ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 6, 10, 4, 3, 1, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.027 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.019, 0.059, 0.098, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.059 std_dev=0.040
O4 A 0, -0.001, 0.079, 0.159, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.079 std_dev=0.080
C5 B 0, 0.124, 0.270, 0.417, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.270 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.102, 0.281, 0.459, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.281 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.209, 0.396, 0.583, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.396 std_dev=0.187
C6 B 0, 0.108, 0.311, 0.514, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.311 std_dev=0.203
C8 B 0, 0.139, 0.345, 0.551, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.345 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.228, 0.437, 0.647, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.437 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.282, 0.545, 0.808, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.545 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.178, 0.442, 0.706, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.442 std_dev=0.264
N6 B 0, 0.103, 0.375, 0.647, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.375 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.255, 0.542, 0.830, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.542 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.309, 0.623, 0.937, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.623 std_dev=0.314
O4' A 0, -0.038, 0.447, 0.932, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.447 std_dev=0.485
C2' A 0, -0.033, 0.511, 1.055, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.511 std_dev=0.544
C2' B 0, 0.359, 0.955, 1.552, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.955 std_dev=0.597
O4' B 0, 0.318, 0.925, 1.533, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.925 std_dev=0.608
C3' A 0, 0.076, 0.716, 1.356, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.716 std_dev=0.640
C3' B 0, 0.305, 0.971, 1.637, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.971 std_dev=0.666
C4' A 0, 0.014, 0.701, 1.387, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.701 std_dev=0.686
OP1 A 0, 0.454, 1.216, 1.979, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.216 std_dev=0.762
O3' B 0, 0.328, 1.111, 1.893, 3.025 max_d=3.025 avg_d=1.111 std_dev=0.783
O3' A 0, 0.173, 0.996, 1.819, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.996 std_dev=0.823
P A 0, 0.344, 1.194, 2.044, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.194 std_dev=0.850
C4' B 0, 0.243, 1.098, 1.954, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.098 std_dev=0.855
O5' A 0, 0.200, 1.089, 1.978, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.089 std_dev=0.889
O2' A 0, -0.039, 0.877, 1.793, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.877 std_dev=0.916
OP2 A 0, 0.493, 1.418, 2.343, 3.846 max_d=3.846 avg_d=1.418 std_dev=0.925
C5' A 0, 0.113, 1.071, 2.030, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.071 std_dev=0.958
O5' B 0, 0.244, 1.263, 2.282, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.263 std_dev=1.019
P B 0, 0.114, 1.248, 2.382, 4.372 max_d=4.372 avg_d=1.248 std_dev=1.134
O2' B 0, 0.400, 1.573, 2.746, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.573 std_dev=1.173
OP2 B 0, 0.309, 1.583, 2.858, 4.595 max_d=4.595 avg_d=1.583 std_dev=1.274
OP1 B 0, 0.201, 1.588, 2.975, 5.335 max_d=5.335 avg_d=1.588 std_dev=1.387
