ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53355

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 10, 11, 9, 8, 8, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.029, 0.038, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.048, 0.058, 0.068, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.058 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.039, 0.052, 0.065, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.052 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.055, 0.070, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.070 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.055, 0.071, 0.086, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.071 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.059, 0.077, 0.094, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.077 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.123, 0.159, 0.195, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.159 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.051, 0.104, 0.157, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.104 std_dev=0.053
N9 B 0, 0.155, 0.276, 0.396, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.276 std_dev=0.121
C4 B 0, 0.135, 0.259, 0.383, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.259 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.145, 0.281, 0.416, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.281 std_dev=0.135
C8 B 0, 0.194, 0.337, 0.480, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.337 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.237, 0.407, 0.577, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.407 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.209, 0.380, 0.551, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.380 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.241, 0.443, 0.646, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.443 std_dev=0.203
C1' B 0, 0.220, 0.427, 0.634, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.427 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.267, 0.523, 0.780, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.523 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.300, 0.558, 0.816, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.558 std_dev=0.258
C2' A 0, 0.158, 0.488, 0.818, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.488 std_dev=0.330
O4' A 0, 0.178, 0.552, 0.927, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.552 std_dev=0.374
N6 B 0, 0.388, 0.767, 1.146, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.767 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.209, 0.765, 1.322, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.765 std_dev=0.557
C2' B 0, 0.408, 0.971, 1.534, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.971 std_dev=0.563
O2' A 0, 0.193, 0.764, 1.335, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.764 std_dev=0.571
C4' A 0, 0.251, 0.827, 1.403, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.827 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.170, 0.904, 1.638, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.904 std_dev=0.734
C5' A 0, 0.720, 1.462, 2.205, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.462 std_dev=0.743
O3' A 0, 0.297, 1.048, 1.799, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.048 std_dev=0.751
C3' B 0, 0.398, 1.219, 2.040, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.219 std_dev=0.821
O5' A 0, 1.372, 2.300, 3.227, 3.660 max_d=3.660 avg_d=2.300 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.564, 1.520, 2.475, 5.037 max_d=5.037 avg_d=1.520 std_dev=0.956
C4' B 0, 0.263, 1.280, 2.296, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.280 std_dev=1.017
O2' B 0, 0.461, 1.502, 2.544, 3.367 max_d=3.367 avg_d=1.502 std_dev=1.042
