ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53358

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 10, 6, 6, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.042 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.017, 0.067, 0.118, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.067 std_dev=0.051
C4 B 0, 0.140, 0.238, 0.336, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.238 std_dev=0.098
C5 B 0, 0.134, 0.248, 0.361, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.248 std_dev=0.113
N7 B 0, 0.154, 0.300, 0.446, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.146
N9 B 0, 0.204, 0.388, 0.572, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.388 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.207, 0.397, 0.587, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.397 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.259, 0.467, 0.675, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.467 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.253, 0.494, 0.734, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.494 std_dev=0.240
O4' A 0, 0.095, 0.363, 0.630, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.363 std_dev=0.267
C2' A 0, 0.131, 0.401, 0.671, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.401 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.371, 0.647, 0.922, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.647 std_dev=0.276
N6 B 0, 0.292, 0.602, 0.913, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.602 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.400, 0.716, 1.031, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.716 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.291, 0.622, 0.952, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.622 std_dev=0.331
C4' A 0, 0.146, 0.571, 0.996, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.571 std_dev=0.425
C3' A 0, 0.188, 0.672, 1.157, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.672 std_dev=0.484
O2' A 0, 0.091, 0.590, 1.089, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.590 std_dev=0.499
C5' A 0, 0.268, 0.866, 1.465, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.866 std_dev=0.598
O5' A 0, 0.161, 0.788, 1.415, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.788 std_dev=0.627
P A 0, 0.327, 1.023, 1.720, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.023 std_dev=0.697
C2' B 0, 0.770, 1.540, 2.309, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.540 std_dev=0.770
O3' A 0, 0.274, 1.067, 1.860, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.067 std_dev=0.793
OP2 A 0, 0.330, 1.140, 1.950, 3.973 max_d=3.973 avg_d=1.140 std_dev=0.810
OP1 A 0, 0.468, 1.306, 2.143, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.306 std_dev=0.837
O4' B 0, 0.642, 1.497, 2.351, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.497 std_dev=0.855
O2' B 0, 1.022, 1.904, 2.787, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.904 std_dev=0.882
C3' B 0, 1.023, 2.034, 3.045, 3.697 max_d=3.697 avg_d=2.034 std_dev=1.011
C4' B 0, 0.928, 2.119, 3.310, 4.135 max_d=4.135 avg_d=2.119 std_dev=1.191
O3' B 0, 0.838, 2.105, 3.371, 4.119 max_d=4.119 avg_d=2.105 std_dev=1.266
O5' B 0, 1.282, 2.899, 4.516, 5.804 max_d=5.804 avg_d=2.899 std_dev=1.617
P B 0, 1.806, 3.662, 5.518, 7.419 max_d=7.419 avg_d=3.662 std_dev=1.856
C5' B 0, 1.168, 3.108, 5.049, 6.273 max_d=6.273 avg_d=3.108 std_dev=1.940
OP1 B 0, 2.158, 4.104, 6.049, 8.453 max_d=8.453 avg_d=4.104 std_dev=1.946
OP2 B 0, 1.885, 3.876, 5.867, 7.280 max_d=7.280 avg_d=3.876 std_dev=1.991