C5' B 0, 0.196, 1.699, 3.202, 4.682 max_d=4.682 avg_d=1.699 std_dev=1.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.32 0.03 0.01 0.21 0.21 0.24 0.17
C2 0.03 0.00 0.20 0.27 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.02 0.11 0.22 0.24 0.32 0.28
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.07 0.01 0.19 0.19 0.23 0.03 0.13 0.38 0.01 0.04 0.08 0.02 0.41 0.54 0.53 0.43
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.32 0.01 0.30 0.02 0.25 0.20 0.31 0.27 0.02 0.01 0.34 0.02 0.09 0.25 0.18 0.08
C4 0.03 0.01 0.07 0.32 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.11 0.01 0.05 0.27 0.37 0.44 0.40
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.09 0.09 0.28 0.02 0.15 0.01 0.02 0.12 0.12 0.05
C5 0.03 0.02 0.19 0.30 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.44 0.18 0.01 0.10 0.26 0.36 0.39 0.37
C5' 0.07 0.10 0.19 0.02 0.20 0.01 0.24 0.00 0.20 0.10 0.15 0.11 0.09 0.21 0.23 0.01 0.01 0.16 0.15 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.25 0.01 0.17 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.15 0.01 0.13 0.22 0.26 0.30 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.12 0.02 0.02 0.20 0.21 0.26 0.23
N3 0.03 0.01 0.13 0.31 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.12 0.02 0.08 0.26 0.31 0.40 0.36
O2 0.05 0.01 0.38 0.27 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.32 0.02 0.19 0.22 0.22 0.31 0.26
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.40 0.28 0.44 0.09 0.38 0.22 0.28 0.19 0.00 0.06 0.44 0.20 0.28 0.45 0.59 0.36
O3' 0.32 0.18 0.04 0.01 0.11 0.02 0.18 0.21 0.15 0.12 0.12 0.32 0.06 0.00 0.14 0.22 0.32 0.33 0.43 0.32
O4 0.03 0.02 0.08 0.34 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.44 0.14 0.00 0.06 0.29 0.43 0.50 0.45
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.08 0.19 0.20 0.22 0.06 0.00 0.15 0.26 0.16 0.20
O5' 0.21 0.22 0.41 0.09 0.27 0.02 0.26 0.01 0.22 0.20 0.26 0.22 0.28 0.32 0.29 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.21 0.24 0.54 0.25 0.37 0.12 0.36 0.16 0.26 0.21 0.31 0.22 0.45 0.33 0.43 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.32 0.53 0.18 0.44 0.12 0.39 0.15 0.30 0.26 0.40 0.31 0.59 0.43 0.50 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.28 0.43 0.08 0.40 0.05 0.37 0.02 0.27 0.23 0.36 0.26 0.36 0.32 0.45 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.32 0.38 0.11 0.40 0.11 0.61 0.15 0.20 0.18 0.11 0.20 0.16 0.16 0.75 0.34 0.33 0.40 0.48 0.90 0.54
C2 0.18 0.14 0.29 0.39 0.11 0.40 0.11 0.59 0.15 0.21 0.18 0.11 0.23 0.16 0.16 0.71 0.33 0.33 0.38 0.41 0.89 0.50
C2' 0.30 0.48 0.22 0.47 0.37 0.38 0.38 0.45 0.47 0.28 0.52 0.42 0.52 0.30 0.31 0.50 0.42 0.36 0.37 0.62 1.08 0.67
C3' 0.49 0.49 0.28 0.63 0.47 0.61 0.44 0.63 0.45 0.44 0.47 0.49 0.43 0.42 0.47 0.45 0.56 0.62 0.47 0.51 0.94 0.49
C4 0.22 0.12 0.47 0.28 0.11 0.46 0.11 0.66 0.17 0.18 0.16 0.11 0.26 0.12 0.17 0.81 0.27 0.47 0.45 0.46 0.83 0.49
C4' 0.24 0.19 0.33 0.38 0.17 0.47 0.16 0.64 0.18 0.23 0.21 0.18 0.22 0.19 0.21 0.77 0.33 0.45 0.43 0.49 0.83 0.47
C5 0.22 0.12 0.50 0.26 0.11 0.48 0.11 0.68 0.17 0.18 0.16 0.11 0.26 0.12 0.17 0.85 0.28 0.49 0.48 0.54 0.81 0.52
C5' 0.32 0.22 0.46 0.37 0.22 0.53 0.20 0.69 0.21 0.28 0.23 0.22 0.25 0.23 0.27 0.87 0.34 0.54 0.51 0.57 0.79 0.50
C6 0.21 0.13 0.44 0.30 0.11 0.46 0.11 0.66 0.16 0.19 0.17 0.10 0.24 0.13 0.17 0.82 0.30 0.45 0.46 0.53 0.84 0.53
N1 0.19 0.14 0.35 0.35 0.11 0.42 0.11 0.62 0.15 0.20 0.18 0.10 0.23 0.15 0.16 0.77 0.32 0.37 0.41 0.47 0.88 0.52
N3 0.20 0.13 0.35 0.35 0.11 0.42 0.11 0.61 0.17 0.20 0.17 0.11 0.26 0.14 0.17 0.74 0.29 0.38 0.38 0.39 0.87 0.48
O2 0.18 0.15 0.22 0.46 0.13 0.37 0.13 0.55 0.14 0.21 0.18 0.12 0.20 0.19 0.17 0.64 0.36 0.27 0.35 0.37 0.91 0.49
