ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O4' A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C5' A 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C4' A 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.000, 0.591, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O4' B 0, 0.000, 0.596, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.596 std_dev=0.596
O2 B 0, 0.000, 0.610, 1.220, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.610 std_dev=0.610
C5' B 0, 0.000, 0.638, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C2 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
O2' A 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
C4' B 0, 0.000, 0.649, 1.298, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.649 std_dev=0.649
N1 B 0, 0.000, 0.659, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.659 std_dev=0.659
C3' A 0, 0.000, 0.667, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.667 std_dev=0.667
O2' B 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
N3 B 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
O3' B 0, 0.000, 0.694, 1.388, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C2' B 0, 0.000, 0.713, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C6 B 0, 0.000, 0.717, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.717 std_dev=0.717
O5' B 0, 0.000, 0.717, 1.434, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.717 std_dev=0.717
C4 B 0, 0.000, 0.730, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.730 std_dev=0.730
C3' B 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
C5 B 0, 0.000, 0.746, 1.491, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.746 std_dev=0.746
O4 B 0, 0.000, 0.762, 1.524, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.762 std_dev=0.762
P B 0, 0.000, 0.768, 1.536, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.768 std_dev=0.768
OP2 B 0, 0.000, 1.040, 2.080, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.040 std_dev=1.040
OP1 B 0, 0.000, 1.071, 2.141, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.071 std_dev=1.071
O5' A 0, 0.000, 1.253, 2.506, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.253 std_dev=1.253
O3' A 0, 0.000, 1.356, 2.712, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.356 std_dev=1.356
P A 0, 0.000, 2.147, 4.295, 4.295 max_d=4.295 avg_d=2.147 std_dev=2.147
OP1 A 0, 0.000, 2.441, 4.882, 4.882 max_d=4.882 avg_d=2.441 std_dev=2.441
OP2 A 0, 0.000, 2.602, 5.204, 5.204 max_d=5.204 avg_d=2.602 std_dev=2.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.00 0.48 0.01 0.38 0.55 0.43
C2 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.03 0.03 0.65 0.00 0.65 1.13 0.81
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.14 0.04 0.04 0.07 0.10 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.49 0.03 0.36 0.68 0.46
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.20 0.01 0.27 0.01 0.28 0.25 0.23 0.12 0.14 0.30 0.18 0.01 0.00 0.02 0.11 0.31 0.12 0.15 0.08
C4 0.00 0.00 0.05 0.20 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.03 0.01 0.70 0.00 0.74 1.10 0.86
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.02 0.04 0.09 0.05 0.26 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.10 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.02 0.80 0.00 0.98 1.32 1.08
C5' 0.07 0.05 0.14 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.13 0.18 0.00 0.00 0.02 0.30 0.23 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.28 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.16 0.01 0.80 0.00 1.01 1.41 1.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.25 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.17 0.05 0.81 0.00 1.00 1.15 1.06
N1 0.01 0.00 0.07 0.23 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.31 0.08 0.02 0.73 0.00 0.84 1.31 0.99
N2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.12 0.05 0.60 0.01 0.54 1.08 0.73
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.09 0.04 0.61 0.00 0.56 1.00 0.72
N7 0.02 0.01 0.01 0.30 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.05 0.85 0.01 1.13 1.37 1.20
N9 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.02 0.01 0.70 0.01 0.72 0.94 0.80
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.23 0.26 0.25 0.13 0.30 0.15 0.31 0.29 0.25 0.21 0.15 0.00 0.05 0.16 0.11 0.31 0.16 0.39 0.03
O3' 0.18 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.15 0.18 0.16 0.17 0.08 0.12 0.09 0.23 0.02 0.05 0.00 0.15 0.36 0.23 0.43 0.29 0.39