OP1 A 0, 2.043, 3.223, 4.403, 4.770 max_d=4.770 avg_d=3.223 std_dev=1.180
P A 0, 1.925, 3.114, 4.303, 4.787 max_d=4.787 avg_d=3.114 std_dev=1.189
OP2 A 0, 2.233, 3.623, 5.013, 5.397 max_d=5.397 avg_d=3.623 std_dev=1.390
O5' B 0, 0.190, 1.638, 3.087, 6.235 max_d=6.235 avg_d=1.638 std_dev=1.449
C5' B 0, 0.492, 2.164, 3.835, 6.155 max_d=6.155 avg_d=2.164 std_dev=1.671
P B 0, 0.365, 2.042, 3.720, 8.544 max_d=8.544 avg_d=2.042 std_dev=1.677
OP2 B 0, 0.397, 2.240, 4.083, 9.573 max_d=9.573 avg_d=2.240 std_dev=1.843
OP1 B 0, 0.807, 2.694, 4.581, 9.992 max_d=9.992 avg_d=2.694 std_dev=1.887

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.20 0.02 0.01 0.25 0.29 0.31 0.28
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.01 0.07 0.35 0.34 0.34 0.36
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.03 0.12 0.16 0.15 0.03 0.11 0.28 0.00 0.04 0.07 0.01 0.46 0.51 0.48 0.45
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.32 0.01 0.33 0.02 0.29 0.19 0.28 0.22 0.02 0.01 0.34 0.02 0.32 0.36 0.21 0.25
C4 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.23 0.01 0.03 0.47 0.44 0.44 0.47
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.15 0.07 0.08 0.07 0.25 0.03 0.14 0.00 0.01 0.15 0.25 0.09
C5 0.01 0.01 0.12 0.33 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.29 0.01 0.08 0.49 0.44 0.44 0.46
C5' 0.08 0.08 0.16 0.02 0.13 0.00 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.10 0.10 0.16 0.15 0.01 0.01 0.15 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.29 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.25 0.24 0.01 0.10 0.44 0.37 0.37 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.01 0.01 0.34 0.32 0.32 0.34
N3 0.01 0.00 0.11 0.28 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.16 0.01 0.05 0.41 0.39 0.40 0.42
O2 0.04 0.01 0.28 0.22 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.29 0.02 0.13 0.31 0.32 0.33 0.34
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.29 0.25 0.30 0.10 0.25 0.17 0.24 0.18 0.00 0.06 0.32 0.16 0.25 0.33 0.47 0.30
O3' 0.20 0.16 0.04 0.01 0.23 0.03 0.29 0.16 0.24 0.10 0.16 0.29 0.06 0.00 0.27 0.15 0.31 0.41 0.40 0.31
O4 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.27 0.00 0.04 0.49 0.48 0.49 0.51
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.05 0.13 0.16 0.15 0.04 0.00 0.14 0.29 0.38 0.31
O5' 0.25 0.35 0.46 0.32 0.47 0.01 0.49 0.01 0.44 0.34 0.41 0.31 0.25 0.31 0.49 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.34 0.51 0.36 0.44 0.15 0.44 0.15 0.37 0.32 0.39 0.32 0.33 0.41 0.48 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.34 0.48 0.21 0.44 0.25 0.44 0.32 0.37 0.32 0.40 0.33 0.47 0.40 0.49 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.36 0.45 0.25 0.47 0.09 0.46 0.02 0.39 0.34 0.42 0.34 0.30 0.31 0.51 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.25 0.58 0.11 0.52 0.11 0.81 0.17 0.16 0.20 0.12 0.22 0.12 0.13 0.64 0.54 0.36 0.58 0.62 0.93 0.61
C2 0.16 0.16 0.25 0.56 0.11 0.52 0.12 0.79 0.18 0.16 0.19 0.12 0.24 0.12 0.13 0.61 0.50 0.37 0.56 0.56 0.91 0.57
C2' 0.27 0.42 0.28 0.56 0.32 0.47 0.33 0.69 0.41 0.25 0.45 0.36 0.46 0.26 0.27 0.55 0.50 0.35 0.53 0.61 1.00 0.62
C3' 0.41 0.42 0.38 0.64 0.39 0.60 0.36 0.79 0.38 0.36 0.41 0.41 0.38 0.34 0.38 0.59 0.60 0.52 0.68 0.76 1.09 0.74
C4 0.18 0.16 0.38 0.52 0.13 0.62 0.16 0.92 0.20 0.13 0.20 0.13 0.26 0.14 0.14 0.68 0.55 0.53 0.71 0.75 1.02 0.74
C4' 0.21 0.19 0.26 0.59 0.16 0.57 0.15 0.85 0.18 0.19 0.22 0.17 0.22 0.15 0.18 0.62 0.59 0.44 0.66 0.73 0.99 0.69
C5 0.18 0.16 0.40 0.52 0.12 0.63 0.15 0.95 0.20 0.13 0.20 0.13 0.26 0.13 0.14 0.70 0.60 0.54 0.75 0.83 1.04 0.79
C5' 0.27 0.19 0.31 0.62 0.17 0.65 0.15 0.95 0.17 0.22 0.20 0.18 0.21 0.16 0.22 0.65 0.66 0.54 0.77 0.86 1.03 0.79
C6 0.17 0.16 0.35 0.55 0.11 0.60 0.13 0.91 0.19 0.14 0.20 0.12 0.25 0.11 0.13 0.69 0.59 0.49 0.69 0.76 0.99 0.72