O2' 0.37 0.27 0.46 0.35 0.28 0.42 0.27 0.58 0.26 0.39 0.29 0.26 0.29 0.34 0.34 0.75 0.37 0.42 0.71 0.99 1.38 1.08
O3' 0.33 0.38 0.31 0.38 0.32 0.38 0.32 0.43 0.36 0.29 0.39 0.35 0.38 0.29 0.31 0.63 0.31 0.40 0.38 0.59 1.01 0.59
O4 0.23 0.13 0.54 0.25 0.13 0.48 0.13 0.67 0.18 0.17 0.16 0.12 0.26 0.13 0.17 0.82 0.26 0.53 0.47 0.45 0.80 0.47
O4' 0.21 0.21 0.46 0.30 0.16 0.43 0.17 0.68 0.21 0.22 0.24 0.17 0.26 0.18 0.19 0.95 0.26 0.37 0.45 0.48 0.80 0.50
O5' 0.50 0.38 0.45 0.50 0.40 0.66 0.36 0.75 0.33 0.43 0.35 0.41 0.31 0.37 0.45 0.75 0.48 0.73 0.59 0.56 0.74 0.49
OP1 0.62 0.41 0.47 0.60 0.47 0.83 0.41 0.92 0.35 0.52 0.36 0.47 0.30 0.43 0.54 0.73 0.61 0.91 0.78 0.48 0.68 0.44
OP2 0.75 0.61 0.64 0.65 0.63 0.85 0.57 0.88 0.53 0.62 0.56 0.65 0.49 0.56 0.67 0.84 0.68 0.98 0.79 0.73 0.85 0.63
P 0.67 0.49 0.48 0.61 0.54 0.86 0.48 0.95 0.43 0.57 0.44 0.54 0.38 0.49 0.59 0.74 0.62 0.96 0.80 0.51 0.66 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.26 0.39 0.54 0.20
C2 0.04 0.00 0.46 0.43 0.02 0.14 0.02 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.32 0.31 0.39 0.38 0.80 0.40
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.22 0.21 0.23 0.36 0.46 0.15 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.65 0.50 1.16 0.62
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.37 0.01 0.42 0.03 0.47 0.28 0.47 0.37 0.48 0.37 0.25 0.02 0.01 0.02 0.38 0.42 0.83 0.39
C4 0.02 0.02 0.24 0.37 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.22 0.16 0.34 0.32 0.77 0.36
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.26 0.11 0.14 0.18 0.25 0.11 0.30 0.03 0.01 0.02 0.49 0.24 0.25
C5 0.02 0.02 0.12 0.42 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.30 0.23 0.06 0.33 0.33 0.88 0.44
C5' 0.09 0.20 0.22 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.25 0.36 0.20 0.19 0.31 0.37 0.17 0.11 0.22 0.02 0.01 0.18 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.47 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.28 0.12 0.35 0.36 0.93 0.47
C8 0.02 0.02 0.23 0.28 0.01 0.26 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.50 0.13 0.21 0.28 0.29 0.79 0.38
N1 0.04 0.01 0.36 0.47 0.02 0.11 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.32 0.23 0.37 0.36 0.89 0.45
N3 0.04 0.01 0.46 0.37 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.30 0.32 0.39 0.38 0.74 0.35
N6 0.04 0.02 0.15 0.48 0.02 0.18 0.03 0.31 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.35 0.31 0.09 0.36 0.41 1.01 0.54
N7 0.02 0.02 0.13 0.37 0.01 0.25 0.01 0.37 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.49 0.20 0.13 0.30 0.34 0.91 0.46
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.23 0.14 0.01 0.30 0.30 0.70 0.30
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.15 0.30 0.30 0.11 0.26 0.50 0.19 0.28 0.35 0.49 0.23 0.00 0.06 0.22 0.38 0.67 1.04 0.46
O3' 0.33 0.32 0.04 0.01 0.22 0.03 0.23 0.22 0.28 0.13 0.32 0.30 0.31 0.20 0.14 0.06 0.00 0.23 0.21 0.68 0.58 0.31
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.16 0.01 0.06 0.02 0.12 0.21 0.23 0.32 0.09 0.13 0.01 0.22 0.23 0.00 0.16 0.51 0.15 0.34
O5' 0.26 0.39 0.65 0.38 0.34 0.02 0.33 0.01 0.35 0.28 0.37 0.39 0.36 0.30 0.30 0.38 0.21 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.38 0.50 0.42 0.32 0.49 0.33 0.18 0.36 0.29 0.36 0.38 0.41 0.34 0.30 0.67 0.68 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.80 1.16 0.83 0.77 0.24 0.88 0.18 0.93 0.79 0.89 0.74 1.01 0.91 0.70 1.04 0.58 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.40 0.62 0.39 0.36 0.25 0.44 0.02 0.47 0.38 0.45 0.35 0.54 0.46 0.30 0.46 0.31 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00