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.02 0.01 0.17 0.26 0.37 0.24
C2 0.02 0.00 0.17 0.21 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.02 0.09 0.25 0.39 0.34 0.22
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.02 0.13 0.15 0.15 0.04 0.13 0.29 0.00 0.03 0.10 0.01 0.36 0.41 0.52 0.36
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.30 0.01 0.31 0.02 0.28 0.18 0.26 0.20 0.02 0.01 0.33 0.03 0.20 0.31 0.36 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.30 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.19 0.01 0.04 0.38 0.57 0.38 0.30
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.08 0.24 0.03 0.12 0.00 0.01 0.15 0.27 0.12
C5 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.26 0.01 0.08 0.40 0.56 0.37 0.30
C5' 0.06 0.08 0.15 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.11 0.09 0.10 0.17 0.17 0.02 0.01 0.23 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.28 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.21 0.01 0.11 0.34 0.44 0.35 0.23
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.10 0.02 0.02 0.24 0.35 0.34 0.21
N3 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.02 0.07 0.32 0.49 0.35 0.26
O2 0.04 0.01 0.29 0.20 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.31 0.03 0.14 0.22 0.35 0.34 0.22
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.27 0.24 0.32 0.10 0.29 0.15 0.19 0.19 0.00 0.08 0.29 0.16 0.24 0.30 0.53 0.30
O3' 0.24 0.17 0.03 0.01 0.19 0.03 0.26 0.17 0.21 0.10 0.15 0.31 0.08 0.00 0.23 0.17 0.32 0.49 0.52 0.37
O4 0.02 0.02 0.10 0.33 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.29 0.23 0.00 0.04 0.40 0.63 0.41 0.34
O4' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.02 0.11 0.02 0.07 0.14 0.16 0.17 0.04 0.00 0.17 0.30 0.41 0.33
O5' 0.17 0.25 0.36 0.20 0.38 0.01 0.40 0.01 0.34 0.24 0.32 0.22 0.24 0.32 0.40 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.39 0.41 0.31 0.57 0.15 0.56 0.23 0.44 0.35 0.49 0.35 0.30 0.49 0.63 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.34 0.52 0.36 0.38 0.27 0.37 0.21 0.35 0.34 0.35 0.34 0.53 0.52 0.41 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.22 0.36 0.19 0.30 0.12 0.30 0.02 0.23 0.21 0.26 0.22 0.30 0.37 0.34 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.12 0.27 0.53 0.12 0.37 0.11 0.67 0.12 0.20 0.14 0.10 0.16 0.16 0.16 0.62 0.51 0.31 0.69 0.91 0.98 0.81
C2 0.19 0.11 0.27 0.51 0.12 0.36 0.11 0.66 0.12 0.20 0.13 0.10 0.19 0.16 0.17 0.60 0.47 0.31 0.66 0.85 0.99 0.78
C2' 0.29 0.39 0.31 0.62 0.31 0.37 0.30 0.56 0.37 0.26 0.42 0.35 0.41 0.26 0.28 0.53 0.58 0.32 0.68 0.85 0.93 0.77
C3' 0.35 0.33 0.39 0.72 0.30 0.46 0.27 0.63 0.29 0.31 0.33 0.32 0.30 0.27 0.32 0.54 0.73 0.41 0.70 0.93 1.01 0.81
C4 0.23 0.11 0.44 0.55 0.12 0.48 0.11 0.86 0.14 0.18 0.13 0.12 0.21 0.11 0.18 0.68 0.66 0.49 0.83 1.20 1.31 1.10
C4' 0.20 0.17 0.29 0.56 0.14 0.39 0.14 0.70 0.16 0.20 0.19 0.15 0.19 0.16 0.18 0.62 0.60 0.35 0.71 1.00 1.02 0.86
C5 0.23 0.11 0.45 0.57 0.12 0.50 0.11 0.89 0.13 0.18 0.13 0.11 0.20 0.12 0.18 0.71 0.73 0.50 0.87 1.32 1.35 1.17
C5' 0.23 0.16 0.32 0.58 0.15 0.48 0.14 0.83 0.16 0.21 0.18 0.15 0.20 0.17 0.19 0.65 0.68 0.44 0.79 1.18 1.14 0.99
C6 0.22 0.11 0.39 0.56 0.12 0.45 0.11 0.82 0.13 0.19 0.13 0.11 0.19 0.13 0.18 0.68 0.66 0.44 0.79 1.17 1.20 1.03
N1 0.20 0.11 0.31 0.53 0.12 0.39 0.11 0.72 0.13 0.20 0.14 0.10 0.18 0.15 0.17 0.63 0.55 0.35 0.71 0.96 1.04 0.86
N3 0.21 0.11 0.33 0.51 0.12 0.40 0.10 0.72 0.13 0.20 0.13 0.11 0.20 0.13 0.17 0.61 0.51 0.38 0.69 0.92 1.08 0.85
O2 0.18 0.11 0.20 0.47 0.12 0.31 0.12 0.57 0.11 0.20 0.13 0.11 0.17 0.18 0.17 0.57 0.38 0.24 0.62 0.77 0.92 0.72
