ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53350

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
P A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O3' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP2 A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP1 A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O2 B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O5' A 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C2' B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C4 B 0, 0.000, 0.559, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C6 B 0, 0.000, 0.590, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C3' B 0, 0.000, 0.612, 1.225, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.612 std_dev=0.612
O3' B 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
O4 B 0, 0.000, 0.648, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.648 std_dev=0.648
O2' B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C5 B 0, 0.000, 0.672, 1.344, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.672 std_dev=0.672
C4' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
OP2 B 0, 0.000, 0.767, 1.534, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.767 std_dev=0.767
P B 0, 0.000, 0.812, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.812 std_dev=0.812
OP1 B 0, 0.000, 0.815, 1.630, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.815 std_dev=0.815
O5' B 0, 0.000, 0.846, 1.693, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.846 std_dev=0.846
C5' B 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.09 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.08 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.13 0.06
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.00 0.10 0.08 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02
O5' 0.00 0.06 0.03 0.07 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.02 0.02
OP1 0.07 0.06 0.10 0.10 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.10 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.09 0.02 0.18 0.01 0.21 0.06 0.25 0.08 0.01 0.08 0.17 0.13 0.28 0.02 0.25 0.14 0.26 0.07 0.16
C2 0.21 0.03 0.28 0.37 0.03 0.46 0.26 0.65 0.32 0.17 0.08 0.12 0.16 0.41 0.04 0.37 0.47 0.48 0.31 0.42
C2' 0.01 0.09 0.05 0.10 0.01 0.14 0.08 0.17 0.07 0.01 0.06 0.18 0.23 0.19 0.01 0.21 0.09 0.21 0.04 0.12
C3' 0.08 0.12 0.12 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.18 0.28 0.11 0.04 0.10 0.03 0.12 0.05 0.01
C4 0.17 0.02 0.16 0.28 0.07 0.36 0.21 0.48 0.25 0.15 0.04 0.14 0.01 0.35 0.03 0.37 0.34 0.39 0.21 0.31
C4' 0.13 0.15 0.16 0.02 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.12 0.13 0.18 0.29 0.10 0.10 0.03 0.08 0.10 0.09 0.02
C5 0.20 0.06 0.16 0.26 0.18 0.34 0.31 0.49 0.31 0.21 0.05 0.09 0.01 0.32 0.14 0.37 0.39 0.41 0.26 0.35
C5' 0.18 0.16 0.28 0.16 0.12 0.16 0.13 0.18 0.14 0.16 0.13 0.17 0.42 0.05 0.11 0.03 0.14 0.03 0.15 0.08
C6 0.23 0.09 0.21 0.30 0.26 0.39 0.40 0.57 0.38 0.25 0.08 0.06 0.09 0.35 0.20 0.38 0.47 0.47 0.33 0.42
C8 0.11 0.02 0.03 0.16 0.12 0.23 0.19 0.32 0.19 0.12 0.04 0.11 0.14 0.24 0.11 0.31 0.25 0.32 0.16 0.24
N1 0.23 0.04 0.27 0.35 0.16 0.44 0.39 0.64 0.39 0.23 0.00 0.08 0.15 0.39 0.08 0.38 0.50 0.50 0.36 0.45
N2 0.20 0.05 0.32 0.41 0.03 0.49 0.20 0.72 0.28 0.14 0.12 0.11 0.21 0.43 0.11 0.33 0.50 0.51 0.34 0.45
N3 0.17 0.06 0.22 0.34 0.00 0.43 0.17 0.56 0.24 0.12 0.10 0.14 0.09 0.40 0.05 0.38 0.37 0.42 0.23 0.34
N7 0.16 0.08 0.08 0.19 0.20 0.27 0.27 0.39 0.27 0.18 0.10 0.07 0.08 0.26 0.18 0.34 0.33 0.37 0.22 0.30
N9 0.11 0.04 0.07 0.21 0.05 0.27 0.15 0.35 0.17 0.09 0.04 0.15 0.09 0.30 0.03 0.32 0.24 0.32 0.14 0.23
O2' 0.04 0.07 0.02 0.17 0.05 0.22 0.14 0.28 0.14 0.04 0.04 0.18 0.17 0.24 0.05 0.26 0.16 0.28 0.10 0.18
O3' 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.08 0.11 0.18 0.23 0.14 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.00
O4' 0.05 0.13 0.06 0.09 0.09 0.08 0.05 0.08 0.04 0.08 0.12 0.17 0.18 0.23 0.09 0.13 0.02 0.18 0.02 0.06
O5' 0.21 0.22 0.35 0.20 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.20 0.18 0.26 0.54 0.10 0.14 0.02 0.13 0.01 0.17 0.09
O6 0.24 0.13 0.21 0.28 0.34 0.38 0.45 0.57 0.40 0.27 0.16 0.02 0.09 0.33 0.33 0.36 0.49 0.48 0.37 0.44
OP1 0.20 0.12 0.37 0.29 0.09 0.27 0.12 0.29 0.15 0.16 0.09 0.12 0.52 0.24 0.06 0.09 0.21 0.08 0.20 0.16
OP2 0.02 0.04 0.18 0.09 0.10 0.05 0.09 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.36 0.02 0.13 0.12 0.04 0.14 0.02 0.06
P 0.10 0.06 0.27 0.16 0.02 0.12 0.03 0.12 0.05 0.07 0.03 0.08 0.45 0.09 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.10 0.19 0.04 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.15 0.20 0.07 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.37 0.21 0.30
C3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.25 0.04 0.15
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.14 0.11 0.01 0.06
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.10 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.12 0.06 0.07 0.03
C5' 0.08 0.14 0.13 0.00 0.19 0.00 0.20 0.00 0.19 0.15 0.17 0.11 0.10 0.07 0.20 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.13 0.09 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.14 0.17 0.03 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.15 0.16 0.04 0.11
O2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.15 0.24 0.11 0.16
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.29 0.47 0.36 0.39
O3' 0.10 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.11 0.06 0.00 0.06 0.12 0.05 0.18 0.03 0.10
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.13 0.09 0.02 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.17 0.09
O5' 0.10 0.15 0.26 0.09 0.14 0.00 0.12 0.00 0.13 0.14 0.15 0.15 0.29 0.05 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.19 0.20 0.37 0.25 0.11 0.10 0.06 0.06 0.09 0.17 0.16 0.24 0.47 0.18 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.21 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04 0.11 0.36 0.03 0.02 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.30 0.15 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.10 0.11 0.16 0.39 0.10 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00