ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53356

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 5, 5, 7, 6, 3, 8, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.013, 0.019, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.021, 0.074, 0.126, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.074 std_dev=0.052
C5 B 0, 0.264, 0.423, 0.582, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.423 std_dev=0.159
N7 B 0, 0.211, 0.371, 0.532, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.371 std_dev=0.160
C6 B 0, 0.328, 0.523, 0.718, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.523 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.258, 0.466, 0.674, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.466 std_dev=0.208
N6 B 0, 0.386, 0.603, 0.820, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.603 std_dev=0.217
C8 B 0, 0.207, 0.440, 0.673, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.440 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.290, 0.539, 0.787, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.539 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.227, 0.480, 0.733, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.480 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.348, 0.603, 0.858, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.603 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.335, 0.591, 0.847, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.591 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.272, 0.610, 0.948, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.610 std_dev=0.338
O4' A 0, 0.136, 0.512, 0.888, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.512 std_dev=0.376
C2' A 0, 0.177, 0.573, 0.970, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.573 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.455, 0.919, 1.383, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.919 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.494, 1.038, 1.583, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.038 std_dev=0.544
C3' A 0, 0.276, 0.886, 1.496, 2.151 max_d=2.151 avg_d=0.886 std_dev=0.610
C4' A 0, 0.192, 0.810, 1.428, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.810 std_dev=0.618
O2' A 0, 0.153, 0.820, 1.487, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.820 std_dev=0.667
O4' B 0, 0.327, 1.048, 1.769, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.048 std_dev=0.721
O5' A 0, 0.865, 1.592, 2.319, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.592 std_dev=0.727
C3' B 0, 0.807, 1.546, 2.284, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.546 std_dev=0.739
O5' B 0, 0.753, 1.513, 2.272, 3.814 max_d=3.814 avg_d=1.513 std_dev=0.760
C5' A 0, 0.488, 1.286, 2.083, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.286 std_dev=0.797
OP2 B 0, 1.836, 2.638, 3.441, 3.975 max_d=3.975 avg_d=2.638 std_dev=0.802
P A 0, 1.134, 1.940, 2.745, 4.258 max_d=4.258 avg_d=1.940 std_dev=0.806
P B 0, 0.958, 1.773, 2.587, 4.081 max_d=4.081 avg_d=1.773 std_dev=0.815
OP2 A 0, 1.350, 2.225, 3.100, 4.380 max_d=4.380 avg_d=2.225 std_dev=0.875
O3' A 0, 0.400, 1.281, 2.162, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.281 std_dev=0.881
O3' B 0, 1.137, 2.038, 2.939, 4.102 max_d=4.102 avg_d=2.038 std_dev=0.901
C4' B 0, 0.652, 1.554, 2.456, 3.920 max_d=3.920 avg_d=1.554 std_dev=0.902
OP1 A 0, 1.116, 2.052, 2.989, 5.360 max_d=5.360 avg_d=2.052 std_dev=0.936
OP1 B 0, 0.792, 1.836, 2.879, 5.025 max_d=5.025 avg_d=1.836 std_dev=1.044
C5' B 0, 0.841, 2.008, 3.175, 4.995 max_d=4.995 avg_d=2.008 std_dev=1.167