O2' 0.29 0.29 0.26 0.50 0.23 0.39 0.22 0.61 0.26 0.30 0.32 0.25 0.31 0.25 0.27 0.58 0.44 0.40 0.80 0.93 0.97 0.89
O3' 0.35 0.46 0.34 0.65 0.35 0.43 0.34 0.61 0.42 0.29 0.49 0.41 0.46 0.28 0.32 0.55 0.65 0.41 0.76 0.92 1.03 0.85
O4 0.25 0.11 0.51 0.57 0.13 0.53 0.11 0.94 0.14 0.17 0.13 0.13 0.20 0.11 0.18 0.73 0.73 0.57 0.93 1.35 1.48 1.28
O4' 0.23 0.20 0.34 0.52 0.19 0.43 0.19 0.78 0.21 0.23 0.22 0.19 0.24 0.21 0.22 0.71 0.55 0.38 0.77 1.06 1.11 0.93
O5' 0.35 0.28 0.46 0.69 0.30 0.56 0.28 0.88 0.28 0.34 0.28 0.29 0.29 0.31 0.33 0.71 0.85 0.52 0.81 1.30 1.24 1.06
OP1 0.61 0.43 0.68 0.75 0.51 0.79 0.46 1.14 0.40 0.57 0.40 0.49 0.35 0.50 0.57 0.93 0.92 0.79 0.99 1.59 1.46 1.31
OP2 0.42 0.37 0.53 0.73 0.37 0.70 0.35 1.09 0.36 0.36 0.37 0.37 0.39 0.34 0.38 0.79 0.97 0.69 1.03 1.76 1.58 1.46
P 0.35 0.26 0.42 0.63 0.27 0.63 0.24 1.03 0.24 0.30 0.26 0.27 0.26 0.25 0.31 0.74 0.84 0.62 0.93 1.55 1.42 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.35 0.01 0.26 0.34 0.53 0.22
C2 0.05 0.00 0.42 0.31 0.01 0.27 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.58 0.57 0.42 0.66 1.12 0.95 0.94
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.23 0.02 0.13 0.23 0.22 0.18 0.34 0.41 0.17 0.08 0.03 0.01 0.04 0.02 0.56 0.59 0.77 0.53
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.37 0.05 0.38 0.41 0.35 0.27 0.43 0.44 0.25 0.02 0.01 0.03 0.38 0.50 0.43 0.32
C4 0.02 0.01 0.23 0.28 0.00 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.33 0.23 0.45 0.66 0.76 0.57
C4' 0.03 0.27 0.02 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.22 0.28 0.25 0.25 0.24 0.27 0.13 0.32 0.03 0.01 0.03 0.35 0.33 0.16
C5 0.01 0.01 0.13 0.37 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.24 0.12 0.48 0.67 0.86 0.62
C5' 0.10 0.47 0.23 0.05 0.30 0.01 0.38 0.00 0.43 0.51 0.46 0.41 0.47 0.50 0.25 0.12 0.24 0.02 0.02 0.26 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01 0.22 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.47 0.32 0.21 0.58 0.88 0.96 0.81
C8 0.02 0.02 0.18 0.41 0.01 0.28 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.26 0.23 0.44 0.52 0.87 0.52
N1 0.04 0.01 0.34 0.35 0.02 0.25 0.01 0.46 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.54 0.46 0.34 0.66 1.09 1.01 0.95
N3 0.05 0.01 0.41 0.27 0.01 0.25 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.57 0.41 0.57 0.94 0.81 0.77
N6 0.02 0.02 0.17 0.43 0.01 0.24 0.02 0.47 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.48 0.30 0.16 0.60 0.91 1.03 0.85
N7 0.02 0.02 0.08 0.44 0.01 0.27 0.01 0.50 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.41 0.27 0.12 0.45 0.58 0.91 0.57
N9 0.00 0.02 0.03 0.25 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.18 0.02 0.33 0.39 0.68 0.34
O2' 0.03 0.58 0.01 0.02 0.38 0.32 0.40 0.12 0.47 0.39 0.54 0.53 0.48 0.41 0.24 0.00 0.08 0.23 0.45 0.56 0.75 0.47
O3' 0.35 0.57 0.04 0.01 0.33 0.03 0.24 0.24 0.32 0.26 0.46 0.57 0.30 0.27 0.18 0.08 0.00 0.23 0.40 0.63 0.44 0.40
O4' 0.01 0.42 0.02 0.03 0.23 0.01 0.12 0.02 0.21 0.23 0.34 0.41 0.16 0.12 0.02 0.23 0.23 0.00 0.19 0.41 0.50 0.29
O5' 0.26 0.66 0.56 0.38 0.45 0.03 0.48 0.02 0.58 0.44 0.66 0.57 0.60 0.45 0.33 0.45 0.40 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.34 1.12 0.59 0.50 0.66 0.35 0.67 0.26 0.88 0.52 1.09 0.94 0.91 0.58 0.39 0.56 0.63 0.41 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.95 0.77 0.43 0.76 0.33 0.86 0.36 0.96 0.87 1.01 0.81 1.03 0.91 0.68 0.75 0.44 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.94 0.53 0.32 0.57 0.16 0.62 0.03 0.81 0.52 0.95 0.77 0.85 0.57 0.34 0.47 0.40 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00