N1 0.16 0.16 0.28 0.57 0.11 0.55 0.12 0.84 0.18 0.15 0.20 0.12 0.24 0.11 0.13 0.65 0.55 0.41 0.61 0.64 0.94 0.63
N3 0.16 0.16 0.29 0.54 0.11 0.55 0.14 0.83 0.20 0.15 0.19 0.12 0.25 0.11 0.13 0.62 0.50 0.43 0.59 0.60 0.93 0.60
O2 0.16 0.16 0.21 0.57 0.11 0.46 0.12 0.71 0.16 0.19 0.19 0.12 0.22 0.16 0.15 0.56 0.46 0.29 0.50 0.50 0.87 0.52
O2' 0.30 0.23 0.26 0.53 0.21 0.48 0.19 0.70 0.20 0.30 0.25 0.21 0.24 0.24 0.27 0.55 0.45 0.40 0.59 0.73 1.07 0.75
O3' 0.36 0.43 0.31 0.52 0.36 0.50 0.33 0.70 0.38 0.30 0.44 0.40 0.39 0.28 0.34 0.57 0.48 0.44 0.62 0.75 1.12 0.75
O4 0.19 0.17 0.45 0.48 0.15 0.65 0.18 0.96 0.21 0.14 0.20 0.15 0.25 0.18 0.15 0.69 0.55 0.59 0.77 0.81 1.07 0.82
O4' 0.17 0.17 0.31 0.60 0.13 0.58 0.13 0.90 0.18 0.17 0.20 0.13 0.22 0.14 0.15 0.71 0.61 0.42 0.67 0.71 0.95 0.68
O5' 0.45 0.43 0.57 0.58 0.42 0.60 0.40 0.81 0.40 0.42 0.42 0.43 0.39 0.39 0.43 0.86 0.64 0.59 0.80 1.04 1.12 0.90
OP1 0.50 0.42 0.57 0.59 0.43 0.72 0.40 0.97 0.39 0.44 0.41 0.44 0.40 0.39 0.45 0.88 0.67 0.72 0.93 1.11 1.07 0.95
OP2 0.59 0.50 0.67 0.67 0.51 0.80 0.46 1.02 0.43 0.51 0.46 0.53 0.39 0.46 0.54 0.93 0.78 0.82 1.00 1.29 1.27 1.12
P 0.54 0.48 0.61 0.60 0.48 0.73 0.45 0.98 0.44 0.48 0.46 0.49 0.43 0.44 0.50 0.93 0.68 0.75 0.95 1.14 1.12 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.29 0.47 0.45 0.32
C2 0.03 0.00 0.46 0.39 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.36 0.36 0.47 0.63 0.78 0.60
C2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.25 0.03 0.13 0.19 0.23 0.22 0.37 0.46 0.17 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.59 0.66 0.85 0.58
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.34 0.01 0.40 0.03 0.44 0.34 0.43 0.33 0.47 0.40 0.26 0.02 0.01 0.03 0.36 0.52 0.48 0.29
C4 0.02 0.01 0.25 0.34 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.21 0.19 0.38 0.47 0.70 0.46
C4' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.28 0.15 0.19 0.18 0.26 0.12 0.32 0.02 0.01 0.02 0.50 0.24 0.23
C5 0.01 0.01 0.13 0.40 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.20 0.08 0.39 0.45 0.80 0.50
C5' 0.08 0.32 0.19 0.03 0.23 0.01 0.31 0.00 0.32 0.43 0.31 0.29 0.37 0.43 0.21 0.15 0.22 0.02 0.01 0.30 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.44 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.26 0.16 0.42 0.52 0.86 0.57
C8 0.01 0.01 0.22 0.34 0.01 0.28 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.17 0.22 0.40 0.43 0.76 0.46
N1 0.02 0.00 0.37 0.43 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.32 0.29 0.46 0.60 0.85 0.61
N3 0.03 0.01 0.46 0.33 0.00 0.19 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.35 0.36 0.43 0.58 0.69 0.53
N6 0.02 0.01 0.17 0.47 0.01 0.18 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.34 0.29 0.11 0.42 0.52 0.93 0.59
N7 0.01 0.01 0.11 0.40 0.01 0.26 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.44 0.22 0.12 0.40 0.43 0.85 0.50
N9 0.01 0.01 0.03 0.26 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.12 0.01 0.34 0.42 0.62 0.38
O2' 0.02 0.40 0.00 0.02 0.22 0.32 0.30 0.15 0.30 0.46 0.33 0.39 0.34 0.44 0.22 0.00 0.06 0.23 0.35 0.71 0.75 0.45
O3' 0.31 0.36 0.03 0.01 0.21 0.02 0.20 0.22 0.26 0.17 0.32 0.35 0.29 0.22 0.12 0.06 0.00 0.21 0.32 0.64 0.44 0.30
O4' 0.01 0.36 0.02 0.03 0.19 0.01 0.08 0.02 0.16 0.22 0.29 0.36 0.11 0.12 0.01 0.23 0.21 0.00 0.23 0.51 0.29 0.36
O5' 0.29 0.47 0.59 0.36 0.38 0.02 0.39 0.01 0.42 0.40 0.46 0.43 0.42 0.40 0.34 0.35 0.32 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.63 0.66 0.52 0.47 0.50 0.45 0.30 0.52 0.43 0.60 0.58 0.52 0.43 0.42 0.71 0.64 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.78 0.85 0.48 0.70 0.24 0.80 0.35 0.86 0.76 0.85 0.69 0.93 0.85 0.62 0.75 0.44 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.60 0.58 0.29 0.46 0.23 0.50 0.02 0.57 0.46 0.61 0.53 0.59 0.50 0.38 0.45 0.30 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00