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.29 0.03 0.01 0.19 0.21 0.16 0.19
C2 0.02 0.00 0.23 0.28 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.02 0.14 0.31 0.36 0.33 0.40
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.05 0.02 0.18 0.16 0.23 0.02 0.16 0.41 0.01 0.03 0.06 0.02 0.41 0.46 0.45 0.41
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.36 0.01 0.33 0.02 0.27 0.21 0.34 0.26 0.02 0.01 0.39 0.02 0.26 0.25 0.20 0.22
C4 0.02 0.01 0.05 0.36 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.17 0.01 0.04 0.44 0.57 0.52 0.61
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.08 0.12 0.29 0.02 0.16 0.01 0.01 0.11 0.16 0.06
C5 0.02 0.02 0.18 0.33 0.01 0.21 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.47 0.22 0.01 0.13 0.45 0.59 0.46 0.61
C5' 0.05 0.08 0.16 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.21 0.07 0.10 0.15 0.12 0.21 0.20 0.02 0.01 0.15 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.27 0.01 0.21 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.17 0.02 0.17 0.37 0.46 0.31 0.47
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.02 0.01 0.28 0.33 0.24 0.35
N3 0.02 0.00 0.16 0.34 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.11 0.02 0.10 0.38 0.47 0.46 0.51
O2 0.04 0.01 0.41 0.26 0.01 0.12 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.25 0.02 0.25 0.28 0.30 0.30 0.34
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.35 0.29 0.47 0.12 0.44 0.20 0.18 0.25 0.00 0.06 0.37 0.20 0.23 0.31 0.46 0.27
O3' 0.29 0.13 0.03 0.01 0.17 0.02 0.22 0.21 0.17 0.10 0.11 0.25 0.06 0.00 0.21 0.18 0.34 0.25 0.39 0.31
O4 0.03 0.02 0.06 0.39 0.01 0.16 0.01 0.20 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.21 0.00 0.04 0.48 0.64 0.61 0.67
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.17 0.01 0.10 0.25 0.20 0.18 0.04 0.00 0.12 0.20 0.22 0.17
O5' 0.19 0.31 0.41 0.26 0.44 0.01 0.45 0.01 0.37 0.28 0.38 0.28 0.23 0.34 0.48 0.12 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.21 0.36 0.46 0.25 0.57 0.11 0.59 0.15 0.46 0.33 0.47 0.30 0.31 0.25 0.64 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.33 0.45 0.20 0.52 0.16 0.46 0.23 0.31 0.24 0.46 0.30 0.46 0.39 0.61 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.40 0.41 0.22 0.61 0.06 0.61 0.02 0.47 0.35 0.51 0.34 0.27 0.31 0.67 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.19 0.52 0.11 0.37 0.11 0.58 0.15 0.12 0.18 0.12 0.18 0.10 0.11 0.50 0.47 0.18 0.39 0.48 0.79 0.54
C2 0.12 0.12 0.19 0.53 0.10 0.40 0.10 0.60 0.13 0.13 0.14 0.10 0.16 0.10 0.11 0.50 0.45 0.22 0.37 0.40 0.77 0.48
C2' 0.40 0.61 0.27 0.67 0.50 0.44 0.51 0.53 0.59 0.37 0.63 0.55 0.62 0.41 0.42 0.26 0.59 0.35 0.41 0.57 0.88 0.61
C3' 0.54 0.52 0.34 0.76 0.51 0.62 0.48 0.69 0.47 0.49 0.50 0.52 0.44 0.46 0.51 0.25 0.67 0.56 0.53 0.46 0.70 0.47
C4 0.15 0.10 0.39 0.38 0.10 0.41 0.10 0.59 0.13 0.12 0.12 0.10 0.16 0.10 0.12 0.59 0.40 0.34 0.40 0.46 0.71 0.47
C4' 0.19 0.22 0.16 0.51 0.16 0.42 0.16 0.58 0.22 0.18 0.25 0.19 0.26 0.15 0.17 0.47 0.46 0.30 0.39 0.43 0.68 0.45
C5 0.15 0.10 0.40 0.36 0.10 0.39 0.10 0.56 0.13 0.11 0.12 0.10 0.17 0.09 0.11 0.60 0.41 0.32 0.41 0.56 0.71 0.52
C5' 0.26 0.26 0.19 0.51 0.21 0.48 0.20 0.62 0.25 0.22 0.28 0.23 0.28 0.19 0.22 0.48 0.49 0.41 0.44 0.44 0.62 0.41
C6 0.13 0.11 0.32 0.42 0.09 0.38 0.10 0.56 0.13 0.11 0.14 0.10 0.17 0.09 0.11 0.56 0.44 0.27 0.40 0.55 0.74 0.54
N1 0.12 0.13 0.23 0.49 0.10 0.38 0.10 0.58 0.14 0.12 0.15 0.11 0.17 0.10 0.11 0.52 0.45 0.23 0.39 0.47 0.77 0.52
N3 0.13 0.10 0.26 0.47 0.09 0.42 0.09 0.61 0.12 0.12 0.12 0.09 0.16 0.09 0.11 0.54 0.42 0.28 0.37 0.38 0.74 0.45
O2 0.13 0.14 0.15 0.60 0.12 0.41 0.12 0.61 0.14 0.14 0.15 0.13 0.17 0.13 0.13 0.45 0.48 0.18 0.36 0.36 0.78 0.47