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.16 0.15 0.00 0.28 0.02 0.26 0.16 0.20
O5' 0.48 0.65 0.49 0.11 0.70 0.00 0.80 0.00 0.80 0.81 0.73 0.60 0.61 0.85 0.70 0.11 0.36 0.28 0.00 0.83 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.31 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.23 0.02 0.83 0.00 1.14 1.52 1.22
OP1 0.38 0.65 0.36 0.12 0.74 0.05 0.98 0.30 1.01 1.00 0.84 0.54 0.56 1.13 0.72 0.16 0.43 0.26 0.01 1.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.55 1.13 0.68 0.15 1.10 0.10 1.32 0.23 1.41 1.15 1.31 1.08 1.00 1.37 0.94 0.39 0.29 0.16 0.01 1.52 0.01 0.00 0.00
P 0.43 0.81 0.46 0.08 0.86 0.07 1.08 0.00 1.12 1.06 0.99 0.73 0.72 1.20 0.80 0.03 0.39 0.20 0.00 1.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.26 0.07 0.02 0.24 0.06 0.18 0.14 0.14 0.17 0.28 0.28 0.11 0.11 0.25 0.03 0.11 0.03 0.12 0.04
C2 0.24 0.10 0.26 0.27 0.09 0.31 0.23 0.36 0.29 0.24 0.02 0.04 0.19 0.13 0.00 0.31 0.38 0.28 0.47 0.30
C2' 0.16 0.30 0.13 0.07 0.35 0.02 0.30 0.06 0.25 0.24 0.35 0.29 0.14 0.12 0.37 0.12 0.03 0.13 0.01 0.09
C3' 0.05 0.26 0.03 0.11 0.25 0.18 0.15 0.36 0.08 0.13 0.30 0.31 0.02 0.01 0.29 0.04 0.33 0.23 0.32 0.26
C4 0.14 0.03 0.14 0.15 0.05 0.22 0.05 0.26 0.12 0.10 0.10 0.08 0.08 0.02 0.10 0.21 0.26 0.19 0.31 0.18
C4' 0.06 0.20 0.02 0.03 0.21 0.07 0.16 0.18 0.11 0.13 0.23 0.22 0.02 0.02 0.23 0.04 0.15 0.08 0.15 0.10
C5 0.18 0.09 0.17 0.15 0.07 0.22 0.14 0.25 0.19 0.18 0.03 0.05 0.11 0.01 0.02 0.23 0.25 0.22 0.33 0.19
C5' 0.08 0.14 0.09 0.10 0.14 0.05 0.12 0.03 0.10 0.10 0.15 0.15 0.08 0.16 0.15 0.09 0.02 0.04 0.04 0.01
C6 0.26 0.22 0.25 0.22 0.21 0.28 0.26 0.30 0.30 0.29 0.18 0.17 0.19 0.07 0.15 0.29 0.31 0.28 0.42 0.26
C8 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.15 0.03 0.01 0.10 0.12 0.03 0.12 0.09 0.08 0.12 0.11 0.18 0.09
N1 0.28 0.22 0.29 0.27 0.23 0.31 0.31 0.35 0.34 0.31 0.18 0.15 0.22 0.12 0.16 0.32 0.37 0.30 0.48 0.30
N2 0.25 0.10 0.30 0.32 0.10 0.35 0.27 0.40 0.32 0.24 0.02 0.03 0.22 0.18 0.01 0.33 0.45 0.32 0.54 0.35
N3 0.16 0.04 0.18 0.21 0.08 0.27 0.07 0.32 0.15 0.12 0.13 0.08 0.11 0.08 0.14 0.25 0.33 0.21 0.38 0.23
N7 0.12 0.05 0.09 0.07 0.03 0.15 0.08 0.19 0.12 0.12 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.16 0.17 0.17 0.25 0.14
N9 0.02 0.14 0.03 0.05 0.14 0.14 0.06 0.19 0.00 0.03 0.18 0.19 0.02 0.06 0.16 0.10 0.17 0.11 0.21 0.10
O2' 0.28 0.24 0.29 0.31 0.22 0.31 0.25 0.26 0.28 0.27 0.22 0.24 0.28 0.36 0.19 0.30 0.21 0.50 0.20 0.36
O3' 0.33 0.07 0.44 0.52 0.09 0.58 0.24 0.82 0.32 0.24 0.02 0.02 0.37 0.37 0.04 0.42 0.83 0.67 0.82 0.76
O4' 0.05 0.18 0.02 0.01 0.16 0.09 0.11 0.18 0.07 0.10 0.19 0.22 0.04 0.07 0.17 0.00 0.14 0.11 0.17 0.10
O5' 0.18 0.35 0.06 0.11 0.32 0.09 0.23 0.14 0.19 0.25 0.37 0.38 0.13 0.16 0.34 0.07 0.07 0.35 0.05 0.19
O6 0.28 0.29 0.27 0.22 0.28 0.28 0.31 0.30 0.33 0.32 0.27 0.25 0.22 0.07 0.25 0.29 0.31 0.30 0.44 0.27
OP1 0.05 0.34 0.13 0.38 0.21 0.41 0.01 0.61 0.04 0.12 0.35 0.48 0.04 0.29 0.25 0.16 0.55 0.97 0.61 0.75
OP2 0.08 0.53 0.19 0.53 0.61 0.43 0.41 0.48 0.27 0.32 0.66 0.57 0.12 0.68 0.71 0.07 0.34 0.73 0.32 0.48
P 0.07 0.41 0.14 0.42 0.36 0.41 0.18 0.53 0.10 0.21 0.46 0.50 0.01 0.44 0.42 0.12 0.43 0.79 0.43 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.08 0.01
C2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.10 0.03 0.07 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.20 0.10 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.29 0.15 0.15
C4 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.09 0.05
C5 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.13 0.07
C5' 0.05 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.10 0.02 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07
O2 0.05 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.15 0.01 0.06 0.13 0.04 0.05 0.08
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.25 0.08 0.05
O3' 0.05 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.15 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.38 0.18 0.19
O4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00
O5' 0.08 0.10 0.10 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.10 0.07 0.13 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.03 0.20 0.29 0.00 0.09 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.25 0.38 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.07 0.10 0.15 0.12 0.09 0.13 0.00 0.10 0.07 0.10 0.05 0.08 0.18 0.13 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.04 0.15 0.07 0.05 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.19 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00