.05 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.02 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00