O2' 0.20 0.42 0.25 0.50 0.25 0.33 0.26 0.56 0.41 0.21 0.48 0.32 0.50 0.20 0.19 0.39 0.41 0.27 0.63 0.95 1.20 1.00
O3' 0.29 0.39 0.16 0.51 0.29 0.35 0.28 0.47 0.36 0.25 0.41 0.34 0.40 0.23 0.27 0.28 0.37 0.27 0.41 0.54 0.78 0.56
O4 0.18 0.13 0.47 0.32 0.13 0.44 0.13 0.60 0.14 0.14 0.14 0.13 0.17 0.13 0.15 0.62 0.38 0.42 0.42 0.45 0.65 0.44
O4' 0.14 0.28 0.35 0.44 0.19 0.36 0.20 0.58 0.28 0.13 0.32 0.22 0.33 0.15 0.14 0.70 0.42 0.20 0.38 0.47 0.73 0.51
O5' 0.56 0.49 0.42 0.58 0.49 0.62 0.45 0.67 0.43 0.49 0.46 0.51 0.41 0.45 0.52 0.59 0.57 0.65 0.67 0.50 0.55 0.45
OP1 0.69 0.51 0.47 0.72 0.56 0.82 0.50 0.86 0.45 0.61 0.47 0.56 0.41 0.52 0.62 0.58 0.73 0.85 0.86 0.44 0.45 0.44
OP2 0.84 0.70 0.56 0.74 0.73 0.88 0.65 0.83 0.59 0.72 0.63 0.75 0.51 0.64 0.77 0.65 0.76 1.00 0.85 0.48 0.46 0.45
P 0.75 0.60 0.51 0.74 0.64 0.86 0.58 0.89 0.53 0.67 0.54 0.65 0.47 0.60 0.69 0.62 0.76 0.91 0.88 0.44 0.44 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.26 0.37 0.48 0.24
C2 0.03 0.00 0.44 0.50 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.26 0.22 0.29 0.39 0.67 0.34
C2' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.23 0.02 0.12 0.22 0.21 0.19 0.35 0.44 0.15 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.74 0.52 1.06 0.66
C3' 0.01 0.50 0.00 0.00 0.43 0.01 0.48 0.03 0.54 0.32 0.55 0.43 0.56 0.43 0.29 0.02 0.01 0.03 0.44 0.36 0.55 0.31
C4 0.02 0.01 0.23 0.43 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.16 0.12 0.28 0.35 0.66 0.34
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.23 0.26 0.20 0.14 0.26 0.28 0.16 0.33 0.02 0.01 0.02 0.49 0.15 0.25
C5 0.02 0.01 0.12 0.48 0.01 0.23 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.21 0.06 0.31 0.35 0.74 0.41
C5' 0.07 0.28 0.22 0.03 0.27 0.01 0.39 0.00 0.41 0.38 0.36 0.22 0.47 0.45 0.23 0.10 0.23 0.02 0.01 0.16 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.54 0.01 0.23 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.27 0.11 0.32 0.36 0.76 0.42
C8 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.26 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.40 0.16 0.13 0.31 0.34 0.70 0.41
N1 0.03 0.01 0.35 0.55 0.01 0.20 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.28 0.17 0.30 0.37 0.73 0.38
N3 0.03 0.00 0.44 0.43 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.24 0.21 0.28 0.39 0.62 0.31
N6 0.03 0.01 0.15 0.56 0.02 0.26 0.02 0.47 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.39 0.32 0.09 0.35 0.37 0.82 0.48
N7 0.02 0.01 0.10 0.43 0.01 0.28 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.23 0.07 0.33 0.36 0.77 0.46
N9 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.10 0.01 0.27 0.33 0.62 0.32
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.23 0.33 0.34 0.10 0.33 0.40 0.28 0.24 0.39 0.43 0.23 0.00 0.06 0.26 0.45 0.57 0.89 0.43
O3' 0.34 0.26 0.03 0.01 0.16 0.02 0.21 0.23 0.27 0.16 0.28 0.24 0.32 0.23 0.10 0.06 0.00 0.23 0.24 0.61 0.31 0.23
O4' 0.01 0.22 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.17 0.21 0.09 0.07 0.01 0.26 0.23 0.00 0.14 0.50 0.19 0.31
O5' 0.26 0.29 0.74 0.44 0.28 0.02 0.31 0.01 0.32 0.31 0.30 0.28 0.35 0.33 0.27 0.45 0.24 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.39 0.52 0.36 0.35 0.49 0.35 0.16 0.36 0.34 0.37 0.39 0.37 0.36 0.33 0.57 0.61 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.67 1.06 0.55 0.66 0.15 0.74 0.22 0.76 0.70 0.73 0.62 0.82 0.77 0.62 0.89 0.31 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.34 0.66 0.31 0.34 0.25 0.41 0.02 0.42 0.41 0.38 0.31 0.48 0.46 0.32 0.43 0.23 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00